Merge pull request #13759 from tamiko/fix_cgal_configure

CMake: Do not configure CGAL with bundled boost

Merge pull request #13751 from marcfehling/fixtest-bfgs

Check for range of function calls in bfgs tests.

Merge pull request #13762 from bangerth/once_flag

Use std::call_once() instead of hand-rolling a solution.

Merge pull request #13761 from bangerth/indent-cmake

Properly indent a cmake command.

Properly indent a cmake command.

Use std::call_once() instead of hand-rolling a solution.

Merge pull request #13760 from kronbichler/test_robustness2

Check for range of function calls in bfgs tests.

Remove number of function calls from bfgs tests.

Make sure to reach numbers small enough to be below numdiff threshold

Improve robustness of two tests

Merge pull request #13745 from drwells/muparser-tls

Avoid doing extra TLS lookups in FunctionParser.

Merge pull request #13757 from tamiko/silence_cmake_warning

Merge pull request #13758 from drwells/add-boost-definition-note

Add a comment explaining BOOST_DEFINITIONS

CMake: Avoid a CMake policy warning

CMake: Do not configure CGAL with bundled boost

Add a comment describing our boost definitions.

Merge pull request #12664 from drwells/unghost-matrix-diagonals

Unghost matrix diagonals

Don't set ghost values in diagonal matrices.

We never read them.

Merge pull request #13741 from drwells/more-sundials-6

Fix sundials 6 tests, part 1

Merge pull request #13735 from luca-heltai/cgal-support-c3t3

CGAL C3T3 to deal.II Triangulation.

Merge pull request #13752 from marcfehling/fixtest-consensus

Fix compute_index_owner_01.

Merge pull request #13755 from kronbichler/test_robustness

Make multigrid test more robust

Fix compute_index_owner_01.

Merge pull request #13756 from kronbichler/add_instantiation

MatrixFree: Add instantiation for ConstraintValues::insert_entries

MatrixFree: Add instantiation for ConstraintValues::insert_entries

Also apply robust setup to other test

Make multigrid test more robust

Merge pull request #13750 from marcfehling/fixtest-petsc

Update petsc test output.

Update petsc test output.

Code review.

CGAL C3T3 to deal.II Triangulation.

Clean up the declaration of make_nvector_view().

Use SUNContext as needed in SUNDIALS tests, part 1.

This new context object is mostly for logging (i.e., its API is for profiling
and logging only at the moment) so we just need to make sure it exists.

Avoid doing extra TLS lookups in FunctionParser.

While we are at it, get rid of the calls to begin_raw() and end_raw() (they are
deprecated).

Merge pull request #13748 from simonsticko/assert_mapping_cartesian

Assert that the incoming cell is Cartesian in MappingCartesian

Merge pull request #13749 from simonsticko/rename_ExcReclassifyNotCalled

Rename an exception

Merge pull request #13747 from tamiko/fix_step_75_emplace

Step-75: use well-formed deleter

Assert that the incoming cell is Cartesian in MappingCartesian

Rename an exception

To be consistent with the names of the other exceptions.

Step-75: use well-formed deleter

LLVM/Clang's libc++ library version 13/14 got stricter by checking
requirements of the deleter, in particular, according to [1] a deleter
must pass the requirement `__shared_ptr_deleter_ctor_reqs` which is
defined as follows:
```
template <class _Dp, class _Pt, class = decltype(declval<_Dp>()(declval<_Pt>()))>
static true_type __well_formed_deleter_test(int);

template <class, class>
static false_type __well_formed_deleter_test(...);

template <class _Dp, class _Pt>
struct __well_formed_deleter : decltype(__well_formed_deleter_test<_Dp, _Pt>(0)) {};

template<class _Dp, class _Tp, class _Yp>
struct __shared_ptr_deleter_ctor_reqs
{
    static const bool value = __compatible_with<_Tp, _Yp>::value &&
                              is_move_constructible<_Dp>::value &&
                              __well_formed_deleter<_Dp, _Tp*>::value;
};
```
Unfortunately, our construct
```
coarse_grid_triangulations.emplace_back(
  const_cast<Triangulation<dim> *>(&(dof_handler.get_triangulation())),
  [](auto &) {});
```
does not pass this test. The issue is that the deleter takes a pointer,
not a reference which, so the lambda `[](auto &){}` does not pass above
`__shared_ptr_deleter_ctor_reqs`.

While at it, remove the const cast: `coarse_grid_triangulations` is
declared as a vector holding a `shared_ptr<const Triangulation<dim>>`,
thus we should simply take the address and not convert to a non-const
object.

[1] https://github.com/llvm/llvm-project/blob/main/libcxx/include/__memory/shared_ptr.h

Merge pull request #13744 from tamiko/transfinite_fix_codim_one

TransfiniteInterpolationManifold: fix codimension one case

Merge pull request #13746 from tamiko/fix_typo

base/tensor.h: Fix a typo

base/tensor.h: Fix a typo

TransfiniteInterpolationManifold: add a test

Merge pull request #13742 from bangerth/typo

TransfiniteInterpolationManifold: fix codimension one case

The codimension one case currently fails with an assertion:
```
An error occurred in line <290> of file <source/grid/grid_tools.cc> in function
    std::pair<DerivativeForm<1, dim, spacedim>, Tensor<1, spacedim>> dealii::GridTools::affine_cell_approximation(const ArrayView<const Point<spacedim>> &) [dim = 2, spacedim = 3]
The violated condition was:
    ::dealii::deal_II_exceptions::internals::compare_for_equality(vertices.size(), GeometryInfo<dim>::vertices_per_cell)
Additional information:
    Dimension 9 not equal to 4.
```
This is triggered because we take a compatibility branch in case of
`dim < spacedim` (in `include/deal.II/fe/mapping_q_internal.h`):
```
908         if (real_support_points.size() ==
909               GeometryInfo<dim>::vertices_per_cell ||
910             dim < spacedim)
911           {
```
but still initialize the vector `unit_points` by a subdivided quadrature
(which is needed for the default quadratic approximation; in
`source/grid/manifold_lib.cc`):
```
1686   std::vector<Point<dim>> unit_points =
1687     QIterated<dim>(QTrapez<1>(), 2).get_points();
1688   std::vector<Point<spacedim>> real_points(unit_points.size());
```

Fix this by simply initializing `unit_points` with the right number of
interpolation points for the `dim < spacedim` variant.

Fix a typo.

Merge pull request #13730 from kronbichler/add_test_output_variant

Add another variant for multigrid test

Merge pull request #13717 from luca-heltai/cgal-compute_boolean_operation

Corefine and compute boolean operations in CGAL

Merge pull request #13739 from marcfehling/fixtest_sharedtria_refine

Added missing headers to failing test.

Convert "not less than" to "greater than or equal to".

The later is much simpler.

Added missing headers to failing test.

Fixed documenation.

Merge pull request #13737 from peterrum/ldv_fix_size

LA:d:V: fix size in the case of shared memory

Merge pull request #13738 from gfcas/typo

Fix typo w_cycle

Merge pull request #13736 from drwells/gcc-12-warnings

Fix some GCC-12 warnings.

Merge pull request #13732 from tamiko/remove_as_needed

CMake: remove -Wl,--as-needed flag setup

Fix typo w_cycle

LA:d:V: fix size in the case of shared memory

Add boolean operations between surface_meshes

Simplify some code.

Fix some GCC-12 warnings.

Merge pull request #13712 from marcfehling/security

Restrict permissions for GITHUB_TOKEN.

Merge pull request #13705 from luca-heltai/cgal-surface_mesh-to-coarse_mesh

Create coarse mesh out of a CGAL::Surface_mesh

Merge pull request #13733 from bangerth/ca-types-4

Avoid double packing/unpacking for CA algorithms.

Merge pull request #13731 from bangerth/ca-types-3

Simplify the type used by ConsensusAlgorithm in compute_n_point_to_point_communications().

Merge pull request #13729 from simonsticko/quadrature_initialize

Set is_tensor_product_flag in Quadrature::initialize(..)

Avoid double packing/unpacking for CA algorithms.

CMake: remove -Wl,--as-needed flag setup

The issue with the current handling of the --Wl,--as-needed flag is the
fact that we set it internally but later on filter it (unconditionally)
for user projects.

This has the issue that it is currently not possible to set
--Wl,--as-needed by hand when needed.

Thus, let us simply remove the setup and the workarounds.

Simplify the type used by ConsensusAlgorithm in compute_n_point_to_point_communications().

Merge pull request #13722 from bangerth/ca-type-2

Merge pull request #13728 from sebproell/mf-reinit-empty-procs

Add another variant for multigrid test

Set is_tensor_product_flag in Quadrature::initialize(..)

If you first create a quadrature which is a tensor product and then
call initialize with points and weights which does not correspond
to a tensor product, you can make is_tensor_product_flag have the
wrong value. Set the flag in intialize(..) to avoid this.

New test for MatrixFree::reinit with empty procs

Merge pull request #13726 from tamiko/silence_warning

CMake: Do not warn about not finding CGAL

CMake: Do not warn about not finding CGAL

Newer CMake versions (encountered with CMake 3.20) seem to warn very
verbosely about not finding a package. Let's add the "QUIET" keyword to
the find_package() call to silence the warning.

Merge pull request #13723 from kronbichler/fix_cg_interleave

Fix three bugs in interleaved CG method

Merge pull request #13724 from kronbichler/simplify_chebyshev

Choose common SFINAE detection path for PreconditionChebyshev

Merge pull request #13725 from peterrum/mf_fe_nothing_fix

MF: fix if all cells of a process are FE_Nothing

MF: fix if all cells of a process are FE_Nothing

Choose common SFINAE detection path for PreconditionChebyshev

Fix two bugs in interleaved CG method

Do not compress data.

Add a necessary include.

Replace std::vector<RequestType> by RequestType.

Same for AnswerType.

Merge pull request #13720 from bangerth/ca-type

Rename the template type arguments of the consensus algorithms.

Merge pull request #13719 from drwells/cleanup-duplicated-vertices

Clean up delete_duplicated_vertices() a little.

Convert CGAL::Surface_mesh to coarse mesh

Rename the template type arguments of the consensus algorithms.

Clean up delete_duplicated_vertices() a little.

Merge pull request #13718 from bergbauer/fix-master

Fix master face_no

Merge pull request #13698 from kronbichler/cg_interleave

Add a data-locality-optimized iteration scheme to SolverCG

Fix master face_no

Merge pull request #13063 from peterrum/ecl_unstructured_evaluate

Implement FEFaceEvaluation::evaluate() for ECL/unstructured meshes

Merge pull request #13590 from bergbauer/gradient_hessian_ellipsoid

Add gradient to SignedDistance::Ellipsoid

Merge pull request #13637 from peterrum/MGTransferBlockGlobalCoarsening

Introduce MGTransferBlockGlobalCoarsening

Merge pull request #13694 from peterrum/do_interpolate_boundary_values

Generalize do_interpolate_boundary_values() for pyramid and wedge

Merge pull request #13577 from drwells/muparser-pimpl