Merge pull request #2834 from Rombur/python

Python

Rename the python modules.

Rename python libraries

CMake: build a debug and release version of the python wrappers, set up installation

CMake: Add a component DEAL_II_COMPONENT_PYTHON_BINDINGS

Use DEAL_II_WITH_CXX11 to guard c++11 code.

Move python wrapper to contrib/python-bindings.

Change namespace for the python wrapper.

Clean python documentation.

Enable to turn python wrapper off.

Replace __iter__ by active_cells.

Add const to variables and functions.

Output triangulation and add adaptive mesh refinement.

Add CellAccessor wrapper.

Allow Triangulation to set spacedim different than dim.

Add tests and fix a few bugs.

Use helper functions to decrease code duplication.

Make a few functions const and remove reset_triangulation.

Add 3D for Triangulation and Point interface.

Move PointWrapper to its own files.

Improve Point interface.

Use templated functions.

Add more GridGenerator.

Add default arguments for GridGenerator::hyper_cube.

Improve documentation in python and add save/load functions.

Add python wrapper for Triangulation.

Merge pull request #2910 from drwells/remove-const-cast-3

Remove const cast 3

Merge pull request #2911 from bangerth/improve-control-flow-readability

Make control flow easier to read.

Remove unused const casts.

make_flux_sparsity_pattern no longer uses on user flags so we do not
need to load and save them.

Redo the hp make_flux_sparsity_pattern logic.

This now the same as the non-hp version, which was changed in
9b037871bb. In brief: this function uses the total ordering of cells
instead of user flags to figure out when a face may be skipped.

Make control flow easier to read.

Merge pull request #2907 from guidokanschat/locally_owned_cell_patches

restrict cell patches to locally owned cells

change DoFHandler template

add entries to changelog

change from locally_owned to localy_owned_on_level and test on lower levels as well

make DoFTools::make_cell_patches work with parallel::distributed::Triangulation

Merge pull request #2885 from tamiko/cmake_improve_gsl_interface

CMake: Bugfix: Also pick up cblas for the gsl link interface

add a news/changes.h entry

CMake: Also detect gsl version and export GSL_VERSION

CMake: Bugfix: Also pick up cblas for the gsl link interface

Merge pull request #2906 from masterleinad/references_step35

Add literature to step-35

Add literature to step-35

Merge pull request #2905 from tamiko/cmake_2.8.8_compatibility

CMake: Bugfix: Strip input variables for CHECK_COMPILER_SETUP

CMake: Bugfix: Strip input variables for CHECK_COMPILER_SETUP

CMake 2.8.8 (and possibly till 2.8.11) do not normalize
CMAKE_REQUIRED_FLAGS and CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES correctly leading to
stray "-l " in the linker command line.

Fix this by normalizing the input of CHECK_COMPILER_SETUP by stripping
leading and trailing whitespace

Merge pull request #2901 from class4kayaker/elim_rand_shuffle

Eliminate random_shuffle

Adjust reference to random_shuffle in comment

Merge pull request #2894 from tjhei/step-17-dsp

use DynamicSparsityPattern in step-17

Merge pull request #2893 from tjhei/fix_locally_owned_dofs_per_subdomain

Fix locally_owned_dofs_per_subdomain

Merge pull request #2892 from tjhei/dsp_documentation

add some documentation

Merge pull request #2903 from jgedicke/fix_clang_error

fix clang error

address comments

add some documentation

comment, add Assert

fix clang error

Fix locally_owned_dofs_per_subdomain

DoFTools::locally_owned_dofs_per_subdomain would wrongly trigger an Assertion if running with a dealii::Triangulation (not a shared one) and with more than one MPI rank. This is now fixed.

Merge pull request #2871 from jgedicke/arpack

fix (p)arpack interface for non symmetric matrices

fix (P)ARPACK interface for non-symmetric matrices

-> test for length n+1 of the eigenvectors in the non-symmetric case, which is related to the storage scheme of complex components
-> allow ARPACK to store n+1 eigenvalues in the work arrays in case the eigenvalues n and n+1 form a complex conjugate pair
-> copy nev eigenvectors from the work arrays as nev is increased by one by dneupd in some cases
-> add set_initial_vector function
-> add tests for advection-diffusion FE matrices with complex eigenvalues
-> improve description of the tests

Merge pull request #2900 from class4kayaker/fix_compile_error

Fix error generated in removing mem_fun

Fix error generated in removing mem_fun

Merge pull request #2898 from class4kayaker/elim_mem_fun

Eliminate mem_fun, mem_fun_1

Merge pull request #2899 from class4kayaker/elim_ptr_fun

Eliminate ptr_fun from tests

Eliminate ptr_fun from tests

Eliminate mem_fun in include

Replace with std_cxx11::bind

Eliminate mem_fun in source

Replace with std_cxx11::bind

Merge pull request #2884 from class4kayaker/elim_bind2nd

Eliminate bind2nd

use DynamicSparsityPattern in step-17

Merge pull request #2888 from kronbichler/master

Fix print functions of Trilinos sparsity pattern

Fix print functions of Trilinos sparsity pattern

Merge pull request #2886 from tamiko/cmake_windows_setup

CMake: Minor configuration fixes for MSVC

Merge pull request #2891 from tamiko/reformat

Documentation: Reformat CONTRIBUTING.md

Documentation: Reformat CONTRIBUTING.md

I love line breaks :-)

Merge pull request #2890 from bangerth/doc-update-72

Annotate @param statements as in/out.

CMake: Bugfix: Remove forgotten "compat_files" target

Merge pull request #2844 from drwells/remove-Function-use-in-early-steps

Remove function use in early steps

Annotate @param statements as in/out.

Merge pull request #2846 from spco/parallel_make_flux

DoFTools::make_flux_sparsity_pattern with masks, in parallel

Add DoFTools::make_flux_sparsity_pattern() with masks and subdomain_id.

Add include to grid_refinement.cc

Adjust comment

Fix include comments

CMake: Override multi-configuration types locations for MSVC

CMake: Override multi-configuration types locations for MSVC

Mention the updates to steps 5-8 in the changes.h.

Use a plain function, not a Function, in step-8.

State why we need a default constructor in step-7.

The older reason was not quite right, at least as of C++ 2003.

Add a note on the Tensor class to step-7.

This is the first tutorial program where we explicitly use Tensor, so we
should say a bit about it.

Remove an AIX workaround in step-7.

Remove an unused header in step-7.

Commit ef517a05e0 (March 2001) got rid of the typeid() operator in
step-7.

Update the exception discussion in step-6.

Update the output for step-6.

Use a plain function, not a Function, in step-6.

Fix a typo in step-5.

Remove discussion of the exception from step-5.

Since this exception is only raised if we use a Function this discussion
is no longer relevant.

Add the Assert discussion back in to step-5.

Additionally, the library now has 9375 Asserts and AssertThrows, so
increase the number of exceptions from 4200.

Use a plain function, not a Function, in step-5.

Introduce Function better in step-4.

Remove bind2nd in tests

Remove bind2nd in include

Remove bind2nd calls in source

Merge pull request #2883 from tjhei/document_project

extend documentation for ::project