Indent arguments uniformly.

Merge pull request #6115 from bangerth/mapping-get-data

Convert the various Mapping::get_*_data() functions to return std::unique_ptr.

Merge pull request #6141 from masterleinad/fix_comparator_constness

Make comparator const

Convert the various Mapping::get_*_data() functions to return std::unique_ptr.

This required a number of adjustments in places where we used the fact that we used covariant
return types all over the place. We can't do this any more, and so in a number of places
we have to convert things by hand back to the (known) derived type.

Make comparator const

Merge pull request #6127 from davydden/feature/get_position_vector_parallel

make VectorTools::get_position_vector() write into vector only on loc…

Merge pull request #6138 from drwells/check-fe-system-dynamic-cast-2

Fix an exception type.

Merge pull request #6133 from drwells/gmres-n-tmp-vectors-bound

Gmres n tmp vectors bound

Use at least three temporary vectors for GMRES.

This prevents possible integer wrap-around that is not desired.

This was found by coverity.

Fix an exception type.

The documentation of the function states that we should use
ExcInterpolationNotImplemented.

Merge pull request #6136 from bangerth/doc-update-3

Fix doc mistake.

Fix doc mistake.

Merge pull request #6113 from masterleinad/fix_fe_get_data

Let FiniteElement::get_*data return a std::unique_ptr

make VectorTools::get_position_vector() write into vector only on locally owned cells

Let FiniteElement::get_*data return a std::unique_ptr

Merge pull request #6132 from drwells/check-fe-system-dynamic-cast

Explicitly check the result of a dynamic_cast.

Merge pull request #6101 from davydden/doc/fix_latex_lapack_scalapack

fix LaTeX in Lapack and ScaLapack

Explicitly check the result of a dynamic_cast.

Remove an old comment.

This function has been long since rewritten (see 3f3faccbcdc) so the
comment made back in bc62a2d882a no longer applies.

Merge pull request #6131 from drwells/move-dtor-code-inside-try

Move some destructor code inside a try block.

Merge pull request #6114 from bangerth/movable

Enable writing Threads::Thread<T> for types T that are only movable.

Merge pull request #6130 from tamiko/fix_a_test_14

petsc/solver_02: Make range more forgiving

Move some destructor code inside a try block.

This was caught by coverity.

petsc/solver_02: Make range more forgiving

Depending on the PETSc version the solver takes roughly between 1069 and
1141 cycles. Just check for a genereous number of cycles (between 1050
and 1150).

Merge pull request #6110 from drwells/avoid-slepc-deprecated

Avoid using a deprecated SLEPc function.

Avoid using a deprecated SLEPc function.

EPSComputeResidualNorm and EPSComputeRelativeError were both deprecated
in the 3.6 release in favor of EPSComputeError.

Merge pull request #6126 from masterleinad/fix_libc++

Avoid using functionality removed in libc++ for C++17

Merge pull request #6120 from tamiko/fix_a_test_12

Tests: Slightly change stopping criterion in petsc/solver_02

Merge pull request #6122 from tamiko/fix_a_test_13

Tests: update petsc_complex/solver_real_02

Fix remainig occurrences of std::bind1st and std::bind2nd in bundled boost

Detect std::auto_ptr support

Avoid auto_ptr in bundled boost

Avoid auto_ptr in bundled muParser

Merge pull request #6123 from bangerth/fix-is_contiguous

Make sure is_contiguous() compares addresses, not values, of array objects.

Add test.

Make sure is_contiguous() compares addresses, not values, of array objects.

Tests: update petsc_complex/solver_real_02

Make this test a bit more stable to avoid a floating point exception,
see pull request #6120

Set number of allowed iterations to the same value that is use in
petsc/solver_02

Tests: Slightly change stopping criterion in petsc/solver_02

The Chebyshev smoother for PETSc is quite a tricky beast. Maybe it would
be best to simply not use it. Anyway, it turns out that simply changing
the stopping criterion for the inner smoother a bit let's this test
pass. [1]

Let's just give up and let the test pass...

Fixes #5320

[1] Under certain circumstances the test fails with a floating point
exception (division by zero) with newer PETSc 3.8.X.

Merge pull request #6111 from Rombur/cuda_warnings

Fix warnings from AssertCuda and AssertCusparse

Merge pull request #6112 from masterleinad/fix_filtered_iterator_ptr

Let Predicate*::clone return a std::unique_ptr

Merge pull request #6116 from bangerth/step-12

Remove unnecessary semi-colons in step-12.

Merge pull request #6117 from bangerth/step-12-2

Adapt step-12 some further.

Adapt step-12 some further.

In #5988, I added a function beta(...) that computes the advection direction
in step-12, but I forgot to update one other place where we computed this
direction as well. Use the new function in there as well.

Remove unnecessary semi-colons in step-12.

Add a changelog entry.

Add tests.

Enable writing Threads::Thread<T> for types T that are only movable.

Previously, it was not possible to write Threads::new_thread(&foo) or Threads::new_task(&foo)
for functions that return an object whose type is not copyable, but is movable. That's
because in a number of places in the internal machinery of the Threads::Thread and
Threads::Task classes, we didn't account for such types.

This patch fixes this.

Let Predicate*::clone return a std::unique_ptr

Fix warnings from AssertCuda and AssertCusparse

Merge pull request #6105 from tamiko/fix_gla_tests

Tests: Update gla/* test outputs

Merge pull request #6087 from bangerth/fix-petsc

Fix iterating over entries of parallel PETSc matrices.

Merge pull request #6109 from masterleinad/use_reference

Avoid copies clang-tidy complains about

Merge pull request #6107 from davydden/feature/p_vector_compress_split

la::p::Vector: split compress() and update_ghosts() calls into chunks

Merge pull request #5989 from drwells/update-tbb

Update tbb

extend description

Avoid copies clang-tidy complains about

la::p::Vector: split compress() and update_ghosts() calls into chunks

Merge pull request #6080 from BenBrands/Inverse

ScaLAPACKMatrix::invert for non-symmetric matrices

Add a changelog entry.

Add a test.

Merge pull request #6097 from bangerth/timer-output

Use TimerOutput::Scope in step-32.

Fix iterating over entries of parallel PETSc matrices.

Previously, it was not possible to iterate over the local range because
one would have to call
  matrix.end(row)
where 'row' is the last locally owned row, and that triggered an
assertion because this end iterator is also the begin iterator of
the next row -- which is not locally owned any more.

Fix this.

Merge pull request #6108 from bangerth/fix-step-35

Fix odd use of comma operator.

Fix odd use of comma operator.

step-35 uses an odd way of concatenating two 'void' statements, using
operator comma where a semicolon was intended. Fix this.

This was pointed out to me by my student Chen Shen.

Merge pull request #6104 from masterleinad/fix_minmax_cell_diameter

Let GridTools::minimal/maximal_cell_diameter return global values

Tests: Add an output variant for gla/block_mat_03

Tests: rename output variant

All of these output variants are for complex number, thus call the file
"output.complex-output" instead of "output.2".

Tests: Remove unnecessary with_trilinos=true guard

This subdirectory is only every parsed if Trilinos, PETSc and MPI
support is enabled.

Let GridTools::minimal/maximal_cell_diameter return global values

Merge pull request #6103 from tamiko/update_test_script

CMake: Do not require a special name for TRACK="Continuous"

Use TimerOutput::Scope in step-32.

This program still used the old, manual enter_section/leave_section()
functions. We know these days how to do this better.

Merge pull request #6102 from davydden/bugfix/parall_vector_compress

la::p::Vector::compress(insert) now correctly zeroes ghosts

CMake: Do not require a special name for TRACK=continuous

bugfix: la::p::Vector::compress(insert) now correctly zeroes ghosts

Merge pull request #6088 from tamiko/preprocess_prm_in

CMake: Preprocess testsuite parameter files

Merge pull request #6100 from masterleinad/fix_minmax_cell_diameter

Fix GridTools::minimal/maximal_cell_diameter for p::d::Triangulation

Merge pull request #6099 from davydden/feature/improve_partitioner

improve MPI::Partitioner for the case of empty owned DoFs with with non-empty ghosts

doc: fix LaTeX in Lapack and ScaLapack

Merge pull request #6095 from davydden/doc/partitioner

give example of Utilities::MPI::Partitioner

doc: give example of Utilities::MPI::Partitioner

Merge pull request #6090 from luca-heltai/fix-occ-normal-to-mesh

Fix bug in NormalToMeshProjection

Fix GridTools::minimal/maximal_cell_dimaeter for p::d::Triangulation

improve MPI::Partitioner to support empty ArrayView for owned DoFs

Merge pull request #6098 from tamiko/add_rpath

CMake: Add rpath to example steps

CMake: Add rpath to example steps

Quoting from the documentation [1]
  """
  CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH is an interesting and very useful
  option. When building a target with RPATH, CMake determines the RPATH
  by using the directories of all libraries to which this target links.
  Some of these libraries may be located in the same build tree, e.g.
  libbar.so, these directories are also added to the RPATH. If this
  option is enabled, all these directories except those which are also
  in the build tree will be added to the install RPATH automatically.
  The only directories which may then still be missing from the RPATH
  are the directories where the libraries from the same project (i.e.
  libbar.so) are installed to. If the install directory for the
  libraries is not one of the systems default library directories, you
  have to add this directory yourself to the install RPATH by setting
  CMAKE_INSTALL_RPATH accordingly.
  """

Well, let's simply add the missing rpath to the install location for our
example binaries then. We guard this with
CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH in case augment the INSTALL_RPATH
so that CMake doesn't populate any rpath in case the user doesn't want
that.

[1] https://cmake.org/Wiki/CMake_RPATH_handling

Fixes #6096

Merge pull request #6081 from bangerth/fix-copy_from

Fix quadratic behavior of SparsityPattern::copy_from().

Merge pull request #6094 from masterleinad/fix_cone_04

Fix cone_04

Merge pull request #6092 from tamiko/fix_a_test_10

Tests: Provide output variants for clang-6 and libc++

Fix cone_04

Merge pull request #5959 from drwells/transpose-table-iterator

Transpose table iterator

Merge pull request #6091 from tamiko/fix_check

CMake: Also propagate compiler and linker flags to the boost check

Merge pull request #6093 from tamiko/fix_a_test_11

Tests: Do not print memory consumptions in fe/fe_move_0? tests

Tests: Do not print memory consumptions in fe/fe_move_0? tests

The memory consumption is simply not stable with respect to architecture
and standard library.

The test remains useful - the actual contents of the moved elements is
still printed and compared in a unique (and stable) manner.

Further, remove output variants for clang9_darwin - I checked that the
output is now the same.

Tests: Provide output variant for clang-6 and libc++

The renumbering in dofs/dof_renumbering_02 changes slightly when libc++
is used. Let's add an output variant.

Implement a random-access iterator for TransposeTable.

CMake: Also propagate compiler and linker flags to the boost check

Add a new header for implementing random-access iterators.

doc: Update documentation

Add another test.

Ensure we get no segmentation faults for empty matrices.