extend update-copyright script (missing files)

- fix not going 2 levels deep into src/include, reported in #10240
- add .cu files

Merge pull request #10236 from drwells/step-70-make-unique

Merge pull request #10230 from tamiko/adjust_test_output_2

Test boost/extract_rep*_02: adjust test output for libc++

Merge pull request #10237 from drwells/step-70-spelling

Improve spelling in step-70.

Improve spelling in step-70.

Use std_cxx14::make_unique in step-70.

Merge pull request #10232 from luca-heltai/fix-doi-step-70

Updated doi.

Updated doi.

Test boost/extract_rep*_02: adjust test output for libc++

We have to adjust the output after
bfe81e2b89a39792ee48dd7d028e8860cc44551e also for the libc++ variant.

See 9038e6000b681910227e24302e964835a344ddf8

For reference, the difference between libstdc++ and libc++ output is as
follows:
```
--- extract_representative_set_02.with_p4est=true.mpirun=3.output       2020-05-15 09:27:53.256578723 -0500
+++ extract_representative_set_02.with_p4est=true.mpirun=3.output.libstdc++     2020-05-15 09:58:47.149994734 -0500
@@ -137,16 +137,16 @@
 0.5 -0.707107

 DEAL:1::-0.0732233 -0.0732233
-0.21967 -0.0732233
-0.21967 0.292893
+0.292893 -0.0732233
+0.292893 0.292893
 -0.0732233 0.292893
 -0.0732233 -0.0732233

-DEAL:1::0.21967 -1.11022e-16
-1 -1.11022e-16
+DEAL:1::0.21967 -0.0732233
+1 -0.0732233
 1 0.382683
 0.21967 0.382683
-0.21967 -1.11022e-16
+0.21967 -0.0732233
```

Merge pull request #10227 from kronbichler/warning_step-70

Fix warning in step-70

Fix warning in step-70

Merge pull request #10225 from kronbichler/adjust_test_output

Fix test output forgotten in #9969

Fix test output forgotten in #9969

Merge pull request #9078 from luca-heltai/step-70

Step 70

Merge pull request #10174 from luca-heltai/fix-find-cell-around-point

Fix find active cell around point.

Merge pull request #10220 from tjhei/test_parameter_handler_additional_file

tests: add additional output file for intel

Merge pull request #9969 from marcfehling/binary-search

Revisited binary search for parallel::distributed::GridRefinement.

Merge pull request #10215 from marcfehling/fix_10211

Bugfix: Cells may not receive any variable size data.

tests: add additional output file for intel

Merge pull request #10198 from bangerth/50

Updates to step-50

Bugfix: Cells may not receive any variable size data.

Review by Marc.

Fixed parameters_23.prm

Fixed indent.

Some minor changes. Add support for output directory.

- Changed the default values for the parameters for the 2D case. The default case should run easily and produce better results
- Finalized resulted for the 2D case
- Minor modifications to introduction

- Fixed indentation
- Corrected small typos /sentences in introduction
- Removed the automatic deletion of .vtk files for step-70

First draft of results

Fixed indent.

Working 3d.

Switched to FGMRES.

Fixed small issues.

Fix more typos and add a paragraph about particles

Fix some typos

Addresses all of the corrections and comments of @peterrum
Introduction and documentation can still be improved.

Fixed codimension one build.

Short fix to documentation

- Corrected typos and mistakes
- Finished first pass at documenting step-70
- Changed the default parameter of nitsche penalization to ensure convergence of iterative solver in parallel
- Changed the function driving the motion of the impeller to ensure it comes back at it's original place in then end

Some more docs.

Allow filenames and cad files.

Trailing space.

More docs.

Fixed typos and small formulas error in the introduction

Revised and corrected intro.dox

Added description of step-70 in top level directory.

Add implementation of Nitsche for co-dim one

- Fixed a lot of mistakes in equations that prevented rendering
- Fixed a few spelling mistakes
- Fixed formulation of the weak form for the Nitsche method

Indentation fix

Try to fix doxygen.

Finished a first complete draft of the introduction

Some documentation.

Progress on documentation

Begun work on the introduction of the documentation of step-70

Local refinement, and output to single vtu + global pvd.

Copy doc from step-60.

Added example parameter file.

Step-70

Work in progress for step-70.

Co-authored-by: Bruno Blais <blais.bruno@gmail.com>

Dirty fix.

Failing test on find active cell around point.

Added tests with different compositions of criteria vectors for fixed number refinement.

Revisited adjust_interesting_range for parallel::distributed::GridRefinement.

Make further edits to step-50.cc.

Avoid a statement that appears to confuse doxygen.

Print an error message if no input is given.

Rename variables to their standard names.

Use the name make_coefficient_table() in analogy to make_shared() etc.

Use switch statements for finite enumerations.

Minor code improvements to step-50.

Use better variable names when computing the error estimator.

Simplify creation of a std::set.

Break a long string to lead to a better line break.

Rename a variable in step-50.

Use a better description of the error estimator vector in the output.

Make the logic in step-50's main() function simpler.

Update the commentary of step-50.

Updates to the results section of step-50.

Updates to the introduction of step-50.

Merge pull request #10182 from nfehn/feevaluation

clarify documentation of FEEvaluation::set_dof_values()

Merge pull request #10208 from agrayver/fix_python_manifold

Fix python FunctionManifold

Merge pull request #10013 from marcfehling/pd-error-prediction-extension

Introduced p::d::ErrorPredictor.

clarify documentation of FEEvaluation::set_dof_values()

Introduced p::d::ErrorPredictor.

Predicts error after adaptation based on future_fe_indices and CellStatus.

Merge pull request #10194 from drwells/remove-cout-from-test

Avoid using std::cout in a test.

Merge pull request #10201 from tamiko/fix_parpack_search

CMake: relax arpack and parpack library directory requirements

Merge pull request #10207 from peterrum/extract_rtree_level_small_fix

Fix extract_rtree_level for small problem sizes

Fix python FunctionManifold

Fix extract_rtree_level for small problem sizes

Merge pull request #10199 from masterleinad/fix_mpi_condense_petsc_complex

Choose output files for mpi/condense_01 correctly

Merge pull request #10202 from bangerth/changelog

Update an entry in the changelog.

Update an entry in the changelog.

CMake: relax arpack and parpack library directory requirements

Some Linux distributions install the parallel libparpack.so* component
in an MPI vendor specific directory different from the location of the
serial libarpack.so* library. We can thus not assume that both are
located in the same directory.

Closes: #10197

Merge pull request #10195 from tamiko/fix_doxygen_include_strip

Doxygen: Fix include strip

Choose output files for mpi/condense_01 correctly

Doxygen: Fix include strip

This fixes a bug introduced in #10187

Merge pull request #10189 from tamiko/documentation-fix-code-gallery-installation-path

Documentation: Treat code gallery projects as examples

Avoid using std::cout in a test.

This is problematic on misconfigured MPI implementations that print
warnings for one reason or another every time they are run (e.g., the
default MPI implementation on Ubuntu 16.04).

It is easy enough in this case to do the normal thing and print
everything to deallog.

Merge pull request #10191 from tamiko/fix_code_gallery

Documentation: fix make_gallery.pl

Merge pull request #10190 from masterleinad/run_travis

Run Travis on all branches

Documentation: fix make_gallery.pl

Otherwise newer doxygen does not parse the generated *.h files...
See #8972

Run Travis on all branches