Several more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30105 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add funroll-all-loops if using gcc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: A small workaround

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test. Currently fails, but clearly demonstrates the problem. The 'generic' output file has been verified to be correct.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30102 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the current failure of the various dof_test_21_b variants.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30101 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests. The outputs have been verified to be correct and have been generated with r29524, which is correct.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30100 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30099 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30098 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set optimization flags for ICC to -O1 in accordance with the findings
here: http://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=30 . We may
revisit the issue at a later time, but for the moment this is the safe
approach.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30097 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output that differs by round-off.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30096 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30095 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30094 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid filling a map with numeric_limit<types::boundary_id>::max() elements -- too many if we ever increase the number of bits in boundary_id.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30093 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30091 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix global_dof_index in matrix-free class: It should only be used when dealing with deal.II's global dof indices, not the matrix-free dof indices which are transformed into a process-local index space and start at zero on all processors. This limits the MPI-local problem size to 4 billion, but i) that limit is still far away and ii) there were many internal uses of unsigned int left that would have needed re-organization. This change saves memory as dof indices can be saved in 32-bit integer instead of 64-bit integers and still allows problems with >4g global dofs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prettify output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30089 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove stray typename

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify test case

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement VectorTools::project also for hp::DoFHandler. This required refactoring a whole bunch of other functions as well, as well as a good number of additional instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix disabling bug in hp::DoFHandler::n_boundary_dofs().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put the cheap condition first in a conditional.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update comment to match what we are currently doing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

revert to iterating back-wards which was changed in r30061 and broke a couple of tests (I don't understand why exactly though)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more publicatoins

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide the same comments for begin_active/end_active as for the other DoFHandler and Triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add publications (and remove preprints)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove test_affinity from the build system for now until we have a final design decision ;-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also avoid a potentially endless loop. Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a thinko.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add appropriate header file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Make sure to compile test_affinity.cc correctly

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test_affinity program, refactor slightly

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update Author for step-49

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30072 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update petsc/trilinos documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove instructions on how to apply this license to a project.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update readme

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

corrected misspelling of development in several cases (was spelled as develpment) for doc/readme.html

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update slightly. Avoid the circular references to the FAQ and back.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a sentence.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30066 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around the removal of a couple of functions in Triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Yea, this code wasn't tested :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30063 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30062 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove last_active(level) and last(level), as suggested by bug report 2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30061 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor cleanup. The initialization of ring buffer elements is now no longer expensive.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add citations

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30058 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add documentation of Algorithms namespace

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update authors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30056 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove duplicate entry in changelog

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30055 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Resolve a compilation issue with bundled boost compiled with clang or icc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix wrong indentations. *sigh* astyle is not stable wrt version numbers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30053 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Adjust comment width

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30052 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check in the shell script for the license replacement

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30051 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update the licencse headers for the example steps as well

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30050 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Process a whole bunch of remaining copyright notices

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30049 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't forget some header files as well...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30048 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

adjusting script

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30047 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace TIME_UTC by TIME_UTC_ as suggested in bug report 64 (https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=64#makechanges) and the linked to report at https://svn.boost.org/trac/boost/ticket/6940 .

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30046 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Run the reindent script on the complete test suite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30045 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace headers in tests, too

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30044 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix many warnings in tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix compile error in FilteredIterator introduced by change in TriaIterators

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30042 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Restructure slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30041 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Run the fierce autoindent script

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an include...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update the stuff under contrib as well

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update License Headers in Source files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update license headers in header files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update Headers in CMake script file for the new license

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30035 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finalize template headers

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30034 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set props.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30033 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output after a recent change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30032 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some typos in comments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30031 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do conversion of iterators right, following Timo's patches today.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix it the right way.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30029 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-enable the code from r30020 but initializing uninitialized data
(this caused the many testsuite failures).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30028 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make the conversion from from Accessor to TriaIterators explicit

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30027 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Fix a typo in a comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

changed vtk_cell_type dimension to 5, to allow dim=4 instantiation, as supposed by Wolfgang

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30025 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid warning about casting double to unsigned int.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30024 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do say if there is no additional information. Move code under an if() statement as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30023 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Change inclusion order so that metis gets processed before petsc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30022 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert it once again. There are many errors that I don't see on my system...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30021 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in VectorTools::project.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly qualify shared_ptr.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30019 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

speed up DoF renumbering for distributed DoFHandler

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30018 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

VectorTools::project has worked in 1d for a while already. Test that as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30017 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30016 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove wrong #include.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30015 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore Eclipse project files in these directories.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Final version of the thread-local variant of WorkStream, using multiple scratch objects per thread. The story is in the comments documenting the lists of thread local variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Final version of the test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30012 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make things compile in C++98 mode as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30011 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Improve renaming

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30010 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Somehow resolve the cache invalidation problems.

I have no idea why this is actually working...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Unconditionally mark a lot of variables as adavanced even if the
corresponding library could not be found.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30008 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

*sigh* CMake is such a pile of ...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30007 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write a small news item for the latest changes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d