Some small textual changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In the automatic differentiation example: initialize values of independent variables before declaring them as such.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15935 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only run tests on the first cell, to reduce output from the many megabytes we currently have.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15934 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output tensors element by element; this way, the are filtered for very small values which are set to zero by deallog.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15933 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do the same in FESubfaceValues, i.e. avoid code duplication by moving common code from FESubfaceValues::reinit to do_reinit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15932 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid code duplication by moving common code from FEFaceValue::reinit to do_reinit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15931 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Show the new current profile and discuss it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15930 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Round-off has changed slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15929 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Round-off has changed slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15928 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15927 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15926 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Commit new output files after Guido's fixes for the RT elements last week.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15925 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on runtimes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15924 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing update flag

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix problem with zero quedrature weights in FEPolyTensor

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update cycle 4 -- something must have been running concurrently in the first run...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Teach SolverQMRS how to deal with block vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add results for cycle 5.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize a few variables to silence warnings that they may be used uninitialized (which they aren't).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

We replace dealii:: by :: in preprocessing of documentation, so use a different method to document things here.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some (backwards compatible) changes in the deal.II intermediate output format and some change of roundoff errors introduced by the changes for output of curved cells.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test for output of curved cells.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15915 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend DataOut to enable a user-decision, which cells shall be written as curved cells using the provided mapping: none, cells at the boundary, or all (for MappingQEulerian).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15914 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a clone() function for MappingQEulerian which is needed for adding this mapping to a hp::MappingCollection.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15913 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some minor textual changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15912 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document namespace dealii.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15911 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A faster variant of assembly for step-22, added remark to this in step-20, and a few computation times in the results section of step-22.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15910 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't access past-the-end iterators.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15909 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a number of warnings we get with doxygen 1.5.5.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15908 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Beautify output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15907 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add tests for recent additions to DoFRenumbering

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15906 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15905 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify update flags.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15904 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

disallow direct use of abstract class

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15903 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test for SolutionTransfer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15902 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modify SolutionTransfer to store data in an internal map instead of using user_pointers of the underlying Triangulation. This way we can use several instances for different DoFHandlers simultaneously.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15901 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid accessing elements of vectors beyond the end even if the result is not used, since this trips up debug versions of the STL.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15900 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a note on the definition of (.,.)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15899 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Instantiate the set_dof_values and related functions also for PETSc's MPI distributed vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15898 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unneeded output files again

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15897 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

gcc mainline has version number gcc4.4

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15896 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15895 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem uncovered by current gcc mainline.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15894 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide correct include file for abort().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15893 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect current gcc mainline after gcc4.3 branched.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15892 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more changes of signs in introductions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected some right hand sides in step-20 and step-21 as remarked in the mailing list.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15890 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated some computing times.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15889 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15888 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention Trilinos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15887 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Shorten the PETSc entry, add an entry on Trilinos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15886 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A thesis that actually only appeared in 2007, not 2006.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15885 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow output of zone name in tecplot output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15884 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix: don't switch_y_z but still invert_all_cells_of_negative_grid.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15883 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert DoFRenumbering from a class with all static members to a namespace.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15878 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Point out the different between compute time and instruction count.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Show some profiling data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15876 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15875 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify runtime results.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More cross-refs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15873 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use and explain the King ordering.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15872 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also add downstream numbering.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15871 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15870 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve docs in one more point.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15869 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document more results obtained with the various renumbering strategies.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15868 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rescale to half the original size.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15867 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15866 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interface to the minimum degree algorithm in boost to reorder matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15865 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a plain pointer in the FEValuesView classes. This may not be as safe, but then the view objects usually exist only for a very short time anyway, and using plain pointers makes the current state of step-22 about 5% faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15864 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify and accelerate code a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct link to step-22.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write wrappers for the BOOST implementation of the King reordering algorithm.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15861 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed some text here and there.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15860 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix two problems with comparing signed and unsigned integers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15859 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the still missing boost::compute_Cuthill_McKee function. Leave a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15858 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small changes in comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initiate an implementation of some of the reordering algorithms using the Boost Graph library. The bandwidth of resulting matrices with their Cuthill-McKee algorithm is often significantly smaller. On step-22, this leads to the fact that the inner solver for the Schur complement, when using the ILU of the Laplace matrix, uses only about 48 iterations in the third refinement cycle, as compared to some 53 or 54 with our own algorithm.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Import the Boost Graph Library and whatever else is necessary to use it to compute Cuthill McKee reorderings and similar things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15855 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a couple of typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15854 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the 'Set' variant of the compressed sparsity pattern as it doesn't show the quadratic behavior in hanging_node_constraints.condense() that the CompressedSparsityPattern class shows for large numbers of degrees of freedom.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15853 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document quadratic bottleneck induced by data structure

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15852 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add reference.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15851 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15850 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Trilinos requires blas and lapack.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15849 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link with Trilinos libs when necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15848 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make a number of variables 'unsigned' to avoid warnings about comparing signed and unsigned quantities.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output the velocity as a vector field.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15846 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the program run sequentially, i.e. without MPI. Define the DIMENSION in the program, at least for the moment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15845 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge back changes 15839-15841 from the Trilinos branch since they were meant to be committed to mainline in the first place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15844 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize merge tracking from the trilinos branch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15843 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated section on solver extension.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15842 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15838 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected link to step-22 tutorial program.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15837 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix error in example

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15833 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More publications

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15832 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated some test references due to changes in 1D tecplot output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15831 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable program if trilinos isn't installed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15829 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set svn:ignore.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15828 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix up a few doxygen problems in the new step-33.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15824 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d