add comments

update readme

add compile check

make MueLu optional in Trilinos

Trilinos master (after 12.18) only supports MueLu if Tpetra is disabled
or enabled with GO=int. To be more flexible, detect the presence of
MueLu.

Merge pull request #9321 from bangerth/jump

Use the jump and average latex macros.

Use the jump and average latex macros.

Merge pull request #9259 from simonsticko/high_deriv_jumps_fe_interface

Implement jump_hessian and jump_3rd_derivative on FEInterfaceValues.

Merge pull request #9313 from krishnakumarg1984/step6_krishna_fix_outdated_doc

In step6, removes outdated sentence on destructor

Merge pull request #9315 from krishnakumarg1984/step6_fix_gausspoint

In step 6, removes the documentation sentences relating to quadrature formula degree since already done in Step-5

In step 6, removes the documentation sentences relating to quadrature formula degree since already done in Step-5

In step6, removes outdated sentence on destructor

Merge pull request #9280 from tjhei/mg_transfer_build

Multigrid Transfer cleanup

Merge pull request #9311 from bangerth/6

Add a few links to step-6.

Add a few links to step-6.

Merge pull request #9310 from bangerth/disentangle

Disentangle the dependency graph some more.

Disentangle the dependency graph some more.

Merge pull request #9304 from krishnakumarg1984/krishna_fix_minor_typo_step6

In step 6 doc, fixes a really minor grammar/typo

Merge pull request #9281 from tjhei/github-ci

use github CI for OSX

In step 6 doc, fixes a really minor grammar/typo

Merge pull request #9282 from tjhei/update_git_export

update .gitattributes

Merge pull request #9293 from krishnakumarg1984/step6_fixes_krishna

minor grammar fixes to step-6 tutorial doc

update .gitattributes

- add .github/ and contrib/ci/ and Jenkinsfile to ignore list
- reorder things

Merge pull request #9286 from bangerth/jump-average

Introduce \jump and \average commands to be used in the documentation.

Merge pull request #9289 from peterrum/step18-removeinclude

Remove filtered_iterator include in step-18

Merge pull request #9291 from krishnakumarg1984/krishna_fix_kellyestimator_doc

In the doc for KellyErrorEstimator class, trying to fix couple of doxygen links

In the doc for KellyErrorEstimator class, trying to fix doxygen links to couple of functions in the GridRefinement namespace

fixes a typo (gradiend) in the documentation of KellyErrorEstimator class

Update include/deal.II/numerics/error_estimator.h

Co-Authored-By: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>
Update include/deal.II/numerics/error_estimator.h

Co-Authored-By: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>
trying to reindent the pull request

Merge pull request #9290 from tjhei/fix_write_vtu_in_parallel_partly_empty

fix write_vtu_in_parallel invalid file if partly empty

Merge pull request #9295 from krishnakumarg1984/step6_krishna_fix_boundarydoc

fixes stale documentation about boundary_object for hyper_ball function

Update examples/step-6/step-6.cc

Co-Authored-By: David Wells <drwells@email.unc.edu>

fixes stale documentation about boundary_object for hyper_ball function

minor grammar fixes to step-6 tutorial doc

fix write_vtu_in_parallel invalid file if partly empty

Fix generating an invalid vtu file when the first piece written is empty
(this will crash paraview). There is no reason to write empty pieces
anyway, so just skip them.

Remove reference to step-18

Remove filtered_iterator include in step-18

Use \jump and \average commands in the documentation.

This makes sure that we can be consistent in how we denote these operators:
single or double brackets/braces; with or without spaces, etc.

Introduce \jump and \average commands to be used in the documentation.

address comment

fix deprecated position

Multigrid Transfer cleanup

- rename mg_dof argument to dof_handler everywhere
- deprecate build_matrices() in favor of build() in MGTransferSelect,
MGTransferComponentBase, MGTransferPrebuilt, ... to be identical to
MGTransferMatrixFree
- remove redundant dof,mg_dof parameters

Merge pull request #9284 from bangerth/coloneq

Fix \coloneq again.

Merge pull request #9285 from masterleinad/fix_gcc_4.9.4

Avoid gcc-4.9.4 error

Merge pull request #9283 from masterleinad/remove_tensoe_cc

Remove tensor.cc

Avoid gcc-4.9 error

Fix \coloneq again.

Remove tensor.cc

Merge pull request #9268 from masterleinad/use_assert_index_range

Use AssertIndexRange some more

Use AssertIndexRange

Remove specialization for GeometryInfo<1>::face_to_cell_lines

Fix external declaration of Tensor::n_independent_components

Merge pull request #9240 from masterleinad/use_more_range_based_for_loops

Turn all for loops using "begin_active" into ranged-based ones

Merge pull request #9266 from marcfehling/fix-amesos

CMake: Check whether Trilinos has been configured with third-party libraries.

Merge pull request #9276 from bangerth/spacing

Let latex figure out spacing itself.

Merge pull request #9277 from bangerth/coloneq

Fix the dealcoloneq command.

Merge pull request #9273 from krishnakumarg1984/gender_neutral_wording

Rewrite wording in headers/docs such that we now have gender neutral wording throughout

reword the few sections of library to be compliant with gender-neutral wording.

Gender neutral-wording for existing female-pronouns etc. She-> they. Her->their

fixes a usage of he->they missed in previous commit

undo the changes to the files inside bundled/ that were touched upon by earlier commits

Merge pull request #9274 from krishnakumarg1984/fix_typo_he_the

fixes a keyboard fat-fingering typo wherever 'he' in incorrectly used instead of 'the'

fixes a keyboard fat-fingering typo wherever 'he' in incorrectly used instead of 'the'

fixes another file wherein the he/the typo was present

fixes the use of 'he' to 'they' missed in earlier commit

Revert "fixes the use of 'he' to 'they' missed in earlier commit"

This reverts commit ca87c5049968f5c5f34ec341ba060325a8f90301.

undoing the changes to files in bundled/ by previous commits

Fix the dealcoloneq command.

It leads to funny spacing in latex (non-MathJax) mode because we accidentally
delimited only the ':' with the mathrel command, when we really wanted all of
the ':=' to be the operator.

Let latex figure out spacing itself.

Merge pull request #9275 from krishnakumarg1984/fix_he_it_typo

replace the use of 'he' with 'it' to refer to neighbouring cell in tria.cc

replace the use of 'he' with 'it' to refer to neighbouring cell in tria.cc

Merge pull request #9250 from bangerth/3

Update the discussion of HDF5 and R scripting in step-3.

Merge pull request #9270 from krishnakumarg1984/step3_krishna_fix_9227

Step-3 results/extension documentation improvements and fixes. Closes #9227

Tests: Check for missing Mumps component.

CMake: Check for third party libraries of trilinos.

Replaces the double-loop in step-3 results extension with just one loop

In step-3, replaces make_grid_and_dofs with just make_grid

In Step-3, removes reference to .gnuplot in subsection title in extensions (results)

In step-3, minor wording change to convey that the suggested boundary condition code is only slightly longer than before

trying to address a comment on indentation by reviewer of PR

adding a blank statement after the 'if' line to address reviewer's clarification

removes the extra line added in prev commit. Also, changes indentation of the loop code to 2 spaces

As per the request of a reviewer, reverts the change made to a sub-heading wherein the .gnuplot was removed

Merge pull request #9179 from agrayver/add_function_manifold_python

Add python interface for FunctionManifold

Merge pull request #9254 from bangerth/61

Convert step-61 to use face loops with cell->face_iterators().

Add python interface for FunctionManifold

Merge pull request #9258 from simonsticko/fe_values_3rd_deriv_updateflag

shape_3rd_derivative* checks for update_3rd_derivatives

Merge pull request #9265 from bangerth/move

Move some code.

Merge pull request #9267 from bangerth/doc-4

Minor updates to the consensus algorithm class documentation.

Minor updates to the consensus algorithm class documentation.

Merge pull request #9261 from simonsticko/typos_doc_fe_interface_values

Fix two typos in documentation of FEInterfaceValues.

Move some code.

The previous code was right but unnecessarily hard to read. A block of code could
only be executed if an 'if' condition was true but wasn't actually under the
condition. Shift things.

Fix two typos in documentation of FEInterfaceValues.

Merge pull request #9255 from bangerth/doc-3

Update documentation of class Partitioner.

Merge pull request #9262 from krishnakumarg1984/step5_krishna_fix1

In Step-5 tutorial, updates name of function being removed (make_grid _and_dofs -> make_grid)

Minor edits to the documentation of CommunicationPatternBase.

Update documentation of class Partitioner.

in step-5, updates another instance of make_grid_and_dofs to make_grid

In Step-5 tutorial, updates name of function being removed (make_grid_and_dofs -> make_grid)

Implement jump_hessian and jump_3rd_derivative on FEInterfaceValues.

In the same way as the other jump_* functions.

Merge pull request #9257 from bangerth/inst

Simplify dof_tools.inst.in

Merge pull request #9253 from bangerth/test

Adjust precision with which we output results in hp/crash_17.

Merge pull request #9242 from rezarastak/replace_mutex

replace some instances of Threads::Mutex with std::mutex

Merge pull request #9235 from bangerth/doc

Augment the UMFPACK error message.

shape_3rd_derivative* checks for update_3rd_derivatives

The functions shape_3rd_derivative and shape_3rd_derivative_component
check that update_flags contains update_hessians, but they should check
that update_flags contain update_3rd_derivatives. Fix this.

Simplify the instantiations of DoFTools::get/count_dofs_on_patch().

Merge pull request #9256 from krishnakumarg1984/step4_krishna_fix_3

fixes a redundant paragraph in Step-4 tutorial (since vtk format was already introduced in step-3)

Simplify the instantiations of DoFTools::extract_dofs().

Simplify the instantiations of DoFTools::count_dofs_per_block().

Further simplify instantiations of DoFTools::count_dofs_per_component().

Simplify the instantiations of DoFTools::extract_level_dofs().

Simplify the instantiations of DoFTools::count_dofs_per_component().

fixes a redundant paragraph in Step-4 tutorial (since vtk format was already introduced in step-3)

Turn all for loops using "begin_active" into ranged-based ones

Merge pull request #9149 from bangerth/18

Fix a mistake in the introduction of step-18.

Merge pull request #9251 from krishnakumarg1984/step4_krishna_fix_2

fixes a typo in step-4 incorrectly quoting the tutorial wherein the ZeroFunction as first introduced

Convert step-61 to use face loops with cell->face_iterators().

This functionality was previously implemented in e2d7a2ff171a111480307d97dce2aa4db063a953
by @masterleinad but had crossed paths with 3f96459cacd673c231357e87c15e95315857e749
(in #8999).