Merge pull request #3875 from davydden/cspline_laplace

CSpline: add hessian / laplacian, and thread mutex

Merge pull request #3876 from davydden/fe_enriched_constructor_example

FE_Enriched: code example for a constructor

FE_Enriched: code example for a constructor

Merge pull request #3784 from koecher/typeid-to-type_traits-3597

Introduces a std conforming type trait for non-distributed vector types

CSpline: add thread mutex

Merge pull request #3859 from Rombur/fix_readwritevector

Fix a bug in import function of distributed::Vector.

Merge pull request #3866 from jppelteret/fix_trilinos_reduction_control

Implement Trilinos AztecOO_StatusTest for ReductionControl.

CSpline: test gradients and laplacians

CSpline: add hessian and laplacian

Merge pull request #3856 from davydden/spherical_function

Add spherical function

Merge pull request #3873 from jppelteret/fix_docs_04

Fix broken equations in glossary entry on generalized support points

add spherical function

Match all <dd> and </dd> elements in glossary

Fix broken equations in glossary entry on generalized support points.

Merge pull request #3870 from kalj/no-vectorized-array

use std::vector for the prolongation matrix

Merge pull request #3869 from davydden/geometric_utilities_minor

Geometric utilities: another unit test plus minor fixes

Merge pull request #3864 from masterleinad/allow_aggregates

Allow SymmetricGradient::operator* for aggregates

Document why the change was necessary

Merge pull request #3871 from kalj/remove-stray-vector

remove unused vector variable from step-37

Add tests wherein solver is reused in sequential LinearOperator ops.

Update results for test lac/schur_complement_05

Add tests checking result of SolverControl classes with Trilinos solver

Add tests checking result of SolverControl classes with deal.II solver

Implement Trilinos AztecOO_StatusTest for ReductionControl.

This patch ensures that Trilinos solvers now respect the convergence
criterion specified by ReductionControl. To do so, we create an
AztecOO_StatusTest that monitors the heuristics that ReductionControl
uses to test for convergence.

Fixes #3843

remove unused vector variable

use std::vector for the prolongation matrix

this remove implementation details from the setup code

another test for spherical-cartesian transformation

fix white spaces in test output

Merge pull request #3867 from drwells/derivativeform-default-methods

Make DerivativeForm trivially copyable.

Merge pull request #3868 from drwells/fix-doxygen-table-2

Make the doxygen table color consistent with other documentation.

Make the doxygen table color consistent with other documentation.

doxygen uses this particular shade of blue for the background of function
signatures.

Merge pull request #3865 from tjhei/fix_memory_consumption_test

alternative output for tests/memory_consumption_01

Make DerivativeForm trivially copyable.

We do not need to specify operator=: the default version generated by
the compiler is identical.

Merge pull request #3722 from masterleinad/allow_constraint_shift

Allow using ConstraintMatrix::shift if initialized with IndexSet

alternative output for tests/memory_consumption_01

Allow SymmetricGradient::operator* for aggregates

Merge pull request #3862 from tjhei/test_bdm16

fix tests/fe/bdm_16

fix tests/fe/bdm_16

Merge pull request #3860 from masterleinad/fix_parpack_test

Update test to the new MFOperators interface

Fix a bug in import function of distributed::Vector.

Update test to the new MFOperators interface

Merge pull request #3857 from kalj/templatize-interface-operator

Templatize interface operator wrt vector type

Merge pull request #3858 from davydden/spherical_formulas

explicitly mention Spherical-Cartesian transformation

templatize interface operator wrt vector type

This allows MGInterfaceOperator to work with all valid vector types, and
not just LinearAlgebra::distributed::Vector

explicitly mention Spherical-Cartesian transformation

Merge pull request #3855 from kronbichler/master

Augment list of incompatible changes for parallel vector

Merge pull request #3849 from tjhei/mg_transfer_followup

require trilinos for MGTransferPrebuilt tests

Augment list of incompatible changes for parallel vector

Introduce type trait is_serial_vector<VectorType>

renames type trait is_non_distributed_vector to is_serial_vector and put it into dealii::std_cxx11 namespace

intendation with astyle 2.04 / script

more obivious logical statements as requested

moves true_type and false_type to dealii/base/std_cxx11/type_traits.h

moves specialization of is_serial_vector for dealii::Vector classes to their implementation

correction of implementation

moves vector type traits from a single file to their declaration files

testsuite for vector_type_traits.h for current vectors and instanciations

change request for comments

declares the is_serial_vector template without defining it and minor work on documentation

squashes test cases for is_serial_vector and marks output files for trilinos, petsc, mpi

corrects output files for testsuite (results are correct)

corrects intendation

intendation of #include

Merge pull request #3854 from kronbichler/fix_compile_no_cxx11

Make compile without C++11 but Trilinos

Make compile without C++11 but Trilinos

Merge pull request #3848 from bangerth/doc-update-1

Update the discussion of generalized support points.

Merge pull request #3852 from jppelteret/fix_tests_02

Force step-44 based tests in physics to use C++11

Force step-44 based tests in physics to use C++11.

Merge pull request #3851 from masterleinad/fix_merge_empty

Fix ConstraintMatrix::merge for empty objects

Fix ConstraintMatrix::merge for empty objects

require trilinos for MGTransferPrebuilt

Extend documentation.

Provide a reference to the glossary.

Update the discussion of generalized support points.

Merge pull request #3847 from masterleinad/fix_laplcian_02

Fix integrators/laplacian_02 for 64-bit indices

Fix integrators/laplacian_02 for 64-bit indices

Merge pull request #3789 from masterleinad/merge_constraints

Allow merging of ConstraintMatrices for different local_lines

Merge pull request #3828 from tjhei/mg_transfer_prebuilt_no_trilinos_bug

disable MGTransferPrebuilt without Trilinos

Merge pull request #3842 from jppelteret/fix_PR_1783_01

Various fixes for PR 1783

Merge pull request #3840 from tjhei/const_time_stepping

add missing const to arguments in time_stepping.h

Amend Trilinos-related classes for when using non-MPI Trilinos build

Fixes #3841

Remove C++11 features not supported by GCC 4.6.

Fixes #3839

add missing const to arguments in time_stepping.h

Merge pull request #3838 from kronbichler/avoid_deprecated_partitioner_functions

Avoid using deprecated functions of Utilities::MPI::Partitioner

Merge pull request #3837 from drwells/fix-doxygen-table

Fix the default doxygen table colors.

Avoid using deprecated functions of Utilities::MPI::Partitioner

Fix the default doxygen table colors.

Merge pull request #3835 from tjhei/msvc_fixes

MSVC fixes

MSVC fixes

- enable compilation of bundled boost with MSVC 2017rc1
- remove static_assert that gets wrongly triggered during normal compilation

Merge pull request #3834 from tjhei/interpolate_const

Fix constness of argument in FE::interpolate()

Fix constness of argument in FE::interpolate()

Reported by MSVC.

Merge pull request #3833 from drwells/project-common-vector-type

Move the matrix-free project copy operation up the call stack.

Merge pull request #3830 from jppelteret/fix_test_in_3826

Amend test introduced in #3826

Move the matrix-free project copy operation up the call stack.

The matrix-free projection solves the linear system with a specific vector type
and then copies the result into the given one. This commit moves that copy
operation into a separate function so that the actual matrix free function no
longer depends on the type of the input vector. Put another way: we no longer
have to instantiate the matrix free projections for all possible vector types.

Before moving the copy operation:
                                    File name Memory, MB    Time, s
      source/numerics/vector_tools_project.cc       2774         76
source/numerics/vector_tools_project_inst2.cc       2829         81
source/numerics/vector_tools_project_inst3.cc       2823         86

After:
                                    File name Memory, MB    Time, s
      source/numerics/vector_tools_project.cc       1855         47
source/numerics/vector_tools_project_inst2.cc       1995         51
source/numerics/vector_tools_project_inst3.cc       2183         55

Remove an unused local variable.

Merge pull request #3831 from drwells/project-codim-separate-file

Give the codim > 0 VectorTools::project functions their own file.

Amend test introduced in #3826

This commit attends to the comments made by @tjhei and @drwells after
#3826 was merged.

Give the codim > 0 VectorTools::project functions their own file.

Since these functions don't go into the MatrixFree code we can split them off
with a very small amount of overhead for the additional parallelization. This
lowers the required memory for the last projection instantiation by about a
gigabyte.

Before:
                                    File name Memory, MB    Time, s
      source/numerics/vector_tools_project.cc       2775         79
source/numerics/vector_tools_project_inst2.cc       2882         92
source/numerics/vector_tools_project_inst3.cc       3948        102

After:
                                    File name Memory, MB    Time, s
source/numerics/vector_tools_project_codim.cc       1843         28
      source/numerics/vector_tools_project.cc       2774         76
source/numerics/vector_tools_project_inst2.cc       2829         81
source/numerics/vector_tools_project_inst3.cc       2823         86

Merge pull request #3829 from drwells/project-hp-separate-file

Give the hp version of VectorTools::project its own file.

Give the hp version of VectorTools::project its own file.

This new file takes about 17 seconds to compile and improves the performance of
the non-hp (i.e., the matrix free) projections a little bit.

before splitting out the hp files:
                                    File name Memory, MB    Time, s
      source/numerics/vector_tools_project.cc       2860         81
source/numerics/vector_tools_project_inst2.cc       2970        100
source/numerics/vector_tools_project_inst3.cc       3956        114

After:
                                    File name Memory, MB    Time, s
      source/numerics/vector_tools_project.cc       2775         79
source/numerics/vector_tools_project_inst2.cc       2882         92
source/numerics/vector_tools_project_inst3.cc       3948        102

These numbers come from setting the C++ compiler as a shell script containing

    /usr/bin/time -v g++ ${1+"$@"}

and then parsing the output.

disable MGTransferPrebuilt without Trilinos

Do not allow MGTransferPrebuilt to work with distributed::Vector if we
don't have Trilinos. This used to compile and crash at runtime because
we wrongly created serial matrices.
This also fixes the tests/multigrid/transfer_prebuilt_04 error message:
An error occurred in line <361> of file
</mnt/data/testsuite/dealii/source/lac/dynamic_sparsity_pattern.cc> in
function
    bool
dealii::DynamicSparsityPattern::exists(dealii::DynamicSparsityPattern::size_type,
dealii::DynamicSparsityPattern::size_type) const
The violated condition was:
    rowset.size()==0 || rowset.is_element(i)

Merge pull request #3826 from bangerth/fix-trilinos-vector-reference

Fix the return type of Trilinos's VectorReference::operator=.

Add test.

Fix the return type of Trilinos's VectorReference::operator=.

This was non-intuitive, though it did not make a difference given the particular
semantics of vector references. Fix it anyway.

Merge pull request #1783 from jppelteret/fix_trilinos_lin_ops

Fix Trilinos preconditioners and solvers for use in LinearOperator functions

Merge pull request #3808 from bangerth/be-more-concise-with-update-flags

Better track which UpdateFlags are required for which operation.

Add a changelog entry.

Merge pull request #3813 from bangerth/doc-update-81

Better document FE_PolyTensor.

Better document FE_PolyTensor.

Extensions for Trilinos support in LinearOperators.

Trilinos sparse matrices and preconditions can now we wrapped as
LinearOperators, and can be used (nearly) as naturally as the deal.II
linear algebra classes could. This means that they can be used as a
transpose_operator(), inverse_operator() and within the
schur_complement().

The core support for block operations is also there, but has not been
thoroughly tested.

Allow using ConstraintMatrix::shift if initialized with IndexSet

Merge pull request #3823 from bangerth/extend-signaling-nans

Implement numbers::signaling_nan() also for Point<dim>.

Merge pull request #3824 from tjhei/fix_3820

fix PR 3820

fix PR 3820