Announce the last changes merged from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14450 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug resulting from previous merges.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14449 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use new interfaces to GeometryInfo and QProjector where necessary. Furthermore, let the FiniteElements tell, how dofs on faces and lines in 3D have to be permuted if the face has non-standard orientation, flip or rotation and/or the lines have non-standard orientation. Let DoFAccessor use this information if asked for the dofs on a cell. Currently this is only implemented for FE_Q and FESystem, for the other FEs there is a TODO. This is the last partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14448 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust QProjector to create all eight (instead of two) face-quadrature rules originating from all combinations of face_orientation, face_flip and face_rotation. This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14447 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modify creation and refinement of Triangulations to respect the new flags face_flip, face_rotation and line_orientation. This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14446 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust GeometryInfo to use information from the new flags face_flip, face_rotation and line_orientation. Add some information about these flags (their meaning and purpose). This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14445 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce new flags face_flip and face_rotation for cells in 3D and line_orientation for quads in 3D. This is necessary in order to treat previously non-orientable meshes. This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14444 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modify GridReordering: Instead of throwing an Assertion, return the original connectivity if the grid could not be oriented. This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14443 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update doc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14442 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New function GridGenerator::moebius() creating a loop of cells which are rotated against each other before one end of the string is attached to the other one. This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14441 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also apply patch here.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14440 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14439 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14438 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a comment since for this finite element, there is nothing we need to do as far as adjusting quad dof indices are concerned.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14437 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor adjustments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14436 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update a few comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14435 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

cache the last field for which we didn't do this yet.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14434 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix up a TODO

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14433 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also write the corresponding tests for the Laplace matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14432 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finish the tests that check the mass matrix generator functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14431 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a currently half-finished test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14430 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test for SparseMatrixEZ::print_formatted().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14429 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed MatrixCreator::create_mass_matrix and create_laplace_matrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14428 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added SparseMatrixEZ::print_formatted

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14427 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement a version indicator for the intermediate format.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14426 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a warning that intermediate format is volatile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14425 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14424 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a hopelessly outdated comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14423 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

implement vector data for residuals
remove superfluous arguments to local residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14421 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the mess introduced by the effort to be backward compatible in the deal.II intermediate format. Wolfgang will commit a comment in the doc stating that no compatibility can be assumed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14415 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14413 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14412 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14411 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14410 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14409 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update output files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14408 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove file that isn't needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14407 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14406 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some time ago, the check for finite numbers has been included in the deal.II
libarary. In the method MatrixBase::set this check was still using the
std-lib methods instead of the method provided by deal.II. This caused
problems on a slightly outdated Mac OS-X system.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14405 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In the previous version it was impossible to use the "Assert"
macros, if the dealii namespace was not globally included. This
is now fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14404 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add proper forward declarations of partial specializations before they are used

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14403 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add proper forward declarations of partial specializations before they are used

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14402 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update the documentation a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14401 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14400 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update number of tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14399 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14398 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed inversion of FullMatrix objects.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14397 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move Tobias' entry (patch 14392) from General to deal.II where this entry seems to fit in better.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14396 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it compile in debug.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14395 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make DataOutReader::read() backwards compatible with old version of the deal.II intermediate format.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14394 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update some test refs due to patch 14392: a) different roundoff error, b) extended deal.II intermediate format, c) bug fix for FE_RaviartThomas and FE_ABF elements (mapped function values)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14393 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend DataOutBase and DataOut to store mapped (quadrature) points in each patch at the boundary. Use a mapping to obtain function values and thus fix a bug for FE_RaviartThomas and FE_ABF elements, which need such a mapping for the function values.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14392 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

delete test ref for x86_64-unknown-linux-gnu+gcc4.1, as it is identical to the one for ...gcc3.3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14391 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

provide a simpler constructor for ComressedBlockSparsityPattern

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14390 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put parentheses around the stronger binding operator.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14389 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

implement count dofs per block for multigrid

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14388 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use -Wno-return-type if the flag -Wreturn-type (otherwise included in -Wall) would lead to strange warning messages.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14387 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New output files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14386 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14385 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed the Makefile for Petsc libraries.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14384 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test: test dof reordering if the face is rotated against the standard orientation. Test this via projection of a function to a mesh using FE_Q<3>(3) elements. Currently only works on branch_general_meshes. Should be moved to tests/bits eventually.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14383 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test for GridGenerator::moebius(). Currently only works on branch_general_meshes. Should be moved to tests/bits eventually.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14382 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test: quadrature points reordering if the face is rotated against the standard orientation. Currently only works on branch_general_meshes. Should be moved to tests/bits eventually.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14381 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few test outputs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14379 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix arguments of main().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14378 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use parentheses to avoid a warning in recent gcc4.3's

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14377 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the order of branches in a test for sunCC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14376 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove -Wconversion from the list of flags for gcc. With recent mainline versions, gcc also warns about things like
void f(int);
void g() {
  unsigned int i = 0;
  f(i);
}
because of the conversion from unsigned int to int. We have literally thousands of these places (and libstdc++ has many too) that are most likely ok.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14375 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use braces to avoid a new warning in gcc 4.3.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14374 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use braces to avoid a new warning in gcc 4.3.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14373 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use braces to avoid a new warning in gcc 4.3. Also use Assert instead of AssertThrow in two places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14372 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use braces to avoid a new warning in gcc 4.3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14371 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect gcc 4.3.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14370 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

links to new regression script

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14364 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove coarsen flag only for active cells, otherwise an Assertion would be thrown

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14363 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

compute_row_lengths removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14361 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect whether -library=... works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14360 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify (necessary or not) a call to std::transform

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14359 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an apparently needed include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14358 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary qualification that would also require a presently missing 'typename'

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14357 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a mistaken declaration.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14356 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

set props correctly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14355 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few output files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14354 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a test that now works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14353 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add TODOs about the adjust_face_orientation field.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14352 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14351 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14350 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug: the array size was already nonzero (the base class constructor sets it correctly, so we only have to copy data, not insert it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14349 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set the array size to nonzero only in 3d, since we don't ever need this field otherwise.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor differences.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14347 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small variations lead to bigger differences.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14346 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

rand() works differently on this platform

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14345 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Binary data necessarily looks different.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14344 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Different results due to different random number generator.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14343 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

This processor has a different way of wrapping the largest and smallest long doubles onto doubles.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14342 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The random number generator on this system works differently.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14341 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The random number generator on this system works differently.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14340 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reimplement the changes from patch 14330: Do not permute the shape functions on faces in 3D, but reorder the corresponding dofs in cell->get_dof_indices().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14339 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New output files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14338 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New output files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14337 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d