Merge pull request #2641 from jppelteret/update_tutorial_list

Added LinearOperator to tutorial topics

Added LinearOperator to tutorial topics

Merge pull request #2636 from tjhei/fix_compute_global_error

fix compute_global_error()

fix compute_global_error()

- Fix parallel loop over cells in compute_global_error.
- Change tests to trigger bug that is now fixed.

Merge pull request #2620 from jppelteret/step-44_Cell_Data_Storage

Step 44 updates with modern deal.II features

Updated step-44 to use modern features of deal.II.

The step-44 tutorial now uses the new CellDataStorage class to
 store and retrieve local quadrature point data. There is
 now also the option to use LinearOperators to solve
 the linear system, as well as a direct solver for the
 full block system. The documentation has also been extended
 to describe the extensions.

Merge pull request #2639 from tamiko/fix_cuda_configuration

CMake: Bugfix: Only try to configure cuda if C++11 support is available

Merge pull request #2608 from kalj/fix-bad-macro-warning

fix warning by not using dot in target name

Merge pull request #2618 from luca-heltai/fix-cpack

Add possibility to name mac app differently.

CMake: Bugfix: Only try to configure cuda if C++11 support is available

This

 - fixes an unfortunate fatal error that should never occur with
   autodetection

Fixes #2631

Merge pull request #2637 from bangerth/doc-update-62

Redo changelog entry.

Redo changelog entry.

Rewrite it in such a way that it simply states what is new, not where
the code originally came from or how it differs from the original code
(both of which are immaterial to those who read the entry, since the
original code was strictly internal).

Merge pull request #2638 from bangerth/doc-update-63

Namespace-qualify the name of function in the changes.h file.

Namespace-qualify the name of function in the changes.h file.

While there, also align the default arguments of the mentioned function.

Merge pull request #2634 from davydden/feature/fe_system_to_fe_tools_changes

add an entry in changes.h for moving auxiliary functions of FESystem

add an entry in changes.h for moving auxiliary functions of FESystem

Merge pull request #2635 from jgedicke/changes_h

entry in specific improvements changes.h

entry in specific improvements changes.h

Merge pull request #2632 from bangerth/no-semicolons

Avoid semicolons.

Merge pull request #2627 from bangerth/doc-update-61

Update documentation in a couple of places.

Avoid semicolons.

While *declarations* require semicolons, definitions do not. In fact, at namespace
scope (like here), they are strictly speaking wrong.

Merge pull request #2630 from Rombur/fix_step34

Fix a bug in step-34.

Update documentation in a couple of places.

Fix a bug in step-34.

Merge pull request #2626 from jgedicke/vertex_patches

get vertex_mapping out

get vertex_mapping out

Merge pull request #2619 from Rombur/sparsity_pattern

Fix a bug where size_type was used instead of std::size_t.

Fix a bug where size_type was used instead of std::size_t.

Merge pull request #2602 from tjhei/compute_error

implement VectorTools::compute_global_error

implement VectorTools::compute_global_error, document norms

Add a function that computes global errors from cellwise errors obtained
by VectorTools::integrate_difference(). Do MPI collective if necessary.

Also add a large amount of documentation to NormType.

Merge pull request #2624 from tjhei/doxygen_fix

fix doxygen errors of undefined version macros

fix doxygen errors of undefined version macros

This adds the version macros for p4est and Trilinos (always returning 1)
to doxygen. Otherwise doxygen freaks out when parsing header files that
contain them.

Merge pull request #2623 from drwells/fix-hyphenated-lists

Fix hyphenated lists

Fix a typo.

Fix doxygen formatting of hyphenated lists.

Merge pull request #2614 from davydden/feature/fe_system_to_fe_tools

move FESystem's auxiliary functions to FETools and extend them to cov…

Merge pull request #2622 from bangerth/doc-update-60

Update documentation in one place.

Update documentation in one place.

Merge pull request #2621 from inkstink/master

Minor Typo

Make it possible to generate packages with arbitrary names using cpack.

fix component_to_base_table for non-tensor product case

extend new functions to non-tensor product

same for fe_face_tables

move build cell tables to FETools

Merge pull request #2617 from asartori86/parpack

parpack --- add support for trilinos mpi blockvector

parpack. added reinit for block vectors

Merge pull request #2616 from kalj/fix-cuda-cmake-without-c++11

Move check for C++11 inside if case to not affect non-cuda configuration

Move check for C++11 inside if case to not affect non-cuda configuration

move FESystem's auxiliary functions to FETools and extend them to cover the non-tensor product case of the enriched finite element

Merge pull request #2611 from drwells/update-google-code-links

Fix a bunch of old google code links.

Merge pull request #2612 from drwells/fix-grid-in-doxygen

Fix some doxygen formatting.

Fix some doxygen formatting.

Starting a new line with a hyphen results in a bullet point list, which
is not what we want.

Fix a bunch of old google code links.

Merge pull request #2610 from danshapero/aligned-vector-move-ctor

Move constructors for AlignedVector & TableBase

Added move constructor to Table

Added test for aligned vector move ctor/assignment operator

Checkpoint, wrote aligned vector move ctor

Merge pull request #2591 from drwells/parallelepiped-3d-orientation-fix

Parallelepiped 3d orientation fix

Merge pull request #2609 from tjhei/fix_doxygen_formatting

fix doxygen formatting

fix doxygen formatting

fix warning by not using dot in target name

Merge pull request #2607 from Rombur/typos

Fix a few typos.

Fix a few typos.

Merge pull request #2605 from kalj/cuda-c++11-setup

Enable C++11 for CUDA

enable C++11 for CUDA

Merge pull request #2604 from bangerth/doc-fixes-13

Fix some documentation texts.

Fix some documentation texts.

Merge pull request #2601 from tjhei/param_double

Rework Pattern::Double

Rework Pattern::Double

- Fix broken parsing of Pattern::Double::description() in
::create()(skipping " range " that shouldn't exist and parsing an empty
range incorrectly).
- Display default values as -MAX_DOUBLE...MAX_DOUBLE instead of
-1.79769e+308...1.79769e+308 in the description.
- Add some new tests.
- Update output of tests to match new description.

remove c++11'ism

use std::memcmp

Add tests for twisted grid generator input.

These tests verify that the right exceptions are raised when input data
would result in cells with negative measure.

Update the changelog.

Raise exceptions for invalid input.

subdivided_parallelepiped could generate cells with negative volume if
the provided edges were not ordered correctly. Try to help the user by
raising an exception if this is the case in subdivided_parallelepiped
instead of create_triangulation.

This commit also fixes tests that would fail as a result of removing the
orientation fix.

Partly reverts ccb56e7fb5.

Minor Typo

Merge pull request #2600 from drwells/fix-clang-compilation

Fix compilation on clang.

Fix compilation on clang.

The previous commit 18ddfc4cf1 compiled under GCC but not clang. Credit
goes to Wolfgang Bangerth for the suggested usage of a variadic function
to raise errors when dim != spacedim.

Merge pull request #2589 from davydden/feature/spherical_coordinates

add geometry utilities functions

Merge pull request #2505 from davydden/lo_with_po

add a new header which combines LinearOperator and PackagedOperation

Merge pull request #2587 from drwells/c++-03-template-fix-02

C++ 03 template fix

Make cell_measure(...) work again.

A result of d8bafee27cc was that users can no longer write

cell_measure(...)

with no given template argument (in the codimension zero case). This
commit fixes that.

Note: since dim does not explicitly appear alone and unmodified in the
function arguments of cell_measure<dim, spacedim>, that function can
never have its type (more exactly, the value for dim) inferred correctly
from just the arguments. Put another way, one must always write
cell_measure<dim, spacedim> to use this function. This was not a problem
in the past when Point<dim> appeared instead of Point<spacedim>.

Fix compilation in C++03 mode.

C++03 does not support default template arguments in function
templates.

Merge pull request #2586 from kalj/cmake-cuda-for-master

Add support for compiling CUDA code

Merge pull request #2540 from orlando-tian/orlando-tian-contrib

Bug fix for wrong sign of curl in maxwell.h

1. Bug fix for wrong sign of curl integrators in integrators/maxwell.h: nitsche_curl_matrix, curl_curl_matrix and curl_matrix.
2. Add test code 'tests/integrators/maxwell_curl.cc' and related output file for verifying curl integrators in integrators/maxwell.h.
3. Add basis function support checking on faces in the function nitsche_curl_matrix in integrators/maxwell.h.

add geometry utilities functions

Add support for compiling CUDA code

This adds support to the internal build system for CUDA code in .cu
files inside the library.

Merge pull request #2585 from davydden/quadrature_point_data_fix2

fix iterator in ContinuousQuadratureDataTransfer

fix iterator in ContinuousQuadratureDataTransfer

Merge pull request #2584 from Rombur/petsc

Fix a typo.

Fix a typo in preprocessor macro.

Merge pull request #2582 from bangerth/doc-update-59

Rewrap some comments. No functional changes.

Rewrap some comments. No functional changes.

Merge pull request #2577 from Rombur/vector_optimization

Vector optimization

Rename vector_internal.h to vector_operations_internal.h

Use multithreading for ReadWriteVector and LinearAlgebra::Vector

Move the functions of the internal namespace of vector.templates to their own file.

Use constant variable for end value of for loop.

Merge pull request #2581 from davydden/quadrature_point_data_fix

include base/config before checking for cxx11 in quadrature point data

include base/config before checking for cxx11 in quadrature point data

Merge pull request #2578 from drwells/add-measure-checks

Add measure checks

Merge pull request #2579 from drwells/gcc6-fixes-1

Get around a GCC 6 warning.