Merge pull request #1777 from drwells/class-names-as-template-arguments

Class names as template arguments

Merge pull request #1769 from jperryhouts/add_erfc

Add erfc function to FunctionParser.

Merge pull request #1828 from tjhei/fix_tests3

fix tests/multigrid/transfer_prebuilt_01

fix tests/multigrid/transfer_prebuilt_01

I forgot to remove the .release.output file (output is now identical
between release and debug mode).

Merge pull request #1827 from bangerth/add-include-guard

Add an include guard to tests/base/functions.h.

Add an include guard to tests/base/functions.h.

Not important, but found while playing with collating testcases into
one.

Added muparser erfc test.

Add erfc function to FunctionParser.

Merge pull request #1707 from gassmoeller/triangulation_weights_callback

Triangulation weights callback

Use VectorType, not InVector, as a template type.

Some functions use a template for the input and output types, but other
functions use InVector. This commit switches the second kind to use VectorType,
which is more consistent with the usage of both VectorType and InVector.

Use FEValuesType, not FEValues, in templates.

This makes things less ambiguous because 'FEValues' is a valid class
name.

Prefer QuadratureType to Quadrature in templates.

Writing something like

template<typename Quadrature>

is ambiguous because Quadrature is also a class.

Use typename BlockMatrixType in templates.

This replaces the use of 'BlockMatrix', which, while it is not a class
name, looks a lot like one.

Use SP, not SparsityPattern, as a template type.

This commit also exchanges 'SparsityPatternBase' for 'SP' for
consistency.

Remove unnecessary dealii:: qualifiers.

Use VectorType, not Vector, as a template type.

Writing something like

template<typename Vector>

is ambiguous because Vector is also a class.

Merge pull request #1826 from drwells/remove-repeated-typedef

Remove repeated typedef.

Remove a repeated typedef.

Use a local typedef to shorten things.

add entry in changes.h

Introduce a signal for weighted repartitioning

Merge pull request #1817 from luca-heltai/fix-mac-pack

Reworded packaging options. We no longer need to export DYLD libraries.

Merge pull request #1819 from davydden/shared_tria_artificial_bugfix

Shared tria artificial bugfix

added extra Asserts to shared::Tria tests; do not output partition results

Merge pull request #1822 from bangerth/doc-update-38

Augment documentation of FE::get_(sub)face_data.

Augment documentation of FE::get_(sub)face_data.

Merge pull request #1820 from tamiko/fix_includes

CMake: Bugfix: Also use DEAL_II_INCLUDE_DIRS for bundled boost

Add a news/changes.h entry

CMake: Bugfix: Also use DEAL_II_INCLUDE_DIRS for bundled boost

This fixes a compilation issue with a zlib library not in a default
location in combination with bundled boost. Many thanks to Lukas Korous for
pointing this out.

Merge pull request #1808 from bangerth/further-FEValues-cleanups-37

Break dependency of MappingQ from MappingQGeneric.

fixed a bug in shared::Tria where...

true_subdomain_ids_of_cells was not set up for the case
without artificial cells.

Fixed wording in dealii.conf.in

Merge pull request #1816 from tjhei/fix_expand_inst_ldgold

fix cmake expand_instantiations ldgold workaround

fix cmake expand_instantiations ldgold workaround

Avoid cmake error if DEAL_II_LINKER_FLAGS is empty.

Merge pull request #1813 from bangerth/fix-1798

Workaround linker bug when compiling expand_instantiations.

Workaround linker bug when compiling expand_instantiations.

Do so by removing -fuse-ld=gold from the list of linker flags for this program.

Merge pull request #1809 from tamiko/tensor_fixes

Fix several Tensor<rank,dim,Number> related bugs:

reindent

Merge pull request #1812 from tjhei/fix_bdm_tests2

add missing changes to fix bdm tests

add missing changes to fix bdm tests

the PR #1778 written to fix tests/fe/bdm_[89], also see #1770, did not
include the necessary changes to the .cc files.

Merge pull request #1810 from davydden/sharedtria_fix_no_mpi

fix shared::Tria for no-MPI case

fix shared::Tria for no-MPI case

Bugfix: Provide missing operator+ and operator- variants

Unfortunately, it is not possible any more to exploit an implicit
conversion from SymmetricTensor to Tensor due to the heavily templated
operator variants for Tensor.

Thus, provide mixed operator types. (And clean up symmetric_tensor.h
later).

Bugfix: Add additional braces around subobject initializers..

Hopefully this makes icc happy

Move a few pieces to a more natural place.

Break dependency of MappingQ from MappingQGeneric.

As discussed in #1732, MappingQ doesn't have the is-a property with
regard to MappingQGeneric. Nor does it have it with regard to its previous
base class, MappingQ1, and this was already fixed previously (#1429). Rather, what
it should be is a has-a relationship with regard to both the MappingQGeneric
(used on cells on the boundary) and MappingQ1 (used for interior cells).

This patch implements this. The part of the patch for MappingQ itself is
relatively straightforward: have it store pointers to both Q1 and Qp
mappings, and where it currently dispatches to the base class
MappingQGeneric, just dispatch to the Qp object instead. We can
then break the inheritance from  MappingQ
to MappingQGeneric, at the cost of reimplementing a couple of
trivial functions of the Mapping interface that were previously
provided by the MappingQGeneric class.

The bigger problems appear in the MappingQEulerian and
MappingC1 classes which previously overloaded functions
declared in MappingQGeneric and that are now no longer
available to the MappingQGeneric object we now keep a
pointer to, rather than have as base class. This is
worked around by having both MappingQEulerian and
MappingC1 declare their own internal classes derived
from MappingQGeneric that provide the now missing
functions.

Merge pull request #1806 from QiaoLei-88/fixBraceMismatch

fix one brace mismatch in documentation

fix one brace mismatch in documentation

Merge pull request #1802 from tamiko/cmake_cleanup

CMake: Remove obsolete guard in configure_1_lapack.cmake

CMake: Refactor include to appropriate file

CMake: Remove obsolete guard in configure_1_lapack.cmake

Merge pull request #1799 from guidokanschat/cmake_c_compiler

Put the C compiler into the config file and automatic deal.II setup

Merge pull request #1674 from davydden/shared_tria_artificial

Shared tria artificial

Merge pull request #1801 from alistairbntl/BDM_grad_grad

Implemented BDM_grad_grad in 3D

extend parallel::shared::Triangulation to allow artifical cells

Implemented BDM_grad_grad in 3D

  * Added second derivative terms to polynomials_bdm class in 3D
  * Added tests and output to verify 2nd derivatives are returning
    proper values
  * I carefully checked the output file to confirm the correct output
    is being produced

Put the C compiler into the config file and automatic deal.II setup

Merge pull request #1796 from kronbichler/master

Simplify code in MGTransferPrebuilt

Silence compile error

Make compile without MPI

Merge pull request #1797 from asartori86/typo_step_20

fixed typo intro step 20

fixed typo intro step 20

Simplify code in MGTransferPrebuilt

Merge pull request #1768 from tjhei/parmg

[WIP] working parallel geometric multigrid

Merge pull request #1784 from jppelteret/fix_steps_broken_by_1673

Fix steps broken by PR 1673

Merge pull request #1795 from tamiko/try_to_make_appvyr_happy

Bugfix: Add a missing space in a build test target

Bugfix: Add a missing space in a build test target

Merge pull request #1794 from tamiko/fix_typo

Documentation: Fix a typo in porting.html

Documentation: Fix a typo in porting.html

Merge pull request #1793 from tamiko/compile_with_flags

Bugfix: Also compile the expand_instantiations macro with our build flags

Bugfix: Also compile the expand_instantiations macro with our build flags

It turns out that the Windows platform needs this.

Closes #1792

Fixes in relation to #1673.

Changed size_type in PreconditionChebyshev. Added static_asserts that
compare matrix and vector types in precondtioners. Updated
linear_operator_08 test to account for inability to wrap
IterativeInverse in a linear_operator.

Merge pull request #1791 from bangerth/possibly-fix-msvc-problem

Qualify nested types with 'typename'.

Qualify nested types with 'typename'.

Merge pull request #1787 from tamiko/partially_revert_pr_1673

Partially revert pull request 1673

Partially revert pull request 1673

This reverts all changes to iterative_inverse.h and pointer_matrix.h
introduced by pull request #1673.

Merge remote-tracking branch 'upstream/master' into parmg

Conflicts:
doc/news/changes.h

changelog

Merge pull request #1789 from tjhei/remove_typenames

remove typename outside template

Merge pull request #1743 from QiaoLei-88/triaSignalOnCell

Tria signal on cell

remove typename outside template

This fixes building on msvc

Merge pull request #1781 from bangerth/rename_fast_to_skip_initialization

Rename the 'fast' parameter to 'skip_initialization'.

Merge pull request #1779 from bangerth/hook-in-code-gallery

Hook in code gallery

Rename the 'fast' parameter to 'omit_zeroing_entries'.

This is a more accurate representation of what the parameter achieves,
and should be easier to understand. The fact that this mode is also
'fast' is sort of a side effect of the semantics the parameter
really carries.

In the Table class, use omit_default_initialization.

Rework the way we pick up the code gallery: instead of checking it out
via git, just find it at a magical location.

Adjust the program that builds the tutorial graph to also process the code gallery.

Check out and process the code-gallery.

Bracket document configuration with empty lines, now that we do some
serious work there.

Minor cleanup.

Push down evaluating GLOBS to the file where it is actually needed.

Merge pull request #1785 from tamiko/fix_tests

Update scripts/normalize.pl to new version numbering

Update scripts/normalize.pl to new version numbering

Merge pull request #1767 from alistairbntl/BDM_Edit

Correction to BDM degree method

Correction to BDM degree method

* The documentation says this function should return one less than
    the highest polynomial degree. This is consistent with the
    notation used in the literature on BDM polynomials and is what I
    would expect the function to return.
* However, the function actually returns the degree of the highest
    polynomial degree because it calls PolynomialSpace.degree() (note:
    in this context, PolynomialSpace is the complete polynomial space
    of degree k, next then we add elements from k+1 to complete the
    BDM space) which specifically states it does not return the
    Maxmial degree of the polynomial, but the number of polynomials
    given to the constructor.
* If I understand correctly, since the number of polynomials given
    to the constructor includes constants, this returns degree+1.
* To correct this, one needs to be subtracted from the degree of the
    polynomial_space.
* A typo in the 3D bdm_grad functions has also been corrected
* Made a correction in the compute method to reflect the change in the
    degree method.
* Corrected out in the test polynomials_bdm_01.output file
* Edited some names in the test bdm_1.cc

Merge pull request #1763 from agrayver/fix_intergrid

Fix compute_intergrid_weights_3

Merge pull request #1782 from bangerth/fix-warnings

Fix two recently introduced warnings about unused variables.

Fix two recently introduced warnings about unused variables.

Merge pull request #1780 from tamiko/renaming

Rename private variables; fix changes.h entry

Rename private variables; fix changes.h entry

This commit renames some private variables intrdocued in pull request #1673
to fit our naming rules.

Further, fix some issues with the doxygen documentation.

Merge pull request #1776 from nicola-giuliani/FEDGQArbitrarynodesnames

added codim one in get name for FE_DGQArbitrarynodes