Improve documentation

Merge pull request #1002 from bangerth/fix-test-3

Fix test output.

Merge pull request #1001 from bangerth/minor-cleanups-2

Clean up DoFRenumbering::Cuthill_McKee

Merge pull request #1000 from bangerth/minor-cleanup

Remove an odd and unnecessary pair of braces.

Fix test output.

The test had one too many empty lines at the top.

Merge pull request #991 from Rombur/deprecate_vector

[RFC] Clean distributed vectors

Provide documentation for a function's arguments.

This addresses #977.

Allow Cuthill_McKee() to also use starting indices in parallel.

This was previously not possible and likely yielded at best results that were not intended.

Cleanup: only revert the global-to-local numbering in the parallel case.

Reuse a variable already defined, rather than recompute the value.

Remove an odd and unnecessary pair of braces.

The whole function's body was enclosed in an extra set of braces. That's
not wrong, but it's at least unnecessary.

Merge pull request #995 from drwells/auto-ptr-to-scoped-ptr

Auto ptr to scoped ptr

Merge pull request #979 from QiaoLei-88/paraMaxCellNumber

enable max cell number limit for parallel grid refinement

Merge pull request #993 from ESeNonFossiIo/triangular_operator

Triangular operator

Merge pull request #998 from drwells/update-memory-consumption-test

Update the memory consumption values for DataOut.

Update the memory consumption values for DataOut.
I removed three 'dummy' integers in commit 95a5595 to silence warnings
about unused private members. Most C++ compilers use 4 bytes for an int
and 1 byte for an empty class, so the net result was a loss of 9 bytes
for DataOutInterface (inherited by DataOut). This commit updates the
expected memory usage values to match.

Merge pull request #997 from drwells/remove-unused-scoped-ptr-include

Remove an unused header inclusion.

Remove an unused header.

Ignore deprecation warnings from BOOST headers.
To the best of my knowledge, only the headers in boost/signals2/,
boost/smart_ptr/, and boost/serialize/ contain references to auto_ptr that may
trigger warnings in deal.II headers included in user applications.

Delete a redundant comment.
The contents of this comment are covered by either std::unique_ptr's
documentation or comments around reset_pointer_in_place_if_possible.

Replace std::auto_ptr with std_cxx11::unique_ptr.
std::auto_ptr has been deprecated by new C++ standards. The official
replacement is std::unique_ptr.

Base std_cxx11::unique_ptr on boost::scoped_ptr.
Previously this class was a wrapper around boost::shared_ptr, which
requires one more memory allocation than boost::scoped_ptr. The
scoped_ptr class is more restrictive (it cannot be copied or moved) than
unique_ptr (which cannot be copied but can be moved), but non-C++11
compilers do not have move semantics anyway.

Merge pull request #992 from ESeNonFossiIo/null_operator

Null operator

rewrite old upper and triangular operators in terms of new ones

fixing rebase

tests for new specifications of upper and lower triangular operators

upper and lower triangular operator for array of array of linear operator

is_null_operator

null_operator for rectangular and square matrices

Merge pull request #985 from drwells/remove-unused-private-members

Silence warnings about unused private members.

Clean distributed vectors (Trilinos, PETSc, and deal.ii vectors).

add tests for maximal cell number limit of parallel refine_and_coarsen_fixed_number

add maximal cell number limit to parallel version of refine_and_coarsen_fixed_number

separate refinement and coarsening fraction adjustment into an individual function

Merge pull request #987 from angelrca/vtools_interp_fenot

VectorTools::interpolate changed to allow FE_Nothing

Merge pull request #990 from ESeNonFossiIo/upper_triangular_block_bug

a bug fixed

changes.h, blocks moved

interpolate_nothing_03.cc date changed

test case interpolate_nothing_03 added

doc/news/changes.h line added

a test for upper triangular matrix with non trivial block matrices

indentation corrected

Silence a warning about an unused private member.
The GmvFlags struct is not used in the current implementation, but it
may be used in the future.

Remove 'dummy' members and allow empty structs.
Empty structs are implementation-dependent in C, but are acceptable in
C++. Therefore unused private members are not needed (and they cause
clang to generate warnings).

a bug fixed

Merge pull request #988 from tjhei/intel_simd

intel and openmp-simd

Merge pull request #989 from tjhei/muparser_v2_2_4

update muparser to 2.2.4

update muparser to 2.2.4

intel and openmp-simd

- Intel 13 does not support -openmp-simd and generates a bogus warning
(confusing it with -o). Do not try to check for it.
- Intel 15 renamed the flag to -qopenmp-simd (see
https://software.intel.com/en-us/node/522965)

vector_tools::interpolation identation corrected

Merge branch 'vtools_interp_fenot' of https://github.com/angelrca/dealii into vtools_interp_fenot

VectorTools::interpolate changed

VectorTools::interpolate changed

Merge pull request #986 from ESeNonFossiIo/null_operator

null operator

null operator

Merge pull request #983 from drwells/memory-usage-strlen-header

Fix two issues with C string memory consumption.

Fix two issues with C string memory consumption.
These were pointed out by @msteigemann.

Including cstring to obtain strlen is not necessary with some GCC
releases, but may be needed on other platforms.

I rewrote the call to strlen so that it does not rely on the fact that
sizeof(char) == 1 on most platforms.

Merge pull request #982 from drwells/refactor-data-out-flags-base-class

Refactor data out flags base class

Add an '@ingroup output' label to an output flag.

Consistently label constructors.

Delete extra 'public:' labels.
Things in structs are public by default.

Remove default constructor implementations.

Switch to just spaces, instead of tabs and spaces.

Replace all set_flags functions with a template.
This sacrifices some type safety in optimized mode to decrease
redundancy.

Remove empty declare and parse parameter methods.
The default implementation (also an empty block) is covered by the base
class.

Improve the TecplotFlags memory estimate.

Remove extra memory_consumption methods.
The base class (introduced by the previous commit) implements the
behavior common to all of these methods.

Add a base class for all output flag classes.
The base class uses "the curiously recurring template pattern" technique
so that they can all share a default implementation of memory
consumption (i.e., something akin to "return sizeof(*this)" works for
child classes unless overridden).

Merge pull request #981 from tjhei/inst_mismatch

fix instantiation of subdivided_hyper_rectangle

fix instantiation of subdivided_hyper_rectangle

intel compiler complains about a missing instantiation because of a missing const

Merge pull request #980 from tjhei/fix_deprecated_statement

fix placement of deprecation keyword

fix placement of deprecation keyword

Merge pull request #978 from davydden/local_integrators2

exploit symmetries in Local integrators of mass and laplace matrices
avoid copying the matrix entries and thus side effects

closes issue #976

accumulate sums over n_components

exploit symmetries in Local integrators of mass and laplace matrices without assignment operation

Merge pull request #975 from guidokanschat/documentation_relaxation_block

Add some documentation on the special structure of RelaxationBlock::A…

Add some documentation on the special structure of RelaxationBlock::AdditionalData

Merge pull request #972 from bangerth/fix-test-4

Fix a test where we may inadvertently divide by zero.

Merge pull request #973 from bangerth/fix-condition

Use a standard method to find whether a number is normal.

Use a standard method to find whether a number is normal.

In the current context, this slightly changes the behavior in that the new
condition also catches infinities, rather than just NaNs as before, but the
downstream code will still yield the same answers.

Fix a test where we may inadvertently divide by zero.

The test is also just overly convoluted.

Merge pull request #971 from bangerth/fix-test-3

Fix test.

Fix test.

The test uses acosh(0.5), but acosh is only defined for arguments >=1.

Merge pull request #970 from guidokanschat/fix_newton_threshold

fix glitch with assemble_threshold, avoid division by zero

Merge pull request #969 from tamiko/rename_two_more_header_guards

Rename two more header guards

Merge pull request #759 from guidokanschat/fix_arpack_vectors

Fix Arpack solver eigenvectors

fix glitch with assemble_threshold, avoid division by zero

Rename two more header guards

Merge pull request #967 from guidokanschat/fix_clear_in_relaxation_block

RelaxationBlock::clear() did not clear additional_data; fixed now

Merge pull request #966 from bangerth/fix-test-2

Fix a test output.

RelaxationBlock::clear() did not clear additional_data; fixed now

Fix a test output.

Merge pull request #964 from bangerth/fix-test

Fix a test.

Merge pull request #961 from tamiko/refactor_block_linear_operator

Refactoring and a bug fix for LinearOperator

Fix a test.

The test calls acosh(0.5), but acosh is really only defined for arguments >=1.

Write a single-line statement in two lines

Reword a description for a workaround

Refactoring III: Reintroduce block operations and tests

This reintroduces all block operations in a new header
"block_linear_operator.h". Tests renamed accordingly.

Refactoring II: Reintroduce PackagedOperation and related tests

This reintroduces PackagedOperation and related tests under a new header
file "packaged_operation.h". Tests renamed accordingly.

Refactoring I: Remove PackagedOperation and block stuff

Remove all PackagedOperation related code and code for block structures
from linear_operator.h, remove corresponding tests and rename remaining
tests.