Merge pull request #5251 from jppelteret/numbers-conversions

Implement a more generic method of converting between number types.

Implement a more generic method of converting between number types.

This is particularly useful when needing to cast exotic number types to
a floating point numbers, such as might happen when converting between
tensor types.

Merge pull request #5243 from masterleinad/ub_2

Fix undefined behavior in DoFHandler

Merge pull request #5249 from masterleinad/fix_ub_new

Run base/generate_normal_random_number_01 only with threads enabled

Run base/generate_normal_random_number_01 only with threads enabled

Merge pull request #5244 from masterleinad/ub_3

Fix description for shared_ptr

Merge pull request #5245 from masterleinad/ub_4

Fix undefined behavior in tests

Merge pull request #5242 from masterleinad/ub_1

Fix undefined behavior in TridiagonalMatrix

Fix undefined behavior in tests

Fix description for shared_ptr

Fix undefined behavior DoFHandler

Fix undefined behavior in TridiagonalMatrix

Merge pull request #5241 from gassmoeller/tria_fixes

Add dummy functions to parallel::distributed::Triangulation<1,spacedim>

Add dummy functions

Merge pull request #5217 from drwells/prefer-data-to-address-of-first

Prefer data to address of first

Merge pull request #5234 from masterleinad/fix_std_unique_ptr_release

Clarify FE_Enriched::setup_data

Merge pull request #5237 from luca-heltai/simplify-ida

Simplify IDA.

Improve description of passing ownership

Remove use_local_tolerances parameter.

Merge pull request #5236 from masterleinad/fix_adolc_test

Fix memory leak in ADOLC test

Merge pull request #5235 from masterleinad/fix_unique_ptr_release_2

Fix memory leak in DoFHandler

Fix memory leank in ADOLC test

Clarify FE_Enriched::setup_data

Fix memory leak in DoFHandler

Prefer iterators to pointers.

Prefer v.get() to &v[0] with smart pointers.

Get rid of some intermediate variables.

Realign some function arguments.

Directly use raw pointers instead of &v[0].

Prefer v.data() to &v[0].

Merge pull request #5232 from davydden/user_project_source_dir

doc: explain how to use SOURCE_DIR from user tests

doc: explain how to use SOURCE_DIR from user tests

Merge pull request #5131 from davydden/metis_yet_again

add yet another pair of outputs for Metis on macOS with Clang 9.0.0

Merge pull request #5228 from tjhei/msvc_enable_w4661

enable MSVC warning w4661

Merge pull request #5231 from masterleinad/intel-warnings

Remove unused constructors in unnamed namespace

Merge pull request #5229 from masterleinad/intel-warnings_3

Disable spuriuos intel warning

Be more descriptive for the disabled remarks

Merge pull request #5230 from masterleinad/intel-warnings_2

Remove meaningless type qualifier in pointer cast

Remove meaningless type qualifier in pointer cast

Disable spuriuos intel warning

Remove unused constructors in unnamed namespace

enable MSVC warning w4661

As discovered in #5225, these warnings are useful.

Merge pull request #5226 from kronbichler/relax_shape_info_test

Relax polynomial degree in ShapeInfo test

Relax polynomial degree in ShapeInfo test.

Merge pull request #5223 from bangerth/typo

Fix a typo.

Merge pull request #5224 from bangerth/doc

Update documentation of LogStream::push().

Update documentation of LogStream::push().

Fix a typo.

Merge pull request #5114 from tcclevenger/sharedtria_mg_dofs

Add distribute_mg_dof functionality for a parallel::shared::Triangulation

Merge pull request #5222 from drwells/deprecate-boundary-classes

Formally deprecate the Boundary classes.

add distribute_mg_dofs for shared::Triangulation

Formally deprecate the Boundary classes.

Merge pull request #5220 from masterleinad/fix_intel_tests_1

Fix tests by increasing the precision

Merge pull request #5221 from masterleinad/fix_intel_tests_2

Use std::initializer_list instead of variadic constructor in tests

Fix tests by increasing precision

Use std::initializer_list instead of variadic constructor in tests

Merge pull request #5212 from kronbichler/feeval_vector_access_assert

Add assertion regarding vector access in FEEvaluation.

Merge pull request #5201 from bangerth/logstream

Replace logstream.push/pop by Logstream::Prefix.

Merge pull request #4798 from drwells/remove-boundary-usage

Remove boundary usage

Merge pull request #5203 from tjhei/simplify_test_intergrid_constraints

simplify tests/grid/intergrid_constraints

Merge pull request #5213 from masterleinad/intel18_4

Move default pure virtual destructor of Function

Merge pull request #5214 from masterleinad/intel18_3

Add missing (unused) return value in Convert::to_pattern

Merge pull request #5216 from masterleinad/intel18_1

Pass a function pointer by adress instead of by value

Add missing (unused) return value in Convert::to_pattern

Merge pull request #5215 from masterleinad/intel18_2

Rename loop variable to differ from enclosing one

Merge pull request #5211 from davydden/lapack_trace

add LAPACKFullMatrix::trace()

Merge pull request #5209 from davydden/oversubscribe_quick_tests

explicitly oversubscribe with MPI for quick tests

Pass a function pointer by adress instead of by value

Rename loop variable to differ from enclosing one

Move default pure virtual destructor of Function

Also assert in read_dof_values_plain.

Add assertion regarding vector access in FEEvaluation.

add LAPACKFullMatrix::trace()

Merge pull request #5210 from masterleinad/remove_petsc_options

Remove unused PETSc options

Fix an include guard name.

Allow for slightly different numbers in a Manifold test.

This is due to a previous commit where GridGenerator::hyper_ball was redone to
use SphericalManifold instead of HyperBallBoundary.

Specify different projected points in a test.

In these two cases multiple minima exist: the new algorithm picks points on the
edges.

Force projected points to be on the objects.

Add changelog entries.

Update a Triangulation::straight_boundary test.

This member value will soon be deprecated and Triangulation returns a
FlatManifold reference in the relevant function now.

Update some comments referring to Boundary.

Test project_to_surface without boundary objects.

Since GridTools::project_to_object now calls our implementation of
project_to_surface directly we can fix up these tests to just call the relevant
function.

Remove tests for overridden project_to_surface.

Since a previous commit removed the call inside
GridTools::fix_up_distorted_child_cells to Boundary::project_to_surface,
testing overriden implementations of this function no longer makes
sense.

Fix a wrong comment.

we can still do things if we are on the boundary.

Overhaul GridTools::internal::fix_up_object.

The primary issue with excising Boundary from the library is the lack of
an equivalent project_to_surface function in the Manifold code (since
Manifolds don't know anything about faces or lines, just points and
geodesics). Fortunately, this function is only called in one place, and
the default implementation in StraightManifold is the only
implementation in the library: hence, we get around this issue by
copying and pasting StraightManifold::project_to_surface into the new
internal project_to_object function and marking this change as
incompatible.

To the best of the author's knowledge, no users have implemented their
own custom project_to_surface nor are they using the one function that
calls this (GridTools::fix_up_distorted_child_cells) so this small
incompatibility is acceptable.

Add a clarifying assertion.

Use Manifold, not boundary, functionality.

Merge pull request #5199 from drwells/extra-assimp-hint

Add an extra hint for assimp.

Remove unused PETSc options

Merge pull request #5204 from davydden/mg_interface_size_type

add size_type to MGInterfaceOperator

Merge pull request #5206 from bangerth/simplify

Use std::unique_ptr instead of std::shared_ptr.

explicitly oversubscribe with MPI for quick tests

Use std::unique_ptr instead of std::shared_ptr.

Merge pull request #5160 from danshapero/bbox

bounding box for triangulation and cell iterators [WIP]

Added functions to compute bounding box for triangulation, accessors

add size_type to MGInterfaceOperator

This might be needed when one uses a single wrapper class
to define level block operators based on non-block versions.

Merge pull request #5189 from bangerth/aligned-vector

Allow using objects in Table and AlignedVector that are not copyable.

Simplify code.

simplify tests/grid/intergrid_constraints

reduce 500k+ bytes of output to something that doesn't cause the tester
to timeout

Merge pull request #5196 from asartori86/fix_sundials

fix sundials interface for NON-MPI installations