step-79: Avoid using constructor which are incompatible to Intel 18.

Merge pull request #12523 from tjhei/gcc11_boost_warn

silence gcc 11 warning

Merge pull request #12520 from peterrum/CellWeightPolicy_type

CellWeightPolicy: global_cell_index->uint64_t

Merge pull request #12526 from kronbichler/fix_particle_compile

Make particle_handler.cc compile again

Make particle_handler.cc compile again

Merge pull request #12450 from gassmoeller/simplify_transfer_particle_handler

Simplify particle transfer during refinement/serialization

Merge pull request #12521 from drwells/improve-is-ghost-docs

Improve the documentation of TriaAccessor::is_ghost().

silence gcc 11 warning

silence boost warning
../bundled/boost-1.70.0/include/boost/concept/usage.hpp:16:48: warning:
'this' pointer is null [-Wnonnull]
   16 |     ~usage_requirements() { ((Model*)0)->~Model(); }

Merge pull request #12515 from tamiko/revert_gcc11_fixes

Guard GCC 11 fixes for intel 18/19 compatibility

Merge pull request #12484 from peterrum/MGTwoLevelTransfer_reinit

Introduce MGTwoLevelTransfer::reinit()

Merge pull request #12513 from peterrum/CellIDTranslator_warning

CellIDTranslator:: add assert to prevent overflow

add a news entry

Tensor: refactor constructor and assignment operator guards

 * This commit guards some constructors and copy/move assignment
   operators that are necessary to work around a gcc 11 regression with
   DEAL_II_DELETED_MOVE_CONSTRUCTOR_BUG.

 * Add back explicitly guarded constructor working around a code
   generation issue with intel compilers

CMake: Add a configuration check for DEAL_II_DELETED_MOVE_CONSTRUCTOR_BUG

Improve the documentation of TriaAccessor::is_ghost().

The documentation isn't quite right for p::s::T. Now that we have three parallel
Triangulation classes we should be a bit more careful in describing some of
their distinctions.

CellIDTranslator:: add assert to prevent overflow

Merge pull request #12517 from peterrum/tria_serialization_fix

Fix serialization of Triangulation

CellWeightPolicy: global_cell_index->uint64_t

Introduce MGTwoLevelTransfer::reinit()

Merge pull request #12502 from peterrum/n_global_coarse_cells

Add Triangulation::n_global_coarse_cells()

Merge pull request #12508 from peterrum/CellWeightPolicy

Introduce RepartitioningPolicyTools::CellWeightPolicy

Introduce RepartitioningPolicyTools::CellWeightPolicy

Merge pull request #12504 from peterrum/CellIDTranslator

Move CellIDTranslator into a new file

Fix serialization of Triangulation

Add Triangulation::n_global_coarse_cells()

Merge pull request #12430 from peterrum/make_consistent_in_parallel

Implement AffineConstraints::make_consistent_in_parallel()

Merge pull request #12492 from peterrum/is_ghost_on_level

Add CellAccessor::is_ghost_on_level()

Merge pull request #12511 from drwells/missing-umfpack-extension

Add one more missing file extension.

Add one more missing file extension.

Move CellIDTranslator into a new file

Merge pull request #12506 from tjhei/umfpack_cmake_warning

fix umfpack cmake 3.20 warning

Merge pull request #12505 from tjhei/fix_undefined_copy_to_mg

fix missing undefined copy_to_mg

fix umfpack cmake 3.20 warning

Fix the following warnings produced by CMake 3.20:

CMake Warning (dev) at cmake/macros/macro_deal_ii_add_library.cmake:35
(ADD_LIBRARY):
Policy CMP0115 is not set: Source file extensions must be explicit.
File:

    /home/heister/deal.ii-
candi/tmp/unpack/deal.II-v9.3.0/bundled/umfpack/UMFPACK/Source/umf_dump.cc
   /home/heister/deal.ii-
candi/tmp/unpack/deal.II-v9.3.0/bundled/umfpack/UMFPACK/Source/umf_init_front.cc
    /home/heister/deal.ii-
candi/tmp/unpack/deal.II-v9.3.0/bundled/umfpack/UMFPACK/Source/umf_local_search.cc
    /home/heister/deal.ii-
candi/tmp/unpack/deal.II-v9.3.0/bundled/umfpack/UMFPACK/Source/umfpack_report_numeric.cc

add missing inst

fixes #12501 and #12490

Merge pull request #12499 from peterrum/distributed_compute_point_locations_unique_mapping

Make mapping in GridTools::distributed_compute_point_locations() unique

Merge pull request #12495 from drwells/improve-p-d-T-checks

Improve some checks for distributed Triangulations.

Merge pull request #12486 from drwells/instantiate-subdomain

Instantiate a GridTools function for dim = 1.

Improve some checks for distributed Triangulations.

Make mapping in GridTools::distributed_compute_point_locations() unique

Instantiate a GridTools function for dim = 1.

This requires special-casing p::d::T since the internal functions aren't defined
for 1D.

Merge pull request #12491 from peterrum/get_face_quadrature_collection

Work on get_face_quadrature_collection() and get_unique_face_quadratures()

Merge pull request #12485 from gassmoeller/clarify_locally_owned_particles

Fix number of locally owned particles in particle handler

Add CellAccessor::is_ghost_on_level()

Clarify locally owned particles

Work on get_face_quadrature_collection() and get_unique_face_quadratures()

Merge pull request #12489 from drwells/fix-simplex-quadrature-rules

Really use n_points_1D for the simplex quadrature rules.

Fix several simplex quadrature rules.

Simplify particle transfer during refinement

Add a test with poor output.

This test passes on master, but shouldn't, since several of the printed
integrands are wrong. This will be corrected in the next commit.

Merge pull request #12483 from gassmoeller/fix_remove_particle

Fix bug in remove particle

Merge pull request #12478 from tjhei/mpi_underlinkage_bug

fix cmake underlinkage error

Merge pull request #12416 from mathsen/flux_level_constraints

changed make_flux_sparsity_pattern to have the ability to add constraints

Merge pull request #12469 from bangerth/count

Update/extend the script that counts lines of code.

Fix copyright year

Merge pull request #12482 from bangerth/arkode-3

Remove code for SUNDIALS versions prior to 3.0.

Merge pull request #12480 from peterrum/MinimalGranularityPolicy_fix

Fix MinimalGranularityPolicy

Fix bug in remove particle

Merge pull request #12481 from bangerth/changelog

Add a missing changelog entry.

Remove code for SUNDIALS versions prior to 3.0.

Add a missing changelog entry.

Fix MinimalGranularityPolicy

Merge pull request #12473 from bangerth/exc-3

Simplify an exception.

Merge pull request #12479 from joseeroman/jose/fix-slepc-url

Fix SLEPc URL

Fix SLEPc URL

fix cmake underlinkage error

The underlinkage MPI check under Ubuntu fails if MPI_CXX_LIBRARIES is
empty, which happens if you configure with CXX=mpicxx (even though you
should not).

In this situation, just disable this hack. Errors look like this:

CMake Error at cmake/modules/FindMPI.cmake:143 (LIST):
  LIST GET given empty list
Call Stack (most recent call first):
  cmake/macros/macro_find_package.cmake:27 (_FIND_PACKAGE)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:28 (FIND_PACKAGE)
/a/CMakeFiles/CMakeTmp/evaluate_expression.tmp:1
(FEATURE_MPI_FIND_EXTERNAL)
  cmake/macros/macro_evaluate_expression.cmake:30 (INCLUDE)
  cmake/macros/macro_configure_feature.cmake:237 (EVALUATE_EXPRESSION)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:81 (CONFIGURE_FEATURE)
  cmake/macros/macro_verbose_include.cmake:19 (INCLUDE)
  CMakeLists.txt:121 (VERBOSE_INCLUDE)

CMake Error at cmake/modules/FindMPI.cmake:144 (GET_FILENAME_COMPONENT):
  GET_FILENAME_COMPONENT called with incorrect number of arguments
Call Stack (most recent call first):
  cmake/macros/macro_find_package.cmake:27 (_FIND_PACKAGE)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:28 (FIND_PACKAGE)
/a/CMakeFiles/CMakeTmp/evaluate_expression.tmp:1
(FEATURE_MPI_FIND_EXTERNAL)
  cmake/macros/macro_evaluate_expression.cmake:30 (INCLUDE)
  cmake/macros/macro_configure_feature.cmake:237 (EVALUATE_EXPRESSION)
  cmake/configure/configure_1_mpi.cmake:81 (CONFIGURE_FEATURE)
  cmake/macros/macro_verbose_include.cmake:19 (INCLUDE)
  CMakeLists.txt:121 (VERBOSE_INCLUDE)

-- _mpi_libopen_pal_library not found! The call was:
--     FIND_LIBRARY(_mpi_libopen_pal_library NAMES open-pal HINTS
NO_DEFAULT_PATH NO_CMAKE_ENVIRONMENT_PATH NO_CMAKE_PATH
NO_SYSTEM_ENVIRONMENT_PATH NO_CMAKE_SYSTEM_PATH NO_CMAKE_FIND_ROOT_PATH)

Merge pull request #12462 from simonsticko/face_quadrature_generator

Add class generating immersed quadrature rules over a box face

Merge pull request #12470 from bangerth/ref

Leave a reference to step-78.

Merge pull request #12471 from bangerth/77

Fix an indentation problem in step-77.

Merge pull request #12472 from bangerth/tutorials

Add two missing tutorial programs to the changelog.

Add two missing tutorial programs to the changelog.

Simplify an exception.

Fix an indentation problem in step-77.

Saw this while giving my talk this morning.

Leave a reference to step-78.

Merge pull request #12451 from gassmoeller/update_particle_documentation

Cleanup for particle handler documentation

Add class generating immersed quadrature rules over a box face

Add a class NonMatching::FaceQuadratureGenerator, that in the same way
as QuadratureGenerator generates immersed quadrature rules, but over a
given face of a BoundingBox.

Merge pull request #12449 from drwells/cleanup-symmetrictensor-docs-1

Clean up some SymmetricTensor utility functions.

Merge pull request #12461 from drwells/simplex-gauss-3

Un-hardcode a simplex quadrature rule.

Merge pull request #12468 from drwells/alignedvector-mapping-q-generic

Fix a segmentation fault in MappingQGeneric.

Update/extend the script that counts lines of code.

Clean up some SymmetricTensor utility functions.

We don't need these now that we support C++11 - we can just add default template
arguments to the functions themselves.

Un-hardcode a simplex quadrature rule.

This is easier to check (and somewhat more accurate) if we just use the
definition.

Use check_solver_within_range in simplex/poisson_01.cc

Use AlignedVector in MappingQGeneric.

The last patch indicates the compiler wants to vectorize access to these arrays,
so lets align them better.

Fix a segmentation fault at high optimization levels.

I don't completely understand this but accessing these pointers causes
segmentation faults. It's not due to type aliasing - converting both to 'const
auto *' does not fix the problem.

Implement AffineConstraints::make_consistent_in_parallel()

Merge pull request #12459 from simonsticko/add_template_immersed_quadrature

Add a spacedim template parameter on ImmersedSurfaceQuadrature

Address comments

Merge pull request #12465 from mschreter/fix_PoisseuilleFlow_constructor

Fix declaration of PoisseuilleFlow constructor

fix declaration of PoisseuilleFlow constructor

Merge pull request #12464 from bangerth/exception

Add an exception to check that an element exists.

Add an exception to check that an element exists.

Merge pull request #12422 from gassmoeller/sort_property_pool

Sort property pool

Merge pull request #12460 from bangerth/vv

Fix a mistake in a formula.

Fix a mistake in a formula.

The sum symbol is a copy-paste error from higher up on that page.

Add a spacedim template parameter on ImmersedSurfaceQuadrature

To handle the case when we have a line integral immersed in a face, the
normals on ImmersedSurfaceQuadrature need to be vectors in spacedim.
The reason is that the conormal can not be computed without knowing the
normal to the surface. Add a spacedim template parameter and change the
normals to Tensor<1, spacedim>. Rewrite the documentation and modify
the test to a account for this.

Merge pull request #12453 from peterrum/data_out_fix

Fix DataOut for TrilinosWrappers::MPI::Vector

Merge pull request #12457 from peterrum/data_out_update_ghost_values_follow_up

Small adjustments in DataEntry

Merge pull request #12452 from drwells/define-tria-step-3

Define \mathbb{T} in step-3.

Small adjustments in DataEntry

Fix DataOut for TrilinosWrappers::MPI::Vector