Update documentation in a number of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23850 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add something to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23849 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove wrong comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23848 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23846 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a master's thesis.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23845 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove obsolete constructor

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23844 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

undo erroneous commit

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23843 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test permutation in RelaxationBlock

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23842 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix order in SSOR

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23841 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

implement ADI, awaits testing

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23840 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

stop copying BlockList

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23839 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

push block list into AdditionalData

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23838 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change order of initialization

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23837 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test for correct size of permutation vector and add documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23836 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New function GridGenerator::merge_triangulations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23835 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New function GridGenerator::merge_triangulations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23834 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Timo's PhD thesis.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23833 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix spelling of name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23832 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation for a case that two students have independently gotten wrong in the last two days.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23831 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23830 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for a couple more C++11 features.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23829 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23828 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo in doc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23827 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23826 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23825 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix year.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23824 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23823 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-32: fix error resulting in some settings being ignored in parameter file (conservative pressure, element order).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23822 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change suggested by Max Jensen: make clean shouldn't remove the TBB libraries. That's what make distclean is there for.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23821 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo pointed out by Max Jensen.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23820 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile with older compilers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23819 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove accidentally included file :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23818 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement serialization of DoFHandler objects.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23817 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make things work with objects that aren't copyable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23816 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Yet one more test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23815 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust one test. Add another.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23814 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23813 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename one test. Create another.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23812 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor adjustment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two new tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compare pointers for equality by the object pointed to.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23809 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23808 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve test a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23807 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent some parts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23806 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added instantiations for boundary extraction in codim one

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23805 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix seeking boundary dofs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23804 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo previous patch: the flag was used after all (in the .cc file, which I
forgot existed) but not initialized. Initialize it now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23803 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a variable that isn't used and that, as noted by the triangulation
serialization test, wasn't initialized.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23802 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove two fields that are apparently not necessary any more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23801 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after I apparently broke things with my last checkin by including more stuff...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23800 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement serialization functions for triangulations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23799 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem in make 3.82: We define a rule in Makefile.rules how to generate the %/output files, but we define a different rule in mpi/Makefile for the same pattern. This appears to have worked with gmake 3.81, but doesn't any longer with 3.82. Fix this by disabling the first definition if Makefile.rules is included from mpi/Makefile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23798 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Paper is accepted.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23797 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-indent parts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23796 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23795 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23794 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23793 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some new ones.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23792 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One paper that's not accepted.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23791 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23790 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix indentation problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23789 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug in VectorTools::project_boundary_values_curl_conforming.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23788 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extended VectorTools::compute_no_normal_flux_constraints to hp::DoFHandler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23787 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23786 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also disconnect from the triangulation when we disconnect from the cell.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23785 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Expand discussion and move possibilities for extensions to the end, where they usually are.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23784 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix up a reference.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23783 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Turn one paragraph into a @note. Fix a formatting problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23782 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

copy_triangulation now also triggers the 'create' signal. It didn't before, but that appears to me as an oversight back in the day.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23781 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

copy_triangulation now also triggers the 'create' signal. It didn't before, but that appears to me as an oversight back in the day.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23780 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23779 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce two new signals: for clearing a triangulation, and for any_change, a catch-all for all changes one may make to a triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove code we no longer need.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23777 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test, signal/connection style.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23776 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ouch. Fix all those accidental failures :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23775 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use same format as in other places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23774 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Shrink the test so that it runs in a third of the time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23773 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23772 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove  -Woverloaded-virtual from CXXFLAGS.g. We trigger this in
DataPostprocessor and derived classes since we now have two functions with the
same name there but different signatures, but only one of the two has to be
overloaded.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23771 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove  -Woverloaded-virtual from CXXFLAGS.g. We trigger this in
DataPostprocessor and derived classes since we now have two functions with the
same name there but different signatures, but only one of the two has to be
overloaded.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23770 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some code that we don't need/use.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23769 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a test that now works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23768 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed: If an FEValues object was kept around until after the triangulation include source doc
on which it works has been refined or coarsened, and is then reinitialized
with a cell from the refined triangulation, it could compute wrong results or
crash outright. This has now been fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix file name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23766 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Up the default ulimit limit to 10 minutes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23765 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In test for whether std::thread with std=c++0x really works: link with libpthread. It is needed for threaded code in general, and the flag will be added in the function DEAL_II_GET_THREAD_FLAGS (no need for change there).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Switch hp::DoFHandler from old-style RefinementListener to new-style signals.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23762 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23761 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a directory that we apparently need.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23760 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Switch the mechanism by which objects can be informed whenever a triangulation object changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23757 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document what happens when you configure trilinos with extra libs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23756 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update with regard to changes to _1, etc. Also update some things that are plain outdated.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23755 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23754 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

<li> Changed: deal.II has a namespace std_cxx1x that was used to
import classes from BOOST that are part of the upcoming C++ 1x standard. On
the other hand, if your compiler supported a sufficiently large subset
of C++ 1x, we had code that simply did
@code
  namespace std_cxx1x = std;
@endcode
allowing you to refer to everything that was part of the compiler's namespace
<code>std</code> under the alternative name. This turned out to be untenable
in connection to the changed outlined below for _1, _2, etc. Consequently,
if the compiler used supports C++ 1x, we now selectively import elements of the
compiler's namespace std into namespace std_cxx1x as well. This may lead to
incompatibilities if you are already using elements of the C++ 1x
standard by refering to them through the std_cxx1x namespace and these elements
are not on the list of selectively imported ones.
<br>
(Wolfgang Bangerth, 2011/05/29)

<li> Changed: Previously, placeholder arguments like _1, _2, etc that are used
in conjunction with the std_cxx1x::bind function could be referenced as if
they are part of the global namespace. This was achieved by importing the
corresponding elements of namespace std::placeholders into the global namespace
if your compiler supported this part of the C++ 1x standard, or otherwise using
the BOOST counterparts which are already in the global namespace. However,
this leads to a conflict if one has a C++ 1x enabled compiler (e.g. GCC 4.6)
<i>and</i> #includes certain BOOST headers, since the importation of symbols
into the global namespace now leads to ambiguous names. The only solution to
the problem is to not import names into the global namespace, but rather
import the names from either BOOST or namespace std into the deal.II namespace
std_cxx1x. The downside is that all code that uses _1, _2, etc needs to be
changed to use std_cxx1x::_1, std_cxx1x::_2, etc from now on.
<br>
(Wolfgang Bangerth, 2011/05/29)
</ol>

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23753 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

<li> Changed: deal.II has a namespace std_cxx1x that was used to
import classes from BOOST that are part of the upcoming C++ 1x standard. On
the other hand, if your compiler supported a sufficiently large subset
of C++ 1x, we had code that simply did
@code
  namespace std_cxx1x = std;
@endcode
allowing you to refer to everything that was part of the compiler's namespace
<code>std</code> under the alternative name. This turned out to be untenable
in connection to the changed outlined below for _1, _2, etc. Consequently,
if the compiler used supports C++ 1x, we now selectively import elements of the
compiler's namespace std into namespace std_cxx1x as well. This may lead to
incompatibilities if you are already using elements of the C++ 1x
standard by refering to them through the std_cxx1x namespace and these elements
are not on the list of selectively imported ones.
<br>
(Wolfgang Bangerth, 2011/05/29)

<li> Changed: Previously, placeholder arguments like _1, _2, etc that are used
in conjunction with the std_cxx1x::bind function could be referenced as if
they are part of the global namespace. This was achieved by importing the
corresponding elements of namespace std::placeholders into the global namespace
if your compiler supported this part of the C++ 1x standard, or otherwise using
the BOOST counterparts which are already in the global namespace. However,
this leads to a conflict if one has a C++ 1x enabled compiler (e.g. GCC 4.6)
<i>and</i> #includes certain BOOST headers, since the importation of symbols
into the global namespace now leads to ambiguous names. The only solution to
the problem is to not import names into the global namespace, but rather
import the names from either BOOST or namespace std into the deal.II namespace
std_cxx1x. The downside is that all code that uses _1, _2, etc needs to be
changed to use std_cxx1x::_1, std_cxx1x::_2, etc from now on.
<br>
(Wolfgang Bangerth, 2011/05/29)
</ol>

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23752 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove svn:merginfo property.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23751 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d