Tests for hanging nodes

Merge pull request #13981 from kronbichler/fix_rtn_doc

Merge pull request #13889 from bangerth/doc

Minor improvement to the documentation of FE_PolyTensor.

Merge pull request #13978 from kronbichler/relax_assert

Merge pull request #13979 from kronbichler/fix_test

Fix documentation of FE_RaviartThomas

Merge pull request #13980 from kronbichler/more_digits

Provide more digits to make test robust

Merge pull request #13976 from kronbichler/fix_rt_support_points

Fix generalized support points of FE_RaviartThomasNodal

Provide more digits to make test robust

Similar test with equality comparison

Make test more robust: Check tolerance rather than ==

Also allow FE_RaviartThomasNodal in other project function

Fix generalized support points of FE_RaviartThomasNodal

Merge pull request #13916 from peterrum/do_interpolate_boundary_values_wedge

VT::interpolate_boundary_values() for pyramids and wedges

Merge pull request #13158 from harmonj/FE_NEDELEC_EMBEDDING_DOFS

Add get_embedding_dofs() to FE_Nedelec (2-D)

Merge pull request #13975 from drwells/clang-aligned-vector-replicate-fix

Fix the MPI window functions with clang.

Merge pull request #13973 from tamiko/fix_trilinos_checks_02

CMake: Use deal.II's global index type in Tpetra compatibility test

Fix the MPI window functions with clang.

libc++ defines std::unique_ptr::reset() as

    _LIBCPP_INLINE_VISIBILITY
    void reset(nullptr_t = nullptr) _NOEXCEPT {
      pointer __tmp = __ptr_.first();
      __ptr_.first() = nullptr;
      if (__tmp)
        __ptr_.second()(__tmp);
    }

The result of this is that aligned_vector->elements.get() is nullptr at the
point at which we call the deleter - hence this deleter won't work correctly.

We can work around this by avoiding std::unique_ptr::get() and just using our
own member variables or ptr, which are guaranteed to be valid since they will
not be set to nullptr by std::unique_ptr::reset().

CMake: Use deal.II's global index type in Tpetra compatibility test

We use Tpetra templates with types::global_dof_index throughout our
codebase - so we should also check for compatibility with said index
type.

Alternatively, this information is also available in
TpetraCore_config.h:

  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_INT */
  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_LONG */
  #define HAVE_TPETRA_INST_INT_LONG_LONG
  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_UNSIGNED */
  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_UNSIGNED_LONG */

Merge pull request #13974 from tamiko/fix_trilinos_checks_03

CMake: Use default Kokkos' DefaultNodeType in Tpetra test

Merge pull request #13971 from peterrum/author

CMake: Use default Kokkos' DefaultNodeType in Tpetra test

Merge pull request #13969 from tamiko/fix_trilinos_checks

CMake: use full compiler/linker flags for trilinos sanity checks

Remove remaining @author

Merge pull request #13968 from drwells/codespell-9.4

Run codespell

CMake: use full compiler/linker flags for trilinos sanity checks

Run codespell

Merge pull request #13961 from kronbichler/fix_petsc_complex_tests_2

Fix more PETSc complex tests

Merge pull request #13967 from simonsticko/clang_pointwise_definiteness

Explicitly template function pointwise_definiteness(..)

Explicitly template function pointwise_definiteness(..)

Merge pull request #13960 from kronbichler/fix_petsc_complex_tests

Fix two tests with complex PETSc

Merge pull request #13964 from tamiko/fix_python_binding_tests

contrib/python_bindings: set PYTHON_EXECUTABLE

contrib/python_bindings: set PYTHON_EXECUTABLE

Merge pull request #13771 from luca-heltai/cgal-Surface_remeshing

CGAL: Add remesh_surface utility

Fix two tests with complex PETSc

Merge pull request #13906 from saitoasukakawaii/doc/fix_update_flags_h

Doc/fix update flags h

Merge pull request #13963 from tamiko/fix_vectorization_warning

CMake: Use -Wno-pass-failed for clang

CMake: Use -Wno-pass-failed for clang

Fix more PETSc complex tests

Merge pull request #13959 from tamiko/add_output_variant

test cgal/cgal_surface_mesh_01: add output variant

Merge pull request #13958 from peterrum/precon_assert_throw

precondition.h: switch from Assert to AssertThrow

fix a formula error

the third formula in'update_flags.h' is fixed

test cgal/cgal_surface_mesh_01: add output variant

It turns out that an output variant is needed: We end up printing some
additional empty lines with CGal 5.4.1.

Add remesh_surface utility

precondition.h: switch from Assert to AssertThrow

Merge pull request #13767 from luca-heltai/cgal-surface_tria_to_volumetric

Create a Triangulation<3> from a Triangulation<2,3>

Surface deal.II tria to volumetric deal.II tria

Merge pull request #13955 from tamiko/fix_header_includes

CGAL: fix header includes

Merge pull request #13956 from tamiko/fix_tests_09

test cgal/cgal_surface_mesh_01: Update output

Merge pull request #13953 from peterrum/mf_dim

Replace 2*dim

Merge pull request #13954 from tamiko/fix_clang_ice

GridGenerator: put CGAL implementation into own compilation unit

CGAL: fix header includes

The following includes are needed, otherwise dealii::ExcMessage is not
declared when including the header.

test cgal/cgal_surface_mesh_01: Update output

It seems that the output file has not been updated to reflect the latest
changes. Verified with gcc-12 and clang-14.

GridGenerator: put CGAL implementation into own compilation unit

GridGenerator: Remove CGAL implementation

Replace 2*dim

Merge pull request #13932 from luca-heltai/cgal-move_implementation_implicit_function

Move implementation of implicit_function() into .cc file

Merge pull request #13952 from kronbichler/fix_ecl_neighbor_cell_type

MatrixFree: Fix element-centric loops with different cell geometry compression

MatrixFree: Element-centric loops with different cell geometry compressions

Adjust comments.

Merge pull request #13909 from peterrum/lex_faces_remove

Remove lex_faces from matrix-free kernels

Merge pull request #13950 from tamiko/fix_warnings_03

CMake: use -Wno-misleading-indentation for grid_generator.cc compilation unit

Fixing default values in AdditionalData

Move implementation of implicit_function() into .cc

Merge pull request #13940 from tamiko/fix_tests_05

tests cgal/* add output variants

CMake: use -Wno-misleading-indentation for grid_generator.cc compilation unit

tests cgal/* add output variants

The following tests print a cgal surface mesh for comparison to the
output file:

  cgal/cgal_surface_mesh_02
  cgal/cgal_surface_triangulation_03
  cgal/cgal_triangulation_06

Unfortunately, the output doesn't seem to be stable. For example,
cgal/cgal_surface_triangulation_03 fails for cgal-5.2.1 and succeeds for
cgal-5.4.1. I fear that the precise ordering and output of the meshes is
not stable and depends on the userland and what library versions are
used.

Let us simply not print the final result but just check that CGAL
succeeded in creating a corresponding mesh.

Merge pull request #13945 from kronbichler/fix_is_ghost_on_level_no_mpi

Fix TriaAccessor::is_ghost_on_level for case without MPI

Fix TriaAccessor::is_ghost_on_level for case without MPI

Merge pull request #13944 from tamiko/fix_tests_08

slepc/solver_04: adjust tolerances

Merge pull request #13929 from luca-heltai/cgal-point_conversion

Merge pull request #13941 from tamiko/fix_tests_06

test ginkgo/solver: adjust tolerances

Merge pull request #13939 from tamiko/fix_tests_04

test distributed_grids/large_vtu_01: fix test

Merge pull request #13938 from tamiko/fix_tests_03

test distributed_grids/3d_refinement_09: refactor test and add an output variant

adjust second output file

slepc/solver_04: adjust tolerances

Merge pull request #13934 from drwells/arkode-linear-jacobians

Arkode linear jacobians

test ginkgo/solver: adjust tolerances

Add header file for point conversion

Merge pull request #13933 from drwells/fix-cgal-tests

Fix some CGAL tests.

Merge pull request #13935 from drwells/gcc-12-types-tests

Fix some test typenames for GCC-12.

distributed_grids/large_vtu_01: fix test

Let's only write to deallog on rank 0, otherwise the output might get
truncated.

distributed_grids/3d_refinement_09: add an output variant

distributed_grids/3d_refinement_09: refactor test

 - print maximal refinement level and add a comment to the logic

Fix some test typenames for GCC-12.

Use stricter timestep limits in an ARKODE test.

For whatever reason this test is less stable than the others. Setting bounds on
the timesteps makes this pass on more configurations with the same output.

Make all ARKODE implicit test functions linear.

Forcing functions don't effect stability so they should always be in the
explicit part.

Fix some CGAL tests.

1. Avoid an implicit muParser dependency
2. Fix compilation

Merge pull request #13927 from tamiko/fix_compile_warnings_02

CMake: add DEAL_II_CGAL_HAS_DEPRECATED_BOOST_INCLUDES check

Merge pull request #13925 from tamiko/fix_compile_warnings_01

base/polynomials_bdm.cc: avoid a compiler warning with gcc-12

CMake: add DEAL_II_CGAL_HAS_DEPRECATED_BOOST_INCLUDES check

CMake: refactor boost define into config.h.in

In order to work around the newest set of deprecated header warnings
(this time triggered by CGAL including a deprecated header :-(() I would
otherwise have to add this #define dance at 5 different other places.

Instead, it is cleaner to simply give up and define the macro globally.

The configure checks will ensure that the macro is only ever defined if
needed.

base/polynomials_bdm.cc: avoid a compiler warning with gcc-12

gcc-12 in release mode will inline the evaluate function into some
methods of the FE_BDM class. It then rightfully complains that the (now
modified) else branch will write out of bounds.

Despite the fact that we instantiate this polynomials class and the
related FE class for 1d this code has never worked. Thus, fail
prominently with an error message.

base/polynomials_bdm: rewrap comments and remove dead code

Merge pull request #13920 from peterrum/valence_fix

Try to fix valence

Merge pull request #13908 from peterrum/fe_data

Rename fe_base.h to fe_data.h

Merge pull request #13914 from NiklasWik/compiler_warnings

Fix compiler warning

Try to fix valence

Fix compiler warning

Merge pull request #13913 from luca-heltai/cgal-fix-tests

Fix input and output of some cgal tests.