Merge branch_codimension_one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17866 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

corrected a weird comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slighty re-write one entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17843 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17842 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added function DoFTools::make_zero_boundary_constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17841 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated output for new settings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17827 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplified the temperature rhs assembly. Use IC preconditioner for temperature system instead of SSOR. Could skip two parameters in artificial viscosity call.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17826 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use IC preconditioner for temperature system.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17825 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify documentation in one point.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17813 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an obvious error in time step calculation. Need to think about efficiency, though.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improved the function that adds a Trilinos sparse matrix to another.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove svn:mergeinfo property.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17787 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the usual format of reporting problems when a test fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17780 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Say what we are doing. This gives a better feedback of what's actually happening in particular if one uses 'make -jX'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17779 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing header file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cosmetic change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17769 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Made the collective add and set functions a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When running in multithreading mode, the lock is changed in a const function. Made it mutable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17766 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ConstraintMatrix::distribute_local_to_global() uses now collective add operations into sparse matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17765 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slight update in SparseMatrix collective add/set functions. Add some more documentation about the residual computation for the Bicgstab solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an error in collective add function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put entry into the right section. Rewrite a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17761 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

SLEPc Log file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Autodetect SLEPc based on the PETSc config

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The deal.II SparseMatrix class can now set a FullMatrix of data at once, as can all block matrices derived from BlockMatrixBase. Other arrays can be set at once as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17754 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use row-wise addition into matrices also for PETSc wrappers matrix. When building a parallel PETSc matrix from a sparsity pattern, set the option NO_NEW_ENTRIES.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17751 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Touch up in a few places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17750 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reimplement parts of the VectorTools::interpolate_boundary_values (in the process taking care of a TODO) to make sure it doesn't use insane amounts of compute time by re-computing the same information over and over again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17745 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a missing assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17740 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When initializing the Trilinos sparse matrix, use an Epetra_CrsGraph as in intermediate object. That saves some computing time in setup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17727 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected some more errors in Trilinos sparse matrix collective add functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17713 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an error when adding/setting a FullMatrix to the Trilinos sparse matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17712 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The function TrilinosWrappers::SparseMatrix::add() that sets more than one element can now elide zero elements in the array.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17697 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an error in add() and set function of Trilinos sparse matrix. Some more performance enhancements.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17694 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update of the tests of collective Trilinos add and set functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17693 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo the changes in 17683.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17692 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Inline the functions that add elements to Trilinos sparse matrices and vectors. These functions are called very frequently, and it is hence advantageous to let the compiler know the number of added elements, so it can optimize some loops away.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17684 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added some tests for Trilinos collective add and set operations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17683 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added some tests for Trilinos collective add and set operations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17682 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduced a few add() and set() functions for Trilinos matrices that allow to set several elements at once. We will need to rewrite ConstraintMatrix::distribute_local_to_global in order to use this new capability.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17678 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed the vmult_add function to make it a bit faster. Had to re-introduce the assertion I removed before.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17677 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed an unnecessary assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17676 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Accelerated the addition into vectors a bit by directly calling the relevant functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17675 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added the way elements are inserted/replaced/added into Trilinos matrices. Adding elements into the global stiffness matrix one by one using add() should now take between 30 and 50 precent less time than it did before.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17674 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update comment. Do not try to duplicate information that is available elsewhere since it becomes obsolete so quickly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17665 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated some Makefiles.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17659 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

If Lapack functions were called but we didn't link with lapack, then we just created an exception object but forgot to throw it. Oops.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17657 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

If Lapack functions were called but we didn't link with lapack, then we just created an exception object but forgot to throw it. Oops.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17656 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correctly implement gauss_jordan using LAPACK.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17655 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge the new inversion code into the general template.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17650 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a class types_are_equal to allow a couple of template tricks.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17649 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

We do not need the Cuthill-McKee renumbering when using AMG on the Stokes system (actually, it makes the GMRES solver take 1 to 2 iterations more).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17646 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed an issue with define flag for Xgetri.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17644 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplified a bit of code in AMG preconditioner init.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17643 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Can do a bit better by checking for DGETRF_ instead of LIBLACK only.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17642 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Invert full matrices using Lapack functions if these are detected. Fixed a constructor problem in Trilinos block vector classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17641 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

It is now possible to define the number of smoother sweeps in the AMG preconditioner setup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17627 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modified a comment in the Chebyshev preconditioner.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17626 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more update for the Trilinos vector functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17625 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more updates for Trilinos vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17624 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I messed some things up when previously submitting code. Now everything is hopefully working again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17606 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A few vector reinit functions using the = operator did not work properly. This is now fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17605 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17604 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reference the publication.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17598 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update authors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17594 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17593 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce another reinit function to copy from a Epetra_CrsMatix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17582 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove again a test that was never resolved (we would have needed to change the enum RefineCase to essentially a full-scale class that can't be converted implicitly to integers any more -- but Ralf didn't like that solution).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17572 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a file that isn't really needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17571 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a test that used a particular mesh that can't be reproduced any more after a later fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17568 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implemented a TrilinosWrapper function to a Chebyshev preconditioner.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17567 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a reference to the changes in the step-22 program on the news page.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17561 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added implementation of ConstraintMatrix::condense() for CompressedSimpleSparsityPattern by copying the code. Changed step-22, step-31 and step-32 to that sparsity pattern format, since it is faster than CompressedSetSparsityPattern and uses less memory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17560 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed one obsolete function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17559 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing BlockVector::swap functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17556 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added the functionality to calculate the inverse in LAPACKFullMatrix class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17547 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an error in derivation of block preconditioners.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17543 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compress Trilinos sparse matrix before and after clearing rows.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17534 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-enable the feature that one can set CXXFLAGS before calling ./configure. I had broken this by accident sometime recently.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17530 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add SHLIBFLAGS to linker test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17523 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update a few test results.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17515 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A few more files with different output on gcc4.3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17513 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

gcc4.3 produces a slightly different output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17512 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated a few functions in Trilinos sparse matrix and vector classes to make more of the tests work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17511 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated the Trilinos tests so that most of them are working now. Need to check some outputs, and need to find out what goes wrong in sparse_matrix_vector_04.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17510 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added 2d output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17509 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also add the 3d pictures and results.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17502 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write up 2d part.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17500 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make test use iterator typedefs rather than the underlying type to make it more robust against changes in the library.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17498 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to update step-18 with a new include file to CompressedSparsityPattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17487 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a templated call to PETSc matrix initialization with SparsityPattern to allow different types of SparsityPatterns.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17486 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an error in Trilinos vector class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17485 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added an MPI_InitFinalize to the files, so that at least some tests work now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17484 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The Trilinos sparse matrix class can now insert elements using set(i,j) as long as compress() is not called.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17483 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use clear() to release memory, rather than doing it by hand in each of the derived classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17482 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prevent a memory leak in the block matrix base class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17481 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Print warning that the path to the trilinos libs needs to be added to DYLIB_LIBRARY_PATH. Do so only on Mac OS X because we should be able to take care of this on ELF systems through the use of -rpath.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17480 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use -dynamic -install_name instead of -dylib_install_name on Mac OS X.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17478 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d