Direct support for Abaqus mesh files in GridIn.

The mesh_converter program is now considered obsolete and has been
removed from the contrib folder.
Direct support for Abaqus mesh files has been added to the GridIn
class through the function GridIn::read_abaqus(). An internal class
Abaqus_to_UCD captures all of the functionality of the original
mesh_converter program and feeds its output directly to the
already implemented GridIn::read_ucd() function. This is suboptimal
but works sufficiently well to act as an interim solution until the
internal renumbering scheme necessary to convert the Abaqus format
directly to deal.II's internal number can be determined.
On top of the already existing functionality to read in Abaqus meshes
created using Cubit, patches provided by Krzysztof Bzowski that allow
for the input of mesh files exported directly from Abaqus have also
been included.
Test cases have been added to the testsuite, with the original
mesh files from the mesh_converter program used for this purpose.

Merge pull request #1385 from bangerth/further-FEValues-cleanups-21

Fully qualify types in Mapping interface.

Merge pull request #1391 from bangerth/further-FEValues-cleanups-23

Parallelize FEValues construction.

Merge pull request #1392 from bangerth/doc-update-27

Document function arguments of DoFRenumbering::cell_wise().

Document function arguments of DoFRenumbering::cell_wise().

Queue up even more work and do something on the main thread.

Merge pull request #1390 from Rombur/cmake_clang_35

Add debug flag when testing for support of C++14.

Merge pull request #1387 from drwells/remove-inverse-constness

Remove inverse constness

Add debug flag when testing for support of C++14.

Call Mapping::get_data() and FE::get_Data() in parallel.

These two function calls are both (potentially) expensive but
independent. Run them in parallel.

Remove an unneeded const_cast.

Remove a gcc-2.95 BlockVectorIterators workaround.

Older versions of GCC had difficulty with templated code comparing
iterators with different constness. This is no longer a limitation.

Merge pull request #1389 from maieneuro/generalize_derivative_form_tensor_conversion

Generalized conversions between DerivativeForm<rank,dim,spacedim> and

Add BlockVectorBase iterator exception messages.

Fix a typo in the BlockVectorBase documentation.

Remove documentation for a nonexistant field.

This comment appeared in 2013 and the referenced field has never been
present.

Use 'Constness' as a template variable name.

This is the convention used elsewhere in the library. Previously this
file used 'constness'.

Generalized conversions between DerivativeForm<rank,dim,spacedim> and
Tensor<rank,spacedim> to general ranks.

Merge pull request #965 from bangerth/use-fpe

Use floating point exceptions to catch more errors in the testsuite.

Provide a cached variable for the detection of FP exceptions.

This way people can switch off the whole mechanism if the want.

Add a changelog entry.

Disable floating point exceptions for tests that specifically test is_nan.

This is necessary because, very helpfully, the isnan() function throws a
floating point exception when encountering NaN if floating
point exceptions are enabled.

Use floating point exceptions to catch more errors in the testsuite.

Merge pull request #1386 from drwells/fix-doc-typos

Fix doc typos

Fix a word substitution typo ('and', not 'ad').

Fix some typos in the documentation.

Merge pull request #1384 from drwells/dof-tools-namespace

Fix references to classes that are now namespaces.

Fully qualify types in Mapping interface.

Rather than just referring to the type as 'InternalDataBase', use
'typename Mapping<dim,spacedim>::InternalDataBase'. The purpose is
so that we use the same signature in the base and derived classes,
since otherwise doxygen gets confused, doesn't recognize the functions
in the derived classes as implementing the interface of the base
class, and doesn't copy the documentation :-(

Fix references to classes that are now namespaces.

GridTools, DoFTools, MGTools, VectorTools, MatrixCreator, and
MatrixTools were converted to namespaces in 2011 (see the list of
changes between 7.0.0 and 7.1.0 file for a discussion).

Merge pull request #1261 from Arezou-gh/new-commit

the input-output parameters for the function distribute_local_to_glob…

Merge pull request #1376 from bangerth/further-FEValues-cleanups-18

Properly document get_data() and friends.

Move and group mapping member functions.

This patch simply moves the InternalDataBase, get_*_data() and fill_fe_*_values()
members of the derived mapping classes into a doxygen group. No changes in
functionality. No changes in text either.

Properly document get_data() and friends.

Also remove the documentation from these functions in derived classes
as doxygen properly copies the documentation from the corresponding
functions in the base class. This makes sure we only have to document
in one place and avoids things getting out of synch.

Merge pull request #1375 from bangerth/further-FEValues-cleanups-17

General doc updates.

Rename the UpdateFlagsEssay.

Since it's a regular @group now, remove the 'Essay' part of the name.

Update the documentation in this module.

Also, upgrade it from a general @page to a group/module that is a sub-group
to the finite element module.

Some minor doc updates.

Some minor doc updates.

Merge pull request #1381 from bangerth/dont-run-tests-without-mpi

Do not run the shared-tria tests without MPI.

Merge pull request #1380 from bangerth/fix-tests

Fix tests by using the appropriate #include.

Do not run the shared-tria tests without MPI.

They do not compile because the shared triangulation without MPI
can't be constructed with the same constructor taking an MPI_Comm
as is used in these tests.

Merge pull request #1349 from pesser/rannacher-turek

Add Rannacher-Turek element.

Fix tests by using the appropriate #include.

Merge pull request #1379 from dealii/unfail-test-setup

Fix path to cmake file.

Add Rannacher-Turek element.

Lowest order Rannacher Turek polynomials and FE in 2D and tests.

Fix path to cmake file.

The current path leads to a failure on my system when calling
'ninja setup_tests':

FAILED: cd /node/bangerth/trunk/build/tests/sharedtria && /w/bangerth/share/software/cmake-2.8.12.2/bin/cmake -GNinja -DDEAL_II_DIR=/node/bangerth/trunk/build -UDIFF_DIR -UNUMDIFF_DIR -UTEST_PICKUP_REGEX -UTEST_TIME_LIMIT /node/bangerth/trunk/dealii/tests/sharedtria > /dev/null
CMake Error at CMakeLists.txt:2 (INCLUDE):
  include could not find load file:

    ../tests/setup_testsubproject.cmake

CMake Error at CMakeLists.txt:4 (INCLUDE):
  include called with wrong number of arguments.  Include only takes one
  file.

Fix this by providing the same path as in the tests/distributed
directory.

Merge pull request #1369 from Rombur/synch_iter_doc

Add documentation for SynchronousIterator.

Add documentation for SynchronousIterator.

Merge pull request #1374 from maieneuro/mapping_3rd_order_transform

Mapping 3rd order transform

Adding transform of Tensor<3> and DerivativeForm<2> to mapping classes

Merge pull request #1362 from bangerth/further-FEValues-cleanups-16

General doc updates.

General doc updates.

This provides a good number of general doc updates for the Mapping
base class. No functional changes of any sort.

Merge pull request #1361 from bangerth/further-FEValues-cleanups-15

Remove Mapping::update_once/each().

Remove Mapping::update_once/each().

These two functions computed something that, in essence, is only important
for the internal implementation of the mapping classes. It should thus
not be part of the public interface of these classes. Consequently,
remove them and replace them by the only thing that is of interest,
namely to compute transitive closure of the set of flags one needs to
compute -- as now done using the requires_update_flags() function.

Merge pull request #1363 from bangerth/fix-warnings-3

Fix warnings introduced by #212.

Fix warnings introduced by #212.

This fixes a few warnings introduced by the merge of #212
(the parallel::shared::Triangulation).

Merge pull request #1373 from kronbichler/master

Add missing includes to fix compilation after #1371

Add missing includes to fix compilation after #1371

Merge pull request #1371 from bangerth/fix-testcase

Fix testcase.

Merge pull request #1372 from bangerth/fix-non-mpi-compiles

Fix a couple of compiler errors with non-MPI compiles.

Fix a couple of compiler errors with non-MPI compiles.

This fixes other fallout from #212.

Fix testcase.

The all-headers/distributed/tria_base.h.debug testcase failed because the
compiler is missing a forward declaration of parallel::Triangulation. Provide
this.

Merge pull request #1370 from mrak1990/patch-1

Small misprint in tutorial/step-4

Update results.dox

Invalid domain

Merge pull request #212 from davydden/branch_sharedtria

Branch sharedtria

Merge pull request #1360 from bangerth/fix-broken-merge-1343-2

Fix another aspect of #1343.

Merge pull request #1359 from thingishness/mapping_project_fix

Removed keyword virtual from mapping.project_...

Fix another aspect of #1343.

This is another necessary fix for #1343, adding a missing #include.
It fixes 23 more tests that currently fail.

Removed keyword virtual from mapping.project_...

Merge pull request #1341 from bangerth/fix-test-8

Update test output.

modified Step 18 to use parallel::shared::Triangulation

Introduce parallel::shared::Triangulation

It encapsulates ditribution of cells among processors and in the majority of cases behaves like
distributed triangulation counterpart.

Merge pull request #1358 from bangerth/fix-broken-merge-1343

Fix #1343.

Fix #1343.

#1343 copied an *old* version of the code in .cc and .templates.h
files into the .h files, thereby undoing a significant portion of
the work of Hamed Maien in #1322. This restores this by using the
correct code and should thereby fix the ~700 testsuite failures that
#1343 introduced.

Merge pull request #1352 from bangerth/deprecate-more-vector-functions

Deprecate more vector functions.

Merge pull request #1354 from bangerth/work-around-msvc

Work around MS Visual Studio.

Work around MS Visual Studio.

This should fix #1350 by using a std::function object instead of
calling Threads::new_task() with a bunch of arguments.

Merge pull request #1353 from bangerth/further-FEValues-cleanups-13

Remove the is_first_cell/clear_first_cell() mechanism from Mapping.

Merge pull request #1339 from bangerth/further-FEValues-cleanups-12

Make MappingFEField use only update_each.

Merge pull request #1355 from bangerth/fix-warnings-2

Make compile. Fix a few warnings.

Merge pull request #1356 from bangerth/also-doxygenize-source-files

Also run doxygen on source files.

Also run doxygen on source files.

For each function recognized in a .cc file, this yields a nice
'Definition in line 1234 of file abcd.cc' mark with the documentation
of the function, both line and file being clickable so that people can
follow the link and actually see the source code.

Make compile. Fix a few warnings.

#1343 did not compile for me, which is easily fixed by #including another
header file. Also fix a whole bunch of warnings that were introduced by #1343.

Finally, mark a comment in a way so that it doesn't get picked up by doxygen.

Merge pull request #1343 from l-korous/msvc-fixes-20150812

Move get_data(), get_face_data(), get_subface_data() definitions dire…

Remove the is_first_cell/clear_first_cell() mechanism from Mapping.

This truly makes the Mapping::InternalDataBase objects stateless: we no
longer need to worry about whether we are on the first cell or not.

Add comments regarding the MSVC fixes.

Move get_data(), get_face_data(), get_subface_data() definitions directly to places where declared.

Merge pull request #1345 from bangerth/further-FEValues-cleanups-14

Improve Mapping documentation.

Improve Mapping documentation.

Add some documentation. Put functions and classes in grouped
environments.

Deprecate more vector functions.

These are a bit obscure and of questionable value. In particular,
these are functions that can't quite decide whether they would
belong into the VectorWithElementAccess category, or into the
VectorSpaceVector category. Thus, nuke them.

Merge pull request #1347 from QiaoLei-88/docUpdateOfSparseMatrixEZ

remove a piece of inconsistent document of  SparseMatrixEZ.copy_from()

Improve documentation to function copy_from() of class BlockMatrixBase, chunkSparseMatrix, sparseMatrixEz and sparseMatrix

Merge pull request #1321 from l-korous/msvc-debug

Explicitely specify disabling of optimizations for MSVC build.

Merge pull request #1344 from drwells/use-std-abs

Remove a custom implementation of abs.

Remove a custom implementation of abs.
The std::abs function suffices.

Update test output.

Make MappingFEField use only update_each.

This is the exact equivalent to #1337 (commit 04430b5) but
for MappingFEField. The logic there seems to simply have been
copied from MappingQ1, so this was easy (and passes the testsuite).

Merge pull request #1340 from kronbichler/master

Remove unused variable

Remove unused variable

Merge pull request #1331 from bangerth/further-FEValues-cleanups-10

Remove uses of Mapping::IDB::current_update_flags().