Merge pull request #6973 from tamiko/fix_cmake

CMake: Do not check for the geometry component in FindBOOST.cmake

CMake: Do not check for the geometry component in FindBOOST.cmake

Boost.Geometry is a header-only component of Boost. It is
unconditionally installed.

CMake does not support to configure with the "geometry" component
because it cannot pick up a corresponding library (is true at least for
versions 3.9, 3.10, 3.11, 3.12).

Thus, remove the geometry component from the find(Boost ...) call.

Closes #6969

Merge pull request #6920 from marcfehling/variable-transfer

Support for transfer of variable size data.

Merge pull request #6944 from luca-heltai/add-constructor-function-parser

Add new constructor to function parser

Merge pull request #6966 from masterleinad/restrict_p4est

Restrict tests requiring p4est

Support for transfer of variable size data.

Merge pull request #6962 from marcfehling/indentation-fe_collection_05

Fix indentation for 'tests/hp/fe_collection_05'.

Restrict tests requiring p4est

Merge pull request #6963 from drwells/fix-generate_lapack_templates

Fix generate lapack templates

Improve generate_lapack_templates' documentation.

Fix execution of generate_lapack_templates.

Merge pull request #6950 from luca-heltai/boost-geometry

Added boost::point adaptor

Addressed Daniel's comments

Merge pull request #6823 from tjhei/cmake_deprecated_using

cmake check for using and DEAL_II_DEPRECATED

Fix indentation for 'tests/hp/fe_collection_05'.

Merge pull request #6958 from bangerth/make-virtual

Make it even clearer that a function is 'virtual'.

Merge pull request #6949 from masterleinad/avoid_warning

Avoid #warning using MSVC

Make it even clearer that a function is 'virtual'.

Merge pull request #6943 from jppelteret/ad-lac_static_asserts

Add AD number static asserts for FullMatrix and Vector classes.

ChangeLog

Added boost::geometry point adaptor for deal.II

Check if external boost library contains geometry.

Added boost/geometry.

Merge pull request #6928 from marcfehling/fixes-6880

Force same FE object for transferring data.

Merge pull request #6951 from bangerth/doc-update

Update the documentation of hp::FECollection::find_least_face_dominating_fe().

Merge pull request #6952 from bangerth/doc-update-2

Match doxygen markup in the .cc file to that in the .h file.

Merge pull request #6953 from masterleinad/ignore_deleted

Ignore deleted files when formatting

Ignore deleted files when formatting

Merge pull request #6942 from masterleinad/common_ancestor_formatting

Use common ancestor as base for formatting recent files

Match doxygen markup in the .cc file to that in the .h file.

This is necessary because we run both the .h and the .cc files through doxygen.
If we don't do this, then doxygen will show functions with different markup
twice in the online documentation.

Use a better text to describe what we do.

Update the documentation of hp::FECollection::find_least_face_dominating_fe().

Merge pull request #6939 from marcfehling/hp-distribute-fails

hp::DoFHandler::distribute_dofs on p::d::Triangulation fails.

Prepend macro names with DEAL_II_

Avoid #warning using MSVC

Merge pull request #6938 from masterleinad/improve_deprecation_tests

Improve deprecation check

Addressed comments.

Rephrase comment

Add AD number static asserts for FullMatrix and Vector classes.

Changelog

Add test for new function parser constructor.

Merge pull request #6929 from gassmoeller/fix_out_of_bound_memory_access

Fix rare out of bound memory access in write_gmv_reorder_data_vectors

Add a new constructor for function parser.

Use common ancestor as base for formatting recent files

Don't actually construct deprecated objects in deprecation tests

Add test for hp::distribute_dofs on p::d::Triangulation.

FIX: hp::DoFHandler::distribute_dofs on p::d::Triangulation.

Ignore spurious w2651 ICC warning

Merge pull request #6935 from masterleinad/fix_compute_point_to_point_communication_pattern

Fix Utilities::MPI::compute_point_to_point_communication_pattern

Merge pull request #6934 from masterleinad/alternative_output_data_out_12

Provide alternative test output for data_out_12 without ZLIB support

Merge pull request #6936 from masterleinad/fix_warnings_in_tests_new

Fix some warnings in tests

Merge pull request #6932 from masterleinad/replace_fesystem_constructor_tests

Use different FESystem constructor in tests

Fix some warnings in tests

Fix Utilities::MPI::compute_point_to_point_communication_pattern

Merge pull request #6933 from masterleinad/boost_header_p_d_tria

Add missing boost header for p::d::Triangulation

Provide alternative test output for data_out_12 without ZLIB support

Add missing boost header for p::d::Triangulation

Use different FESystem constructor in tests

Indent

Add test

Avoid out of bounds memory access

Force same FE object for transferring data.

Merge pull request #6927 from masterleinad/address-clang_tidy

Address clang-tidy suggestions

Address clang-tidy suggestions

Merge pull request #6925 from drwells/add-colorization-glossary-entry

Add a glossary entry on colorization.

Reword the GridGenerator documentation on colorization.

Add a glossary entry on colorization.

Merge pull request #6896 from masterleinad/fix_base_headers

Fix comments in @code blocks in base headers

Fix comments in @code blocks in base headers

Merge pull request #6898 from masterleinad/merge_tria_copy_manifold_id

Allow copying manifold ids in GridGenerator::merge_triangulations

Merge pull request #6923 from bangerth/cleanup

Clean up some code in AffineConstraints::is_consistent_in_parallel.

Merge pull request #6921 from jppelteret/ad_updates_01

Minor AD updates

Clean up some code in AffineConstraints::is_consistent_in_parallel.

The existing code has a lambda function that either returns a reference to
an existing element of a vector, or to a dummy member variable. But to
make things confusing, it *modifies* this dummy variable, which means that
what looks like some 'const' dummy object is not actually.

All of this is done to avoid copies, but in reality a copy is still
made at a later point where we insert the result of this lambda
function into a vector. This patch cleans this up by removing the
non-const dummy variable and instead just returning a copy that is
then moved into the vector. That's the same number of copies as before,
in most cases, and it's clearer to read because there is no more
potential for two parts of the code stepping on each others' toes
modifying the dummy variable.

These things are important to me because modifying the dummy variable
is a sure way to introduce really hard to find errors if anyone ever
wanted to multi-thread this function. It's not likely that anyone
will try this for this function soon, except possibly by using
things like parallel-for loops should they ever become available.
But it's worth not even getting into the habit of using this style.

Extend template specialisations for intermediate AD number types.

Its not likely, but it might be possible that in some complex chain of
operations we're left with one of these intermediates that needs to be
operated on or used. If this is the case then having these
specialisations facilitate the driver and helper classes to function
with these number types.

Fix some stale comments at the end of preprocessor directives

Merge pull request #6851 from eldarkh/ReduceScatter-p2p

ReduceScatter for compute p2p communication pattern

Merge pull request #6915 from masterleinad/iterate_trilinos_sparsity_parallel

Iterate trilinos sparsity parallel

Merge pull request #6892 from davydden/feature/plate_with_a_hole

add GridGenerator::plate_with_a_hole()

fix incode comment

ReduceScatter for compute p2p comm pattern

Merge pull request #6916 from bangerth/cleanup

Better document TrilinosWrappers::SparsityPattern::row_length().

Merge pull request #6914 from dangars/project_boundary_values

Add instantiations of project_boundary_values() with complex arguments

Changelog entry

Allow iterating over TrilinosSparsityPattern in parallel and after compress

Merge pull request #6912 from masterleinad/fix_quick_tests

Fix quick_tests

Merge pull request #6910 from dangars/interpolate_boundary_values

Add instantiations for complex arguments

Better document TrilinosWrappers::SparsityPattern::row_length().

Fix quick_tests

Merge pull request #6913 from Rombur/fix_quicktests

Fix a bug with DEAL_II_TRILINOS_WITH_SACADO

Add instantiations of project_boundary_values() with complex arguments

Fix a bug where DEAL_II_TRILINOS_WITH_SACADO was set even if
DEAL_II_WITH_TRILINOS was not

fix typos

Merge pull request #6906 from Rombur/cmake_sacado

Make Sacado an optional dependency

rename internal function to be more explicit

Add instantiations for complex arguments

minor fix to plate_with_a_hole

Rename boundary_line/quad by subcell_line/quad and use range-based loop

Fix GridGenerator::merge_triangulations docu and use switch

Fix changelog entry

Additional changelog entry