Merge pull request #3703 from jppelteret/update_licence_file_02

Update licence file to mention AUTHORS file (release versions only).

Update licence file to mention AUTHORS file (release versions only).

Refers to #3701

Merge pull request #3702 from jppelteret/update_licence_file_01

Update licence file point to webpage with list of authors.

Update licence file point to webpage with list of authors.

Fixes #3701

Merge pull request #3699 from drwells/add-enum-docs

Add documentation for enumerations.

Merge pull request #3697 from davydden/incode_comments

add a few incode comments

add a few incode comments

Add documentation for enumerations.

Individual values in an enumeration will not show up in doxygen unless
they have a documentation string, so add a little description for each
enumeration value.

Merge pull request #3698 from kronbichler/master

[MatrixFree] Fix typo in documentation

Merge pull request #3695 from drwells/fix-changelog-target

Fix compilation of documentation.

Merge pull request #3693 from masterleinad/add_include_guards

Add include guards to all *.h files

[MatrixFree] Fix typo in documentation

Fix compilation of documentation.

Since c60382365dc removed changes.h, we should also update our CMake scripts to
not look for build rules that use this (nonexistant) file.

Add include guards for all header files

Merge pull request #3684 from bangerth/doc-update-80

Update CellData and SubCellData documentation.

Merge pull request #3690 from bangerth/remove-changes.h

Remove the changes.h file.

Remove the changes.h file.

This file is now automatically generated. Let's not leave a stale file sitting around.

Merge pull request #3688 from drwells/clean-up-constraintmatrix-headers

Move some headers into the .templates.h file.

Move some headers into the .templates.h file.

Merge pull request #3685 from davydden/doc/astyle_version

explicitly say we use astyle 2.04

Merge pull request #3687 from bangerth/make-IndexSet-threadsafe

Add a mutex to IndexSet and use it to make IndexSet::do_compress() thread-safe.

explicitly say we use astyle 2.04

Add a mutex to IndexSet and use it to make IndexSet::do_compress() thread-safe.

IndexSet has a number of 'mutable' member variables. The only function that modifies them is
'do_compress', which is called by 'compress', which is in turn called by all of the
'const' member functions. To make all of these 'const' member functions thread-safe, we
need to use a mutex in 'do_compress'. This patch does this.

I have verified that no other 'const' function actually modifies any of the 'mutable'
member variables, so only guarding 'do_compress' by the mutex is sufficient.

Update CellData and SubCellData documentation.

Merge pull request #3683 from bangerth/add-op-eq

Add a copy operator to Mutex so that it can be used in class with an operator=.

Merge pull request #3682 from bangerth/fix-IndexSet-nth_index_within_set

Let IndexSet::nth_index_within_set() call compress().

Add a copy operator to Mutex so that it can be used in class with an operator=.

Add test.

Let IndexSet::nth_index_within_set() call compress().

This follows the pattern of all other const functions of the class.

Merge pull request #3676 from bangerth/fix-DataOutFaces

Also check for the invalid FaceDescriptor that first_face() may return.

Merge pull request #3678 from jppelteret/fix_symm_tensor_constructor_01

Fix invalid loop range in SymmetricTensor class constructor; add test

Fix invalid loop range in SymmetricTensor class constructor; add test

Fixes #3674

Add changelog.

Add test.

Also check for the invalid FaceDescriptor that first_face() may return.

This happens if a process has no faces to deal with. The bug was reported by Justin Kauffman <jak5378@gmail.com>.

Merge pull request #3679 from masterleinad/split_changes_h

Split changes.h

Split changes.h

Fix split_summary to allow hyphens in authors' names

Merge pull request #3617 from masterleinad/recreate_changes_h

Recreate changes.h automatically

Replace bash script by CMake script and adjust files to be installed

Merge pull request #3677 from bangerth/fix-quicktest

Fix a quicktest.

Fix a quicktest.

The test assigned MPI return codes to a variable, but then did not do anything with this
variable. We may as well test for errors.

Merge pull request #3675 from davydden/diag_matrix_comp_warning

fix compiler warning in DiagonalMatrix

fix compiler warning in DiagonalMatrix

Merge pull request #7 from bangerth/masterleinad-recreate_changes_h

Make sure changes.h is created as input for doxygen

Make sure the 'changes.h' file is automatically generated.

In particular, list it as an input to the doxygen run.

Output results to the console instead.

Merge pull request #3672 from drwells/remove-extra-semicolons

Remove some extra semicolons.

Remove some extra semicolons.

Merge pull request #3671 from drwells/fix-doc-typos-6

Fix some typos in the documentation headers.

Fix some typos in the documentation headers.

Merge pull request #3664 from bangerth/rename-functions

Rename DataPostprocessor functions.

Merge pull request #3670 from jppelteret/doc_fix_03

Fix some minor documentation errors from #3034

Fix some minor documentation errors from #3034

Predictably some minor errors were only spotted after a merge! The
biggest point is ensuring that definitions of static members of the
Elasticity::StandardTensors class don't get inlined in their description
as "Initial values".

Merge pull request #3034 from jppelteret/standard_tensors

Implemented standard tensors for elasticity.

Step-44 now uses the newly implemented physics classes and functions.

Standard transformations, and kinematics and tensors for elasticity.

This commit adds a set of functions to perform various push forward /
pull back operations that regularly feature in finite deformation
mechanics. It also adds some standard tensor definitions for elasticity,
as well as functions that compute kinematic quantities typically used in
finite strain elasticity.

Refers to discussion in dealii/code-gallery/#7.

Add adjugate and cofactor functions to tensor class

Merge pull request #3667 from bangerth/default-constructor-for-ArrayView

Add a default constructor for class ArrayView.

Add changelog entry.

Add testcase.

Add a default constructor for class ArrayView.

Right now, one can only create such an object pointing to a specific
array. It is not possible to default construct it, and consequently
you can't put them into collections, for example.

Merge pull request #3666 from bangerth/fix-ArrayView

Allow copying of ArrayViews of length zero.

Add changelog entry.

Add test.

Allow copying of ArrayViews of length zero.

Merge pull request #3665 from gassmoeller/add_pop_front_index_set

Add convenience functions to IndexSet

Address comments

Add IndexSet::pop_front, pop_back, and is_empty

Merge pull request #3663 from drwells/distribute-dofs-linear-time

Distribute dofs linear time

Test that distributing hp dofs runs in linear time.

Cache end_active() when assigning hp dofs.

This fixes a performance bug where distributing dofs on some grids would take an
amount of time quadratic in the number of dofs when it should be linear.

Rename DataPostprocessor functions.

In #3333, I added virtual functions to DataPostprocessor with the same name as the existing
functions. This leads to issues where we get a warning in every derived class that only
overloads one of these functions, because that hides the other function. This is, well,
suboptimal.

This patch is therefore a redo of my earlier attempt in which I continue to deprecate
the old functions, but the new functions have a different name. I think they also
have a better name (for a discussion of the naming, see
https://github.com/geodynamics/aspect/issues/1284 ). The different names avoid the
problem of getting the warning and should therefore lead to less discontent. They
also avoid the need to try to work around the warnings using 'using' declarations, like
in #3528.

Merge pull request #3662 from jppelteret/tensor-silence_warning

Tensor class: Silence compiler warning

Implemented the inverse of rank-2 SymmetricTensors.

Includes a test case, gratis.

Refactor definition of rank-2 Tensor inverse function; add test case

This silences warnings produced by `-Warray-bounds`.

Merge pull request #3658 from bangerth/move-functions

Move DataOutInterface::write_pvd/visit_record() to namespace DataOutBase.

Also extract the functionality of the write_pvtu_record().

Move it to the DataOutBase namespace, and let the original function call the one
into which it has been refactored.

Merge pull request #3660 from jppelteret/step-44_bugfix_01

Fixed condition in assert checking for convergence in nonlinear solver

Fixed condition in assert checking for convergence in nonlinear solver

Fixes #3604

Merge pull request #3657 from drwells/vectorspacevector-virtual-dtor

Make VectorSpaceVector's destructor virtual.

Also adjust testsuite and tutorial programs.

Move DataOutInterface::write_pvd/visit_record() to namespace DataOutBase.

These functions did not depend on the state of the DataOutInterface object and could therefore
be made 'static'. On the other hand, we have traditionally kept such functions in namespace
DataOutBase. Move them there, and deprecate the old versions of these functions.

Make VectorSpaceVector's destructor virtual.

Since the classes inheriting from VectorSpaceVector all implement their own
memory management strategies, the destructor of the base class should always be
virtual.

Merge pull request #3655 from bangerth/limit-TimerOutput-data

Only show TimerOutput percentages down to 0.1%.

Only show TimerOutput percentages down to 0.1%.

Currently, if a TimerOutput section takes a very small fraction of the overall
time, we happily output in the last column that it took 6.5e-4%. This is not
only visually awkward compared to all of the other numbers that are not using
the e-04 notation, but also pretty pointless: nobody cares whether something took
that small a fraction of the overall time, and if they happen to do anyway: the
absolute amount of time is printed in the previous column.

Consequently, show everything that takes less than 0.1% of time as 0%.

Merge pull request #3654 from gassmoeller/optimize_spherical_manifold_new_point

Optimize SphericalManifold::get_new_point()

Optimize SphericalManifold::get_new_point()

Merge pull request #3651 from tcclevenger/fix_MemoryStats_doc

Fixed documentation for Utilities::System::MemoryStats Struct Reference

Merge pull request #3329 from kronbichler/extend_step-37

Extend step 37 to parallel vectors

Fixed documentation for Utilities::System::MemoryStats Struct Reference

Comments in deal.II/base/utilities.h were behind variable declarations
leading to wrong placement in online documentation

Merge pull request #3653 from kronbichler/master

Fix DEAL_II_COMPILER_USE_VECTOR_ARITHMETICS with AVX512 and ICC

Fix DEAL_II_COMPILER_USE_VECTOR_ARITHMETICS with AVX512 and Intel.

Merge pull request #3650 from drwells/add-zlib-enum-docs

Add documentation to the zlib compression levels.

Add documentation to the zlib compression levels.

Enumerations are not listed by doxygen unless they have documentation
strings, so add them.

Merge pull request #3649 from jppelteret/collect_periodic_faces_update_01

Added warning for unsuccessful case in GridTools::collect_periodic_faces

Added warning for unsuccessful case in GridTools::collect_periodic_faces

A note and assert has been added to provide a warning for the case where
collect_periodic_faces doesn't find any matched faces. This may happen
if there is no colouring on the coarsest level mesh (i.e. grid
refinement before boundary id definition) or where they've accidentally
called the function with the wrong boundary id's (or direction?).

Fixes #3280

Merge pull request #3645 from bangerth/update-laplace_transform

Update GridTools::laplace_transform().

Merge pull request #3644 from bangerth/update-step-49

Be consistent about how we name the Triangulation object.

Merge pull request #3648 from bangerth/remove-stray-typenames

Remove stray 'typename's.