Use renumbering of DoFs for step-37 benchmark

Merge pull request #13663 from zjiaqi2018/MGConstrainedDoFs-add-boundary-indices

MGConstrainedDoFs::add_boundary_indices()

Merge pull request #13653 from luca-heltai/cgal-surface-mesh

Add CGAL::Surface_mesh support

Merge pull request #13667 from drwells/fix-obscure-tria-numbering-problems

Fix a DoFRenumbering issue with serial data structures.

Fix the default constructor in NumberCache.

We should just delegate so that this is equivalent to zero DoFs.

Fix a DoFRenumbering issue with p::s::T.

This can happen if some processors don't have any degrees of freedom (e.g., we
run in parallel with only one cell in the triangulation). This crashed in a
spectacular way since this test would ultimately call MPI_Allgather with
different types at the same time.

The correct workaround here is to verify that all processors are doing the same
type of renumbering.

Make sure we use recent versions of CGAL.

Merge pull request #13628 from kronbichler/mf_renumbering

 Add a new renumbering function for data locality with MatrixFree

documentation

Merge pull request #13543 from nfehn/docu_remove_indentation

remove notes on indentation from documentation

Merge pull request #13627 from singima/gloss_edit

Glossary edit for material ids

add_boundary_indices

Merge pull request #13660 from drwells/fesystem-indexing

Implement proper indexing tables in FESystem::compute_fill().

This is about twice as fast as the old version.

Trying to fix FindCGAL.

Renamed function. Added boost header.

Code review.

Get ref_cells by reference

Address some comments

Added CGALWrappers::to_cgal_mesh()

Merge pull request #13644 from luca-heltai/cgal-support

Added support for CGAL library.

Code review.

Merge pull request #13593 from DaneilSun/dev

Installation problem with MPI on Windows

Merge pull request #13659 from drwells/avoid-sacado-warnings

Silence warnings from Sacado in user projects.

Add a test to validate changes to FESystem indexing.

Clean up some whitespace in fe_system.h.

Update cmake/modules/FindCGAL.cmake

Co-authored-by: Jean-Paul Pelteret <jppelteret@gmail.com>

Merge pull request #13654 from gassmoeller/ghost_particle_property_pool_breakage

Ghost particle property pool breakage

Silence warnings from Sacado in user projects.

Merge pull request #13658 from simonsticko/assert_runge_kutta_method_chosen

Assert that a method was choosen in the time stepping methods.

Make indent and improve test documentation.

Make sure also user include dir is set.

Assert that a method was choosen in the time stepping methods.

If one does not pass a runge_kutta_method to the constructor of one
of the TimeStepping::*RungeKutta classes and forgets to call the
initialize(..)-function, the program crashes with a poor error
message. Add asserts to get more descriptive error messages.

Merge pull request #13564 from bangerth/valgrind

Provide a count_cycles() function.

Merge pull request #13625 from elauksap/enable_abort_on_exception

Add enable_abort_on_exception

Merge pull request #13655 from bangerth/doc-77

Update documentation in DataOutFaces.

Make sure we test cgal support in Github CI.

Added CGAL in html docs.

Update documentation in DataOutFaces.

Merge pull request #13652 from kronbichler/instantiate_periodicity

Instantiate make_periodicity_constraints for all scalar numbers

Added support for CGAL library.

Co-authored-by: Luca Heltai <luca.heltai@gmail.com>

Fix bug in particle list sort

Instantiate make_periodicity_constraints for all scalar numbers

Merge pull request #13650 from bangerth/tests-2

Remove unnecessary include.

Merge pull request #13645 from jppelteret/step-44_fe_space_01

step-44: Change the FE space used for p,J

Remove unnecessary include.

step-44: Change the FE space used for p,J

Merge pull request #13647 from luca-heltai/fix-doc

Add function to simplex docs.

Add function to simplex docs.

Add simple test that breaks property pool in debug

Merge pull request #13636 from peterrum/MGTransferBlockMatrixFreeBase_copy_to_mg

Simplify MGTransferBlockMatrixFreeBase::copy_to_mg()

Merge pull request #13591 from NiklasWik/RT_matrix_free

Matrixfree evaluation with `FE_RaviartThomasNodal`

Clean up interfaces and add better initialization options

Changelog

New test cases

Add new renumbering functions for MatrixFree data locality

Glossary material id edit

Merge pull request #13641 from peterrum/mg_level_object_back

Implement MGLevelObject::back()

fix: building problem with MPI on Windows system

Matrix-free evaluation of FE_RaviartThomasNodal

Test added for matrix-free RT
Split of evaluation_template_factory.templates.h
Decrease FE_EVAL_FACTORY_DEGREE_MAX to 2 for windows vm

Implement MGLevelObject::back()

Merge pull request #13626 from singima/xdmf

Changes to XDMFEntry to use uint64_t data types

add link to github wiki

remove notes on indentation from documentation

Merge pull request #13634 from peterrum/use_fast_hanging_node_algorithm_remove

Remove parameter use_fast_hanging_node_algorithm from MF

Merge pull request #13610 from zjiaqi2018/get-function-jumps-etc

FEInterfaceValues::get_jump/average_*_function_values

Simplify MGTransferBlockMatrixFreeBase::copy_to_mg()

Remove parameter use_fast_hanging_node_algorithm from MF

Merge pull request #13630 from drwells/cleanup-includes

Cleanup includes

Merge pull request #13632 from simonsticko/discrete_quadrature_generator_triangulation_cell

Change cell type passed to DiscreteQuadratureGenerator::generate()

Add a documentation note to the generate()-function.

Delete some not-needed objects from test of DiscreteQuadratureGenerator.

Change cell type passed to DiscreteQuadratureGenerator::generate()

The cell passed to the generate()-functions does not need to have
dofs associated with it. The cell will be cast to an iterator of
the correct type internally. Change the parameter type of the
generate function to Triangulation::active_cell_iterator.

Merge pull request #13615 from bergbauer/quadrature_generator_with_discrete_levelset

Quadrature generator with discrete levelset

Merge pull request #13624 from cdev911/fixing_typo

fixing typo of the type 'the the'

Merge pull request #13573 from peterrum/mg_tools_new_functions

Add functions to MGTools

Merge pull request #13341 from peterrum/feeval_range

Add iota views to FEEval

Add functions to MGTools

Avoid including the iterator header.

We don't ever use it and its deprecated.

Clean up header inclusions.

Most of this was from cleaning up tensor.h and then also cleaning up
where we include utilities.h.

Merge pull request #13629 from kronbichler/fix_typos

Fix typo in variable name

QuadratureGenerator with discrete levelset

Fix typo in variable name

Make FEEval more consistent with FEValues

reverting changes in bundled folder

XDMFEntry commit

Changed the constructors of XDMFEntry to allow for uint64_t datatypes
that we need for large data.  Changed some things in create_xdmf_entry
to match.

Merge pull request #13617 from singima/64bit_change

Using uint64_t as node variables for hdf5 output

Add enable_abort_on_exception

fixing typo of the type 'the the'

Merge pull request #13621 from drwells/improve-renumber-support-points

Make DoFRenumbering::support_point_wise() about twice as fast.

Make DoFRenumbering::support_point_wise() about twice as fast.

1. There must be an equal number of DoFs per component, so they do not need to
   be calculated.
2. IndexSet::add_indices() works best when indices are sorted, so provide them
   one component at a time.
3. Clean up the output files to match assertions.

Changing data types for more storage

Merge pull request #13604 from peterrum/rpe_refactor_all_points_found

RPE: refactor determination of unique mapping and all points found

rm unused variables

address comments

Merge pull request #13581 from drwells/update-muparser

Update bundled muParser to 2.3.3

RPE: refactor determination of unique mapping and all points found

Merge pull request #13608 from peterrum/MGTransferBlockMatrixFreeBase

Introduce MGTransferBlockMatrixFreeBase

Merge pull request #13605 from peterrum/IsBlockVector

Generalize IsBlockVector