Merge pull request #6398 from davydden/tests/zoltan

zoltan: run with mpirun annotation to avoid race condition

Merge pull request #6263 from mathgirl/assert_in_do_integrate_difference

Add missing assert in do_integrate_difference

Merge pull request #6391 from masterleinad/new_fixes_3

Avoid accessing invalid memory in base/utilities_pack_unpack_04

Merge pull request #6399 from GivAlz/NonMatchDocu

Fix documentation for NonMatching

Merge pull request #6392 from masterleinad/new_fixes_2

Clarify that base/reference causes stack-use-after-scope

Merge pull request #6375 from masterleinad/fix_scalapack_create_group

Fix scalapack create group

Added documentation for NonMatching namespace

Merge pull request #6400 from drwells/remove-double-stars

Avoid using '**/' at the end of comments.

Avoid using '**/' at the end of comments.

zoltan: run with mpirun annotation to avoid race condition

Merge pull request #6395 from kronbichler/test_fixes_avx512

Test fixes with AVX-512

Merge pull request #6296 from luca-heltai/failing-test

Fix bug in MappingFEField

Merge pull request #6389 from masterleinad/fix_memory_leak_kinsol

Fix memory leak in KINSOL wrapper

Test fixes with AVX-512.

Clarify that base/reference causes stack-use-after-scope

Avoid accessing invalid memory in base/utilities_pack_unpack_04

Fix memory leak in KINSOL wrapper

Merge pull request #6388 from kronbichler/documentation_matrix_free

Improve documentation of new matrix free data structures

Merge pull request #6385 from masterleinad/fix_warning_nonconst_comparator

Fix warning for non-const comparator

Merge pull request #6386 from kronbichler/mf_face_emplace_back

Prefer emplace_back over push_back in a few places

Document new parameters.

Fix doxygen appearance of MatrixFree::Loop.

Fix copydoc in FEEvaluationBase.

Merge pull request #6368 from drwells/fix-assert-nothrow-slicing

Fix assert nothrow slicing

Prefer emplace_back over push_back in a few places.

Fix warning for non-const comparator

Merge pull request #6384 from kronbichler/fix_changelog

Break lines before author names in changelog

Break lines before author names in changelog.

Link p4est issue in

Changelog entry

Add test

Use Utilities::MPI::MPI_Comm_create_group

Add Utilities::MPI::MPI_Comm_create_group

Add MPI version check

Merge pull request #6377 from kronbichler/matrix_free_fixes

Matrix free DG test fixes

Merge pull request #6382 from drwells/remove-more-c++11-references

Remove some references to C++11 support.

Merge pull request #6383 from drwells/fix-doc-typos-9

Fix more typos.

Merge pull request #6380 from masterleinad/disable_sc_init

Disable sc_init

Fix more typos.

Work was done by codespell and the (newly fixed) double_word_typos.py script.

Remove some references to C++11 support.

Merge pull request #6379 from drwells/no-subscripers-noexcept

Mark Subscriptor::check_no_subscribers as noexcept.

Fix the remaining tests

Merge pull request #6378 from kronbichler/fix_vectorized_scatter

Fix vectorized scatter for AVX-512

Disable sc_init

Mark Subscriptor::check_no_subscribers as noexcept.

Follow-up to a029a7f7acb7fe1a9bd30672b23da577af3c1932: since this function
should never throw we can mark it as noexcept.

This commit also updates relevant documentation explaining the present
behavior.

Must check for all (l,j) pairs for possible conflicts in scatter.

Fix wrong assertion in case no SIMD is applied.

Fix various compiler warnings.

Provide output options for various levels of vectorization.

Explicitly load() an atomic value.

Store values in exception classes.

Avoid using object slicing in AssertNothrow.

Previously this function sliced off important information in
objects.

Merge pull request #6370 from drwells/step-49-modernization-2

Update step-49.

Merge pull request #6376 from masterleinad/fix_doxygen_comment

Fix doxygen code style in FE_P1NC documentation

Fix doxygen code style in FE_P1NC documentation

Merge pull request #6369 from drwells/restrict-tests

Add some third-party library restrictions to tests.

Merge pull request #6365 from bangerth/fix-test

Fix a test for GCC 4.8.4 by doing a cast explicitly.

Merge pull request #6363 from drwells/remove-manifold-lib-includes

Remove extra manifold_lib.h inclusions.

Merge pull request #6361 from tamiko/fix_race_condition_2

Tests: avoid concurrent run of a-framework/parameter_file_x

Update step-49.

This clarifies the use of manifolds since GridGenerator now attaches manifolds
by default.

Add some third-party library restrictions to tests.

Merge pull request #6366 from bangerth/fix-test-2

Namespace qualify a function call.

Namespace qualify a function call.

GCC 4.8.4 marks the call as ambiguous between std::to_string and
Patterns::Tools::to_string. Make the compiler happy by being
explicit, whether or not that is actually necessary.

Fix a test for GCC 4.8.4 by doing a cast explicitly.

Merge pull request #6364 from drwells/remove-static-manifold

Remove a static manifold.

Changelog.

Added implementation of MappingFEField::get_vertices

Test for min/max diameter and FEFieldFunction.

This test fails because of #6294.

Remove a static manifold.

Remove extra manifold_lib.h inclusions.

Merge pull request #6362 from kronbichler/improve_fe_evaluation_doc

Improve documentation of FEEvaluation::submit_gradient & co

Some random doc fixes.

Improve matrix-free documentation.

Merge pull request #6360 from masterleinad/update_readme

Update readme.html

Merge pull request #6359 from tamiko/fix_race_condition

zoltan/tria_zoltan_01: Always run with mpirun annotation to avoid race condition

Tests: avoid concurrent run of a-framework/parameter_file_x

Update readme.html

zoltan/tria_zoltan_01: Always run with mpirun annotation to avoid race condition

Closes #5773

Merge pull request #6352 from drwells/fix-hyper-cube-with-cylindrical-hole

Fix hyper cube with cylindrical hole

Fix manifold ids in a test.

This test previously relied on the 'unknown manifold id' logic: since
the interior manifold ids were 0 and that manifold was removed those
cells used FlatManifold during grid refinement. Now that the interior
manifold ids are set to numbers::flat_manifold_id this is no longer the
case.

Merge pull request #6300 from kronbichler/issue_5667_dof_info

Face loop functionality in MatrixFree, FEFaceEvaluation class, test cases

Merge pull request #6330 from masterleinad/fix_dh_fe_collection_problem

Only replace FECollection in *DoFHandler if necessary

Merge pull request #6358 from masterleinad/fix_netcdf

Fix up remaining uses of 'output' in GridIn::read_netcdf

Fix up remainign uses of 'output'in GridIn::read_netcdf

Merge pull request #6178 from luca-heltai/patterns-tools-utility-function

Added to_string and to_value

Write changelog entries.

Merge pull request #6350 from masterleinad/fix_cuda_assert

Allow Asserts for functions running on host

Allow Asserts for functions running on host

Failing test in mapping q eulerian.

Only replace FECollection in *DoFHandler if necessary

Comparison operator for FiniteElement and FECollection

Merge pull request #6346 from tamiko/minor_updates

License header updates

Merge pull request #6344 from masterleinad/fix_cppcheck

Fix issues reported by cppcheck

Consistently use 'const bool' in function definitions.

Do not curve outside cells with hyper_cube_with_cylindrical_hole.

Use an enum rather than a plain number to index into dof index arrays.

Add 37 test files checking many aspects of FEFaceEvaluation.

Introduce the new class FEFaceEvaluation. Speed up vector access for contiguous case.

Fix the setup of face connectivity.

Add tests for multiple components in single DoFHandler.