Add test for make_flux_sparsity_pattern with periodic bc

Merge pull request #3186 from tjhei/no_set_bdry_id_internal

disallow set_boundary_id() on internal faces

Merge pull request #3204 from tjhei/fix_torus_test_output

fix grid/torus_01 test output

Merge pull request #3202 from masterleinad/silence_enriched_warning

Silence warning in FE_Enriched

Silence warning in FE_Enriched

fix grid/torus_01 test output

disallow set_boundary_id() on internal faces

Merge pull request #3189 from bangerth/fix-error-message

Tighten up error messages.

Merge pull request #3200 from davydden/fe_enriched_tests

add two Asserts in fe_enriched_step-36 unit test

Merge pull request #3195 from bangerth/fix-test-5

Do not use 'typename' outside templates.

minor cleanup of fe_enriched_step-36 unit test

Merge pull request #3198 from bangerth/doc-update

Update the documentation of Manifold::normal_vector().

add two Asserts in fe_enriched_step-36 unit test

Merge pull request #3191 from bangerth/fix-test

Fix output of test.

Merge pull request #3190 from bangerth/fix-dereference

Do not dereference pointers unless we know that they are non-NULL.

Update the documentation of Manifold::normal_vector().

Merge pull request #3196 from masterleinad/mem_64bit

Fix the memory_consumption output for 64bit indices

Do not use 'typename' outside templates.

Fix the test output for 64bit indices as well

Merge pull request #3193 from bangerth/fix-test-3

Do not use 'typename' outside templates.

Merge pull request #3194 from bangerth/fix-test-4

Do not use 'typename' outside templates.

Merge pull request #3192 from bangerth/fix-test-2

Do not use 'typename' outside templates.

Do not use 'typename' outside templates.

Do not use 'typename' outside templates.

Do not use 'typename' outside templates.

Fix output of test.

The memory consumption for Triangulation recently changed with #3163.
I have been seeing the difference for finite elements for longer already,
but don't recall which change broke the test.

Do not dereference pointers unless we know that they are non-NULL.

Tighten up error messages.

It has long annoyed me that when we print exception messages that were created
via ExcMessage, that the information is really duplicative. Example:

--------------------------------------------------------
An error occurred in line <710> of file <.../step-6.cc> in function
    int main()
The violated condition was:
    false
The name and call sequence of the exception was:
    ExcMessage ("abc" "def")
Additional Information:
abcdef

Stacktrace:
-----------
#0  ./step-6: main
--------------------------------------------------------

Here, the text that comes after 'The name and call sequence...'
is duplicative with what comes after 'Additional Information:'.

This is specifically the case for ExcMessage errors because
there *everything* that constructs the 'Additional information'
will actually be also under 'The name and...' part.

This patch cleans this up by omitting the first of these two
parts if the error message was created via ExcMessage.

Merge pull request #3187 from tjhei/remove_warnings

remove warnings

remove warnings

clang warns with.
```
/ssd/deal-git/source/fe/fe_tools_extrapolate.cc:708:20: warning:
reference cannot be bound to dereferenced null pointer in well-defined
C++ code; comparison may be assumed to always evaluate to true
[-Wtautological-undefined-compare]
```

Merge pull request #3179 from tjhei/mg_comments

improve comments in multigrid method

Merge pull request #3185 from tjhei/fix_hyper_cube_slit

Fix hyper cube slit

fix test output

indent

changelog entry

fix colorized hyper_cube_slit

GridGenerator::hyper_cube_slit() was setting the wrong boundary ids when
colorize was set to true.

Merge pull request #3173 from bangerth/updates-to-the-P1NC-element

Update the P1NC element implementation.

update comments in multigrid method

Update the P1NC element implementation.

Specifically, this updates the class documentation for language
and clarity. It also tightens up the code in a number of places.

Merge pull request #3182 from bangerth/fix-tests

Correct ParameterHandler test outputs.

Correct test outputs.

On my desktop, I have not installed numdiff yet, and these tests fail because
there are either differences in whitespace, or there is a trailing colon on
a line. Neither seem to bother numdiff, but they bother regular diff. Fix this
by checking in corrected versions of these output files.

Merge pull request #3177 from bangerth/doc-update

Fix formatting of doc text.

Merge pull request #3178 from masterleinad/fix_style

Fixup all the other ':: '

Merge pull request #2753 from masterleinad/martin_extrapolate

FETools::extrapolate rebased

Fix related tests

Hide parallel implementation and use guards for vtk test output

Make sure to receive messages from the correct round

Add dealii comment blob and split extrapolate into an own file

Entry to changes.h

Fix doxygen documentation

guard implementation by check for p4est

Make C++03 conforming

Add tests

Fix implementation

Restructure fe_tools_interpolate.cc

move p4est wrappers

Fix some includes for rebasing

FETools::extrapolate: add forward declaration

FETools::extrapolate: Working on the extrapolate algorithm on distributed parallel grids

Fixup all the other ':: '

Fix formatting of doc text.

Merge pull request #3176 from bangerth/fix-style-issue

Eliminate an unnecessary space.

Eliminate an unnecessary space.

Merge pull request #3172 from bangerth/doc-update

Update the description of ConstraintMatrix::print().

Merge pull request #3155 from Rombur/trapezoid

Add GridGenerator for a general quadrilateral/general hexahedron.

Add GridGenerator for a general cell.

Merge pull request #3170 from kronbichler/documentation_fe_evaluation

Augment documentation

Merge pull request #3174 from JaeryunYim/master

Add a description of the addition of FE_P1NC

Merge pull request #3119 from kronbichler/master

Restrict the complete defect at once to the coarse level.

Merge pull request #3175 from luca-heltai/manifold-fix-2

Fix #3165

Add a description of the addition of the class FE_P1NC.

Fixed bug in SphericalManifold for 3D case.

When R>>1 and C != Point<spacedim>(), SphericalManifold
computed directions by subtracting the center twice.

Merge pull request #3171 from bangerth/reimplement-2d-grid-orientation-fixes

Apply the fixes requested by @tjhei in #3166.

Augment documentation of FEEvaluation

Merge pull request #2851 from JaeryunYim/master

P1 nonconforming finite element on quads : FE_P1NC

Merge pull request #3115 from davydden/feature/fe_enriched

FE_Enriched

Merge pull request #3122 from drwells/parameterhandler-exceptions

Parameterhandler exceptions

Update the description of ConstraintMatrix::print().

Merge pull request #3168 from masterleinad/remove_manifold_warning

Remove warning about hidden function

Apply the fixes requested by @tjhei in #3166.

Merge pull request #3166 from bangerth/reimplement-2d-grid-reorientation

Reimplement 2d grid reorientation

Merge pull request #3169 from kronbichler/fix_trilinos_vector_mpi

Make compile without MPI

Make compile without MPI

Remove warning about hidden function

remove an empty line

Minor edits on the description.

Edit indents.

Edit the functions related with face & subface data.
- Add get_face_data(), get_subface_data()
- Fix fill_fe_face_values(), fill_fe_subface_values()

Edits for the Hessian.

Merge pull request #3167 from bangerth/fix-typo

Fix a typo.

Edit the codes for the tests.
- remove the macros: '#define PRECISION'
- edit spacings

Fix a typo.

Edit indents.

Make the algorithm backward compatible by replicating a previous (harmless) bug.

Reimplement the 2d implementation of edge orientation.

The old implementation, written in 2003 by Mike Anderson, is quite concise
and of high quality. But it is not extensively documented, and is
unnecessarily hard to read because it uses different conventions for names
etc than we use in the rest of the library.

This reimplementation uses standard conventions, and it uses the language and
symbols of a paper about to be submitted that concisely describes the algorithms
and data structures used in this algorithm. As an additional benefit,
it uses the standard vertex ordering of cells rather than the
old-style ordering used in the existing algorithm.

Following the algorithm without understanding the graph theoretical context
of the problem may be difficult, but because it uses the same symbols as in
the paper, should be easy enough if you have the paper.

Remove the spaces before semicolons.

Edits.

- remove FE_P1NC::get_nonzero_component().
- declare class InternalData.
- compute Hessians in get_data().

Make read_input print error messages again.

This commit partially restores the old behavior of read_input: this
function now prints out the exception message and returns
false. Previously this function printed all parsing error messages.

Some tests expected (see 79e0a380fb) read_input to raise a specific
exception message: those were fixed by calling parse_input instead.

Remove the parts for a graphical issue already resolved.

Use parse_input, not read_input, in tutorials.

read_input is now deprecated in favor of parse_input, which raises
exceptions.