Testsuite: Bugfix: Only run thread_local_storage tests if deal.II is configured with thread support

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Bugfix: Silence a warning introduced in r31919

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

tutorial page fixes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add publications

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Bugfix: Use the correct mpirun executable as found by FindMPI.cmake

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert a couple of places where we intended 'unsigned int' but now had 'size_type'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A couple of fixes to make things compile again in 64-bit mode after the change to full_matrix.h a couple of days ago.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Several bugfixes in FindTRILINOS.cmake

 - Use again the FIND_PACKAGE mechanism that has the right search order for
   project configurations

 - Print error condition in configure phase so that one has a clue what is
   going wrong...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Provide alternative output for q_dg0_projection_01 with icc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31914 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Provide alternative output for icc

The tests in question test whether it is possible to find a vertex lying
exactly on an edge or line, respectively. Unfortunately this is not stable
under more aggressive optimization.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31913 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert "Testsuite: Reenable compiler version injection on non Linux platforms"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31912 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

revert last commit

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31911 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove 'official' Windows support from the readme.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31910 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Reenable compiler version injection on non Linux platforms

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31909 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Update some documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31908 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix latex formula

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31907 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple of previously missing specializations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31906 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In the conversion to 64-bit indices, a lot of classes acquired a local typedef 'size_type'. In some cases, it was aliased to types::global_dof_index, but this may have been a mistake. One such example is FullMatrix, which definitely doesn't need 64-bit indices. Revert this and go back to 'unsigned int' for the local size_type type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31905 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Some more cleanup

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31904 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Cleanup, and remove obsolete dot invocation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31903 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust the tests using collect_periodic_faces to the new signature in r31900

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31901 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed the signature of collect_periodic_faces to return the result via a reference and not as return value

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31900 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix tangentil jump

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31899 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleanup append_index call. Do not make the scratch data a member of ConstraintMatrix but make it a static variable that lives for the whole program. This simplifies the calls singificantly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31898 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid cycles in constraint.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31897 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot to update test output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31896 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better test output to avoid log(0).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31895 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify code

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31894 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31893 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31892 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Fix typo introduced in 31887

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31887 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid using C++11

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31886 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: The testsuite needs at least cmake version 2.8.9. Clean up some comments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31885 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Export mesh_converter again in the project configuration. The testsuite needs it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31884 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test one more aspect: resolving large chains of constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31883 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two more test cases. Use common naming scheme for parallel assembly tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31882 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

run gla tests only if we have petsc and trilinos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31880 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

scale random entries in test to make tolerance check work. This should fix the test on intel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31878 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output error instead of throwing an assertion in order to see the output when it is wrong. Desired output is -inf.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Instantiate several functions in GridTools for parallel::distributed::Triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31876 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Copy data inside the vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31875 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update tooltip

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Prettify tutorial pages

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31873 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove debug output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31872 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few issues when re-using ScratchData.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31871 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Provide tutorial page within doxygen, cleanup

TODO:

 * Reformat the page

 * Automatically generate the list and the group

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31870 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix segmentation fault. Still need to fix wrong resolution of constraints in distribute_local_to_global

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31869 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve comments for periodicity stuff

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31868 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use std::vector instead of manually allocating memory

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Fix typos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Final cleanup of the build system for the release.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31861 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix, only run the install stage for the convenience targets if
CMAKE_INSTALL_PREFIX is actually set to something different than /usr/local

The rationale behind this is that in case that CMAKE_INSTALL_PREFIX is not
altered, a user most likely just wants to compile parts of the library
(without installation).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31860 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention change

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31859 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an news item

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31858 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Bugfix: Avoid a name clash for configured doxygen scripts

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleanup: Remove report_features and the old build test facility

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cmake: Fix a quoting error; silence a warning with cmake-2.8.12

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31854 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include a suggestion by Denis Davydov.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31853 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few comments as suggested by Denis Davydov.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31852 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add scratch data field in constraint matrix to avoid frequent re-allocation that can affect parallel performance (memory allocation is not scalable). It is made thread-local and we need to make sure that no function used inside distribute_local_to_global spawns tasks by itself. There is a bool state variable to provide some security against race conditions, even though it is subject to race conditions, too.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31851 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Also respect DEAL_II_CXX_FLAGS

Although this is an invalid naming (it just read CMAKE_CXX_FLAGS) it is
just way too easy to accidentally use it...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31850 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Improve $ (make|ninja) (help|info) considerably, do not define a
"help" target when the ninja generator is used

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31849 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-fill comments to make them more compact.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31848 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo in Guido's name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

publications update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31846 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

publications update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31845 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Try to fix the timing issues in base/timer_02

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31843 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31842 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix latex errors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31841 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Significantly improve the error message one gets when you ask for something from an FEValues object for which the corresponding flag was not specified.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31840 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase stopping limit for gmres_reorthogonalize

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31839 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a memory allocation if possible, by re-using previously used memory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31838 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output for intel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31837 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Add alternative comparison output for Intel in optimised mode

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31836 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Provide different comparison files for the renumbering tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31835 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Add a possiblity to specify compiler and compiler version restrictions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31834 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Remove test override location mechanism.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31833 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable even-odd decomposition for element degree 1 because it is slower than the old implemnetation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31832 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some more failing tests due to rounding with ICC

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31830 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Some more cleanup

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31829 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Doc: Change target description.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31828 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some last documentation fixes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31827 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31826 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Reformat <pre> environment, unify and cleanup documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31825 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Bugfix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31824 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

"Fix" a compilation issue with clang-3.4 and bundled fparser

Putting includes in front of the fpoptimizer.cc blob helps. It's magic.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31823 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing instantiations of find_active_cell_around_point

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31821 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And change the number of printed digits for four more tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31820 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And another one

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31819 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

and another test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31818 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase number of printed digits for a test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31817 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a test for icc: Stop for polynomial degree 4 as soon as EPS is reached.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31816 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase output accuracy of a test so that it succesfully runs with icc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31815 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reset a copy object before writing into it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31814 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clean up code a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31813 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark an input argument as const.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31812 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around the Intel ICC bug that leads to forgotten template instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

automatically generate version info

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

next try to remove compilation warning in tensor_base.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31808 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d