Merge pull request #15454 from bangerth/77-4

Advertise NonlinearSolverSelector in step-77.

Merge pull request #15370 from bangerth/test-70

Add a test for step-70.

Merge pull request #15455 from tamiko/add_mailmap_entry

add mailmap entry

Merge pull request #15450 from tamiko/fix_nox_exception

NOX: catch std::runtime_error instead of char* for Trilinos 14.2.0 onwards

add mailmap entry

Advertise NonlinearSolverSelector in step-77.

Remove brittle logic that depends on directory names.

Merge pull request #15452 from kronbichler/fix_mf_diagonal

Fix invalid data access in MatrixFreeTools::compute_diagonal

Merge pull request #15448 from tamiko/fix_cgal_test

Test cgal/cgal_surface_mesh_02: disable floating point exceptions

Update include/deal.II/trilinos/nox.templates.h

Co-authored-by: Martin Kronbichler <martin.kronbichler@uni-a.de>

Merge pull request #15451 from kronbichler/fix_invalid_access_dof_accessor

Fix invalid memory access of DoFAccessorImplementation

Update include/deal.II/trilinos/nox.templates.h

Co-authored-by: Martin Kronbichler <martin.kronbichler@uni-a.de>

Merge pull request #15434 from drwells/examples-9.5

Examples 9.5

Merge pull request #15410 from bangerth/77-2

Discuss replacing KINSOL by SNES or NOX in step-77.

Merge pull request #15429 from tamiko/fix_gcc_13_warnings

CGAL: fix some bogus warnings with gcc-13

Merge pull request #15446 from tamiko/fix_petsc_tests

lac/parpack_solver: add missing compress() operation

Merge pull request #15447 from tamiko/fix_hdf5_test

Test base/hdf5_0{3,5}.mpirun={1,4}: do not compare test output

Merge pull request #15449 from tamiko/fix_test_properly

Test numerics/nonlinear_solver_selector_03: use check_solver_within_range macro

Fix invalid data access in MatrixFreeTools::compute_diagonal

Fix invalid memory access of DoFAccessorImplementation

NOX: catch std::runtime_error instead of char* for Trilinos 4.2.0 onwards

Merge pull request #15442 from tjhei/fix-step-57-convergence

fix step-57 bilinear form

Test numerics/nonlinear_solver_selector_03: adjust test output

Test numerics/nonlinear_solver_selector_03: use check_solver_within_range macro

Test cgal/cgal_surface_mesh_02: disable floating point exceptions

Otherwise this test might trigger a spurious floating point exception
depending on the CGAL library version being used.

Test base/hdf5_04.mpirun={1,4}: do not compare test output

We have been adding output variants for this test for years, but the
test output is simply not stable. I see different output depending on
debug or release configuration and chosen optimization level.

Let us stop here and only check whether the test runs correctly without
throwing an exception.

Test base/hdf5_03.mpirun={1,4}: do not compare test output

We have been adding output variants for this test for years, but the
test output is simply not stable. I see different output depending on
debug or release configuration and chosen optimization level.

Let us stop here and only check whether the test runs correctly without
throwing an exception.

lac/parpack_solver: add missing compress() operation

Merge pull request #15441 from peterrum/categorize_by_boundary_ids

MFTools::categorize_by_boundary_ids: use iterator

Merge pull request #15425 from tamiko/make_icc_19_happy

CMake: avoid adding ${DEAL_II_BUNDLED_INCLUDE_DIRS} to bundled targets

Merge pull request #15437 from bangerth/33

Fix step-33.

MFTools::categorize_by_boundary_ids: use iterator

fix step-57 bilinear form

Merge pull request #15435 from drwells/cuda-bundled-kokkos-warning

Merge pull request #15436 from bangerth/higher-order

CMake: fully qualify an include path

Add a better error message for Cuda + bundled Kokkos.

Fix step-33.

Warn about the use of higher order output when using Visit.

Merge pull request #15430 from kronbichler/fix_mf_bug

Fix bug in MatrixFree setup for FE_Nothing

Merge pull request #15431 from kronbichler/fix_bug_constraints

Fix bug in AffineConstraints::make_sorted_row_list

CMake: update a comment

Merge pull request #15423 from kronbichler/spell_set_up_2

Fix a few more 'set up'

Bundled: avoid warnings in bundled boost

set -Wno-deprecated-builtins and -Wno-deprecated-declarations

Bundled: add missing includes to compile bundled umfpack target

CMake: avoid adding ${DEAL_II_BUNDLED_INCLUDE_DIRS} to bundled targets

These include files should only be added as system include directories
to dependend targets and not to the bundled targets themselves.

While this commit looks purely aesthetic, this commit actually works
around an obscure compiler bug with ICC 19 that otherwises errors out
with when trying to compile our bundled tbb library.

Bundled: add missing includes to compile bundled tbb target

Bundled: add missing includes to compile bundled kokkos target

Bundled: add missing includes to compile bundled boost target

Fix compilation with complex PETSc + SUNDIALS.

Fix a 'bind to temporary' warning.

Merge pull request #15428 from tamiko/fix_gcc_13_warnings_1

fe/fe_values: avoid a "maybe uninitialized" warning with gcc-13

Fix bug in AffineConstraints::make_sorted_row_list

Fix bug in MatrixFree setup for FE_Nothing

deal.II/cgal/utilities.h: silence a bogus warning with gcc-13

CMake: Update -Wno-misleading-indentation for CGAL

Merge pull request #15422 from masterleinad/fix_clang_tidy_9_5

Fix clang-tidy complaints

fe/fe_values: convert internal::do_function_laplacians to ArrayView

fe/fe_values: convert internal::do_function_gradients to ArrayView

fe/fe_values: convert internal::do_function_values to ArrayView

Tweak some example documentation.

Fix a few more 'set up'

Fix clang-tidy complaints

Merge pull request #15412 from kronbichler/correct_set_up

Spell 'set up' when used as a verb

Merge pull request #15414 from masterleinad/fix_doxygen_reflinks

Fix doxygen reflinks

Merge pull request #15397 from tamiko/fix_opencascade_tests

Testsuite: opencascade/stl_(refinement|write): do not compare output

Merge pull request #15411 from tamiko/fix_a_test_4

Testsuite: symengine/symengine_tensor_operations_04: fix test compilation

Discuss replacing KINSOL by SNES or NOX in step-77.

Merge pull request #15413 from kronbichler/rearrange_make_file

Move source/matrix_free up in build order

Fix doxygen reflinks

Merge pull request #15390 from bangerth/icc

Try to work around an Intel compiler issue.

Merge pull request #15399 from tamiko/fix_rpe_tests

Testsuite: do not compare output for some rpe/* tests

Merge pull request #15409 from bangerth/typo

Fix a typo in the name of a function in the documentation.

Merge pull request #15396 from tamiko/fix_a_test

Testsuite: numerics/nonlinear_solver_selector_03_petsc: add output variant

Merge pull request #15404 from tamiko/fix_a_test_2

Testsuite: sharedtria/communicate_active_fe_indices_01b: do not compare test output

Merge pull request #15407 from bangerth/version

Correct a version number.

Merge pull request #15394 from tamiko/fix_metis_tests_2

Testsuite: mpi/hp_cell_weights_* do not compare output for metis variants

Merge pull request #15408 from bangerth/77-1

Minor adjustment to step-77.

Merge pull request #15405 from masterleinad/fix_more_tests_9_5

Fix some more tests without hypre and with C++20

Merge pull request #15403 from tamiko/fix_scalapack_tests

Testsuite: scalapack/scalapack_05: add output variant

Move source/matrix_free up in build order

Spell 'set up' when used as a verb

Merge pull request #15392 from taojinllnl/add_entry_news_changes_minor

add an entry in doc/news/changes/minor for PR #15377

Test symengine/symengine_tensor_operations_04: fix test compilation

This partially reverts 7ad068984b29f5712dd2bed5742459a9e2030ac3

This part has been commited and merged accidentally (partly due to our
CI not testing any symengine artifacts).
Unfortunately, the anticipated replacement of `begin_raw()` by
`unrolled_to_component_indices(i)` does not work as intended. It is
neither implemented for Tensor of rank 0, nor for SymmetricTensor of
rank 4.

Merge pull request #15393 from bangerth/doxygen

Fix poor doxygen indentation choices.

Fix a typo in the name of a function in the documentation.

Minor adjustment to step-77.

Work around an Intel18 compiler issue.

Merge pull request #15389 from tamiko/fix_metis_tests

Testsuite: metis/metis_*: only run tests, do not compare output

Merge pull request #15391 from masterleinad/fix_arborx_tests_trilinos14_kokkos4

Fix ArborX tests for Trilinos 14/Kokkos 4

Correct a version number.

Fix ambiguity for TrilinosWrappers::Iterators comparison operators using C++20

Restrict some tests requiring hypre

Test sharedtria/communicate_active_fe_indices_01b: do not compare test output

The parallel distribution is computed with metis, which is not stable.
Simply skip comparing the test output which listed the number of local
degrees of freedom of a distributed, shared triangulation.

Test scalapack/scalapack_05: add output variant

It is a bit disconcerting that the computed recirpocal condition number
of the matrix changes. But given the fact that the manual computation
(first number) and the scalapack-internal function return vastly
differing numbers already tell me that the test setup simply isn't
robust.

Let us add an output variant for the scalapack_05 test. I get almost the
same number on three different configuration so I am hopeful that we can
get away with an output variant for the time being.

Merge pull request #15386 from drwells/codespell-9.5

Release preparation: Run codespell.

Test rpe/distributed_compute_intersection_locations_{02,04} do not compare output

Let us also modify the following two tests with all their mpirun
variants. I again see slight differences between gcc and clang versions,
and between libc++ and libstdc++.

Test rpe/convert_intersections_to_rpe_data_02: do not compare output

This test outputs a mesh with differing results between standard
libraries (gnu libstdc++ versus clang/llvm libc++).

Instead of adding another output variant for libc++, let us simply
disable the final comparison and run the test only relying on cgal and
our library to throw an error.

Test rpe/convert_intersections_to_rpe_data_02: do not compare output

This test outputs a mesh with differing results between cgal library
versions and underlying standard library. I see at least three different
results on the regression tester.

Instead of adding three different variants per mpirun, let us simply
disable the final comparison and run the test only relying on cgal and
our library to throw an error.

Test opencascade/stl_write: do not compare output

The output of this test is a mesh where depending on the opencascade
version in question, toolchain and hardware a slightly different
interpolation is found. Let us not compare the final mesh and simply
rely on the routine to throw an error if it cannot create and write the
mesh.