remove redundant template parameter 'Number'

Merge pull request #799 from QiaoLei-88/Timer_cpu_time

fix cpu time collection on MPI system for class TimerOutput

fix cpu time collection on MPI system for class TimerOutput.

Merge pull request #840 from bangerth/remove-use-of-rand_r

Remove use of rand r

Merge pull request #838 from bangerth/fix-warning

Suppress a warning inside boost.

Remove cmake checks for rand_r().

We now no longer use this function anywhere.

Merge pull request #839 from bangerth/doc-update-22

Swap order of constructor arguments to make their connection to each other clearer.

Swap order of constructor arguments to make their connection to each
other clearer.

This closes #755.

Add test.

Replace use of rand_r by equivalent BOOST functionality.

Merge pull request #750 from tamiko/linear_operator

Implement a LinearOperator class

provide a doxygen module, finish documentation

refactor internal helper classes

Use static GrowingVectorMemory objects

Big renaming

Correctly guard C++11 code with DEAL_II_WITH_CXX11

Rename 'exemplar' to 'reinit_vector'

Introduce internal::LinearOperator namespace

Reorder arguments of inverse_linop

Explicitly add default construtor variants

add a test

add blogdiagonal variants

Restructure Factory class into internal namespace

Augment documentation

Generalize the "linop" constructor

Implement block_linop

Documentation update

add a changes.h entry

Add Specializations for BlockVector<number> and vectors in TrilinosWrappers::

Implement a LinearOperator class

Add range_partitioner and domain_partitioner member functions

TrilinosWrappers::BlockSparseMatrix now has member functions returning an
std::vector of the underlying, blockwise Epetra_Map object

Suppress a warning inside boost.

Specifically, suppress the following warning:

In file included from /u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/json_parser.hpp:15:0,
                 from /u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/source/base/parameter_handler.cc:25:
/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/detail/json_parser_write.hpp: In function âstd::basic_string<_CharT> boost::property_tree::json_parser::create_escapes(const std::basic_string<_CharT>&) [with Ch = char]â
:/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/detail/json_parser_write.hpp:79:67:   instantiated from âvoid boost::property_tree::json_parser::write_json_helper(std::basic_ostream<typename Ptree::key_type::value_type>&, const Ptree&, int, bool) [with Ptree = boost::property_tree::basic_ptree<std::basic_string<char>, std::basic_string<char> >, typename Ptree::key_type::value_type = char]
â/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/detail/json_parser_write.hpp:159:9:   instantiated from âvoid boost::property_tree::json_parser::write_json_internal(std::basic_ostream<typename Ptree::key_type::value_type>&, const Ptree&, const string&, bool) [with Ptree = boost::property_tree::basic_ptree<std::basic_string<char>, std::basic_string<char> >, typename Ptree::key_type::value_type = char, std::string = std::basic_string<char>]
â/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/json_parser.hpp:98:9:   instantiated from âvoid boost::property_tree::json_parser::write_json(std::basic_ostream<typename Ptree::key_type::value_type>&, const Ptree&, bool) [with Ptree = boost::property_tree::basic_ptree<std::basic_string<char>, std::basic_string<char> >, typename Ptree::key_type::value_type = char]
â/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/source/base/parameter_handler.cc:1921:32:   instantiated from here
/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/detail/json_parser_write.hpp:35:13: warning: comparison is always true due to limited range of data type [-Wtype-limits]

Merge pull request #837 from tamiko/fixes_for_cygwin

Do not test for rand_r on cygwin platforms

Merge pull request #832 from tamiko/further_fixups

Another round of fixes to suppress warnings

Do not test for rand_r on cygwin platforms

Merge pull request #833 from drwells/block-sizes-arg

Consistently label 'block_sizes' as such.

Merge pull request #834 from Rombur/step-17

Make step-17 more similar to step-8

Merge pull request #835 from tamiko/fix_a_test

fix test mpi/step-39

fix test mpi/step-39

Closes #764

Reindent step-17.

Add sections in the documentation of step-17 and reorder functions to be more like step-8.

Update copyright dates.

Use the prefix "n_", not "num_".

Use full words for variable names.

Consistently name block_sizes as such.
It was referred to as "n" or "N" in some functions.

Fix a bunch of warnings

These are harmless code modifications to make a variety of compilers happy.

Guard pragmas

Merge pull request #808 from bangerth/remove-_mm_malloc

Avoid the use of _mm_malloc/_mm_free in favor of posix_memalign

Merge pull request #830 from tamiko/use_pragmas

Use pragmas to control diagnostics

Use pragma approach for Trilinos' headers

Closes #819

Refactor diagnostic pragma for opencascade

Introduce two macros to guard external header files

This utilizes the "GCC diagnostic" pragma with the corresponding "push" and
"pop" mechanism, as well as the "ignored" statement to selectively disable
specific diagnostic categories.

Avoid the use of _mm_malloc/_mm_free in favor of posix_memalign.

This has the additional advantage that free() can be used and we don't have to be
special on both sides of memory allocation/deallocation.

Merge pull request #828 from bangerth/doc-update-21

Document the polynomials one gets for PolynomialBDM for k=1.

Merge pull request #826 from tjhei/doxygen_fix

fix a number of doxygen issues

Document the polynomials one gets for PolynomialBDM for k=1.

This is joint work with Zhen Tao and Arezou Ghesmati.

Merge pull request #827 from tjhei/tria_number_cache

remove unnecessary communication in Triangulation::update_number_cache

remove unnecessary communication in Triangulation::update_number_cache

fix a number of doxygen issues

Merge pull request #825 from tamiko/fix_warning

Fix warning introduced with the latest commit

Fix warning introduced with the latest commit

Merge pull request #823 from tamiko/fix_icpc_warnings

Override all interpolate() variants in FE_Q_Hierarchical

Merge pull request #824 from tamiko/fix_clang_warning

Silence a false positive "-Wunneeded-internal-declaration"

Override all interpolate() variants in FE_Q_Hierarchical

Silence a false positive "-Wunneeded-internal-declaration"

Clang inlines ```constraints_and_b_v_are_compatible``` into
```do_project``` and after that emits a wrong warning about the former not
being used. Explicitly annotating ```constraints_and_b_v_are_compatible```
with inline helps.

Merge pull request #821 from tamiko/fix_bundled_boost_warnings

Fix warnings in bundled boost

Merge pull request #822 from tamiko/fix_dangling_else

Fix a forgotten -Wdangling-else warning

Fix a forgotten -Wdangling-else warning

Fix warnings in bundled boost

Merge pull request #820 from tamiko/silence_warning

Remove "register" storage location specifier from bundled tbb

Remove "register" storage location specifier from bundled tbb

In c++98, "register" is a mild hint for the compiler that it might be
beneficial to store the variable in a CPU register. This keyword is
deprecated in C++11. Remove it and trust the compiler to figure this out
for itself.

Merge pull request #818 from bangerth/avoid-warning

Avoid a warning with recently enabled -Wxxx flags.

Avoid a warning with recently enabled -Wxxx flags.

Specifically, we get the following warning:

/home/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/tbb41_20130401oss/src/tbb/governor.cpp:64:1: warning: missing initializer for member 'tbb::internal::dynamic_link_descriptor::ptr' [-Wmissing-field-initializers]

Merge pull request #817 from tamiko/bugfix

CMake: Remove -Wno-deprecated

Merge pull request #815 from tamiko/simplify_clang_configuration

CMake: Simplify clang configuration

Merge pull request #811 from tamiko/fix_opencascade_warnings

Fix opencascade warnings

Merge pull request #804 from bangerth/introduce-active_cell_index-2

Introduce active cell index 2

Merge pull request #816 from tamiko/small_cleanup

Remove superfluous flag

Merge pull request #813 from tamiko/fix_dangling_else

Simplify nested if/for clauses to avoid -Wdangling-else warnings

CMake: Remove -Wno-deprecated

-Wno-deprecated has nothing to do with -Wno-deprecated-declarations. Thus,
remove it.

Remove superfluous flag

-Wno-long-long is already unconditionally set.

CMake: Simplify clang configuration

It turns out that clang went a long way since 2011/2012. Remove unneeded
-Wno-* switches.

Merge pull request #812 from luca-heltai/fix-pr-mapping-fe

Changed order of arguments in constructor of MappingFEField

Changed the order of the arguments of the constructor of MappingFEField and tests

Simplify nested if/for clauses to avoid -Wdangling-else warnings

Merge pull request #772 from luca-heltai/fix-mapping-fe

Fix MappingFEField

Fixed usage in the documentation of mapping_fe_field.h

fixed documentation of members in mapping_fe_field.cc and added a reference in vector_tools

Fixed initialization issue.

Added get_position_vector to VectorTools

Removed references to update_euler_vector from tets.

Renamed MappingFE to MappingFEField

Fixed documentation.

Fixed indentation.

Inverted DH and VECTOR in template declaration.

Renamed get_fe_mask to get_component_mask

Added entry in changes.h

fixed: destructor, useless lines, commented code. Renamed tests

added missing documentation and solved the thread safe issue

eliminated if statement in compute_shapes_virtual

solved all the problems highlighted in https://github.com/dealii/dealii/pull/727

const quadrature points in update_euler_vector_using_triangulation

Added two test with a non trivial component mask (mapping_fe_field_real_to_unit_q1_mask.cc) and fixed if statement in update_euler_vector_using_triangulation

Added assert dimension in update_euler_vector_using_triangulation

start working on else statement in update_euler

added one test with fe_bernstein (still failing)

Added tests from q1 to q5 and from b1 to b5

Fixed doxygen comments.

Added a few comments and fixed a const reference.

fixed inital guess in transform_real_to_unit

added hyperballboundary in test b2_mask

Silence warnings caused by opencascade headers

CMake: Remove broken configuration

Merge pull request #810 from kronbichler/master

Fix assertion regarding TrilinosWrappers::SparsityPattern::nonlocal_graph

Add test for empty processors (communicated by D. Arndt).

Fix assertion

Merge pull request #809 from tamiko/fix_warnings

Silence bogus unused-parameters|variables warnings

Silence bogus unused-parameters|variables warnings

Merge pull request #805 from tamiko/silence

Restructure -Wno switches, silence bogus warnings in external headers

Merge pull request #807 from ian-r-rose/typename_fix

Remove typename which was causing problems with C++03