Revert "Remove sudials/copy.h"

This reverts commit 51b6f10f36a4dd61ed4daf20c137cc48c19de5f0.

Revert "Fix Kinsol interface."

This reverts commit 1032025f3a076f97fc42e43fbd927278b6aec327.

Revert "Minor updates to the SUNDIALS/IDA wrappers."

This reverts commit 9e8dc71be8e24e77ae3ced1a93617d938f073abf.

Revert "Addressed comments by WB."

This reverts commit ab509cd1cbe288efa0f7164bc453c589b14aa50d.

Revert "Fixed naming in IDA."

This reverts commit 0b157b0d0b680a258bc51ffafe8bc8c4df5038ee.

Merge pull request #12882 from tamiko/pr_12634

[9.3] Cherry pick #12634

Merge pull request #12881 from tamiko/pr_12830

[9.3] Cherry pick #12830

actually fix the problem

add broken test

adjust variable name

fix checkpointing for >4GB files

We incorrectly compute MPI_Offset for MPI IO for checkpointing using
SolutionTransfer using 32 bit indices, which means that files larger
than 4GB end up being corrupted.
This manifests in errors like

n error occurred in line <749> of file
<../source/distributed/tria_base.cc> in function
void dealii::parallel::DistributedTriangulationBase<dim,
spacedim>::load_attached_data(unsigned int, unsigned int, unsigned int,
const string&, unsigned int, unsigned int) [with int dim = 3; int
spacedim = 3; std::string = std::__cxx11::basic_string<char>]
The violated condition was:
(cell_rel.second == parallel::DistributedTriangulationBase<dim,
spacedim>::CELL_PERSIST)

part of #12752

Merge pull request #12809 from masterleinad/pick_12548

Avoid lambda function to compile with Intel 18/19.

Update include/deal.II/numerics/vector_tools_evaluate.h

Co-authored-by: Peter Munch <peterrmuench@gmail.com>

A remote_point_evaluation test requires trilinos.

Avoid lambda function to compile with Intel 18/19.

Merge pull request #12805 from masterleinad/9.3-fix-step-79

9.3: cherry-picking #12533: step-79: Avoid using constructor which are incompatible to Intel 18.

step-79: Avoid using constructor which are incompatible to Intel 18.

update VERSION

Merge pull request #12527 from tamiko/update_changelog

[9.3] reorganize changelog entries for point release

reorganize changelog entries for point release

 - create 9.3.0-vs-9.3.1.h file
 - remove individual entries

Merge pull request #12524 from tamiko/pr_12515

[9.3] Take over #12515

Merge pull request #12525 from tamiko/pr_12523

[9.3] Take over #12523

silence gcc 11 warning

silence boost warning
../bundled/boost-1.70.0/include/boost/concept/usage.hpp:16:48: warning:
'this' pointer is null [-Wnonnull]
   16 |     ~usage_requirements() { ((Model*)0)->~Model(); }

add a news entry

Tensor: refactor constructor and assignment operator guards

 * This commit guards some constructors and copy/move assignment
   operators that are necessary to work around a gcc 11 regression with
   DEAL_II_DELETED_MOVE_CONSTRUCTOR_BUG.

 * Add back explicitly guarded constructor working around a code
   generation issue with intel compilers

CMake: Add a configuration check for DEAL_II_DELETED_MOVE_CONSTRUCTOR_BUG

Merge pull request #12516 from drwells/cherry-pick-12511

[9.3] take over #12511 - add one more missing file extension.

Merge pull request #12519 from drwells/cherry-pick-12398

[9.3] Take over #12398 - Add grid reordering to read_exodusii function

Merge pull request #12518 from drwells/cherry-pick-12468

[9.3] Take over #12468 - Fix a segmentation fault at high optimization levels.

Add grid reordering to read_exodusii function

Fix a segmentation fault at high optimization levels.

I don't completely understand this but accessing these pointers causes
segmentation faults. It's not due to type aliasing - converting both to 'const
auto *' does not fix the problem.

Add one more missing file extension.

Merge pull request #12509 from tjhei/pr_12505

[9.3] take over #12505 add missing inst

Merge pull request #12510 from tjhei/pr_12506

[9.3] take over #12506 - fix umfpack cmake 3.20 warning

fix umfpack cmake 3.20 warning

Fix the following warnings produced by CMake 3.20:

CMake Warning (dev) at cmake/macros/macro_deal_ii_add_library.cmake:35
(ADD_LIBRARY):
Policy CMP0115 is not set: Source file extensions must be explicit.
File:

    /home/heister/deal.ii-
candi/tmp/unpack/deal.II-v9.3.0/bundled/umfpack/UMFPACK/Source/umf_dump.cc
   /home/heister/deal.ii-
candi/tmp/unpack/deal.II-v9.3.0/bundled/umfpack/UMFPACK/Source/umf_init_front.cc
    /home/heister/deal.ii-
candi/tmp/unpack/deal.II-v9.3.0/bundled/umfpack/UMFPACK/Source/umf_local_search.cc
    /home/heister/deal.ii-
candi/tmp/unpack/deal.II-v9.3.0/bundled/umfpack/UMFPACK/Source/umfpack_report_numeric.cc

add missing inst

fixes #12501 and #12490

Merge pull request #12488 from tamiko/pr_12478

[9.3.] fix cmake underlinkage error

fix cmake underlinkage error

The underlinkage MPI check under Ubuntu fails if MPI_CXX_LIBRARIES is
empty, which happens if you configure with CXX=mpicxx (even though you
should not).

In this situation, just disable this hack. Errors look like this:

CMake Error at cmake/modules/FindMPI.cmake:143 (LIST):
  LIST GET given empty list
Call Stack (most recent call first):
  cmake/macros/macro_find_package.cmake:27 (_FIND_PACKAGE)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:28 (FIND_PACKAGE)
/a/CMakeFiles/CMakeTmp/evaluate_expression.tmp:1
(FEATURE_MPI_FIND_EXTERNAL)
  cmake/macros/macro_evaluate_expression.cmake:30 (INCLUDE)
  cmake/macros/macro_configure_feature.cmake:237 (EVALUATE_EXPRESSION)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:81 (CONFIGURE_FEATURE)
  cmake/macros/macro_verbose_include.cmake:19 (INCLUDE)
  CMakeLists.txt:121 (VERBOSE_INCLUDE)

CMake Error at cmake/modules/FindMPI.cmake:144 (GET_FILENAME_COMPONENT):
  GET_FILENAME_COMPONENT called with incorrect number of arguments
Call Stack (most recent call first):
  cmake/macros/macro_find_package.cmake:27 (_FIND_PACKAGE)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:28 (FIND_PACKAGE)
/a/CMakeFiles/CMakeTmp/evaluate_expression.tmp:1
(FEATURE_MPI_FIND_EXTERNAL)
  cmake/macros/macro_evaluate_expression.cmake:30 (INCLUDE)
  cmake/macros/macro_configure_feature.cmake:237 (EVALUATE_EXPRESSION)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:81 (CONFIGURE_FEATURE)
  cmake/macros/macro_verbose_include.cmake:19 (INCLUDE)
  CMakeLists.txt:121 (VERBOSE_INCLUDE)

-- _mpi_libopen_pal_library not found! The call was:
--     FIND_LIBRARY(_mpi_libopen_pal_library NAMES open-pal HINTS
NO_DEFAULT_PATH NO_CMAKE_ENVIRONMENT_PATH NO_CMAKE_PATH
NO_SYSTEM_ENVIRONMENT_PATH NO_CMAKE_SYSTEM_PATH NO_CMAKE_FIND_ROOT_PATH)

update VERSION for release

Merge pull request #12367 from marcfehling/fix-step-75-dealii-9.3

[9.3] Take over #12366: Bugfix step-75: Call `get_fe()` only on locally owned cells.

Merge pull request #12369 from jppelteret/dealii-9.3-pr10932

[9.3] Takeover #10932: Add changelog entry for step-74

Add changelog entry for step-74

Bugfix step-75: Call `get_fe()` only on locally owned cells.

Merge pull request #12362 from kronbichler/pr12361

[9.3] Take over #12361: Remove changelog entry about taskflow

Merge pull request #12364 from peterrum/rpe_race_condition_

[9.3] Take over #12363: RemotePointEvaluation: fix race condition if called multiple times

Merge pull request #12359 from tamiko/pr_12358

[9.3] Take over #12358: Avoid underlinkage with OpenMPI on Debian/Ubuntu

RemotePointEvaluation: fix race condition if called multiple times

Remove changelog entry about taskflow

Avoid underlinkage with OpenMPI on Debian/Ubuntu

Make sure that we do not run into underlinking on Debian/Ubuntu systems
with lld / ld.gold and missing libopen-pal.so on the link line

Merge pull request #12354 from masterleinad/take_over_12335

[9.3] Take over #12335: Remove noexcept on DoFAccessor move constructor and assignment operator

Merge pull request #12355 from peterrum/point_values_93

[9.3] Take over #12332: Rename VectorTools::evaluate_at_points() -> VectorTools::point_values()

Rename VectorTools::evaluate_at_points() -> VectorTools::point_values()

Remove noexcept on DoFAccessor move constructor and assignment operator

To avoid a compilation error with clang 6.0.0

Merge pull request #12345 from kronbichler/apply_12344

[9.3] Take over #12344

Test basic ability of interpolate

Bugfix in MGTwoLevelTransfer::interpolate: forgot to copy vector

Merge pull request #12318 from Rombur/clang_13_warnings_93

[9.3] Take over #12299

Merge pull request #12316 from simonsticko/fix_tria_accessor_noexcept_93

Fix warnings using clang 13.0

Remove noexcept on TriaAccessor move constructor and assignment operator

To avoid a compilation error with clang 6.0.0.

Merge pull request #12298 from masterleinad/special_members_tria_accessor

Merge pull request #12305 from jppelteret/dealii-9.3-step-79-touchups_01

[9.3] Take over #12292: Some minor changes to the step-79 documentation

Some minor changes to the step-79 documentation

Update include/deal.II/grid/tria_accessor.h

Co-authored-by: Bruno Turcksin <bruno.turcksin@gmail.com>

Mark destructor and move assignment operator as noexcept

Allow copy construction again

Fix typos

Provide special member functions for TriaAccessor

Merge pull request #12297 from peterrum/authors_fix_formatting

Fix formating of authors.md (release 9.3)

Fix formating of authors.md (release 9.3)

update VERSION for release

Merge pull request #12286 from tamiko/disable-taskflow

[9.3.0] Remove Taskflow from 9.3 release branch

remove dead code from source

remove dead taskflow code from includes

remove bundled version

Disable Taskflow: remove CMAKE configuration

update LICENSE

update AUTHORS

update VERSION

Merge pull request #12283 from tamiko/update-doxygen-tag

Update doxygen tags.

Merge pull request #12282 from tamiko/update-changes-file

Replace individual files by one changelog for the whole release.

Update doxygen tags.

Remove now obsolete files.

Update the changelog file for the release.

Update the changelog file for the release.

Update the changelog file for the release.

Merge pull request #12034 from juleoc02/step-79

Step 79: A topology optimization problem

Merge pull request #12246 from mathsen/gcc_11

Fix compilation issues with GCC 11.1

Merge pull request #12273 from drwells/step-78-edits

Step 78 edits

Merge pull request #12278 from jppelteret/symengine-fix_10016

Fix SymEngine tests for SymEngine version 0.7 and greater

Merge pull request #12281 from peterrum/tests_with_simplex_support

Remove remaining .with_simplex_support=on from tests

Merge pull request #12277 from masterleinad/fix_inline

Fix functions that should be inline in *.templates.h files

Remove remaining .with_simplex_support=on from tests

Merge pull request #12279 from peterrum/tria_policy_copy

Clone policy in Triangulation

Fix SymEngine tests

Clone policy in Triangulation

Merge pull request #12276 from marcfehling/clang-tidy

Fix clang-tidy issues with #12246.

Fix functions that should be inline in *.templates.h files

Merge pull request #12261 from bangerth/initlog-2

Use C++11 functionality.

Merge pull request #12262 from bangerth/initlog-3

Pass 'true' instead of '1' for a function that takes a 'bool' argument.