Split up matrix_tools.h -> matrix_creator.h

Merge pull request #12862 from peterrum/matrix_creator_sparse_matrix_type

MatrixCreator: make SparseMatrixType a template parameter

Merge pull request #12888 from bangerth/gnuplot

Simplify the code for outputting data in gnuplot format.

Merge pull request #12878 from peterrum/combined_face_orientation

Introduce TriaAccessor::combined_face_orientation()

Merge pull request #12893 from peterrum/hp_collection_iteration

hp::Collection: allow range-based loop

MatrixCreator: make SparseMatrixType a template parameter

Simplify the code for outputting data in gnuplot format.

hp::Collection: allow range-based loop

Introduce TriaAccessor::combined_face_orientation()

Merge pull request #12889 from peterrum/compilation

Fix compilation

Fix compilation

Merge pull request #12877 from bangerth/ref-cell-x

Do not preset Patch::reference_cell.

Merge pull request #12887 from Rombur/dof_tools

Relax an assert in DoFTools::map_dofs_to_support_points

Do not preset Patch::reference_cell.

Merge pull request #12859 from bangerth/dif-3

Towards making DataOutFaces work with simplices.

Merge pull request #12885 from bangerth/ref-cell-y

Merge pull request #12832 from tjhei/large_tria_checkpoint2

variable checkpointing fixes for >4GB files

Relax an assert in DoFTools::map_dofs_to_support_points

Merge pull request #12875 from bangerth/refce

Make Patch<0,spacedim>::reference_cell const.

Merge pull request #12886 from gfcas/typo

Fix typos in hp::FECollection doc

Fix typos in hp::FECollection doc

Merge pull request #12884 from marcfehling/rnpratoori

Corrections in Step-45

Make Patch<0,spacedim>::reference_cell const.

Merge pull request #12883 from dianeguignard/DOI-step-82

Added DOI for the tutorial program step-82

Add changelog entries.

Fix reading/writing Patch objects for non-hypercube reference cells.

Provide input and output operators for ReferenceCell.

Corrections in Step-45

Removed duplicate occurrence of VectorTools::interpolate_boundary_values in setup_dofs()

Added DOI for the tutorial program step-82

Do not a priori allocate memory for objects that will later be re-sized.

Here, this is the case for a CopyData object to be used in WorkStream: We have
to give WorkStrean::run() an exemplar of these CopyData objects from which
it will create a concrete object for each task (=cell or face) that will
then be worked on. We initialize the exemplar's '.data' object to a concrete
size, but this size will later be ignored and instead we resize things
to whatever we actually need in one place because we don't really know
what the correct size is going to be a priori. As a consequence, just omit
the original sizing and leave the 'exemplar.data' object empty until the
point where we know the size for a concrete object that we obtain by
copying the examplar.

As a side note: This is in DataOutFaces. The DataOut class doesn't do the
initial sizing -- I suspect that we had that code at some point in the past
and got rid of the initial sizing a few years ago but didn't make the same
change for DataOutFaces. It is also possible that that change was made
as part of the simplex transition in DataOut, but DataOutFaces was never
actually transitioned and doesn't work for simplices right now. (That's
what I'm working on right now, of course.)

Merge pull request #12879 from peterrum/mg_transfer_global_coarsening_fix_compilation

Fix compilation of MGTransferGlobalCoarsening::interpolate_to_mg()

Merge pull request #12880 from peterrum/MGTransferGlobalCoarsening_rename_n_dofs

Rename some variables in MGTransferGlobalCoarsening

Fix compilation of MGTransferGlobalCoarsening::interpolate_to_mg()

Rename some variables in MGTransferGlobalCoarsening

Merge pull request #12838 from peterrum/FE_Q_iso_Q1_varying_subdivisions

FE_Q_iso_Q1: varying subdivisions

Merge pull request #12869 from peterrum/PreconditionChebyshev_docu

Fix docu of PreconditionChebyshev

Merge pull request #12876 from bangerth/refce-2

Fix Patch member functions.

Fix Patch member functions.

Merge pull request #12863 from peterrum/sparse_matrix_reinit

SparseMatrix::reinit(): accept other sparse matrix

Fix docu of PreconditionChebyshev

SparseMatrix::reinit(): accept other sparse matrix

Merge pull request #12855 from tjhei/fix-step49-geo

fix step-49 geo file

Merge pull request #12872 from drwells/fix-doc-typos-10

Fix a typo.

Merge pull request #12871 from tjhei/avoid_unused_var_warning

Fix a typo.

fix two more places

fix step-49 geo file

- do not use opencascade circle command
- reassign a few of the ids
- update documentation.

fixes #12826

avoid unused variable warning

in release mode

Merge pull request #12866 from bangerth/q

Update class Quadrature in a couple of ways

Bugfix: Clear DataTransfer after all data has been unpacked.

apply fixes

add test

fix variable transfer as well

Merge pull request #12867 from bangerth/read-1

Make code a bit more readable.

Merge pull request #12868 from bangerth/read-2

Make code a bit more readable.

Merge pull request #12865 from bangerth/dif-5

Avoid generation of expensive FE objects.

Merge pull request #12864 from peterrum/petsc_vector_reinit

PETScWrappers::MPI::Vector: add new reinit()

Make code a bit more readable.

Make code a bit more readable.

Update documentation of class Quadrature.

Rename a function.

Avoid generation of expensive FE objects.

Merge pull request #12861 from vachan-potluri/changelog

Add a changelog entry for pr12787

FE_Q_iso_Q1: varying subdivisions

PETScWrappers::MPI::Vector: add new reinit()

Move currently failing test.

Merge pull request #12825 from marcfehling/pd-debug

Add a changelog entry for pr12787

Merge pull request #12858 from peterrum/interpolate_to_mg_without_dofhandler

Add MGTransferGlobalCoarsening::interpolate_to_mg() that does not take DoFHandler

Merge pull request #12847 from peterrum/data_out_pyramids

DataOut for pyramids: reorder at the end

Simplify code slightly by splitting a tuple.

Add MGTransferGlobalCoarsening::interpolate_to_mg() that does not take DoFHandler

DataOut for pyramids: reorder at the end

Merge pull request #12857 from gfcas/doc_dof_tools

Update doc make_flux_sparsity_pattern

Merge pull request #12856 from gfcas/typo

Fix typo

Merge pull request #12851 from peterrum/wedge_pyramid_test

DataOut: add wedge/pyramid test

Update doc make_flux_sparsity_pattern

Fix typo

Merge pull request #12849 from bangerth/duplication

Reduce duplication of information.

Merge pull request #12787 from vachan-potluri/read_unv

Ignore any sections before 2411 in `GridIn::read_unv()`

Ignore any sections before 2411 in `GridIn::read_unv()`

Merge pull request #12822 from bangerth/49

Minor text updates to the step-49 gmsh discussion.

DataOut: add wedge/pyramid test

Merge pull request #12853 from peterrum/convert_generalized_support_point_values_to_dof_values_wedges_pyramids

Implement convert_generalized_support_point_values_to_dof_values for wedges/pyramids

Reduce duplication of information.

Instead, use ReferenceCell as the one normative place to draw vertex orders from.

Implement convert_generalized_support_point_values_to_dof_values for wedges/pyramids

Merge pull request #12850 from kronbichler/followup-chebyshev

PreconditionChebyshev: Update documentation

Merge pull request #12816 from marcfehling/rotate

Merge pull request #12852 from marcfehling/magic-pi

No more magic number Pi.

Merge pull request #12846 from peterrum/distance_function

Rename Functions::LevelSet -> Functions::SignedDistance

Merge pull request #12848 from bangerth/refcell-3

PreconditionChebyshev: Update documentation

Merge pull request #12844 from bangerth/refcell-2

Replace uses of GeometryInfo.

Merge pull request #12819 from kronbichler/chebyshev_locality

Enable PreconditionChebyshev to update a sub-range of vector entries

Systematize construction of vertices for wedges.

Update and unify interface for `Physics` and `GridTools` rotations.

Generalize `GridTools::rotate` for arbitrary rotation axes.

Merge pull request #12845 from peterrum/wedge_fix_order_vertices

Fix order of vertices of wedges in ReferenceCell::vertex

Replace uses of GeometryInfo.