Merge pull request #517 from tjhei/fix_step_50

fix step-50

Merge pull request #515 from bangerth/terminate-loop-and-error-message

Terminate a loop in a timely manner.

In StraightBoundary::normal_vector(), we currently have a loop that could run
forever. This is not useful. Rather, terminate it after at most 10 iterations
and if it fails output some guidance to what the reason may be.

Merge pull request #518 from tjhei/wrap_comments_update

wrapcomments.py: do not break @page

fix step-50

Commit 6370be0 (use mg::Matrix instead of MGMatrix) didn't compile for
me. Also remove usage of deprecated get_refinement_edge_indices() and
leave a note.

wrapcomments.py: do not break @page

Merge pull request #516 from guidokanschat/step-50-mgmatrix

change deprecated MGMatrix

Closes #411

change deprecated MGMatrix

Terminate a loop in a timely manner.

In StraightBoundary::normal_vector(), we currently have a loop that could run
forever. This is not useful. Rather, terminate it after at most 10 iterations
and if it fails output some guidance to what the reason may be.

Merge pull request #510 from tamiko/default_reldirs

CMake: Reintroduce old installation behavior

Merge pull request #513 from bangerth/tutorial-updates

Tutorial updates and some more deprecations

Merge pull request #514 from bangerth/fix-tests-post-bdm-merge

Update tests after the BDM patches that were committed today (pull request #464).

Update tests after the BDM patches that were committed today (pull request #464).

Add #include <iostream> to a few tutorial programs.

These are the tutorial programs that use std::cout or std::endl, which we need to
get from <iostream> but don't currently. Presumably because we include it transitively,
but for the sake of learning deal.II and C++, this is one more and unnecessary step
to understand. It turns out it also makes Eclipse happier if we do the explicit
#include, as it shows fewer source errors.

Update a couple of formulas that gave Lei a fit (because, admittedly, they were not particularly clear).

Deprecate a function that should have been deprecated a long time ago.

Update documentation in a couple of places.

Remove references to AVS Explorer.

CMake: Reintroduce old installation behavior

Merge pull request #508 from dakshinai/filtered_matrix

deprecated apply_constraints method in filtered_matrix

Merge pull request #464 from alistairbntl/bdm_documentation_fixes

BDM Documentation and sign change to match usual definition of the vector curl of a scalar function

Merge pull request #509 from guidokanschat/fix_step_dealii_path

Add new relative path for new directory structure

Add new relative path for new directory structure

Merge pull request #505 from bangerth/further-point-vs-tensor-cleanups

Further point vs tensor cleanups

deprecated apply_constraints method in filtered_matrix

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Either make implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim> explicit, or correct the data type of where we store the result.

Eradicate implicit casts from Tensor<1,dim> to Point<dim>.

Merge pull request #503 from bangerth/point-vs-tensor-2

Make the difference between two points a tensor, rather than a point.

In essence, it just clarifies the documentation about what points and tensors are, and makes the types of operator-() conform to the description.

Make the difference between two points a tensor, rather than a
point. Clarify the use of these two classes in the documentation.

Merge pull request #501 from bangerth/point-vs-tensor-cleanups

Point vs tensor cleanups

Merge pull request #502 from tjhei/documentation

minor documentation update

update documentation

Use the Tensor member function norm_square() instead of the Point function square() for objects that are logically points.

Change uses of Point to Tensor where appropriate.

Better fix for grid_tools.

Merge pull request #497 from masterleinad/Fix_Trilinos_Empty_Local

Fix decision about same/different Map for Trilinos Vectors

Add test for sadd with partly empty Trilinos vectors

Merge pull request #498 from bangerth/fix-typos

Fix typos.

Use the appropriate syntax to add points (the difference of points yields a Tensor<1,dim>).

Fix typos.

The proper spelling of the word is 'Euclidean', not 'Euclidian'.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Reindent.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Minor text cleanup.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up places where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up a place where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Use Tensor<1,dim> instead of Point<dim> to denote directions.

Use Tensor<1,dim> instead of Point<dim> to denote directions.

Fix up a place where we use Point<dim> for directions when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix up one place where we use Point<dim> for normals when we should be
using Tensor<1,dim>.

Fix decision about same/different Map for Trilinos Vectors

Merge pull request #495 from bangerth/remove-deprecated-functions-9

Remove deprecated function SparseILU::decompose.

Remove deprecated function SparseILU::decompose.

Merge pull request #494 from bangerth/remove-deprecated-functions-8

Remove deprecated function SparseMatrix::global_entry()

Merge pull request #476 from koecher/dataout-issue-step-34

step-34: fixes a runtime error in step-34

Remove deprecated function SparseMatrix::global_entry().

Merge pull request #493 from bangerth/remove-deprecated-functions-7

Remove deprecated function SparseMIC::decompose.

Fix a typo.

Merge pull request #492 from bangerth/davydden-tensor_updates

Davydden tensor updates

Address Martin K's comments in review of this patch.

step-34: fixes a runtime error in step-34
In the function output_results, around line 1017, two vectors (phi and alpha)
are added to a DataOut object.
A runtime error occured, because the type of the vector could not
determined automatically.

On branch dataout-issue-step-34
  Changes to be committed:
        modified:   examples/step-34/step-34.cc

Remove deprecated function SparseMIC::decompose.

Extend test. Reindent it.

Add missing copy constructors for the specializations of class Tensor.

Also add a changelog entry.

added a failing test

Introduced non-default copy constructor and operator= for Tensor class

Merge pull request #489 from bangerth/remove-deprecated-functions-6

Remove deprecated functions 6

Move an entry to the appropriate place.

Merge pull request #490 from bangerth/fix-missing-include

Add a missing set of include files.

This fixes a recent regression in one of our tests (bits/serialize_hp_dof_handler) that tries
to serialize an object but that requires to know the actual type of one of the members to
be serialized to compile without error.

Remove deprecated function Table::data.

Remove deprecated function PETScWrappers::VectorBase::update_ghost_values.

Add a missing set of include files.

This fixes a recent regression in one of our tests (bits/serialize_hp_dof_handler) that tries
to serialize an object but that requires to know the actual type of one of the members to
be serialized to compile without error.

Merge pull request #488 from bangerth/improve-docs

Improve documentation of TriaAccessor::neighbor.

Improve documentation of TriaAccessor::neighbor.

Remove deprecated function SparseMatrix::raw_entry.

Remove deprecated variable MultithreadInfo::n_default_threads.

Sort changelog entries for deprecated functions.

Remove deprecated constructors for SparseMatrix iterators and accessors.

Remove a few deprecated constructors and functions of PETSc parallel vectors.

Merge pull request #485 from bangerth/add-changelog-entry

Add a missing changelog entry.

Add a changelog entry for a patch by Lukas Korous.

Merge pull request #479 from l-korous/master

Add hp::DoFHandler::save, ::load and copy constructor.