working step-50

communicate copy_indices

We need to do a parallel communication step for copy_indices in
MGTransfer. Simply make it work for now.

improve test

test cleanup

disable debug printing that fails in release mode (indices not sorted).

fix bug in MGConstrainedDofs

add failing test

add CellID::str()

add test

replace get_boundary_indices

use IndexSet instead

work on step-50

step-50 debugging work

Merge branch 'master' into parmg

Conflicts:
examples/step-50/step-50.cc

Merge pull request #667 from bangerth/augment-error-messages

Augment all error messages in the numerics/ directory

Address Timo's comments from review. Also rename namespace DataOutExceptions to Exceptions::DataOut.

Unify exceptions throughout the DataOut* classes.

Adjust error messages in the VectorTools namespace.

Adjust error messages in the TimeDependent class and friends.

Adjust error messages in the SolutionTransfer class.

Adjust error messages in the PointValueHistory class.

Adjust error messages in the error estimator class.

Adjust error messages in the Histogram class.

Improve error messages in DerivativeApproximation.

Go through all error messages for the data_out_* assertions.

Merge pull request #669 from kronbichler/master

Fix warning by removing unused code

Fix warning by removing unused code

Merge pull request #668 from tamiko/fix_trilinos_tpl_includes

CMake: Bugfix: Make the requirement for Trilinos_TPL_INCLUDE_DIRS optional

CMake: Bugfix: Make the requirement for Trilinos_TPL_INCLUDE_DIRS optional

Merge pull request #665 from tamiko/fix_trilinos_tpl_includes

CMake: Bugfix: Use Trilinos third party header locations

Merge pull request #666 from bangerth/add-assertion

Add an assertion to GridGenerator::create_union_triangulation().

Merge pull request #662 from kronbichler/master

Fix call to compress in reinit of Trilinos sparse matrix

Add an assertion to GridGenerator::create_union_triangulation().

CMake: Bugfix: Use Trilinos third party header locations

Also append Trilinos_TPL_INCLUDE_DIRS to TRILINOS_INCLUDE_DIRS

Merge pull request #663 from bangerth/add-gridgenerator-create_triangulation_without_cells

Add GridGenerator::create_triangulation_with_removed_cells().

Augment a changelog entry to say where the user can find this class.

Add GridGenerator::create_triangulation_with_removed_cells().

Fix description of what the test does.

Make sure to call compress() in test

Fix call to compress in reinit of Trilinos sparse matrix

Merge pull request #654 from bangerth/doc-updates-6

Doc updates 6

Link to the discussion of the 'goto' in step-26.

Document the use and reasoning of goto in step-26.

Merge pull request #644 from bangerth/explain-operator-or

Explain the use of operator| for the update_* flags.

Merge pull request #658 from bangerth/remove-exceptions-without-arguments-5

Improve what an exception says.

Improve what an exception says.

This happens to be a case one of my students ran into today. Again for #610.

Merge pull request #214 from Rombur/muelu

Add MueLu preconditioner using MueLu::MLParameterListInterpreter.

Merge pull request #616 from bangerth/remove-deprecated-functions-14

Remove deprecated functions 14

Merge pull request #656 from tcclevenger/fix_wiki_links

Fixed Wiki links in README

Fixed Wiki links in README

Reindent.

Adjust test output.

Apparently the previous couple of commits also fixed a test that previously
produced output that I cannot explain and that now looks completely reasonable.

Follow Martin K's advice on what the argument should be.

Document changes in semantics to apply_boundary_values.

Document changes to TrilinosWrappers::SparseMatrix::clear_row().

While there, also remove the second, nonsensical call to compress().

Clone the _04 test and also check const_iterators.

Ensure that we can run iterators over Trilinos matrices that are not stored locally.

Update comments.

In particular, avoid unclear use of language for end() iterators, and
avoid references to the STL that only old-timers still
understand. Also talk about the semantics in the parallel context.

Update comments.

In particular, avoid unclear use of language for end() iterators, and
avoid references to the STL that only old-timers still understand.

Merge pull request #652 from drwells/step-20-compressed-sparsity

Use `BlockCompressedSparsityPattern` in step-20.

Use `BlockCompressedSparsityPattern` in step-20.
Step-20 now introduces the block compressed sparsity pattern. This
should close issue 306.

Remove deprecated function TrilinosWrappers::SparseMatrix::compress() without argument.

Remove deprecated function BlockMatrixBase::compress() without argument.

Avoid calls to naked compress() without a VectorOperation argument.

Remove a test.

This test mixes add and write access to a Trilinos sparse matrix. This does not work reliably and is, I think, not an operation we want to support as it cannot be done efficiently.

Merge pull request #651 from bangerth/doc-fixes-11

Update documentation in a small way.

Update documentation in a small way.

Merge pull request #649 from bangerth/doc-fixes-10

Doc fixes 10

Provide a reference to step-14.

Significantly improve an error message.

Addresses #610.

Merge pull request #648 from QiaoLei-88/step33DocIssue

Step33 doc issue (#646)

Fix a typo.

correct type of output example from 'code' to 'verbatim'

fix mathbf and braces issues

Merge pull request #647 from QiaoLei-88/fixStep33Intro

fix formula error in intro and result parts of step-33 #646

fix bracket mismatch in result part of step-33

fix formula error in intro of step-33 #646

Merge pull request #640 from bangerth/further-exception-cleanups-2

More exception cleanups

One more exception conversion.

Avoid exceptions that take references to their arguments -- it's not clear that this would work reliably.

Merge pull request #645 from rosskynch/fix_642

Fix issue #642

Removed p=3 case as it takes far too long to run (issue #642). Test is still valid as the solution should be exact at p=2

Explain the use of operator| for the update_* flags.

Merge pull request #643 from tjhei/fe_field_fct_exc

Use and document VectorTools::ExcPointNotAvailableHere

Use and document VectorTools::ExcPointNotAvailableHere

ExcPointNotAvailableHere is duplicated in VectorTools and
FEFieldFunction and is awkward to use in the latter because of the
template arguments.

- provide textual description of Exception
- deprecate the version in FEFieldFunction
- update documentation
- update test

Merge pull request #639 from bangerth/clarify-step-8

Clarify a statement in the documentation of step-8.

Clarify a statement in the documentation of step-8.

Provide a changes.h entry.

Minor code cleanup.

More improvements on exceptions with no message.

Merge pull request #631 from davydden/tensor

Extra functionality of Tensor class

allow contraction of tensors of different base type

Merge pull request #634 from bangerth/revert-previous-commit

Revert commit e86e602ae14.

Revert commit e86e602ae14.

This undoes the changes of commit  13796ae50a7ac24 (through issue #621) that don't compile of their own.

Merge pull request #632 from davydden/error_estimator

templating ParallelData in error_estimator

Merge pull request #633 from bangerth/accelerate-indent

Accelerate indent

Indent files that had been forgotten by the indentation script.

Accelerate indentation of all files from 7 to 1.1 seconds.

patched error_estimator

Merge pull request #630 from bangerth/fix-symmetric-tensor-product-type

Add ProductType description also for SymmetricTensor. Address issue #600

Add ProductType description also for SymmetricTensor.