Adjust test output for VTU tests to additional manifold id

Merge pull request #1078 from guidokanschat/partial_grid_out

VTK and VTU output with level number, material id, and subdomain ids

astyle

add manifold id to output and adjust output files

remove include

ignore mpirun tests without mpi

add test for multiple subdomains and convert huge unsigned to negative values

VTK and VTU output in GridOut restructured to use iterator ranges internally
Add output of level number, material id, and subdomain ids

Merge pull request #1079 from tjhei/testsuite_pretty_function

rework unify_pretty_function() in testsuite so that sed is not needed anymore

Merge pull request #1080 from tjhei/remove_warning

remove warning

remove warning

gcc gives the nonsensical warning "comparison of unsigned expression < 0
is always false". Work around this.

rework unify_pretty_function() in testsuite

We used to call into sed to do some string replacement in order to
normalize the output of __PRETTY_FUNCTION__. This is crazy and won't
work on MAC OS (sed doesn't accept -e). Do this using string replacement
instead.

Merge pull request #1075 from tamiko/compilation_fixes

Bugfix: Compile fixes for Functions::Polynomial<dim>

Bugfix: Compile fixes for Functions::Polynomial<dim>

Change dealii::Vector to std::vector to not have to include vector.h in
function_lib.h. This fixes a compilation error encountered with several
compilers.

Further, fix the corresponding test

Merge pull request #1074 from tamiko/null_operator_cleanup

Restructure null_operator

Restructure null_operator

This commit restructures the null_operator optimization in LinearOperator
slightly and removes an ambiguous constructor variant.

Merge pull request #1067 from angelrca/Function_Polynomial

New class Function::Polynomial

Merge pull request #1073 from guidokanschat/fix_mac

Fix problems where the library did not compile on MacOS with clang 3.3

check for std::isnan and make sure we never use a function that does not exist

fix more powers
compiling on Mac with clang 5.0.0 (3.3) again

Fix the problems on Mac with isnan and pow

Merge pull request #1047 from guidokanschat/new_meshes

Add three new meshes to GridGenerator: simplex, cheese and hyper_cross

Add three new meshes to GridGenerator: simplex, cheese and hyper_cross

Merge pull request #1070 from davydden/step36-eigenvalues

fixed the expression for expected eigenvalues in Step-36

Merge pull request #1071 from tamiko/restructure_cmake_cxx11

CMake: Restructure logic in check_01_cxx_features

CMake: Restructure logic in check_01_cxx_features

fixed the expression for expected eigenvalues in Step-36

New class Function::Polynomial

New class Function::Polynomial

New class Function::Polynomial

New class Function::Polynomial

Merge pull request #1065 from drwells/fix-trivially-copyable-cmake-test

[RFC] Fix trivially copyable cmake test

Merge pull request #1068 from bangerth/add-missing-function

Add a declared but not implemented function.

Add a declared but not implemented function.

This addresses a linker error recently posted to the mailing list. The issue
is that we have iterators that represent faces of cells and a specialization
for the faces of 1d cells, i.e., vertices. These class specializations have
most of the regular accessor members declared, but here is one that was
declared without being defined.

This patch adds a definition of the function. The issue is relatively
uncritical since the so-defined function does not actually have to do
anything other than return an invalid object (vertices have no children).

Merge pull request #1066 from QiaoLei-88/fix_max_n_cells

Fix max n cells

update mpi/refine_and_coarsen_fixed_number_07 and it's output.
  1. Increase number of cells by global refinement to weaken influence of float truncation error;
  2. Because number of cells increased, construct refinement indicator as test _01 to avoid float overflow;
  3. Update test drivers interface because it is too complicated to calculate global number of cells;
  4. Update reference output.

fix bug introduce by commit 594dc87 in function GridRefinement::refine_and_coarsen_fixed_number()

Check for 'std::is_trivially_copyable' correctly.
This should be checked whenever C++11 is enabled; more specifically, it
should be checked when compiling with C++14 too.

Fix a spelling error in a comment.

Merge pull request #1059 from bangerth/fix-isfinite

Verify that a number is not a NaN before testing for finiteness.

Add a changelog entry.

Verify that a number is not a NaN before testing for finiteness.

While not intuitive, std::isfinite triggers a floating point exception when called
on a signalling NaN. Avoid this.

Merge pull request #1063 from tjhei/cmake_depend_msg

clarify cmake dependency message

clarify cmake dependency message

change the message:
BLA has unmet configuration requirements: MPI
has to be set to "ON".

to:
BLA has unmet configuration requirements: DEAL_II_WITH_MPI
has to be set to "ON".

Merge pull request #1061 from bangerth/fix-test-6

Avoid computing atan(y/x) where x=0.

Merge pull request #1057 from angelrca/Monomial_gradient

Functions::Monomial

Merge pull request #1062 from bangerth/fix-gmres-breakdown

Handle the case of lucky breakdown in GMRES better, without testing whether 1/a is actually finite

Merge pull request #1060 from bangerth/fix-test-5

Avoid setting boundary objects that don't fit.

Fix Functions::Monomial::gradient

Fix Functions::Monomial::gradient

Fix Functions::Monomial::gradient

Fix Functions::Monomial::gradient

Fix Functions::Monomial::gradient

Handle the case of lucky breakdown better, without testing whether 1/a
is actually finite.

Avoid computing atan(y/x) where x=0.

Rather, use atan2(y,x).

Avoid setting boundary objects that don't fit.

This test set a hyperball boundary for the flat part of a half-hypersphere.

Merge pull request #1053 from bangerth/improve-error-message-3

Improve the error message the script produces if no astyle was found.

Merge pull request #1056 from bangerth/avoid-c++11ism

Avoid a C++11ism.

Merge pull request #1055 from bangerth/fix-clang-errors

Fix some compilation errors with clang.

Merge pull request #1054 from bangerth/limit-tests

Only run tests that require muparser if we have indeed configured with muparser.

Merge pull request #1051 from drwells/fix-cxx11-detection

[WIP] Fix C++11 detection

Avoid a C++11ism.

Fix some compilation errors with clang.

Specifically, address these: http://cdash.kyomu.43-1.org/testDetails.php?test=15565167&build=9452

Only run tests that require muparser if we have indeed configured with muparser.

Improve the error message the script produces if no astyle was found.

Merge pull request #1052 from angelrca/Monomial_gradient

Fix Functions::Monomial::gradient

Fix Functions::Monomial::gradient

Modify set variables to clarify logic.

Re-enable automatic detection of C++ versions.
I mistakenly removed this when adding C++14 support.

Merge pull request #1050 from luca-heltai/fix-block-matrix-array

Added missing headers.

Replaced std::fabs with std::abs

Added missing headers.

Merge pull request #1039 from maieneuro/master

Added second template argument to BlockMatrixArray representing gener…

Merge pull request #1048 from guidokanschat/dgq_arbitrary_gauss_again

Add GaussLog to the set of recognized quadrature rules and fix tests

Add GaussLog to the set of recognized quadrature rules and fix tests

Merge pull request #1044 from bangerth/instantiate-SparseMatrix-for-complex-scalars

Instantiate SparseMatrix for complex scalar types.

Instantiate SparseMatrix for complex scalar types.

Merge pull request #1045 from drwells/fix-function-time-typos

Fix two typos in the function_time documentation.

Fix two typos in the function_time documentation.

Added PETSc instantiation and preprocessor checks

Merge pull request #1033 from guidokanschat/dgq_arbitrary_gauss

add detection of Gauss points in FE_DGQArbitraryNodes::get_name()

Merge pull request #1042 from bangerth/fix-typo

Fix a typo.

Fix a typo.

Merge pull request #1018 from ESeNonFossiIo/gauss

Back and forward substitution

Merge pull request #1040 from kronbichler/master

Minor cleanup to make function work with VectorizedArray

caveat has been removed

reording tests

removing test that requires lower triangular matrix

removing file depending on upper and lower triangular

removing tests that require upper and lower triangular block operators

reneaming and improving documentation

test for gauss elimination argument

gauss elimination argument for linear operator

Minor cleanup to make function work with VectorizedArray

Added second template argument to BlockMatrixArray representing generic BlockVector

Merge pull request #1038 from drwells/fix-compatibility-typo

Fix a spelling error induced by the C++14 PR.

Fix a spelling error induced by the C++14 PR.

Merge pull request #1032 from drwells/support-c++14

Support C++14

Merge pull request #1037 from drwells/fix-lapack-full-matrix-typos

Fix typos in the LAPACKFullMatrix documentation.

Fix typos in the documentation.
Most of these were character transpositions.

Merge pull request #1036 from davydden/fix_table_reinit

fixed Table<2,T>::reinit(TableIndices<2>)

fixed Table<2,T>::reinit(TableIndices<2>)

add detection of Gauss points in FE_DGQArbitraryNodes::get_name()

Update documentation with C++14 information.

Add support for C++14.
Rather than support "C++11 or not C++11", the CMake files now support
either C++14 or C++11 based on the flags DEAL_II_WITH_CXX14 and
DEAL_II_WITH_CXX11. As C++14 is (very nearly) a superset of C++11
functionality, DEAL_II_HAVE_CXX14 may only be true when
DEAL_II_HAVE_CXX11 is true.

Merge pull request #1026 from bangerth/fix-warnings

Fix a few warnings in the tutorial programs.

Fix a few warnings in the tutorial programs.