Fix mg dof indices on objects not in standard orientation.

Merge pull request #2874 from bangerth/mark-function-as-deprecated

Mark a function that already has a doxygen @deprecated string as deprecated.

Merge pull request #2872 from bangerth/correctly-derive-iterators

Derive IndexSet iterators from std::iterator with appropriate category.

Mark a function that already has a doxygen @deprecated string as deprecated.

Specifically, use the DEAL_II_DEPRECATED mark.

Derive IndexSet iterators from std::iterator with appropriate category.

This helps make some algorithms more efficient when called with such iterators. It is
apparently also necessary for Visual Studio when calling std::set::insert with a pair
of IndexSet iterators.

Merge pull request #2858 from class4kayaker/interpolate_single

Allow use of VectorTools::interpolate for mixed interpolating and non-interpolating FEs

Merge pull request #2849 from rrgrove6/include_pressure_boundary

Including dofs for individual components on boundary in make_vertex_patches

Merge pull request #2868 from bangerth/fix-visual-studio-error

Work around a MS Visual Studio oddity.

Merge pull request #2867 from bangerth/avoid-warning

Avoid a warning.

changes.h

Added functionality for including pressure dofs on boundary

Work around a MS Visual Studio oddity.

The compiler should just choose between two overloaded template functions. But, MS Visual
Studio once again gets all bent out of shape over it. Fix this by just using a plain
'if' statement, rather than relying on template specializations and overloads. This
works now because we made faces of 1d cells look very much the same as faces of
regular cells, and so the dim-dimensional code actually compiles also in 1d these
days.

Avoid a warning.

Add update to changes.h

Add test of functionality

Merge pull request #2863 from bangerth/doc-update-70

Also update the documentation of hp::MappingCollection::push_back().

Merge pull request #2864 from bangerth/fix-template-argument

Use the same type for a non-type template argument in declaration/definition.

Merge pull request #2865 from masterleinad/outdated_doc

Update information on dealing with ghost values

Get rid off outdated information

Use the same type for a non-type template argument in declaration/definition.

We previously had used 'int' in the declaration but 'std::size_t' in the definition of the
MemoryConsumption::memory_consumption(std_cxx::array) function. The latter is the type
the C++ standard says 'std::array' should take for its size, so be consistent about this.

Also update the documentation of hp::MappingCollection::push_back().

Merge pull request #2862 from bangerth/use-portable-erfc

Use portable version of erfc().

Use portable version of erfc().

erfc is only part of C99, and thus not in C++98. It did make it into C++ via the TR1
addition, which I think is in C++03 and consequently in C++11, but be that as it may,
let's just use the BOOST version of it to be on the safe side.

Merge pull request #2861 from bangerth/remove-erroneous-typename

Remove erroneous 'typename'.

Remove erroneous 'typename'.

The 'typename' is not necessary (nor allowed, in C++98) here because it is not inside
a template.

Add logic to only require interpolated components interpolate

Merge pull request #2838 from class4kayaker/mask_interpolate

Mask interpolate

Merge pull request #2860 from kronbichler/master

Fix problem detected by address sanitizer

Fix problem detected by address sanitizer

Fix changes.h entry formatting

Merge pull request #2856 from masterleinad/add_missing_instantiation

Add missing definition and instantiation for FETools::get_fe_from_name

Adjust empty lines between functions in fe_tools.cc

Add missing definition and instantiation

Merge pull request #2854 from bangerth/doc-update-69

Update documentation of QCollection::push_back().

Merge pull request #2853 from bangerth/add-missing-function

Add DoFAccessor<0,...>::get_mg_dof_indices.

Update documentation of QCollection::push_back().

This clarifies that FECollection and QCollection do not have to have
matching/corresponding elements.

Remove a specialization of a function.

This is possible now that the general template apparently compiles.

Add DoFAccessor<0,...>::get_mg_dof_indices.

This function was previously missing. The patch really only adds the declaration
and a dummy definition throwing ExcNotImplemented(), but it at least enables some
generic programming that would otherwise lead to compiler errors.

Create VectorTools:interpolate with mask

Merge pull request #2848 from class4kayaker/parameter_pattern_desc

Prettier output for LaTeX and Description ParameterHandler output

Merge pull request #2847 from masterleinad/clarify_mg_constrained_dofs

Remove FunctionMap from MGConstrainedDoFs

Use std::set for boundary_indicators and rename set_zero_boundary_dofs

Merge pull request #2852 from bangerth/improve-error-message

Improve an error message.

Improve an error message.

Specifically, say early that using ::SolutionTransfer with
parallel::distributed::Triangulation is likely going to lead to
heartache.

Update changes.h

Update output for LaTeX and Description OutputStyle

Allow varying description output for patterns

Merge pull request #2845 from masterleinad/quarter_hyper_ball

Add GridGenerator::quarter_hyper_ball

Entry in changes.h

Test for MGConstrainedDofs

Allow for non-primitive FiniteElements in MGTools::make_boundary_list

Simplify MGConstrainedDoFs

Entry in changes.h

Generate a mesh as intersection of a hyperball and the positive octant

Merge pull request #2841 from drwells/split-tests/bits-03

Move all dof tests into tests/dofs/.

Merge pull request #2842 from davydden/fix/slepc_warnings

silence compiler warnings for complex SLEPc

silence compiler warnings for complex SLEPc

Move all dof tests into tests/dofs/.

Merge pull request #2817 from tamiko/fix_some_tests

Tests: Fix various PETSc solver tests

Merge pull request #2836 from bangerth/doc-update

Update documentation of SparseMatrix::mmult.

Update documentation of SparseMatrix::mmult.

The intent is to make it clearer what happens when rebuilding
the sparsity pattern.

Merge pull request #2835 from bangerth/improve-error-message

Improve an error message.

Improve an error message.

Merge pull request #2833 from tamiko/cmake_hide_some_variables

CMake: Mark a number of variables as advanced, fix clear variables for trilinos

Merge pull request #2832 from davydden/tests/petsc_complex_l1_again

Tests/petsc complex l1 again

CMake: Mark a number of variables as advanced, fix clear variables for trilinos

add a note on l1_norm() for complex-valued PETSc

ugly fix of PETSc complex l1_norm()

Merge pull request #2831 from bangerth/workaround-for-doxygen

Work around a silly problem with doxygen.

Work around a silly problem with doxygen.

Merge pull request #2828 from drwells/add-petsc-mpich-warning

Add a warning against using --download-mpich.

Add a warning against using --download-mpich.

This is a PETSc option that usually causes trouble, especially when a
user already has MPI installed on their machine.

Merge pull request #2830 from tamiko/cmake_fix

CMake: Remove forgotten debug output

CMake: Remove forgotten debug output

*blush*

Merge pull request #2827 from masterleinad/remove_warnings_unused_var

Remove warnings for unused variables in LocalIntegrators

Merge pull request #2826 from drwells/update-trilinos-compilation-instructions

Update trilinos compilation instructions

Remove spaces before '-D's.

My version of CMake doesn't like the extra spaces.

Update the Trilinos build instructions.

Credit goes to Jean-Paul Pelteret for suggesting this change and
compiling the list of libraries.

Remove warnings for unused variables in LocalIntegrators

Merge pull request #2825 from tamiko/make_cdash_happy

CTest: Do not try to manipulate xml submission files with sed

CTest: Do not try to manipulate xml submission files with sed

Due to this sed magic we might end up with two identical keys in
Configure.xml. Unfortunately, this terribly confuses CDash.

Merge pull request #2816 from davydden/tests/petsc_complex_l1

fix petsc_complex l1_norm() test

Merge pull request #2809 from drwells/refactor-petsc-compatibility

Refactor petsc compatibility

Merge pull request #2824 from davydden/tests/slepc_complex_fix

Tests/slepc complex fix

Merge pull request #2822 from tamiko/cmake_bugfix

CMake: Bugfix: Properly fix (CMAKE|DEAL_II)_CXX_FLAGS* caching

CMake: Bugfix: Properly fix (CMAKE|DEAL_II)_CXX_FLAGS* caching

Well, #2793 did not really solve the problem.

This commit reorganizes the caching process entirely:

 * always store CMAKE_* variables in internal cache

 * do not force update cached DEAL_II_* variables

 * fix the issue of simultaneous usage of CMAKE_* and DEAL_II_* variables
   by prepending DEAL_II_* variables *after* the cache setup

fix slepc tests with complex PETSc

(i) disable slepc/ tests with complex PETSc
(ii) require real-valued PETSc for step-36

Merge pull request #2823 from tamiko/cmake_improve_sanity_checks

CMake: Restructure compiler sanity checks

add a news/changes.h entry

CMake: Workaround: Try to drop "-fuse-ld=gold" in configure_1_mpi.cmake

fix a typo

add a news/changes.h entry

CMake: Add a check to ensure a working MPI interface

CMake: Simplify CHECK_COMPILER_SETUP macro

CMake: Also include the link interface in the sanity checks

CMake: Also check final compiler/linker setup with full link interface

CMake: Restructure compiler sanity checks into a macro

Merge pull request #2784 from masterleinad/get_fe_by_name

Allow for all FE to be returned by get_fe_by_name

Merge pull request #2818 from tamiko/emergency_fix

CMake: Bugfix: Do not error out if a variable for a feature constraint is undefined

Add changes.h entry