Also run doxygen on source files.

For each function recognized in a .cc file, this yields a nice
'Definition in line 1234 of file abcd.cc' mark with the documentation
of the function, both line and file being clickable so that people can
follow the link and actually see the source code.

Merge pull request #1343 from l-korous/msvc-fixes-20150812

Move get_data(), get_face_data(), get_subface_data() definitions dire…

Add comments regarding the MSVC fixes.

Move get_data(), get_face_data(), get_subface_data() definitions directly to places where declared.

Merge pull request #1345 from bangerth/further-FEValues-cleanups-14

Improve Mapping documentation.

Improve Mapping documentation.

Add some documentation. Put functions and classes in grouped
environments.

Merge pull request #1347 from QiaoLei-88/docUpdateOfSparseMatrixEZ

remove a piece of inconsistent document of  SparseMatrixEZ.copy_from()

Improve documentation to function copy_from() of class BlockMatrixBase, chunkSparseMatrix, sparseMatrixEz and sparseMatrix

Merge pull request #1321 from l-korous/msvc-debug

Explicitely specify disabling of optimizations for MSVC build.

Merge pull request #1344 from drwells/use-std-abs

Remove a custom implementation of abs.

Remove a custom implementation of abs.
The std::abs function suffices.

Merge pull request #1340 from kronbichler/master

Remove unused variable

Remove unused variable

Merge pull request #1331 from bangerth/further-FEValues-cleanups-10

Remove uses of Mapping::IDB::current_update_flags().

Merge pull request #1326 from bangerth/fe-face-poly-cleanup

Delete unimplemented functions.

Merge pull request #1337 from bangerth/further-FEValues-cleanups-11

Make MappingQ1 use only update_each.

Merge pull request #1328 from bangerth/further-FEValues-cleanups-9

Remove fields from Mapping::InternalDataBase.

Merge pull request #1330 from bangerth/doc-update-33

Improve error messages about ghosted vectors.

Merge pull request #1336 from bangerth/doc-update-34

Fix up a formula.

Merge pull request #1297 from masterleinad/branch_fe_bubbles_commit

Add FE_Q_Bubbles

Make MappingQ1 use only update_each.

There is not really a need for MappingQ1 to do anything special on the
first cell -- it can already compute everything that would be update_once
at the time of calling get_data(). Do this, and then only use the
update_each flags in fill_fe_values.

Fix up a formula.

Add tests for FE_Q_Bubbles

Implement FE_Q_Bubbles that is based on TensorProductPolynomialsBubbles

Implement a tensor product polynomial space enriched by bubble polynomials

Merge pull request #1319 from kronbichler/master

Also implement Jacobians for MappingFEField.

Merge pull request #1332 from bangerth/mapping-bug-fix

Fix a loop.

Merge pull request #1318 from bangerth/further-FEValues-cleanups-8

Parallelize FESystem::get_*_data().

Merge pull request #1327 from maieneuro/optimize_fe_poly_tensor

Initialize scratch vectors for transformed values and gradients early

Fix a loop.

The comment in front provides the correct logic, but is not up to date
with the actual code. Bring the code in compliance and update the comment.

Remove uses of Mapping::IDB::current_update_flags().

This is the first step towards addressing #1305: MappingCartesian doesn't
actually pre-compute anything at all (update_once is empty), so what
current_update_flags() returns is always equal to update_each. I want to
move to a place where we never use current_update_flags() and in the
fill_fe_*_values() functions only reference update_each. This is simple
for this class, because the two are the same. So replace all occurrences of
current_update_flags() by update_each.

Improve error messages about ghosted vectors.

The TrilinosWrappers::VectorBase class declared its own version of
ExcGhostsPresent that hid the class we already declare globally in
exceptions.h, and thereby led to a situation where we output less
information than is available. This also led to some confusion as
evidenced by a recent mail on the mailing list.

Fix this by removing the extraneous class. Also augment the error
message of the existing class.

Remove fields from Mapping::InternalDataBase.

It turns out that all of the non-is_first_cell/clear_first_cell() member
variables of Mapping::InternalDataBase are only referenced in Mapping
member functions that are unused throughout the rest of the library.
While they were public, they took an internal object as argument, so
were almost certainly not used anywhere by anyone. Consequently,
zap the fields and the functions that use them.

Initialize scratch vectors for transformed values and gradients in get_data.

Added entry to doc/news/changes.h reflecting analytical hessian computations

Delete unimplemented functions.

FE_PolyFace had a lot of functions in the header file that are
declared in the base class and implemented in some of the derived
finite element classes, but commented out in the current one.
Remove those -- there is no value leaving cruft in the header
file.

Merge pull request #1324 from thingishness/doc_update

Added change to changes.h

Used proper doxygen syntax for cross-link

Added change to changes.h

Parallelize FESystem::get_*_data().

These functions call the respective functions in the base class. This
may as well be done in parallel.

Merge pull request #1322 from maieneuro/modify_hessian_to_analytical

Modify hessian computations from numerical to analytical differentiation

replaced test reference output with more accurate values

Modify hessian computations from numerical to analytical differentiation

Explicitely specify disabling of optimizations for MSVC build.

Merge pull request #1320 from bangerth/doc-update-25

Update documentation of CellAccessor::active_cell_index().

Update documentation of CellAccessor::active_cell_index().

Also implement Jacobians for MappingFEField.

Merge pull request #1285 from thingishness/master

New function for mapping to project transformed point to face

Merge pull request #1316 from bangerth/further-FEValues-cleanups-7

Remove is_first_cell().

Remove is_first_cell().

The InternalDataBase::is_first_cell() function is now no longer used
(though the value it returns is still internally used in
current_update_flags()). Remove the function.

Merge pull request #1315 from bangerth/further-FEValues-cleanups-6

Do initialization early.

Do initialization early.

Previously, FESystem delayed initializing the base element's data
objects until we first visited fill_fe_values(). Do this earlier:
when the base element's data objects are first created.

This involves a change in the update flags being used. I think that
there is some confusion about update flags anyway, since we should
always be using update_each. The change made here passes the testsuite,
so I believe it is correct. It is likely also easier to understand
than what the old code did.

Merge pull request #1313 from QiaoLei-88/RemoveExtraRef

remove an extra @ref in document of AssertThrow

Merge pull request #1311 from kronbichler/master

Also compute gradients of Jacobians on faces

Merge pull request #1281 from bangerth/doxygen-updates

Fix a variety of doxygen problems.

remove an extra @ref in documentation of AssertThrow

Also compute gradients of Jacobians on faces

Merge pull request #1307 from bangerth/further-FEValues-cleanups-5

Don't derive FE::InternalDataBase from Mapping::InternalDataBase.

Merge pull request #1304 from drwells/update-step-14

Update step 14

Exclude a particular directory if it doesn't exist.

Fix latex problems.

Fix invalid references.

Remove a comment that is now outdated.

No longer derive InternalDataBase from Subscriptor.

This is no longer necessary now that we store unique_ptrs to them.

Use a std_cxx11::unique_ptr in FEValues.

Specifically, use it for the internal data objects of mapping and
finite element. These pointers are internally created and used in the
FEValues class. They are not shared by any external interface. Using
a unique_ptr ensures no memory leaks.

Add memory consumption function for std_cxx11::unique_ptr.

Merge pull request #1309 from QiaoLei-88/docAssert

Specify when Assert* will be active in immediate documentation more explicitly

Specify when Assert* will be active in immediate documentation

Change step-14 to resemble step-13 more closely.

Step-13 calls the error per cell in the Kelly error estimator
estimated_error_per_cell, not estimated_error.

Step-13 arranges the code creating the right hand side and system matrix in a
slightly different way.

Step-13 sets different member variables as protected.

Removed an unneeded constructor and comment.

Remove step-14 workaround for an old GCC version.
I believe this was a 2.96 issue that has long since been fixed.

Use unique_ptrs in step-14.

This replaces some SmartPointers that referred to heap-allocated objects that
were not properly deleted as well as some plain pointers.

Simplify the WorkStream parts of step-14.
This makes it more like step-13, which is one of the goals of this
example program.

Remove unneeded friend declarations in step-14.

Remove some workarounds in step-14 for GCC 2.96.

Update the step-14 output values.

These are the values printed by step-14 on the master branch at this time.

Do not derive FE::InternalDataBase from Mapping::InternalDataBase.

It turns out that FiniteElement::InternalDataBase does not actually need any
of the fields of the class it was previously derived from (other than the
is_first_cell/clear_first_cell mechanism, see #1305). So break the inheritance
and have these two classes be completely unrelated.

Merge pull request #1306 from QiaoLei-88/docInSmartPointer

fix typos in documentation in SmartPointer.

fix typos in documentation in SmartPointer.

Minor cleanups.

Merge pull request #1299 from alistairbntl/master

Improved polynomial_bdm documentation.

Modified polynomial_bdm documentation.

 - added additional details about source references
 - added additional details about properties of bdm elements
 - added a general description of the structure for 2D and 3D
   bdm polynomials.
 - added additional details about degrees of freedom

Changed function name and added test

Merge pull request #1302 from kronbichler/fix_find_cell_tests

Fix find_cell tests by avoiding ambiguity in point

Merge pull request #1296 from jhineman/fix-readme.md

Added how to build from repository.

Added how to build from repository.

Merge pull request #1301 from kronbichler/master

Fix easy BDM tests

Fix find_cell tests by avoiding ambiguity in point

Fix easy BDM tests

Merge pull request #1300 from bangerth/further-FEValues-cleanups-4

Let the FE classes use FE::InternalDataBase instead of Mapping::InternalDataBase.

Let the FE classes use FE::InternalDataBase instead of Mapping::InternalDataBase.

For historical reasons, FiniteElement::InternalDataBase is derived from
Mapping::InternalDataBase, but all of the finite element classes need to
use the former. However, we currently pass around pointers to the latter.
There is no good reason for doing so other than 'we can'. Fix this: store
and pass around pointers to FiniteElement::InternalDataBase.

Merge pull request #1292 from tjhei/distribute_after_sol_transf

distribute() after solution transfer

Merge pull request #1293 from krishanusen25/master

added parameter description to FEValuesBase::shape_grad

Merge pull request #1298 from ArielPino/improve-doc2

Fixed typo: simplifiy to simplify in step 18

Fixed typo: simplifiy to simplify in step 18

edited fe_values::shape_grad

Merge pull request #1288 from bangerth/fix-test

Fix test.

Also adjust 64-bit numbers.

Merge pull request #1291 from nnama/fix-error

Fixed an error in further extension suggestions

Merge pull request #1295 from tamiko/windows_fixes_2

Windows fixes 2

Fixed a typo in assert