Add test for symbolic math functions

Add functions to perform symbolic math operations using SD::Expression

Merge pull request #7894 from drwells/unused-var-hdf5

Silence an unused variable warning.

Silence an unused variable warning.

Merge pull request #7844 from jppelteret/sd-expression

SD: Types, traits, and expression class

Merge pull request #7889 from tjhei/hdf_no_mpi

fix hdf5 in serial

Merge pull request #7893 from bangerth/spell

Fix a misspelled word.

Fix a misspelled word.

Merge pull request #7746 from bangerth/61

More edits in the introduction of step-61.

Edit the introduction of step-61.

Fix a typo in a changelog entry

Merge pull request #7890 from masterleinad/fix_space

Fix space in error message

Fix space in error message

fix hdf in serial

- fix compilation
- fix warnings about unused variables
- move some variables around (smaller scope)

Merge pull request #7886 from masterleinad/scalapck_werror

Test SCALAPACK with -Werror

Test SCALAPACK with -Werror

Merge pull request #7885 from davydden/feature/array_view_default

add default constructor for ArrayView and a reinit() method

add default constructor for ArrayView and a reinit() method

Merge pull request #7884 from davydden/config/lapack_include

set LAPACK_INCLUDE_DIRS and LAPACK_USER_INCLUDE_DIRS

Add test for SD::Expression class

Add basis for SymEngine (SD) wrappers

- Types
- Expression class
- Utilities

Add traits for SD numbers

Add SymEngine macros to config.h

set LAPACK_INCLUDE_DIRS and LAPACK_USER_INCLUDE_DIRS

Merge pull request #7881 from masterleinad/unify_intrinsic_headers

Unify intrinsics headers

Merge pull request #7879 from tjhei/doxygen_fixes2

several doxygen errors and warnings

Unify intrinsics headers

several doxygen errors and warnings

Merge pull request #7875 from tjhei/jenkins_archive_detailedlog

CI: archive detailed.log

Merge pull request #7878 from bangerth/for

Use a range-based for loop in a couple of places.

Merge pull request #7877 from masterleinad/update_petsc_version_number

Update PETSc version compatibility

fix path

CI: archive detailed.log

Update PETSc version compatibility

Merge pull request #7873 from drwells/vector-header

Clean up the vector header a bit.

Merge pull request #7874 from drwells/underscore-guards

Remove '__' from include guards.

Remove '__' from include guards.

Clean up some headers and code samples.

Fix a comment.

There are no blocks in this object.

Use a range-based for loop.

Merge pull request #7871 from bangerth/initializer_list

Allow initialization of Vector with std::initializer_list.

Merge pull request #7872 from bangerth/fix-changelog-entry

Fix a changelog entry.

Merge pull request #7864 from jppelteret/rename_solver_class

Rename Solver (base) class to SolverBase

Fix a changelog entry.

Add a test.

Add changelog.

Allow initialization of Vector with std::initializer_list.

Merge pull request #7866 from tjhei/fix_trilinos_sp_test

fix Trilinos sparsity test output

Merge pull request #7863 from masterleinad/rename_p_solutiontransfer_prepare_serialization

Rename parallel::distributed::SolutionTransfer::prepare_serialization()

Merge pull request #7859 from tjhei/ci_abort_old

CI: kill older running builds

Rename Solver class to SolverBase.

This aligns with the name chosen for the equivalent class in the
TrilinosWrappers and PetscWrappers namespaces.

Merge pull request #7867 from tjhei/ginko_warn

fix warning in ginkgo_solver.cc

Merge pull request #7870 from tjhei/doc_dofhandler

doc: fix small error

Merge pull request #7868 from tjhei/jenkins_status_end

CI: fix left-over "pending"

Call the new functions instead of copying the implementation

Merge pull request #7819 from davydden/feature/renumber_cell_wise

 DoFRenumbering::cell_wise with p::Tria

rename macro

doc: fix small error

extend text output and comments

CI: fix left-over "pending"

If the CI jenkins job ends up starting quicker than the .mark step, we
are left with a "pending" github status. Fix this by setting it to green
a second time. It is unlikely that the mark step is slower than the
whole CI run...

fix warning in ginkgo_solver.cc

fix Trilinos sparsity test output

Merge pull request #7814 from masterleinad/fix_test_target_msvc

Fix 'test' target for MSVC

Merge pull request #7850 from bangerth/docs

Revamp the layout of the main 'index.html' file.

Merge pull request #7833 from tjhei/trilinos_sp_error

add Trilinos error checks and fix nonlocal sparsity graph entry

Rename parallel::distributed::SolutionTransfer::prepare_serialization()

Merge pull request #7847 from masterleinad/fix_vector_memory_cuda

Fix problem with GrowingVectorMemory for LinearAlgebra::distributed::Vector<Number, MemorySpace::CUDA>

Merge pull request #7861 from loganharbour/l2_doco

Additional doco LocalIntegrators::L2

Additional doco for L2 integrators

Merge pull request #7862 from jppelteret/trilinos_amg_doc_01

Add documentation for initialising Trilinos AMG constant modes

Add documentation for initialising Trilinos AMG constant modes

Fix problem with GrowingVectorMemory for LinearAlgebra::distributed::Vector<Number, MemorySpace::CUDA>

fix indentation

Merge pull request #7764 from masterleinad/detect_cuda_compute_capability

Detect CUDA compute capability

Merge pull request #7840 from luca-heltai/propagate-manifold

New assign_co_dimensional_manifold_indicators function.

Update include/deal.II/grid/grid_tools.h

Co-Authored-By: luca-heltai <luca.heltai@sissa.it>

add Trilinos error checks and fix nonlocal sparsity graph entry

- Bugfix: Use GID64(0) instead of MyGID(0) which is a bool
- add more checks to other function calls
- add comments
- fix for rectangular patterns

CI: kill older running builds

Merge pull request #7843 from davydden/feature/dsp_nonempty_cols_rows

add DynamicSparsityPattern::nonempty_cols() and nonempty_rows()

Merge pull request #7793 from jppelteret/trilinos_ml_parameter_list

Add useful methods to TrilinosWrappers::PreconditionAMG::AdditionalData

add DynamicSparsityPattern::nonempty_cols() and nonempty_rows()

Merge pull request #7828 from davydden/feature/dsp_gather_mpi

Add SparsityTools::gather_sparsity_pattern()

Merge pull request #7841 from luca-heltai/fevalues-views-traits

FEValuesViews output traits

Merge pull request #7845 from masterleinad/remove_index_set_overloads_dataout

Remove IndexSet overloads in DataOut and FEValues

Merge pull request #7801 from masterleinad/msvc_cxx17

Allow CXX14/17 autodetection for MSVC

Merge pull request #7857 from masterleinad/rename_generated_changes_file

Rename file generated by doc/news/changes/header

Merge pull request #7858 from tamiko/fix_symengine

CMake: Also filter SYMENGINE_CXX_FLAGS

CMake: Also filter SYMENGINE_CXX_FLAGS

Rename file generated by doc/news/changes/header

Merge pull request #7856 from luca-heltai/mesh_loop_with_class

New variant of mesh_loop.

Merge pull request #7855 from jppelteret/sd-doc_01

Add SymEngine to the readme file in the documentation

Fixed indent.

More descriptive name.

Make sure we only change manifold ids once per face/edge.

Added flag to control overwriting of non flat manifold ids.

Update include/deal.II/grid/grid_tools.h

Co-Authored-By: luca-heltai <luca.heltai@sissa.it>

Added flat to control overwriting of non flat manifold ids.

New assign_co_dimensional_manifold_indicators function.

Pass queue_length and chunk_size to inner call to mesh_loop()

Improve example in new mesh_loop function