Merge pull request #2086 from tjhei/hyper_shell_followup

follow-up on hyper_shell documentation fixes

follow-up on hyper_shell documentation fixes

Merge pull request #2085 from kronbichler/fix_msvc_compilation_02

Second attempt to fix MSVC on aligned vector

Second attempt to fix MSVC on aligned vector

Merge pull request #2084 from tjhei/hyper_shell_defaults

default cell numbers for hyper_shell in 3d

Merge pull request #2052 from kronbichler/master

Matrix-free level transfer for geometric multigrid

Add changelog entry

default cell numbers for hyper_shell in 3d

- a default of n_cells=0 will now choose 6 coarse cells in 3d (instead
of throwing an exception)
- improve documentation

Small changes to due comments on code.

Make tests a bit faster

Use reproducible random numbers in tests

Unit tests for matrix-free mg transfer

Framework tests (complete multigrid solver)

Test safety

Implement matrix-free multigrid level transfer for FE_Q/FE_DGQ

Add instantiation

Merge pull request #2083 from tjhei/fix_multigrid_deadlock2

Fix multigrid deadlock part 2

Merge pull request #2082 from ESeNonFossiIo/small_error

swap Range Domain in null_operator

fix marking of MG cells

fix warning

swap

Merge pull request #2080 from kronbichler/fix_msvc_compilation

Fix compilation with MSVC

Fix compilation with MSVC

Merge pull request #2079 from tjhei/mg_par_deadlock

Parallel Multigrid deadlock

setup missing parallel level neighbors

Level ghosts were not set up if neighbor is finer and we have no cells
on that finest level. This causes a situation where
Triangulation::level_ghost_owners is not symmetric causing a deadlock
(and maybe also wrong information down the line). This causes a few test
output changes...

add comments and checks

add failing test

Merge pull request #2078 from drwells/improve-line-continuations

Improve line continuations

Remove some unneeded virtual functions.

These functions immediately call the base class versions of themselves
so there is no need for them to be reimplemented.

Improve ParameterHandler continuation handling.

This commit builds on 23f306dfc5. ParameterHandler now correctly handles
continuation lines in both versions of the read_input function, while before it
only handled continuation lines in one version (the file name as a string
version) before.

Closes #333.

Prefer 'std::getline' to just 'getline'.

Rename 'lineno' to 'current_line_n'.

This matches the convention used elsewhere in the library. In addition,
make it consistently an unsigned int.

Improve some ParameterHandler code samples.

The code samples are now formatted in the same way as the rest of the
library. Additionally, I fixed a memory leak in one example and got rid
of 'void main' in another.

Switch from the old comment format to the new one.

Up until 801cfbfc1d deal.II used a style where comments would start at
about the 20th character for visibility. Some comments within the
documentation were not updated at the time.

Simplify the forward declarations.

ParameterHandler does not need a forward declaration because none of the
Pattern classes use it.

Merge pull request #2077 from kronbichler/fix_matrixfree_uninit_variable

Do not run into an unused block of code

Merge pull request #2076 from angelrca/FECollection_new_constructors_docchanges

FECollection new constructors changes.h

Do not run into an unused block of code

FECollection new constructors changes.h

Merge pull request #2074 from drwells/update-changes.h-for-write_msh-fix

Added a changelog entry for the GridOut fixes.

Added a changelog entry for the GridOut fixes.

Merge pull request #2068 from drwells/gridout-write_msh-fixes

GridOut fixes

Also assign unique numbers to UCD elements.

Same as the previous commit.

Closes #814.

Assign unique numbers to GMSH elements.

GMSH will not properly load information from a .msh file if some
element (geometry element, as in line, face, quadrilateral, hexahedron)
indices are repeated.

Partially addresses issue #814.

Merge pull request #2065 from angelrca/FECollection_new_constructors

hp::FECollection new constructors added

Merge pull request #2073 from tjhei/doc_fixes

Doxygen fixes

fix broken tutorial image links

do not replace ...step-xy inside <img links

doxygen fixes

table layout and image fixes

- fix weird case where doxygen shifts the last cell in a table downward
causing them to be not correctly aligned
- cleanup some image layout
- do not break image tags (this will break various scripts)

Merge pull request #2072 from bangerth/fix-typo

Fix typo.

Fix typo.

Merge pull request #2071 from davydden/mpiexec

allow oevrriding MPIEXEC from an environment varible

allow oevrriding MPIEXEC from an environment varible

Fix two documentation links.

Prefer '\n' to std::endl.

std::endl flushes the buffer and '\n' is converted internally to the
correct line ending.

Fix some typos in grid_out.h.

Merge pull request #2067 from bangerth/update-test-output

Update test output.

hp::FECollection new constructors added

Update test output files.

Merge pull request #2064 from davydden/slepc_tests_fix

Slepc tests fix

Merge pull request #2066 from drwells/linear-operator-typo

Fix a typo in LinearOperator's description.

Fix a typo in LinearOperator's description.

make sure vectors passed to EPSSetInitialSpace() are nonzero

various fixes and improvements to SLEPc unit tests

some fiddling with solver settings (preconditioner, tolerance, etc) to
produce the same output on OS-X and Linux.
/slepc/step-36_parallel still needs two different outputs, though.

fixed an uninitialised initial vector bug in slepc/step-36 unit test

add a note to set_initial_space()

Merge pull request #2062 from asartori86/inst_extract_dofs

instantiate extract_dofs for codim !=0

added change log

instantiate extract_dofs for codim !=0

Merge pull request #2060 from bangerth/add-alternate-output

Add alternate output files.

Add alternate output files.

Merge pull request #2059 from bangerth/refine-test

Add VTK output to a test.

Add VTK output to a test.

Merge pull request #2056 from davydden/arpack_test_fix

remove PetscScalar() from PArpack test which does not use PETSc

remove PetscScalar() from PArpack test which does not use PETSc

Merge pull request #2055 from bangerth/define-scalability

Define what we mean by 'scalability'.

Define what we mean by 'scalability'.

Merge pull request #2054 from bangerth/fix-dataoutfaces-in-parallel

Make sure DataOutFaces also works in parallel.

Add test.

Make sure DataOutFaces also works in parallel.

Merge pull request #2039 from bangerth/hook-in-code-gallery-4

Also install a code gallery page if not found during cmake time.

Merge pull request #2042 from bangerth/always-inline-some-tensor-functions

Always inline some tensor functions.

Mark all functions that are always_inline also as inline.

Add a changelog entry.

Use a portable syntax to always inline functions.

Check for the availability of the always_inline attribute.

If not available, simply set DEAL_II_ALWAYS_INLINE to the empty string.

Always inline some tensor functions.

This drastically reduces the time in assembly in ASPECT:

DEBUG:
| Assemble Stokes system          |         8 |      38.3s |        27% |
| Assemble temperature system     |         8 |      51.4s |        36% |
| Build Stokes preconditioner     |         3 |      13.8s |       9.7% |
| Build temperature preconditioner|         8 |     0.192s |      0.13% |
| Solve Stokes system             |         8 |      12.3s |       8.6% |

DEBUG WITH PATCH:
| Assemble Stokes system          |         8 |      30.8s |        25% |
| Assemble temperature system     |         8 |      41.7s |        34% |
| Build Stokes preconditioner     |         3 |      12.1s |       9.9% |
| Build temperature preconditioner|         8 |     0.192s |      0.16% |
| Solve Stokes system             |         8 |      12.2s |        10% |

(Run with 16 processors, using the testcase discussed in https://github.com/geodynamics/aspect/pull/654 .)

There are no significant differences in release mode with this patch,
as probably expected.

Merge pull request #2041 from bangerth/update-step-17-2

Rewrite the step-17 in-code documentation.

Merge pull request #2050 from jppelteret/fix_docs_schur_complement

Fixed formula typesetting in schur_complement linear operator doc.

Fixed formula typesetting in schur_complement linear operator doc.

Fixes #2049 .

Strengthen a warning.

Don't stack tutorial and code gallery.

The layout is simply not nice, and I want the tutorial to be a
top-level target from the menu.

Fix dependencies.

Also install a code gallery page if not found during cmake time.

This makes sure that we always have a doxygen target to link to available. The target
page may simply say that the code gallery was not available.

Merge pull request #2048 from kronbichler/master

Fix AlignedVector for classes that do not implement copy assignment

Address comments in the second round of reviews.

Update output due to change

Avoid initializing memory twice for non-trivial classes in table constructor.

Fix AlignedVector for classes that do not implement copy assignment operator.

Update authorship.

Reorder the declaration of member variables.

This allows a significant simplification of the code flow in the
constructor.