Avoid accessing artificial cells in ParticleHandler

Merge pull request #10520 from nfehn/clarify_artifical_cells

Clarify docu of GridTools::find_active_cell_around_point()

Merge pull request #10541 from peterrum/std_ofstream

Specify std namespace

Specify std namespace

fix docu of GridTools::find_active_cell_around_point()

Merge pull request #10539 from bangerth/language

Do not use 'black/whitelist' language.

Do not use 'black/whitelist' language.

Merge pull request #10524 from masterleinad/remove_mgcoarsegridlaciteration

Remove MGCoarseGridLACIteration

Merge pull request #10536 from luca-heltai/rtree-of-particles

Particles as indexable.

Merge pull request #10334 from kronbichler/split_mf_initialize_indices

Split up MatrixFree::initialize_indices to speed up compilation

Split up MatrixFree::initialize_indices to speed up compilation

Particles as indexable.

Merge pull request #10525 from DavidSCN/enable_non_default_VAT

Enable non-default VectorizedArrayType in read_cell_data()

Merge pull request #10533 from jppelteret/doc_changelog_01

Add a missing contributor to a changelog entry

Add a missing contributor to a changelog entry

Merge pull request #10528 from peterrum/kelly_active_cell_index

Use active_cell_index() in KellyErrorEstimator::estimate()

Merge pull request #10523 from tamiko/fix_schmidts_double_checking

Thread/Task: Fix Schmidt's double checking

Use active_cell_index() in KellyErrorEstimator::estimate()

Remove make_vectorized and fix get_symmetric_gradient()

Merge pull request #10328 from peterrum/dofhandler_flat_rebased

Merge DoFHandler and hp::DoFHandler

Enable non-default VectorizedArrayType in read_cell_data()

switch to std::atomic<bool> instead of using std::atomic_bool

Thread/Task: Fix Schmidt's double checking

We have to use a std::atomic_bool instead of a bool to ensure proper
memory fencing, see [1] for an in-detail discussion.

[1] https://preshing.com/20130930/double-checked-locking-is-fixed-in-cpp11/

Remove MGCoarseGridLACIteration

Merge pull request #10522 from peterrum/exchange_cell_data_to_level_ghosts_auto

Remove auto from GridTools::exchange_cell_data_to_level_ghosts()

Merge pull request #10521 from tamiko/bugfix

Bugfix: Return a reference to *this in operator=

Merge DoFHandler and hp::DoFHandler

Merge pull request #10450 from peterrum/tria_inc

Triangulation/DoFHandler: binary incompatibility note

Remove auto from GridTools::exchange_cell_data_to_level_ghosts()

Merge pull request #10519 from tamiko/fix_test

lac/constraints_move: Fix undefined behavior

Merge pull request #10518 from peterrum/find_active_cell_fix

mpi/muelu_periodicity: fix test

Bugfix: Return a reference to *this in operator=

Wow. I missed this. Surprising that we did not get a compiler warning
for this.

This fixes tests bits/periodicity_06/07 [1, 2].

[1] That test something entirely different but luckily happen to trigger
this.

[2] https://cdash.43-1.org/testDetails.php?test=47189344&build=7349

terminate called after throwing an instance of 'std::system_error'
  what():  Operation not permitted

In reference to #10473

lac/constraints_move: Fix undefined behavior

It is undefined behavior to access an object that has been moved. It is
also not possible to "move back" an object.

In this particular case with the recent changes to ThreadLocalStorage
and AffineConstraints we run into an exception:

constraints_move.debug: ../nptl/pthread_mutex_lock.c:117: __pthread_mutex_lock: Assertion `mutex->__data.__owner == 0' failed.

(The move operation destroys the mutex and accessing it afterwards
when we try to move back results in a crash.)

Triangulation/DoFHandler: binary incompatibility

Fix test

Merge pull request #10517 from masterleinad/fix_unused_dof_handler_policy

Fix warning about an unused variable in dof_handler_policy.cc

Fix warning about an unused variable in dof_handler_policy.cc

Merge pull request #10492 from luca-heltai/add-doc-to-particle-handler-signal

Document particle_lost in particle handler.

Merge pull request #10497 from tjhei/add_feiv_mg_test

add a test for multilevel access of FEInterfaceValues

Merge pull request #10514 from tamiko/fix_tests

Tests: Update tests for changes in GridTools::find_active_cell_around_point

Merge pull request #10482 from christophkammer1989/master

Step 3 tutorial: problem statement inconsistency

Merge pull request #10487 from masterleinad/remove_constraint_matrix

Remove ConstraintMatrix reference

Merge pull request #10493 from tjhei/remove_travis

[CI] remove references to travis

Merge pull request #10503 from peterrum/dof_handler_policy_mg_simplification

Add GridTools::exchange_cell_data_to_level_ghosts()

Merge pull request #10507 from bangerth/tut-graph

Improve tutorial graph layout.

Merge pull request #10508 from bangerth/cmake

Better describe what we do when running cmake for code gallery programs.

Merge pull request #10511 from peterrum/tria_level_cell_iterator

Add alias Triangulation::level_cell_iterator

Merge pull request #10512 from bangerth/affine-3

Remove a surrounding class that is now no longer necessary.

Tests: Update tests for changes in GridTools::find_active_cell_around_point

Closes #10506
See also #10459

Add GridTools::exchange_cell_data_to_level_ghosts()

Merge pull request #10513 from bangerth/affine-4

Add a changelog entry.

Add a changelog entry.

Remove a surrounding class that is now no longer necessary.

Merge pull request #10478 from nfehn/tolerance_find_active_cells

Equip GridTools::find_active_cell_around_point() with tolerance

Remove ConstraintMatrix reference

Merge pull request #10473 from bangerth/affine-2

Add alias Triangulation::level_cell_iterator

Merge pull request #10509 from bangerth/style

Use usual ++var style.

Merge pull request #10505 from tjhei/feiv_test_update

improve tests/feinterface/*

Merge pull request #10504 from Rombur/cuda_mf_fix

Fix comparison warning

Fix a bug in CUDAWrappers::MatrixFree::cell_loop when different partitioners are used

Merge pull request #10496 from masterleinad/fix_petsc_complex_instantiation

Add missing instantiation for PETSc with complex values

Make move operation explicit.

Use usual ++var style.

Better describe what we do when running cmake for code gallery programs.

Improve tutorial graph layout.

Specifically, don't treat edges from one code-gallery to another code-gallery program
as requiring special weight.

Also show these edges in gray instead of the white we're currently using (i.e., not
visible at all).

Merge pull request #10465 from peterrum/internal_TriaAccessorImplementation_Implementation

Remove unneeded template argument

Augment some documentation. Mark functions as 'noexcept'.

improve tests/feinterface/*

- use -1 instead of unsigned int

adress comments

Merge pull request #10442 from peterrum/pft_update_test_output

Update output of test

remove references to travis

the second step after #10491 to replace travisci

We should probably give it a couple days before merging this. We also
need to remove the travis check as being "required" first.

Merge pull request #10501 from masterleinad/remove_percent

Remove % in documentation

Merge pull request #10502 from masterleinad/remove_appveyor

Remove appveyor

Merge pull request #10491 from tjhei/github_actions_indent

[CI] add githubactions indent/documentation check

Merge pull request #10499 from tjhei/ci_github_actions_windows_no_zlib

[CI] github-actions windows: disable zlib

Merge pull request #10485 from drwells/readme-link

Fix a dead link in the top level readme.

Remove appveyor

Remove % in documentation

[CI] github-actions windows: disable zlib

The zlib found on the system is a x86 lib that is not compatible with
our x64 build. Disable auto detection for now.

add a test for multilevel access of FEInterfaceValues

part of #8884

adds a test for change in #9978

Resolved inconsistency with intro.dox file from examples step-3

fixed wording for step-3 tut doc

Merge pull request #10495 from tjhei/doxygen_ref_step_links_only_numbered

doxygen filter: do not try to link step- without number

Add missing instantiation for PETSc with complex values

doxygen filter: do not try to link step- without number

We are currently trying to create a hyperlink for every occurance of
step-BLA found in the documentation. This requires escaping words like
"step-number" using a backslash. This is confusing.
Instead, only do this if the dash is followed by a digit.

Fixes #10489

Merge pull request #10453 from peterrum/pft_level_fix

Fix distribution of levels in pft

[CI] add githubactions indent/documentation check

add a new "indent" check on github actions that mirrors what we do on
travisci (to ultimately replace it).

Document particle_lost in particle handler.

add an include

ThreadLocalStorage: add copy and move constructors

Add copy and move constructors and corresponding copy and move
assignment operators.

Make the AffineConstraints scratch storage object-local.

Next step in fixing AffineConstraints.

Merge pull request #10162 from jppelteret/sd-tests_01

Refactor some SD tests

Fix a dead link in the top level readme.

Merge pull request #10484 from tamiko/avoid_symbol_clash

CMake: Avoid another symbol clash with adol-c

Merge pull request #10483 from tamiko/fix_compilation

Fix compilation with c++14: add missing instantiation

GridTools::find_active_cell_around_point(): introduce tolerance as parameter

Merge pull request #10477 from nfehn/refactoring_find_all_active_cells

refactoring of GridTools::find_all_active_cells_around_point()

Merge pull request #10456 from nfehn/find_active_cells

Fix bug in find_active_cell_around_point_tolerance()