Simplify particle transfer during refinement

Merge pull request #12483 from gassmoeller/fix_remove_particle

Fix bug in remove particle

Merge pull request #12478 from tjhei/mpi_underlinkage_bug

fix cmake underlinkage error

Merge pull request #12416 from mathsen/flux_level_constraints

changed make_flux_sparsity_pattern to have the ability to add constraints

Merge pull request #12469 from bangerth/count

Update/extend the script that counts lines of code.

Fix copyright year

Merge pull request #12482 from bangerth/arkode-3

Remove code for SUNDIALS versions prior to 3.0.

Merge pull request #12480 from peterrum/MinimalGranularityPolicy_fix

Fix MinimalGranularityPolicy

Fix bug in remove particle

Merge pull request #12481 from bangerth/changelog

Add a missing changelog entry.

Remove code for SUNDIALS versions prior to 3.0.

Add a missing changelog entry.

Fix MinimalGranularityPolicy

Merge pull request #12473 from bangerth/exc-3

Simplify an exception.

Merge pull request #12479 from joseeroman/jose/fix-slepc-url

Fix SLEPc URL

Fix SLEPc URL

fix cmake underlinkage error

The underlinkage MPI check under Ubuntu fails if MPI_CXX_LIBRARIES is
empty, which happens if you configure with CXX=mpicxx (even though you
should not).

In this situation, just disable this hack. Errors look like this:

CMake Error at cmake/modules/FindMPI.cmake:143 (LIST):
  LIST GET given empty list
Call Stack (most recent call first):
  cmake/macros/macro_find_package.cmake:27 (_FIND_PACKAGE)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:28 (FIND_PACKAGE)
/a/CMakeFiles/CMakeTmp/evaluate_expression.tmp:1
(FEATURE_MPI_FIND_EXTERNAL)
  cmake/macros/macro_evaluate_expression.cmake:30 (INCLUDE)
  cmake/macros/macro_configure_feature.cmake:237 (EVALUATE_EXPRESSION)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:81 (CONFIGURE_FEATURE)
  cmake/macros/macro_verbose_include.cmake:19 (INCLUDE)
  CMakeLists.txt:121 (VERBOSE_INCLUDE)

CMake Error at cmake/modules/FindMPI.cmake:144 (GET_FILENAME_COMPONENT):
  GET_FILENAME_COMPONENT called with incorrect number of arguments
Call Stack (most recent call first):
  cmake/macros/macro_find_package.cmake:27 (_FIND_PACKAGE)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:28 (FIND_PACKAGE)
/a/CMakeFiles/CMakeTmp/evaluate_expression.tmp:1
(FEATURE_MPI_FIND_EXTERNAL)
  cmake/macros/macro_evaluate_expression.cmake:30 (INCLUDE)
  cmake/macros/macro_configure_feature.cmake:237 (EVALUATE_EXPRESSION)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:81 (CONFIGURE_FEATURE)
  cmake/macros/macro_verbose_include.cmake:19 (INCLUDE)
  CMakeLists.txt:121 (VERBOSE_INCLUDE)

-- _mpi_libopen_pal_library not found! The call was:
--     FIND_LIBRARY(_mpi_libopen_pal_library NAMES open-pal HINTS
NO_DEFAULT_PATH NO_CMAKE_ENVIRONMENT_PATH NO_CMAKE_PATH
NO_SYSTEM_ENVIRONMENT_PATH NO_CMAKE_SYSTEM_PATH NO_CMAKE_FIND_ROOT_PATH)

Merge pull request #12462 from simonsticko/face_quadrature_generator

Add class generating immersed quadrature rules over a box face

Merge pull request #12470 from bangerth/ref

Leave a reference to step-78.

Merge pull request #12471 from bangerth/77

Fix an indentation problem in step-77.

Merge pull request #12472 from bangerth/tutorials

Add two missing tutorial programs to the changelog.

Add two missing tutorial programs to the changelog.

Simplify an exception.

Fix an indentation problem in step-77.

Saw this while giving my talk this morning.

Leave a reference to step-78.

Merge pull request #12451 from gassmoeller/update_particle_documentation

Cleanup for particle handler documentation

Add class generating immersed quadrature rules over a box face

Add a class NonMatching::FaceQuadratureGenerator, that in the same way
as QuadratureGenerator generates immersed quadrature rules, but over a
given face of a BoundingBox.

Merge pull request #12449 from drwells/cleanup-symmetrictensor-docs-1

Clean up some SymmetricTensor utility functions.

Merge pull request #12461 from drwells/simplex-gauss-3

Un-hardcode a simplex quadrature rule.

Merge pull request #12468 from drwells/alignedvector-mapping-q-generic

Fix a segmentation fault in MappingQGeneric.

Update/extend the script that counts lines of code.

Clean up some SymmetricTensor utility functions.

We don't need these now that we support C++11 - we can just add default template
arguments to the functions themselves.

Un-hardcode a simplex quadrature rule.

This is easier to check (and somewhat more accurate) if we just use the
definition.

Use check_solver_within_range in simplex/poisson_01.cc

Use AlignedVector in MappingQGeneric.

The last patch indicates the compiler wants to vectorize access to these arrays,
so lets align them better.

Fix a segmentation fault at high optimization levels.

I don't completely understand this but accessing these pointers causes
segmentation faults. It's not due to type aliasing - converting both to 'const
auto *' does not fix the problem.

Merge pull request #12459 from simonsticko/add_template_immersed_quadrature

Add a spacedim template parameter on ImmersedSurfaceQuadrature

Address comments

Merge pull request #12465 from mschreter/fix_PoisseuilleFlow_constructor

Fix declaration of PoisseuilleFlow constructor

fix declaration of PoisseuilleFlow constructor

Merge pull request #12464 from bangerth/exception

Add an exception to check that an element exists.

Add an exception to check that an element exists.

Merge pull request #12422 from gassmoeller/sort_property_pool

Sort property pool

Merge pull request #12460 from bangerth/vv

Fix a mistake in a formula.

Fix a mistake in a formula.

The sum symbol is a copy-paste error from higher up on that page.

Add a spacedim template parameter on ImmersedSurfaceQuadrature

To handle the case when we have a line integral immersed in a face, the
normals on ImmersedSurfaceQuadrature need to be vectors in spacedim.
The reason is that the conormal can not be computed without knowing the
normal to the surface. Add a spacedim template parameter and change the
normals to Tensor<1, spacedim>. Rewrite the documentation and modify
the test to a account for this.

Merge pull request #12453 from peterrum/data_out_fix

Fix DataOut for TrilinosWrappers::MPI::Vector

Merge pull request #12457 from peterrum/data_out_update_ghost_values_follow_up

Small adjustments in DataEntry

Merge pull request #12452 from drwells/define-tria-step-3

Define \mathbb{T} in step-3.

Small adjustments in DataEntry

Fix DataOut for TrilinosWrappers::MPI::Vector

Define \mathbb{T} in step-3.

Merge pull request #12438 from peterrum/data_entry_value_type

Template DataEntry on value_type

Update test

Hide particle container from property pool

Add test

Address comments

Revert "Only resort if necessary"

This reverts commit cf58b8714e3aac81770656625ab093e164573091.

Only resort if necessary

sort property pool

Update documentation. Fix missing function.

Merge pull request #12447 from drwells/shorten-boundary-mesh-doxygen

Shorten a long type in doxygen.

Template DataEntry on value_type

Merge pull request #12446 from drwells/remove-eisenstat

Remove, without deprecation, the Eisenstat preconditioner.

Shorten a long type in doxygen.

Merge pull request #12442 from bangerth/exception-2

Make an exception text readable.

Merge pull request #12443 from peterrum/stokes_test_fix

Fix test feinterface/stokes

Remove, without deprecation, the Eisenstat preconditioner.

This has never worked in parallel and has suffered from a variety of other
issues over the years.

Merge pull request #12440 from luca-heltai/remove_internal_function

Remove useless function.

Fix test feinterface/stokes

Make an exception text readable.

Provide a definition of a static variable.

Merge pull request #12431 from drwells/iso-refine-cleanups-1

Fix some common typos

Improve comments.

Refer to the face type as such.

Add a utility function for next available vertices.

Merge pull request #12125 from simonsticko/quadrature_generator

Add class generating high-order immersed quadrature rules

Remove useless function.

Merge pull request #12370 from zjiaqi2018/stokes_test

feinterface: stokes test

Merge pull request #12434 from gassmoeller/ensure_particle_container_size

Ensure correct particle container size

Merge pull request #12436 from bangerth/assertion

Expand on the description of an assertion.

Merge pull request #12433 from kronbichler/simplify_particle_accessor

Simplify members of ParticleAccessor

Expand on the description of an assertion.

Merge pull request #11594 from peterrum/data_out_update_ghost_values

DataOut: update ghost values

Add some reasonable asserts

Add asserts where useful

Automatically resize particle container

DataOut: update ghost values

Use new LinearAlgebra::ReadWriteVector::import

Work on block vector

More use cases of new iterator

Second try

changed example to result in different sparsity patterns with and without constraints

Merge pull request #12428 from gassmoeller/unify_particle_creation

Unify particle creation

Merge pull request #12432 from simonsticko/zero_dim_tensor_product_quadrature

Add a single point in Quadrature<0> constructor taking Quadrature<1>

Simplify members of ParticleAccessor

Add a single point in Quadrature<0> constructor taking Quadrature<1>

The constructor currently adds a single weight but no points. This
appears to be a mistake, since points and weights get different sizes.
Fix this and add an comment in the documentation.

Add class generating high-order immersed quadrature rules

Add a class NonMatching::QuadratureGenerator that generates high-order
immersed quadrature rules over a BoundingBox, B, when the domain is
described by a level set function, \psi. Thus creating quadrature rules
for the following 3 regions of the box:

{x \in B : \psi(x) < 0},
{x \in B : \psi(x) > 0},
{x \in B : \psi(x) = 0}.

Merge pull request #12420 from peterrum/dataout_acc

Make method/field in DataOut accessible

Merge pull request #12421 from kronbichler/particle_accessor_cleanup

Minor simplification in particle accessor

Merge pull request #12424 from masterleinad/update_docu_trilinos

Clarify requirment for MPI with Trilinos in documentation