Fix doc markup in a number of places. Move one internal function from the private section of the class to the .cc file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18044 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention Trilinos parallel sparsity pattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18042 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated step-32 to use parallel Trilinos sparsity pattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18041 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a fixed test. Rename one that still fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add comments. Fix code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a cache of column indices to improve the speed of the Trilinos sparsity pattern generation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do another cast to placate gcc3.3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18035 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify (a bit tediously) two more sets of functions into common templates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18034 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18031 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A reduced version of kelly_crash_01

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo accidental change in Trilinos block solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18022 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a function TrilinosWrappers::SparsityPattern that can generate distributed sparsity patterns for use with Trilinos sparse matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18021 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write the cast in a different way in hopes to make it compile with gcc 3.3.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make memory_consumption() more accurate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18012 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed multiple instantiations when both 1d and 2d libs are linked against a program.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18011 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove totally outdated test references for the MIPSpro compiler. This compiler is not capable anymore to compile deal.II anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18007 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add changes entries for the last three commits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring patch deal.II_DLR@5590 (leicht) to deal.II: Test anisotropic embedding and restriction matrices of FE_Q.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring patch deal.II_DLR@5588 to deal.II (leicht): Supply anisotropic restriction and embedding matrices for FE_Q.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18004 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generalize test to handle anisotropic children. Test new functionality from patch 18002.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18003 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring patch deal.II_DLR@5587 to deal.II: Let the functions tranforming mother to child coordinates (and vice versa) handle anisotropic children.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring bug fix from deal.II_DLR@6149 to deal.II: Remove a (serious) bug where we created wrong meshes in 3D cases with both anisotropic refinement and non-standard line orientation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The test output had changed due to patch 16450: Fixed bug in find_cells_adjacent_to_vertex. Now update the test refs accordingly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18000 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A few functions could be made faster by smarter access to the mapping data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the misleading output of an assertion in a few places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17993 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile. How did this work for Guido?

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17986 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace a restriction by a warning in the documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17981 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

enable computation of embedding matrices for elements not supporting anisotropic refinement

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17980 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use get_function_laplacians for the residual.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17974 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ensure that FEValuesExtractors objects are copyable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17968 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix caption of an entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17967 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly guard a mutable variable in the MappingQEulerian class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17962 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor cleanup: Make a couple of variables const and move initialization appropriately.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple of functions in a second version.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17960 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a single space character rather than a string with a single space.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17958 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do fail last

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on two recent changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17956 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17955 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add get_function_laplacians() methods in FEValues class, improve performance of get_function_xxx in views, use new functions in step-31 and step-32.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17954 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent the whole file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17952 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17951 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In get/set_dof_values, make use of the cache of DoF indices for non-hp DoFHandlers to avoid memory allocation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17950 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a statement to the correct place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17949 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo Toby's accidental change of AC_INIT which also had the unfortunate consequence of breaking a bunch of tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17948 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apply the same changes here as we did for step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17945 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document new FEValuesViews features.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17944 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Hopefully make compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17943 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use extractors of function values to only get at velocities rather than all components.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17942 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17941 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17940 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also provide ways to extract symmetric gradients and divergences.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17939 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also optimize get_function_gradients/hessians.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Optimize the get_function_values function in Vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use extractors to access only the velocity values.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17935 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make test pass.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17934 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First version of get_function_* for Vector extractors. The code is not optimized and fe_values_view_14 currently still fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17933 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the declaration of a few member classes to the .cc file -- they are not used anywhere outside the implementation of this class and so their definition doesn't need to be seen to everyone who uses the header file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17932 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Hand-optimize a case in the hot path of the symmetric_gradient function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17931 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a cast to make a conversion valid in code that's dead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17930 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard more explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17929 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard more explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17928 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard more explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17927 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard an explicit specialization to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17926 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark a bunch of explicit specializations as inline to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17925 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard two explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17924 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove accidentally copied files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the ability to query for the values/gradients/... of a single component of a vector valued finite element function at the quadrature points of a FEValues object.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document FEValuesViews changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo the previous change: it actually proved counter productive: Compilers are better at CSE than one can apparently do in source code...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do some common subexpression elimination by hand.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the way we store data to keep thing accessed at the same time together in memory. Also reduce the number of indirections through this scheme.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a field no longer needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add specializations for symmetrize for the various dimensions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17915 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cache even more data to make the case of primitive elements more efficient.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17914 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modify the FEValuesViews classes so that they compute a bunch of things already at construction time. This should make them much faster when you use them to evaluate stuff. On the other hand, it makes construction much more expensive and so the previous approach of creating them on the fly every time someone wrote fe_values[velocities] doesn't work any more. Rather, create all possible views objects at construction time of the FEValues object and simply return a reference to one of them when a view is requested.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17913 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also move the functions that deal with vertex dofs to the accessor implementation rather than keeping them in the DoFHandlers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17907 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

There was another error in the new get_function_*.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17905 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected one mistake.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17904 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The previous implementation of FEValues::get_function_values/gradients/hessians() was rather inefficient. The submitted version is more than twice as fast for get_function_values and 20% faster for get_function_hessians. Changed the order of the loops, read FEValues data using pointers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17903 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem where we overwrite things we've figured out before when TRILINOS_DIR is given through an environment variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17900 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a bunch more functions from the DoFHandler classes to the DoFAccessor Implementation class. This is, after all, the only location where these functions are called.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17899 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid one problem with missing references by moving functions around a bit. This also avoids one gratuitous indirection for each call of get/set_dof_index. Several other similar functions remain to be treated, however.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17897 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a few function stubs that are never called but that older compilers want to have a reference to (they're referenced from dead code and gcc 4.0 doesn't seem to eliminate it whereas newer versions of gcc appear to do).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17893 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around the problem that gcc4.0 doesn't make member classes (and their respective members) friends in the same way as members. The problem is described a bit more in the comment to the Implementation class in tria.cc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17892 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document anisotropic refinement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document interfaces to Trilinos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17890 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the codimension one changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17889 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix up an entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17883 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove outdated file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17879 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move new boost version into place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17878 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove boost 1.36.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Import boost 1.37.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17876 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a couple of missing spacedims

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17875 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated function parser version

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d