Merge pull request #2745 from masterleinad/fix_petsc_doc

Fix documentation for reinit of PETSc MPI Vector

Fix documentation for reinit of PETSc MPI Vector

Merge pull request #2744 from drwells/fix-missing-mpi-instantiation

Add missing MPI function instantiations.

Add missing MPI function instantiations.

The fixed-length array (i.e., things declared like T(&values)[N])
versions of MPI::sum, MPI::max, etc, all live in the header file mpi.h
since the length (N) is a compile-time constant. Those functions all
call Utilities::MPI::internal::all_reduce, which is declared in
mpi.templates.h, so that function (all_reduce) must be present in the
compiled library.

Note for the curious: it turns out that most compilers and most compiler
settings will not inline this function, meaning that it consistently
shows up in the shared object files without this explicit instantiation
in debug mode and usually in release mode. In particular, GCC 6 does not
inline it (so this instantiation is not necessary) but clang 3.8 does (so
this instantiation is necessary). Some versions of GCC (5.3 but not 4.8)
seem to inline it with the '-march=native' flag.

Merge pull request #2743 from bangerth/add-instantiations

Add missing instantiation of one function.

Add changelog entry.

Add missing instantiation of one function.

Merge pull request #2742 from Rombur/typo

Fix a typo in the documentation of filter_iterators.

Fix a typo in the documentation of filter_iterators.

Merge pull request #2711 from mdh266/unit-test-refactored-trilinos-solver

Added a unit test for the refactored trilinos direct solver.

Merging conflict with changes.h

Merge pull request #2740 from bangerth/improve-error-message

Improve error message.

Merge pull request #2741 from bangerth/minor-cleanups

Minor code cleanups.

Added new feactures of trilinos direct solver to changes.h

Minor code cleanups.

Improve error message.

Merge pull request #2738 from bangerth/fix-typo

Fix typo.

Fix typo.

Merge pull request #2737 from drwells/remove-deprecated-function-templates

Avoid using deprecated base classes.

Merge pull request #2736 from drwells/string_to_double-message

Fix the string_to_double error message.

Avoid using deprecated base classes.

These classes were formally deprecated in C++11.

Fix the string_to_double error message.

Merge pull request #2734 from gassmoeller/make_compile_gcc_447

Fix compile for gcc 4.4.7

Fix compile

Merge pull request #2732 from drwells/EulerVectorType-to-VectorType-2

Prefer VectorType to EulerVectorType, part 2.

Prefer VectorType to EulerVectorType, part 2.

Mentioned in the discussion of commit 51be370b15.

Merge pull request #2731 from drwells/EulerVectorType-to-VectorType

Prefer VectorType to EulerVectorType.

Prefer VectorType to EulerVectorType.

This followis from the discussion in #2714 and commit d0a0b8c916. The
header file uses VectorType, so we should use that in the source file
too.

Merge pull request #2729 from drwells/improve-cell-data-tests

Do not use mpi_initlog where initlog will do.

Do not use mpi_initlog where initlog will do.

Since these tests are run without mpi (i.e., without mpirun) mpi_initlog
is not necessary. This also fixes the tests in the case where deal.II is
configured without support for MPI.

Merge pull request #2726 from spco/constness_of_tensors

Fix constness of tensors

Two tensors in measure() changed to const.

Merge pull request #2727 from dealii/increase_boost_version

CMake: Require at least boost version 1.54

CMake: Require at least boost version 1.54

In reference to #2196
closes #2199

Merge pull request #2725 from bangerth/add-instantiations-for-Mapping-Eulerian

Systematize instantiations for MappingQEulerian and MappingQ1Eulerian.

Merge pull request #2717 from bangerth/add-instantiations-for-MappingFEField

Add instantiations for MappingFEField

Systematize instantiations for MappingQEulerian and MappingQ1Eulerian.

Add changelog.

Instantiate class for other vector types.

Make class compile with other vector types.

Merge pull request #2724 from davydden/bugfix/step-27

fix a whitespace bug in step-27

fix a whitespace bug in step-27

Merge pull request #2723 from drwells/fix-gnuplotflags-memory

Update GnuplotFlags::memory_consumption().

Update GnuplotFlags::memory_consumption().

Commit 32d9748d4e added new fields to GnuplotFlags but did not change
the way it reported its own memory consumption.

Merge pull request #2720 from bangerth/fix-test

Fix test output.

Fix test output.

Merge pull request #2719 from drwells/update-newton_01-test-output

Update newton_01 test output.

Update newton_01 test output.

Commit 11c94ad5e fixed a bug where the update vector was initially
empty. This commit fixes the corresponding test output file to show that
the update vector, at the first Newton step, contains one entry and that
entry is equal to zero.

Merge pull request #2714 from bangerth/update-MappingQ1Eulerian-doc

Deprecate constructor and replace it by another one.

Merge pull request #2718 from drwells/improve-step-25

Improve step 25

Several matching updates in MappingQ{,1}Eulerian.

Get rid of a temporary matrix in step-25.

One can just use the action of the Laplace and mass matrices to make
this easier to understand.

Make some temporary variables const.

Fix some matrix coefficients in the step-25 intro.

The above formula has the correct sign on N. Additionally, the Laplace
matrix here is missing the coefficients.

Fix a sign error in step-25.

Credit for this fix belongs to Anup Basak, who mentioned it on the
mailing list in March 2016.

Even with the sign error the Newton solver converged to the right
solution: changing the sign only altered the solution in the fifth
decimal place.

The fixed version now only requires three, instead of four, Newton steps
in 2D.

Remove trailing whitespace.

Merge pull request #2716 from bangerth/make-conversions-explicit

Make conversion constructors of ::Vector explicit.

Add changelog entry.

Make conversion constructors of ::Vector explicit.

Deprecate constructor and replace it by another one.

Also update the documentation in a number of places.

Update documentation.

Merge pull request #2705 from danshapero/sync-iterators

operator* for SynchronousIterators

Added entry to changes.h

derivative approximation uses operator* of SynchronousIterators

Using operator* in examples with SynchronousIterator

Added operator* to SynchronousIterators

Merge pull request #2710 from drwells/gnuplot-general-axis-labels

Implement different names for gnuplot output axes.

Added a unit test for the refactored trilinos direct solver.

Implement different names for gnuplot output axes.

Users can now specify the labels instead of being stuck with 'x', 'y',
and 'z'.

Merge pull request #2709 from kronbichler/master

Fix two tests that failed due to my commits

Fix two tests that failed due to my commits

Merge pull request #2708 from kronbichler/master

Prefer std::abs over std::fabs.

Prefer std::abs over std::fabs.

Merge pull request #2698 from kronbichler/master

Place new points for MappingQ along manifold

Remove unnecessary code. Adjust test output.

Merge pull request #2707 from bangerth/avoid-warning

Avoid some warnings in case we don't have GSL available.

Avoid some warnings in case we don't have GSL available.

Merge pull request #2706 from bangerth/add-missing-file

Add missing file.

Add missing file.

Merge pull request #2700 from bangerth/instantiate-symmetric-tensor

Instantiate the SymmetricTensor class and all of its members.

Merge pull request #2603 from davydden/feature/series_expansion

expansion into orthogonal series on the reference element and step-27 bugfix/update

Merge pull request #2699 from bangerth/make-symmetric-tensor-compile

Make all functions of SymmetricTensor compile.

Merge pull request #2702 from bangerth/no-inline-for-declarations

Remove 'inline' tag on declarations.

Remove 'inline' tag on declarations.

There is no point marking a *declaration* as inline, since there is no
definition that could actually be inlined. My compiler also complains
about it.

Merge pull request #2686 from drwells/add-contributing-file

Add a file describing how to contribute.

Instantiate the SymmetricTensor class and all of its members.

In particular, also instantiate the static member variables. This is in analogy to #2667.

Make all functions of SymmetricTensor compile.

It turns out that some of the functions of SymmetricTensor did either not compile outright,
did not compile for rank==4, or did not compile if the underlying scalar is a complex
number. Make things work.

Add a file describing how to contribute.

introduce FESeries namespace and use it in step-27

The namespace provides two classes to perform expansion into
orthogonal series: Fourier and Legendre. Additionally
auxiliary functions to process expansion coefficients and
do linear regression are implemented. It appears that there
was a bug in step-27, nammely k-vectors should have a
2\pi multiplier instead of \pi. This was fixed and step-27
was updated.

Place new points for MappingQ along manifold

Merge pull request #2697 from kronbichler/master

Avoid using deprecated functionality

Avoid using deprecated functionality

Merge pull request #2690 from tjhei/fix_dsp_begin_performance

fix DynamicSparsityPattern::begin(row) performance

address comment

fix DynamicSparsityPattern::begin(row) performance, add IndexSet::at

begin(row) and end(row) would search through all empty rows leading to
quadratic complexity when iterating row by row as it is done in the
construction of PETSc's SparseMatrix.
Fix this by finding the closest locally owned row using a binary search
and then only iterate over the locally owned set.

Merge pull request #2694 from davydden/doxygen/trilinos_direct_solver

fix doxygen in TrilinosWrappers::SolverDirect

fix doxygen in TrilinosWrappers::SolverDirect

Merge pull request #2692 from masterleinad/fix_for_intel

Fix whitespace in template arguments for intel compiler

fix whitespace in template arguments for intel compiler

Merge pull request #2590 from tjhei/step-56

step-55: Parallel Stokes