Merge pull request #1271 from bangerth/doc-update-32

Fix erroneous wrap of compound word.

Merge pull request #1274 from jdannberg/typo_fix

fix typo

Merge pull request #1177 from drwells/q1-dimension-dependent

[WIP] Q1 dimension-dependent real-to-unit transforms

fix typo

Merge pull request #1247 from drwells/zlib-compression-level-flags

Let the user specify the zlib compression level.

Merge pull request #1245 from guidokanschat/bdm_3d

BDM elements in 3D

Fix erroneous wrap of compound word.

Merge pull request #1269 from drwells/documentation-fixes

Documentation fixes (part 3)

Merge pull request #1260 from rrgrove6/master

Improved error message in component_mask.h

Fixed @bangerth's comment

Remove a note mentioning removed options.
This option did not survive the transition to CMake.

Update Chebyshev documentation name.
Note that PETSc switched the name from Chebychev to Chebyshev in version 3.3.

Remove a half-sentence comment.
It looks like this comment showed up in 2010 and was never finished.

Update documentation to refer to DEAL_VOLATILE.

Update internal documentation.
There does not seem to be such a thing as an 'EntryValue'.

Remove an obsolete comment about openDX utilities.
It looks like this was removed a few years ago.

Remove commented-out function stubs.
These functions have since been implemented.

Merge pull request #1266 from bangerth/further-FEValues-cleanups-2

Get rid of FEValuesData in FESystem.

Let the user specify the zlib compression level.

start getting FE_BDM to work in 3D

Merge pull request #1264 from tamiko/fix_find_boost_call

CMake: fix find_boost call for windows

Merge pull request #1265 from kronbichler/master

Improve documentation of TrilinosWrappers::SparseMatrix::set

Get rid of FEValuesData in FESystem.

This patch replaces FEValuesData by internal::FEValues::FiniteElementRelatedData
in FESystem. This has two nice benefits:

* We no longer need to copy the mapping related data from the object we get passed
  to the objects that we pass on to the base elements. Rather, we simply reuse the
  one mapping related data object for all base elements.
* This also makes us immune to the situation where a field is added to the mapping
  related data structure. We no longer need to add the copying to FESystem in
  that case.

While there, I took the opportunity to clean up one additional issue: We used to
store an array of pointers to FEValuesData objects. This is not necessary, a
plain array of objects would have sufficed and be more efficient. I made that
change now.

CMake: Add comments for cmake find-module trickery

Merge pull request #1268 from bangerth/doc-update-31

Fix up documentation.

Merge pull request #1267 from bangerth/markup-fixups

Fix markup.

Fix up documentation.

As pointed out to me by Jean-Paul Pelteret, the documentation of
BlockMatrixArray has gone out of sync with regard to the
examples/doxygen/block_matrix.cc program from which it includes
code.

Fix markup.

doxygen automatically cross-links class names automatically. No need
to mark them as <code>...</code>.

Fix bug

Improve documentation of TrilinosWrappers::SparseMatrix::set

CMake: fix find_boost call for windows

It turns out that the Windows version of CMake does not distinguish between
FindBOOST.cmake and FindBoost.cmake - *yay*.

Therefore, we also have to guard the invocation of FindBoost.cmake within
deal.II's FindBOOST.cmake file.

Merge pull request #1263 from bangerth/fix-compilation

Un-break compilation.

Merge pull request #1254 from bangerth/improve-error-message

Improve the error message for copying and adding sparse matrices with

Merge pull request #1262 from drwells/fix-header-typos

Fix header typos

Un-break compilation.

On compilers without C++11, we need to stay within the limits of BOOST's maximal
number of arguments for boost::bind.

Merge pull request #1257 from jhansel/workshop_practice

input parameter description for start_step() of TimeStepControl

Fix a large number of typos.
This should be a majority of the typos in the documentation.

Fix a non-unicode character.

fix a grammatical error in step-13.

Fix a spelling error in a parameter description.
This might break something.

added const specifier to start_step() input parameter in the TimeStepControl class

Improved error message in component_mask.h because I want dinner

Merge pull request #1255 from drwells/remove-commented-code

Remove commented code.

Merge pull request #1256 from lpolster/test-improve-documentation

Documentation of input parameters for function add_range added.

Removed empty line.

Remove commented out code in headers.
The code in tria_iterator.templates.h was commented out in 2010.

The code in block_sparse_matrix_ez.templates.h was commented out when it
appeared in 2002.

The code in full_matrix.templates.h was commented out in 2001.

The code in precondition_block.templates.h was commented out in 2011.

The code in sparse_matrix_ez.templates.h was commented out in 2003.

The code in mg_block_smoother.h was commented out in 2005.

The code in mg_smoother.h was commented out in 2010.

The code in mg_transfer_component.templates.h was commented out in 2010.

The code in integration_info.templates.h was commented out in 2011.

The code in matrix_tools.h was commented out at some point prior to 2012.

The code in vector_tools.templates.h was commented out at some point prior to 2012.

added input parameter description for start_step() function in TimeStepControl class

Documentation of input parameters for function add_range added.

Merge pull request #1252 from tamiko/error_out_on_cygwin

CMake: Error out on Cygwin platforms and derivatives (MinGW, MinGW-64)

Merge pull request #1253 from bangerth/test-improve-documentation-2

Test improve documentation 2

Improve the documentation of the IndexSet::add_indices() function.

Improve the error message for copying and adding sparse matrices with
different sparsity patterns.

CMake: Error out on Cygwin platforms and derivatives (MinGW, MinGW-64)

Let's face it - we do not support those ports of the GNU Compiler
Collection. We have had multiple severe, unresolved miscompilation issues
for years.

Merge pull request #1238 from bangerth/further-FEValues-cleanups

Further fe values cleanups

Merge pull request #1248 from tamiko/fix_run_tests.sh

Testsuite: Bugfix, also consider stderr in test output

Testsuite: Also output stdout/stderr in case of a regular output file

Also output everything a script piped to stdout and stderr in case a test
fails to run.

Merge pull request #1239 from tamiko/configure_cleanup

CMake: Miscellaneous cleanup

Merge pull request #1246 from tamiko/improve_user_testsuite

Testsuite: add configurable executables to DEAL_II_ADD_TEST

Testsuite: Bugfix, also pipe stderror in run_test.sh

The run_test.sh script supports two different output options for tests,
namely to directly write to a file 'output', or to just output on stdout.

This commit changes the behavior for the latter situation. It reroutes
stderr to stdout such that all output of a test is actually considered.

The former case turned out to be a problem with deallog that writes to
stderr.

Note: In case of a test writing to output, stderr is still lost.

Testsuite: add configurable executables to DEAL_II_ADD_TEST

This commit adds a second type of tests to the testsuite that consists of a
parameter file "test.prm" with an output file "test.<...>.output". It
assumes that a cmake variable

  TEST_TARGET (or TEST_TARGET_DEBUG and TEST_TARGET_RELEASE)

is defined and will invoke said target with the full path to the parameter
file. (The first type of tests consist of a source file "test.cc" instead,
that is compiled and linked.)

Merge pull request #1243 from tjhei/fix_offline_doc

update script to generate offline documentation

update script to generate offline documentation

- also replace https links
- exclude robots.txt

Merge pull request #1242 from kronbichler/master

Fix method on 64 bit indices

Fix method on 64 bit indices

CMake: Remove a dysfunctional workaround

This does not work.

Update comment, fix whitespace

CMake: Refactor configuration for MSVC's compiler warning

Those configuration should go to setup_compiler_flags_msvc.cmake and not
into the config.h header file...

CMake: Remove a commented out check

Remove now outdated code.

Merge pull request #1237 from tamiko/windows_fixes

Testsuite: Port subproject configuration portion

Enable testsuite for windows

update documentation

Testsuite: Remove seldomly used testsuite targets

This commit removes the seldomly used testsuite targets "clear_tests" and
"regen_rests".

Further, the remaining "setup_tests" and "prune_tests" are rewritten in
native CMake script

Adjust all of the FiniteElement::fill_fe_*_values.

Instead of a single FEValuesData object, they now get references to an
internal::FEValues::MappingRelatedData object (which is marked as const,
given that it is data that has previously been computed by the mapping) and
to internal::FEValues::FiniteElementRelatedData (which is non-const, and
which is where the finite elements put their results).

Merge pull request #1235 from bangerth/doc-update-30

Update documentation.

Update documentation.

Merge pull request #1231 from kronbichler/master

Test for Trilinos sparsity pattern initialization

Test for Trilinos sparsity pattern initialization

Merge pull request #1233 from tjhei/fix_doxygen2

fix latex formula

fix latex formula

Implement dimension-specific real to unit maps.
The 2D version uses an exact formula and is about 35-45x faster than the
current version. The exact version does not allocate memory and falls back to
the Newton algorithm if it fails or the point lies outside the cell.

Use a separate function to extract vertices.

Merge pull request #1228 from bangerth/augment-error-reporting

If a test fails, also reports the error code.

Convert FE::compute_2nd().

It only uses finite element related data. Let this be the only
argument it gets.

Merge pull request #1230 from Rombur/trilinos_matrix_64bit

Fix a test that failed for 64bit.

Fix a test that failed for 64bit.

Let the mapping classes only take the mapping related data object as output.

This clearly separates the fields the mapping classes
are supposed to write into, and thereby clarifies what they
are supposed to compute and what to leave alone in the
output data structure.

Split FEValuesData into two base classes.

There is now one base class that stores Mapping-related data, and one
that stores FiniteElement-related data. These are declared in
fe_update_flags() so that they can be referenced from the finite
element and mapping classes without having to know about fe_values.h.

Merge pull request #1227 from kronbichler/master

Finalize documentation from #1215

If a test fails, also reports the error code.

Merge pull request #1224 from bangerth/parallelize-mapping-q

Parallelize MappingQ::get_*_data().

List deprecated interfaces also in the doxygen documentation

Fix warning from #1215

List changes from #1215

Merge pull request #1215 from kronbichler/master

Avoid using deprecated interfaces

Merge pull request #1225 from kronbichler/update_changelog

Take over changelog adjustment from 8.3 to master

Take over changelog adjustment from 8.3 to master

Parallelize MappingQ::get_*_data().

In MappingQ, get_*_data() creates both a data object for a Q_p
mapping as well as for a Q_1 mapping (for interior cells). This can
be done in parallel. Do so here.

Merge pull request #1221 from bangerth/revise-mapping-fill_fe_values-interface-2

Further revise the MappingQ1/MappingQ interfaces.

Merge pull request #1223 from tamiko/adapt-test

make mpi/step-40.mpirun=? more robust