Merge pull request #6370 from drwells/step-49-modernization-2

Update step-49.

Merge pull request #6376 from masterleinad/fix_doxygen_comment

Fix doxygen code style in FE_P1NC documentation

Fix doxygen code style in FE_P1NC documentation

Merge pull request #6369 from drwells/restrict-tests

Add some third-party library restrictions to tests.

Merge pull request #6365 from bangerth/fix-test

Fix a test for GCC 4.8.4 by doing a cast explicitly.

Merge pull request #6363 from drwells/remove-manifold-lib-includes

Remove extra manifold_lib.h inclusions.

Merge pull request #6361 from tamiko/fix_race_condition_2

Tests: avoid concurrent run of a-framework/parameter_file_x

Update step-49.

This clarifies the use of manifolds since GridGenerator now attaches manifolds
by default.

Add some third-party library restrictions to tests.

Merge pull request #6366 from bangerth/fix-test-2

Namespace qualify a function call.

Namespace qualify a function call.

GCC 4.8.4 marks the call as ambiguous between std::to_string and
Patterns::Tools::to_string. Make the compiler happy by being
explicit, whether or not that is actually necessary.

Fix a test for GCC 4.8.4 by doing a cast explicitly.

Merge pull request #6364 from drwells/remove-static-manifold

Remove a static manifold.

Remove a static manifold.

Remove extra manifold_lib.h inclusions.

Merge pull request #6362 from kronbichler/improve_fe_evaluation_doc

Improve documentation of FEEvaluation::submit_gradient & co

Some random doc fixes.

Improve matrix-free documentation.

Merge pull request #6360 from masterleinad/update_readme

Update readme.html

Merge pull request #6359 from tamiko/fix_race_condition

zoltan/tria_zoltan_01: Always run with mpirun annotation to avoid race condition

Tests: avoid concurrent run of a-framework/parameter_file_x

Update readme.html

zoltan/tria_zoltan_01: Always run with mpirun annotation to avoid race condition

Closes #5773

Merge pull request #6352 from drwells/fix-hyper-cube-with-cylindrical-hole

Fix hyper cube with cylindrical hole

Fix manifold ids in a test.

This test previously relied on the 'unknown manifold id' logic: since
the interior manifold ids were 0 and that manifold was removed those
cells used FlatManifold during grid refinement. Now that the interior
manifold ids are set to numbers::flat_manifold_id this is no longer the
case.

Merge pull request #6300 from kronbichler/issue_5667_dof_info

Face loop functionality in MatrixFree, FEFaceEvaluation class, test cases

Merge pull request #6330 from masterleinad/fix_dh_fe_collection_problem

Only replace FECollection in *DoFHandler if necessary

Merge pull request #6358 from masterleinad/fix_netcdf

Fix up remaining uses of 'output' in GridIn::read_netcdf

Fix up remainign uses of 'output'in GridIn::read_netcdf

Merge pull request #6178 from luca-heltai/patterns-tools-utility-function

Added to_string and to_value

Write changelog entries.

Merge pull request #6350 from masterleinad/fix_cuda_assert

Allow Asserts for functions running on host

Allow Asserts for functions running on host

Failing test in mapping q eulerian.

Only replace FECollection in *DoFHandler if necessary

Comparison operator for FiniteElement and FECollection

Merge pull request #6346 from tamiko/minor_updates

License header updates

Merge pull request #6344 from masterleinad/fix_cppcheck

Fix issues reported by cppcheck

Consistently use 'const bool' in function definitions.

Do not curve outside cells with hyper_cube_with_cylindrical_hole.

Use an enum rather than a plain number to index into dof index arrays.

Add 37 test files checking many aspects of FEFaceEvaluation.

Introduce the new class FEFaceEvaluation. Speed up vector access for contiguous case.

Fix the setup of face connectivity.

Add tests for multiple components in single DoFHandler.

Introduce face loop functionality in MatrixFree. Rework DoFInfo.

Make sure that FE_Nothing can be identified by its name

Merge pull request #6303 from Rombur/cuda_chol

Direct solvers on GPU

update copyright

manually fix garbled header

Update LICENSE file

Good news - ./contrib does not contain any third-party stuff any more
and is exclusively copyrighted by us and licensed under LGPL-2.1 or
later.

Contrib: Improve update-copyright script

Add changelog entry

Remove unnecessary code

Add test for direct solvers on the device

Add direct solver on the device

Add handles for cuSOLVER and cuSPARSE in Utilities::CUDA::Handle

Add cuSOLVER asserts

Add support for cuSOLVER in build system

Address comments

Merge pull request #6347 from jppelteret/follow_up_to_6335

CMake: Add missing boost headers to AdolC module

Merge pull request #6345 from tamiko/cppcheck

Bugfix: Close #ifdef at the right point

CMake: Add missing boost headers to AdolC module

Merge pull request #6335 from tamiko/fix_adolc_test

CMake: Link in Boost libraries for ADOLc check

Bugfix: Close #ifdef at the right point

This was found by cppcheck that rightfully complains about the #endif
statement closing at the wrong position.

Merge pull request #6340 from drwells/update-copyright-notices-2

Update copyright notices 2

Merge pull request #6290 from GivAlz/fix_distributed_cpt_loc

Fixed distributed cpt locations return tuple and added test

Fix issues reported by cppcheck

CMake: simplify check

CMake: Add boost and adolc compatibility check

Make sure to only ever use an external ADOL-C library (that uses the
Boost pool allocator and is linked against external boost) if deal.II is
also configured with external Boost.

CMake: Let FindADOLC.cmake check whether adolc uses Boost pool allocator

Let the find module check whether adolc uses the Boost pool allocator.
If yes, add all boost libraries to the link interface.

CMake: add a safeguard

CMake: run boost configure before adolc configure

Merge pull request #6341 from masterleinad/fix_subscribe_move

Only run assign_subscriptor in Debug mode

Only run assign_subscriptor in Debug mode

Merge pull request #6337 from drwells/update-gridgenerator-examples-3

Update gridgenerator examples 3

Update step-15 results.

Use VTU output in step-15.

Merge pull request #6333 from masterleinad/fix_subscribe_move

Check own subscriptions when assigning in Subscriptor

Reformat some copyright headers.

Reassign copyright from mathlab to deal.II.

Done with the permission of Luca Heltai.

Merge pull request #6331 from tjhei/update_copyright

update copyright years

Fixed minor comments.

Merge pull request #6304 from drwells/update-gridgenerator-examples-2

Update gridgenerator examples 2

Change step-10 to use FE_Nothing.

Update step-10 for 9.0.

This commit changes the output (which was altered as a result of the new
TFI scheme for placing new vertices) and the manifold handling (which
was altered by the 'attach default manifolds to triangulations' change
in GridGenerator).

Merge pull request #6338 from drwells/update-gridgenerator-examples-4

Update GridGenerator examples 4

Merge pull request #6310 from kronbichler/matrix_free_module

Matrix free module

Update step-11.

There is no graphical output for this step so this is easy.

Merge pull request #6324 from kronbichler/fix_compile_warning

Fix warning about missing return statement in ICC

Check own subscriptions when assigning in Subscriptor

update copyright years

Merge pull request #6292 from masterleinad/fix_coverity_issues

Fix various issues reported by coverity

Merge pull request #6321 from masterleinad/add_codecov_support

Add Codecov support

Merge pull request #6327 from masterleinad/fix_typo_dof_handler

Replace DofHandler by DoFHandler

Replace DofHandler by DoFHandler

Update documentation

Require codecov-bash to be downloaded manually

Fix warning about missing return statement in ICC.

Link main matrix-free objects and data structures to module.