Make sure we back out of the steepest decent if the gradient is
zero. This happens, for example, in bits/distorted_cells_06 without
this hunk.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19159 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put parentheses around an expression.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19158 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update number of tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19157 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Satisfy a missing reference.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19155 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19154 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve the algorithm to fix up cells by allowing it to work on faces as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19153 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a shortcut to get at the boundary object of a face/edge.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19152 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more article.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19151 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two new full_matrix tests for cholesky and outer_product.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19150 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add page number and volume.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19149 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19148 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Debugged full_matrix cholesky, edited testsuite.html

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19147 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Started to write the first few comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19146 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement projection onto quads.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19145 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow projection onto hex. Add testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19144 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First step in implementing project_to_surface,

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19143 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19142 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix language.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19141 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid confusion of the PGI compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19140 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add functions project_to_surface to the Boundary description.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19139 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List step-36.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19138 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List step-36.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19137 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another idea for extensions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19136 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor text edit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19135 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor mods.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19134 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19133 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Quick fix removing repeated entries

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19132 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merged step-36 to online-doc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19131 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Explicitly initialize the base Subscriptor class in copy constructor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19130 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a vestige from olden times.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19129 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added cholesky and outer_product to FullMatrix class, various typo edits

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19128 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more change to make things with the extra Trilinos vector really work (hopefully).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19127 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added assertion in reading msh file to check that a number of cells != 0 is actually read.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19126 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update publication details.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

std::auto_ptr cannot be copied which causes an error on some platforms. Use std_cxx1x::shared_ptr instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19124 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added implicit conversion from VectorView to const Vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19123 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more publication.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19122 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update paper status.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19121 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List Joerg's thesis.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19120 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some small formatting issues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19119 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a compiler warning by setting the values of old_min_product directly and not within an if statement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19118 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the MPI problem in ConstraintMatrix reported by Michael Rapson in the mailing list: Use a pointer to a Trilinos vector instead of a vector object directly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19117 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tweaked documentation of step-36

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19114 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19112 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testcase for fixing up faces.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19111 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the fix-up procedure also for faces. It isn't tested right
now, a testcase is going to be next.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19109 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust function name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19108 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Other minor re-organizations. Mainly move an if(...) statement that
was located on exactly the wrong loop.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19107 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19106 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19105 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the fix_up_cell function and helpers a bit more generic.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make a function a bit more abstract by doing away with concrete
template parameters and deducing them from other template arguments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make a few static member variables public. This allows for some more
opportunities to do generic programming.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19102 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And get parentheses right this time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19101 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent one place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19100 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the implementation of the alternating form more elegant by using
the wedge product.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19099 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement and test the alternating form for faces.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19098 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19097 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19096 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed an acknowledgement error

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19094 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

straighten documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19093 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generalize jacobian_determinants_at_vertices to alternating_form_a_vertices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the forgotten output operator.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19091 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a Tensor<0,dim> template specialization.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The meshes we create here are distorted. Right now we can't fix it,
but at least catch the exception that was thrown.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Split out main algorithm into a function of its own.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Point out that the problem doesn't actually happen in 2d if only one side of
the quad is at the boundary, as pointed out by Tobias.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove files not needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test for the preceding bug fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an obvious bug in recursively_set_material_id.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-indent a couple functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finish writing documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add default pictures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust the description how the center point is computed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the correct iterator.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also test the case where a cell is not fixable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement one way to fix up cells with distorted children.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo found by Jean Marie.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the same off-by-one error in 2d a second time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New to the SLEPcWrappers: A shortcut for the (unlikely?) case where the mass matrix is the identity matrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid an off-by-one error in 2d meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert arrays that contain logical integers to integer arrays.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a bunch of warnings when compiling.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure we compile everything in debug mode (the file suffixes were wrong).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19066 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a buffer overflow.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave @sect{...} comments on a single line, even if too long.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Skeleton introduction to step-36

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19063 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19062 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Throw an exception if we create cells that are distorted during mesh refinement. Explain the whole situation in much greater detail in the glossary. Add a new testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19061 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few more pictures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a check in 3d that cells have positive volume. We later catch
these cases and throw a (catchable) exception if we find any such cells.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19058 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem with whitespace at the end of lines -- apparently we can't put back characters that are not exactly in the same order in which we read them.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple assertions in good places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19056 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The TBB can not be built in static mode (or at least I don't know how)
so always link with it as a shared lib, regardless of whether the rest
is built as static or shared libs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19055 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d