Merge pull request #14592 from luca-heltai/petsc-block-matrix-to-nestmat

PETScWrappers:BlockSparseMatrix: create PETSc MATNEST

Merge pull request #14575 from luca-heltai/petsc-mat-mpi-getter

Petsc mat mpi getter

Merge pull request #14547 from luca-heltai/hp-FEIV

Add hp to FEInterfaceValues

Merge pull request #14591 from luca-heltai/petsc-mpi-management-and-getarray

Petsc mpi management and getarray

Fix constness.

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Merge pull request #14587 from drwells/memory-optimizations

Memory optimizations

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Merge pull request #14586 from tamiko/quick_quick_tests_fix

ChangeLog.

PETScWrappers:BlockSparseMatrix: create PETSc MATNEST

ChangeLog.

Add hp to FEInterfaceValues

PETScWrappers::MatrixBase remove improper usage of WORLD

support printing a matrix that does not implement MatGetRow

PETScWrappers::MatrixFree remove improper usage of MPI_COMM_WORLD

PETScWrappers fix improper usage of WORLD and GetArray

add a method  to get the Vec

Merge pull request #14590 from peterrum/connectivity_refactoring

Some refactoring in connectivity.h

CMake: do not trigger install during make test

CMake: return a non-zero exit code when quick tests fail

Merge pull request #14588 from tjhei/jenkins-mpi-quick-failure

CI: show quicktest failures in Jenkins

Merge pull request #14510 from masterleinad/kokkos_la_d_vector_1

Use Kokkos in MemorySpaceData

Some refactoring in connectivity.h

Improve memory usage when reading ExodusII grids.

For my big heart mesh (which has about 2.4 million elements) this lowers
peak memory consumption from 1.3 GB to 1.2 GB.

Add a few missing memory consumption calls/implementations.

Merge pull request #14585 from tjhei/fix_deprecated_usage_in_tests

Fix deprecated usage in tests

CI: show quicktest failures

avoid deprecated function

avoid deprecated functions in tests

fixup

fixup

Fix typo

Co-authored-by: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>

Changelog.

PETScWrappers::MatrixBase: add default getter for mpi comm and constructor from Mat

Merge pull request #14584 from and-salmon/step-22-link

Use Kokkos in MemorySpaceData

Update broken link in step-22 intro.dox

Merge pull request #14539 from drwells/rearrange-mapping-related-data

MappingRelatedData: move to separate header and source files.

MappingRelatedData: remove extra dealii:: qualifications.

Merge pull request #14578 from and-salmon/typo-step-18

Correct typo in step-18 intro.dox

Merge pull request #14416 from peterrum/solver_gmres_fix

Fix vector access in SolverGMRES

Merge pull request #14573 from bangerth/vtu-2

Simplify data passing to vtk_point_index_from_ijk().

Merge pull request #14387 from peterrum/instantiation_helper_run_2

FEEvaluation: precompile for n_q_points==2*fe_degree

Merge pull request #14570 from peterrum/weight_fe_q_dofs_by_entity_shifted

Add weight_fe_q_dofs_by_entity_shifted() and compute_weights_fe_q_dofs_by_entity_shifted()

Merge pull request #14572 from masterleinad/fix_more_array_access_warnings

Avoid more compiler warnings about array access

Merge pull request #14574 from luca-heltai/petsc-object-reference

Changelog.

PETScWrappers::VectorBase: use PetscObjectReference

now the deal object can outlive the Vec

Rename function arguments.

Rename a function.

Simplify data passing to vtk_point_index_from_ijk().

Address warnings about unused variables

Merge pull request #14558 from tamiko/cmake_improve_quick_tests

Avoid more compiler warnings about array access

gitattributes: do not filter run_quick_tests.cmake script

Tests: enable run quick tests in run_buildtest.cmake

Tests: update quick test error message

update doc/news/changes

tests: add a test target that runs the quick tests

Tests: Clean up top level CMakeLists.txt

Tests: convert quicktests to regular tests

Merge pull request #14559 from tamiko/testsuite_fixes

Tests: make mpiexec and numdiff optional

Merge pull request #14564 from peterrum/power_of_two

Add helper function to indicate power of two

Merge pull request #14555 from tjhei/jenkins-remove-old-mpi

Merge pull request #14549 from adamqc/python-mesh-smoothing

Add weight_fe_q_dofs_by_entity_shifted() and compute_weights_fe_q_dofs_by_entity_shifted()

Merge pull request #14563 from peterrum/json_docu

ParameterHandler: add example for json

Merge pull request #14565 from peterrum/feeval_fix_assert

FEEvaluation: fix assert

Merge pull request #14566 from peterrum/convert_hypercube_to_simplex_mesh_rename_tests

Rename tests

Merge pull request #14560 from peterrum/relax_assert

Relax assert

CMake: bugfix: do not pass an argument as environemt variable

This fixes the runscript invocation on windows configurations

Rename tests

FEEvaluation: fix assert

Add helper function to indicate power of two

ParameterHandler: add example for json

Relax assert

Tests: Use find_package(UnixCommands) to detect a suitable shell

Tests: make mpiexec and numdiff optional

Making numdiff (and mpiexec) optional has a number of advantages:

 - First of all, we can call deal_ii_pickup_tests() in user projects
   unconditionally. Previously, it was always necessary to add some
   CMake code to only call the macro if numdiff was available. Or,
   otherwise to frustrate everyone who just wants to configure and
   compile your project and doesn't happen to have numdiff installed.

 - This refactoring will allow us to simply call deal_ii_pickup_tests()
   for configuring out quick tests.

CMake: move a macro definition to the proper file

Merge pull request #14556 from bangerth/vtu-1

Replace one more occurrence of dim-predicated loops.

Merge pull request #14321 from peterrum/rotate

Rotate for dim=1 spacedim=2

Merge pull request #14331 from peterrum/fdm_compression_ad

TensorProductMatrixSymmetricSumCollection: allow to disable compression

TensorProductMatrixSymmetricSumCollection: allow to disable compression

Merge pull request #14520 from masterleinad/add_mold_linker

Add support for the mold linker

Remove a function argument.

Add get/set_mesh_smoothing to python bindings.

Replace one more occurrence of dim-predicated loops.

CI: disable old MPI build

Now that the new MPI build is working, delete the old one.

Merge pull request #14552 from peterrum/cgs_log

Modified Gram-Schmidt: add docu

Merge pull request #14550 from tamiko/fix_gmsh_configure

CMake: Bugfix: only export DEAL_II_GMSH_WITH_API if gmsh is configured

Try using mold in github actions

Modified Gram-Schmidt: add docu

Merge pull request #14546 from drwells/step-70-no-boost

step-70: remove a dependency on boost.

Merge pull request #14543 from masterleinad/fix_undefned_var_template

Address Wundefined-var-template

Rotate for dim=1 spacedim=2

Merge pull request #14417 from peterrum/cheby_forth_kind

Introduce 4th-kind Chebyshev preconditioner

Merge pull request #14548 from masterleinad/fix_indent_jenkins

Fix indentation in Jenkinsfile.mpi

FEEvaluation: precompile for n_q_points==2*fe_degree

CMake: Bugfix: only export DEAL_II_GMSH_WITH_API if gmsh is configured

If the gmsh library is installed but the gmsh executable is missing we
currently disable gmsh support. This implies that we will not link
against the gmsh library.

Unfortunately, on first configure pass the variable `GMSH_WITH_API` is
still populated with a `TRUE` value and the `DEAL_II_GMSH_WITH_API`
variable gets set by accident and final linkage fails.

This issue is hard to spot because a second invocation of cmake will
cure the configure mistake (and the debian/ubuntu packages do not run
any autodetection).