Merge pull request #2724 from davydden/bugfix/step-27

fix a whitespace bug in step-27

fix a whitespace bug in step-27

Merge pull request #2723 from drwells/fix-gnuplotflags-memory

Update GnuplotFlags::memory_consumption().

Update GnuplotFlags::memory_consumption().

Commit 32d9748d4e added new fields to GnuplotFlags but did not change
the way it reported its own memory consumption.

Merge pull request #2720 from bangerth/fix-test

Fix test output.

Fix test output.

Merge pull request #2719 from drwells/update-newton_01-test-output

Update newton_01 test output.

Update newton_01 test output.

Commit 11c94ad5e fixed a bug where the update vector was initially
empty. This commit fixes the corresponding test output file to show that
the update vector, at the first Newton step, contains one entry and that
entry is equal to zero.

Merge pull request #2714 from bangerth/update-MappingQ1Eulerian-doc

Deprecate constructor and replace it by another one.

Merge pull request #2718 from drwells/improve-step-25

Improve step 25

Several matching updates in MappingQ{,1}Eulerian.

Get rid of a temporary matrix in step-25.

One can just use the action of the Laplace and mass matrices to make
this easier to understand.

Make some temporary variables const.

Fix some matrix coefficients in the step-25 intro.

The above formula has the correct sign on N. Additionally, the Laplace
matrix here is missing the coefficients.

Fix a sign error in step-25.

Credit for this fix belongs to Anup Basak, who mentioned it on the
mailing list in March 2016.

Even with the sign error the Newton solver converged to the right
solution: changing the sign only altered the solution in the fifth
decimal place.

The fixed version now only requires three, instead of four, Newton steps
in 2D.

Remove trailing whitespace.

Merge pull request #2716 from bangerth/make-conversions-explicit

Make conversion constructors of ::Vector explicit.

Add changelog entry.

Make conversion constructors of ::Vector explicit.

Deprecate constructor and replace it by another one.

Also update the documentation in a number of places.

Update documentation.

Merge pull request #2705 from danshapero/sync-iterators

operator* for SynchronousIterators

Added entry to changes.h

derivative approximation uses operator* of SynchronousIterators

Using operator* in examples with SynchronousIterator

Added operator* to SynchronousIterators

Merge pull request #2710 from drwells/gnuplot-general-axis-labels

Implement different names for gnuplot output axes.

Implement different names for gnuplot output axes.

Users can now specify the labels instead of being stuck with 'x', 'y',
and 'z'.

Merge pull request #2709 from kronbichler/master

Fix two tests that failed due to my commits

Fix two tests that failed due to my commits

Merge pull request #2708 from kronbichler/master

Prefer std::abs over std::fabs.

Prefer std::abs over std::fabs.

Merge pull request #2698 from kronbichler/master

Place new points for MappingQ along manifold

Remove unnecessary code. Adjust test output.

Merge pull request #2707 from bangerth/avoid-warning

Avoid some warnings in case we don't have GSL available.

Avoid some warnings in case we don't have GSL available.

Merge pull request #2706 from bangerth/add-missing-file

Add missing file.

Add missing file.

Merge pull request #2700 from bangerth/instantiate-symmetric-tensor

Instantiate the SymmetricTensor class and all of its members.

Merge pull request #2603 from davydden/feature/series_expansion

expansion into orthogonal series on the reference element and step-27 bugfix/update

Merge pull request #2699 from bangerth/make-symmetric-tensor-compile

Make all functions of SymmetricTensor compile.

Merge pull request #2702 from bangerth/no-inline-for-declarations

Remove 'inline' tag on declarations.

Remove 'inline' tag on declarations.

There is no point marking a *declaration* as inline, since there is no
definition that could actually be inlined. My compiler also complains
about it.

Merge pull request #2686 from drwells/add-contributing-file

Add a file describing how to contribute.

Instantiate the SymmetricTensor class and all of its members.

In particular, also instantiate the static member variables. This is in analogy to #2667.

Make all functions of SymmetricTensor compile.

It turns out that some of the functions of SymmetricTensor did either not compile outright,
did not compile for rank==4, or did not compile if the underlying scalar is a complex
number. Make things work.

Add a file describing how to contribute.

introduce FESeries namespace and use it in step-27

The namespace provides two classes to perform expansion into
orthogonal series: Fourier and Legendre. Additionally
auxiliary functions to process expansion coefficients and
do linear regression are implemented. It appears that there
was a bug in step-27, nammely k-vectors should have a
2\pi multiplier instead of \pi. This was fixed and step-27
was updated.

Place new points for MappingQ along manifold

Merge pull request #2697 from kronbichler/master

Avoid using deprecated functionality

Avoid using deprecated functionality

Merge pull request #2690 from tjhei/fix_dsp_begin_performance

fix DynamicSparsityPattern::begin(row) performance

address comment

fix DynamicSparsityPattern::begin(row) performance, add IndexSet::at

begin(row) and end(row) would search through all empty rows leading to
quadratic complexity when iterating row by row as it is done in the
construction of PETSc's SparseMatrix.
Fix this by finding the closest locally owned row using a binary search
and then only iterate over the locally owned set.

Merge pull request #2694 from davydden/doxygen/trilinos_direct_solver

fix doxygen in TrilinosWrappers::SolverDirect

fix doxygen in TrilinosWrappers::SolverDirect

Merge pull request #2692 from masterleinad/fix_for_intel

Fix whitespace in template arguments for intel compiler

fix whitespace in template arguments for intel compiler

Merge pull request #2590 from tjhei/step-56

step-55: Parallel Stokes

Merge pull request #2683 from davydden/update/parpack_asserts

Update/parpack asserts

change commented out define

changelog, link step-55

add step-55

Merge pull request #2689 from kronbichler/master

Second fix for compilation of #2615 without MPI.

Second fix for compilation of #2615 without MPI.

Merge pull request #2687 from drwells/document-make-indent

Improve documentation of 'make indent'.

Merge pull request #2688 from kronbichler/master

Avoid undefined symbols with Trilinos but without MPI.

Avoid undefined symbols with Trilinos but without MPI.

Improve documentation of 'make indent'.

This useful feature was added in 401f124203 (March 2016) but not
mentioned in the documentation at that time.

Merge pull request #2685 from tjhei/step-56-support

add step-56 financial support

Merge pull request #2684 from kronbichler/master

Fix compilation without MPI

add step-56 financial support

Fix compilation without MPI

Merge pull request #2615 from kronbichler/redesign_parallel_vector

Make parallel vector derive from VectorSpaceVector

parpack: change two Assert so that LinearOperator can be used for mass_matrix

parpack: switch solver related Asserts to AssertThrow; minor clean-up of in-code comments

Mention change

Use new namespace qualifications of distributed vectors in library

Add LinearAlgebra::distributed::BlockVector

Merge pull request #2682 from davydden/update/parpack_doxygen

parpack: add missing doxygen build

Fix bug with PETSc

Fix according to review

Allow non-unique split of elements in source map

Also allow MPI::sum on complex numbers

Make parallel vector derive from VectorSpaceVector

parpack: build doxygen

Merge pull request #2680 from davydden/update/parpack

parpack: update documentation and fix Exception

parpack: add set_initial_vector() for Krylov subspace

parpack: update documentation and fix Exception

Merge pull request #2675 from bangerth/fix-test

Fix test. Also add changelog.

Fix test. Also add changelog.

Merge pull request #2673 from bangerth/reorder-operations

First call the signal, then destroy the object.

Merge pull request #2669 from tjhei/parallel_fe_field

fix FEFieldFunction in parallel

Merge pull request #2672 from drwells/remove-extra-stars

Remove some extra '*'s in comments.

First call the signal, then destroy the object.

Remove some extra '*'s in comments.

The issue in GeometryInfo was mixed up a long time ago (26a550a449, May
2006) due to an issue with mixing tabs and spaces.

The issue in ParameterHandler also showed up long ago (f428c75299,
November 2000) and it is not clear why the indentation script made this
error.

changelog entry

fix FEFieldFunction in parallel

This fixes ExcPointNotAvailableHere() thrown from several places inside
FEFieldFunction, because we assert that the cell is locally owned. This
is not true, because we can happen to look at a ghost cell. Of course it
is totally fine to evaluate function values on ghost cells if we have a
ghosted solution vector.
Triggering all code paths in the test is somewhat tricky, because we
need find_active_cell_around_point to return a ghost cell.

Merge pull request #2671 from bangerth/reorder-operations

Reorder operations.

Merge pull request #2668 from drwells/improve-step-22

Improve step 22