hdf5: bump to support M1

Merge pull request #337 from drwells/unset-petsc-arch

Correctly unset PETSc environment variables.

Correctly unset PETSc environment variables.

version 9.4.2-r3

disable x11

trilinos without explicit instantiations

It turns out explicit instantiations have the following problems:
- it confuses linkers like gold leading to missing instantiations
- breaks compilation on OSX ARM (symbols with wrong arch)
- it is likely related to a big bloat in library size

Disable them for now...

version 9.4.2-r2

CI: osx use gcc-11 to fix compilation

test

a

a

f

Merge pull request #324 from tjhei/test2204-9.4

[CI] test 22.04 for 9.4

test 22.04

Merge pull request #313 from Wendi-L/openblast-fix

fix issue on undefined reference to gotoblas

nicer name for hdf5 config file

version 9.4.2-r1

deal.II v9.4.2

fix SEACAS support

- netcdf support in trilinos needs some help to find correct paths
- SEACAS depends on netcdf

Merge pull request #318 from rossisimone/patch-2

Enable SEACAS in Trilinos to enable exodusII

Merge pull request #312 from Wendi-L/parmetis-64

fix bug on metis installation when USE_64_BIT_INDICES=ON

Enable SEACAS in Trilinos to enable exodusII

move patch into file

version 9.4.1-r1

deal.II 9.4.1

fix issue on undefined reference to gotoblas

remove REALTYPEWIDTH modification

fix bug on metis USE_64_BIT_INDICES

update Trilinos

update OSX instructions

fix PETSc with optimization flags

fixes #306

I tried various combinations of single/double quotes and
reglob-protecting ${CONFOPTS} when passing to ./configure but none of
the options worked (PETSc either only picks up -O3 or fails to configure
with '-O3).

version 9.4.0-r2

update openblas

Fix path to installed CMake files.

version 9.4.0-r1

switch to 9.4

Merge pull request #295 from tjhei/64bit-option

new global option: USE_64_BIT_INDICES

Merge pull request #296 from gfcas/bump_checkout

Bump github actions/checkout@v3

Bump github actions/checkout@v3

fixes

new global option: USE_64_BIT_INDICES

Merge pull request #294 from koecher/takeover-267-289

ADOL-C: Add default options that are most useful/defensive for users

Add arch native flags to p4est and trilinos if native optimazations is on.

Merge pull request #284 from tjhei/native_o3

native optimizations: enable -O3

Merge pull request #288 from SJ2050cn/master

Fixed `BUILDDIR` spelling error.

native optimizations: enable -O3

We found out that -O3 makes a measurable difference in matrix-free
performance for recent gcc versions. Enable this when the user requests
native optimizations.

Merge pull request #281 from gfcas/concurrency

Concurrency

Add concurrency for main.yml

Indent main.yml

Merge pull request #278 from gfcas/update_package_petsc

Clean up PETSc and SLEPc

Merge pull request #279 from gfcas/update_package_p4est

Update p4est.package according to dealii

Merge pull request #280 from gfcas/symengine-v0.8.1

Symengine v0.8.1

Remove conflicting symengine options

Symengine v0.8.1 checksum

Bump symengine version 0.8.1

Indentation

Update p4est.package according to dealii

Merge pull request #260 from gfcas/update_package_hdf5

cleanup in package hdf5

Clean up PETSc and SLEPc

Merge pull request #276 from tjhei/opencascade-isfinite-patch

opencascade: fix isfinite error

Merge pull request #275 from tjhei/petsc_slepc_bump

update petsc and slepc

opencascade: fix isfinite error

On M1 opencascade fails to compile, fix by adding a patch.

update petsc and slepc

This is required to compile on M1 with clang.

HDF5 1.10.8 checksum

HDF5 v1.10.8

Update package hdf5

Merge pull request #270 from tjhei/cmake_generator

unset CMAKE_GENERATOR

unset CMAKE_GENERATOR

One can set the CMAKE_GENERATOR to set the default generator when cmake
is executed (I have set it to Ninja). This of course confuses candi, as
no makefiles will be generated.

Merge pull request #268 from gfcas/comment

Version independent comment

Update version comment

Merge pull request #266 from drwells/fix-pretty-name

Merge pull request #265 from koecher/almalinux

Fix an undefined variable error.

Adds platform AlmaLinux as replacement for CentOS 8

Merge pull request #257 from gfcas/ginkgo_advanced_options

Merge pull request #241 from gfcas/update_package_assimp

assimp: updates to 4.1.0 and adds optional v5.0.1

Merge pull request #254 from tjhei/p4est_bump

p4est: update to 2.3.2

Update deal.II-toolchain/packages/p4est.package

Co-authored-by: Fabian Castelli <50630942+gfcas@users.noreply.github.com>

Add comment on advanced ginkgo options

Update assimp package

Merge pull request #256 from gfcas/ginkgo-1.4.0

Ginkgo 1.4.0

Prepare tar and git download option

Load v1.4.0 by default

p4est: bump to 2.3.2

Merge pull request #250 from koecher/macos-update

macos update (bigsur update 11.5.1)

detects version independent macos

updated macos.platform (adds security policy, shortens instructions)

updates installation instructions for macos bigsur

detects macos bigsur (11.5*)

adds ScaLAPACK and MUMPS to be integrated in Trilinos and PetSc (#246)

* Add ScaLAPACK package

* Add MUMPS package

* Removing the check if ParMETIS is available before installing MUMPS and ScaLAPACK.

* Set the packages depending on whether MKL is available

* fix typo

Merge pull request #242 from gfcas/compiler_cleanup

Cleanup compiler variables

Merge pull request #249 from gfcas/fix_ci_macos_compilers

Reinstall gcc compilers in macos ci jobs

Merge pull request #248 from tjhei/trilinos_no_gfortran

trilinos: remove lgfortran flag

Merge pull request #247 from tjhei/enable-zsh

fix enable.sh for zsh

trilinos: remove lgfortran flag

I have no idea what this flag is good for and it fails for me on M1 OSX
with this, because there is no gfortran library.

fix enable.sh for zsh

default on OSX is zsh instead of bash and our enable.sh uses a bash
internal. This should work for bash and zsh.

Cleanup compiler variables

Merge pull request #239 from gfcas/default

Remove unused file default.packages

Merge pull request #237 from gfcas/guess_platform

Rename some variables in guess_platform()

Rename some variables in guess_platform()

Merge pull request #220 from gfcas/platform_files

Minor updates on programming style and platform file information