Merge pull request #226 from koecher/dealii-9.1-sync

sync dealii-9.1 with master

sync dealii-9.1 with master

OSX 10.14 and 10.15 support

- add platform detection
- update homebrew instructions

version 9.1.1-r2

allow checksum alternatives to fix trilinos download

- allow alternative checksums to be specified
- add a second checksum for trilinos as the original file changed

Merge pull request #122 from tjhei/take_over_updates

Take over updates to 9.1 branch

update p4est to 2.2

update slepc

update petsc

this old version does not compile with newer MPI 3.0:
```
/home/heister/shared-dealii/dealii-v9.1.1/tmp/build/petsc-
lite-3.7.6/src/sys/objects/init.c:412:40: error: ‘MPI_Handler_function’
undeclared
```

update hdf5 to 1.10.5

Required to link with a newer version of MPI:
/home/heister/shared-
dealii/dealii-v9.1.1/tmp/unpack/hdf5-1.10.1/testpar/t_cache.c:1222:27:
error: call to ‘MPI_Address’ declared with attribute error: MPI_Address
was removed in MPI-3.0.  Use MPI_Get_address instead.

This should go into 9.1 as well.

version 9.1.1-r1

update deal.II to 9.1.1

version 9.1.0-r1

update deal.II version

version 9.1.0-rc1

bump deal.II version to rc1

Merge pull request #115 from tjhei/optimized_bash_fix

#111 and fix bash multiline on master

fix bash multiline

Merge pull request #111 from tjhei/native_opt

add optimization option

add optimization option

Introduce a new settings to allow native optimizations. This currently
affects PETSc and deal.II (basically setting march=native).

Merge pull request #110 from tjhei/opencascade_gmsh

gmsh: use opencascade using CASROOT, fix linking

opencascade and gmsh: export CASROOT, fix libs

- opencascade support inside gmsh is needed for deal.II.
- gmsh finds opencascade using the CASROOT env variable, so export it
when we install opencascade.
- set rpath in gmsh installation to be able to find libs
- disable petsc/slepc in gmsh (not needed)

Merge pull request #109 from tjhei/gmsh-fix

fix gmsh

fix gmsh

Merge pull request #108 from tjhei/gmsh

add Gmsh

Merge pull request #107 from tjhei/fix_path_directives

fix path directive in cmake package

add gmsh

this is a dependency starting with deal.II 9.0.

This needs to also go on the dealii-9.0 branch

fix path directive in cmake package

otherwise $PATH will be expanded in the config file

Update README.md

add VERSION

Merge pull request #106 from tjhei/opensuse_fixes2

opensuse fixes

opensuse fixes

- switch to mpich (fewer runtime warnings)
- install ld gold (avoids slow linking)

Merge pull request #105 from tjhei/fix_scalapack_dir

fix SCALAPACK_DIR

fix SCALAPACK_DIR

Update README.md

Merge pull request #102 from koecher/git-cherry-pick

git cherry-pick enhancement

Merge pull request #104 from tjhei/update-assimp

update assimp to 4.1.0

fix checksum

Merge pull request #103 from tjhei/opensuse_fixes

opensuse fixes

moves git cherry-pick to package_unpack just before package_specific_patch

opensuse fixes

- missing python2
- missing g++ (devel_C_C++ only installs cpp)
- add documentation for mpi wrappers
- trilinos also wants libmetis to work (not sure why)

Merge pull request #101 from koecher/dealii-9.0.1

switch deal.II v9.0.0 -> v9.0.1

disables exemple for DEAL_CHERRYPICKCOMMITS and adds the variable

bugfix: add missing cd .. for packing git

implements git cherry-pick for STABLE_BUILD

switch deal.II v9.0.0 -> v9.0.1

Merge pull request #96 from tjhei/openblas

add openblas

Merge pull request #98 from tjhei/opensuse15

support opensuse 15

Merge pull request #99 from tjhei/fix_numdiff_path

fix numdiff path

Merge pull request #95 from tjhei/cmake-path-fix

fix cmake path

also fix install path from source

fix numdiff path

support opensuse 15

Merge pull request #97 from tjhei/new-mirror

change mirror server url

export BLAS_LIB, fix petsc

change mirror

1. url at clemson changed
2. also add tjhei.info (which redirects to clemson for now, but allows
me to change it

add openblas

fix cmake path

cmake sets the incorrect install path if you use "once:cmake"

update assimp to 4.1.0

Merge pull request #90 from tjhei/arpack-fixes

fix arpack-ng

Merge pull request #69 from tjhei/scalapack

add export for SCALAPACK

fix arpack-ng

switch from master to building the latest release (3.6.2) and disable debian multiarch path names for the lib location. Otherwise the libs get installed into something like lib/x86_64-linux-gnu/ and deal.II can not find it.

address comment

Merge pull request #87 from koecher/p4est-zlib

p4est: corrects zlib detection for user-installed zlib

Merge pull request #88 from fvanmaele/patch-1

Update apt-get instructions for debian9.platform

Merge pull request #89 from fvanmaele/patch-3

debian 9: bug: force to have parmetis 4.0.3 installed

debian 9: bug: force to have parmetis 4.0.3 installed

Update apt-get instructions for debian9.platform

On Debian 9, `libblas3gf` and `liblapack3gf` are replaced by `libblas3` and `liblapack3`, respectively. These were previous [transitional](https://packages.debian.org/jessie/libblas3gf) [packages](https://packages.debian.org/jessie/liblapack3gf) in the previous Debian 8 release.

Also replace "ubuntu's" with "debian's" in the description.

p4est: corrects zlib detection for user-installed zlib when only ZLIB_DIR is set

Merge pull request #85 from koecher/centos7-trilinos-parmetis

centos 7: bug: force to have parmetis 4.0.3 installed

rhel 7: bug: force to have parmetis 4.0.3 installed

Merge pull request #86 from koecher/assimp-3.3.1

minor typo in assimp.package

minor typo in assimp.package

Merge pull request #77 from masterleinad/patch_assimp

Patch assimp-3.3.1

Merge pull request #84 from koecher/bugfix-parmetis-macos

Bugfix parmetis macos

centos 7: bug: force to have parmetis 4.0.3 installed

fix: bash on macos

parmetis: bugfix: patch and platform macos does not work; enables the patch only for linux platforms

parmetis: corrects implementation of patch

Merge pull request #82 from koecher/cmake-update-and-tarball

cmake update and tarball

cmake: updated to v3.11.2

cmake: automatically choice between tarball/cmake or autotools buildchain

Merge pull request #81 from koecher/fedora28

update Fedora platforms

removes fedora25 platform due to end-of-life

adds fedora28 and removes out-of-support v24

Merge pull request #80 from masterleinad/fix_trailing_whitespace

Fix trailing spaces in candi.sh

Merge pull request #79 from masterleinad/fix_parmetis

Fix building ParMETIS shared libraries

Rename parmetis patch

Merge pull request #73 from koecher/install-cmake-3.9-from-src

cmake package: now compiles and installs again v3.9

Merge pull request #75 from masterleinad/patch_boost_bug

Patch boost v1.63.0 bug

Move patch file

Merge pull request #78 from masterleinad/fix_slepc

Fix SLEPc package for python3

Fix building ParMETIS shared libraries

Merge pull request #76 from masterleinad/bump_dealii

Bump default deal.II version

Merge pull request #74 from masterleinad/fix_python

Fix calling python print

Fix SLEPc package

Patch assimp-3.3.1

Fix trailing spaces in candi.sh

Bump default deal.II version

Patch boost bug