Merge pull request #2828 from drwells/add-petsc-mpich-warning

Add a warning against using --download-mpich.

Add a warning against using --download-mpich.

This is a PETSc option that usually causes trouble, especially when a
user already has MPI installed on their machine.

Merge pull request #2830 from tamiko/cmake_fix

CMake: Remove forgotten debug output

CMake: Remove forgotten debug output

*blush*

Merge pull request #2827 from masterleinad/remove_warnings_unused_var

Remove warnings for unused variables in LocalIntegrators

Merge pull request #2826 from drwells/update-trilinos-compilation-instructions

Update trilinos compilation instructions

Remove spaces before '-D's.

My version of CMake doesn't like the extra spaces.

Update the Trilinos build instructions.

Credit goes to Jean-Paul Pelteret for suggesting this change and
compiling the list of libraries.

Remove warnings for unused variables in LocalIntegrators

Merge pull request #2825 from tamiko/make_cdash_happy

CTest: Do not try to manipulate xml submission files with sed

CTest: Do not try to manipulate xml submission files with sed

Due to this sed magic we might end up with two identical keys in
Configure.xml. Unfortunately, this terribly confuses CDash.

Merge pull request #2816 from davydden/tests/petsc_complex_l1

fix petsc_complex l1_norm() test

Merge pull request #2809 from drwells/refactor-petsc-compatibility

Refactor petsc compatibility

Merge pull request #2824 from davydden/tests/slepc_complex_fix

Tests/slepc complex fix

Merge pull request #2822 from tamiko/cmake_bugfix

CMake: Bugfix: Properly fix (CMAKE|DEAL_II)_CXX_FLAGS* caching

CMake: Bugfix: Properly fix (CMAKE|DEAL_II)_CXX_FLAGS* caching

Well, #2793 did not really solve the problem.

This commit reorganizes the caching process entirely:

 * always store CMAKE_* variables in internal cache

 * do not force update cached DEAL_II_* variables

 * fix the issue of simultaneous usage of CMAKE_* and DEAL_II_* variables
   by prepending DEAL_II_* variables *after* the cache setup

fix slepc tests with complex PETSc

(i) disable slepc/ tests with complex PETSc
(ii) require real-valued PETSc for step-36

Merge pull request #2823 from tamiko/cmake_improve_sanity_checks

CMake: Restructure compiler sanity checks

add a news/changes.h entry

CMake: Workaround: Try to drop "-fuse-ld=gold" in configure_1_mpi.cmake

fix a typo

add a news/changes.h entry

CMake: Add a check to ensure a working MPI interface

CMake: Simplify CHECK_COMPILER_SETUP macro

CMake: Also include the link interface in the sanity checks

CMake: Also check final compiler/linker setup with full link interface

CMake: Restructure compiler sanity checks into a macro

Merge pull request #2784 from masterleinad/get_fe_by_name

Allow for all FE to be returned by get_fe_by_name

Merge pull request #2818 from tamiko/emergency_fix

CMake: Bugfix: Do not error out if a variable for a feature constraint is undefined

Add changes.h entry

Replace get_fe_from_name by get_fe_by_name everywhere

Rename test and enable test for 2d ABF

Allow for all FE to be returned by get_fe_by_name

CMake: do not use CONTINUE() because it is not supported by CMake 2.8.8

CMake: Do not pollute deal.IIConfig.cmake

Do not pollute deal.IIConfig.cmake with bogus details about unconfigured
features.

CMake: Bugfix: Do not error out if a variable for a feature constraint is undefined

Fix two warnings with an older PETSc versions.

Merge pull request #2819 from tamiko/fix_a_test

Tests: Fix lac/linear_operator_04a

Tests: Fix lac/linear_operator_04a

Always use an initialized and compressed matrix object in this test. This
avoids a regression when deal.II is compiled with 64bit mode: unitialized
trilinos objects are not guaranteed to work at all.

fix petsc_complex/17 test

Merge pull request #2756 from tamiko/clean_up_contrib

Clean up contrib/*, split parameter_gui into own repository

Merge pull request #2814 from davydden/tests/petsc_complex_extra_output

Let petsc_complex/solver_real_[01|02] fail in the same way petsc/solver_[01|02] do

fix exception catch

Merge pull request #2813 from kronbichler/master

Prevent FE_Bernstein from implementing nonsensical interpolation

add extra output for petsc_complex/solver_real_[01|02] with different whitespaces

Merge pull request #2812 from davydden/tests/build_tests_complex

skip real-valued only PETSc build_tests

require real-valued PETSc examples to have DEAL_II_PETSC_WITH_COMPLEX=OFF

rename .output for tests which do not run with complex-valued PETSc

Prevent FE_Bernstein from implementing nonsensical interpolation

Merge pull request #2805 from tamiko/testsuite_features_configuration

CMake: Support fine grained feature configuration constraints in tests

Update tests

add an news/changes.h entry

CMake: Support fine grained feature configuration constraints in tests

With this change it is now possible to restrict tests to fine grained
feature configurations (if we happen to export them to
deal.IIConfig.cmake).

Example:
  test.with_arpack=true.with_arpack_with_parpack=true.output

Will only be configured if arpack is detected with (working) parpack
support.

CMake: Also check for Mumps support in PETSc, refactor slightly

Add error checking to set_option_value.

Implement PETSc matrix clear_row with clear_rows.

These functions are identical up to their signatures.

Refactor out MatSetOption in a few places.

Wrap multiple versions of PETSc's KSPDestroy.

Like the fix for MatDestroy, this avoids scattering version checks
throughout the library and avoids throwing exceptions in destructors.

Wrap multiple versions of PETSc's MatDestroy.

This commit puts the version checks of PETSc, which dictate the correct
usage of  MatDestroy, all in one place.

The wrapped version does not throw exceptions, so this fixes a
problem (throwing exceptions in a destructor if PETSc fails) with some
of the current wrapper classes.

Merge pull request #2788 from bangerth/assert-nonsingular-chart

Assert nonsingular chart

Merge pull request #2806 from bangerth/fix-changelog

Add Jean-Paul as one of the rightful contributors to a recent patch.

Add Jean-Paul as one of the rightful contributors to a recent patch.

Merge pull request #2804 from bangerth/fix-2661

Fix a bug in MappingQGeneric::reinit().

add a changes.h entry

Update documentation and build system for parameter_gui removal

remove header templates (no one uses them...)

remove obsolete scripts

  voted obsolete by minority decision (3 developers ;-) )

remove parameter_gui project

The parameter GUI project has moved to
  https://github.com/dealii/parameter_gui

Add a test.

Add changelog entry.

Fix a bug in MappingQGeneric::reinit().

Specifically, we thought that we were on the same cell as the last call to
FEValues::reinit() and so did not re-compute information -- but the vertices
of the triangulation had been moved in between, and consequently the previously
computed data was stale.

Assert that ChartManifolds are not singular.

Ensure that charts do not map from higher into lower dimensional spaces.

Merge pull request #2797 from bangerth/add-norm-to-DerivativeForm

Add DerivativeForm::norm().

Add another test for complex-valued DerivativeForm objects.

Add a test.

Add a function DerivativeForm::norm().

Merge pull request #2748 from davydden/doc/submitting_tests_installed

update documentation to show how to submit tests results for an alrea…

Merge pull request #2803 from tamiko/fix_documentation

Documentation: Clarify RELDIR handling

Documentation: Clarify RELDIR handling

Merge pull request #2801 from tamiko/cmake_win_guard

CMake: Add a guard around FIND_SYSTEM_LIBRARY for windows

CMake: Add a guard around FIND_SYSTEM_LIBRARY for windows

On Windows targets the rt library is not available and somehow we pick it
up. Thus, guard the whole configuration.

Closes #2397

Merge pull request #2799 from tamiko/fix_a_test

Tests: Bugfix: chart_manifold_09 needs muparser

Merge pull request #2800 from tamiko/fix_a_test_2

Tests: Bugfix: the test readwritevector_functor requires C++11

Tests: Bugfix: the test readwritevector_functor requires C++11

Tests: Bugfix: chart_manifold_09 needs muparser

Merge pull request #2794 from tamiko/clang-libc++

Tests: Provide output variants for clang with clang's libc++

Use a typedef around PetscBool or PetscTruth.

Before 3.2 Petsc used PetscTruth; afterwards it used PetscTruth.

Tests: Provide output variants for clang with clang's libc++

These test outputs heavily depend on the standard c++ library
implementation.

Merge pull request #2792 from bangerth/add-test-2

Add a test for contraction of complex-valued symmetric tensors.

Merge pull request #2793 from tamiko/cmake-fix-cxxflags

CMake: Bugfix: Force cache update for DEAL_II_(C|CXX)_FLAGS

CMake: Bugfix: Force cache update for DEAL_II_(C|CXX)_FLAGS

This fixes a subtle bug:

 - We use DEAL_II_(C|CXX)_FLAGS, DEAL_II_LINKER_FLAGS internally and we
   allow users to set additional compiler/linker flags via cached variants
   of these variables (because users tend to assume every variable starts
   with DEAL_II_*).

 - But, we also allow to set CMAKE_(C|CXX)_FLAGS, etc. (not supporting this
   would be crazy).

 - Last, but not least, the environment variables CFLAGS, CXXFLAGS, LDFLAGS
   are also supported.

We support this by prepending all DEAL_II_* variables with their CMAKE_*
and environment counterparts. But for this to work we also have to force
update the cache. With this change

  CXXFLAGS="-foo" cmake -DCMAKE_CXX_FLAGS="-bar" -DDEAL_II_CXX_FLAGS="-baz" .

results in

  DEAL_II_FLAGS="[.. internal flag setup ..] -foo -bar -baz"

as intended. Reconfiguring with

  CXXFLAGS="-foo" cmake .

retains DEAL_II_FLAGS.

Add a test for contraction of complex-valued symmetric tensors.

Merge pull request #2791 from bangerth/add-tests

Add tests

Add tests for SymmetricTensor::norm() for complex-valued tensors.

This incidentally also tests that SymmetricTensor::access_raw_entry() function.

Add changelog entries for the previous two commits.

Fix computations in SymmetricTensor::norm() for complex-valued tensors.

Fix incorrect index check for cases of rank-4 symmetric tensors.

Add a test for MemoryConsumption of SymmetricTensor objects.

Merge pull request #2790 from bangerth/fix-test

Fix one test by providing more accuracy.