CMake: robust version extraction for P4Est

Make the version extraction in P4Est more robust: We should not rely on
the version string to define SUBMINOR and PATCH - this doesn't have to
be the case. So, always set P4EST_VERSION_SUBMINOR and
P4EST_VERSION_PATCH to "0" in FindP4EST.cmake if no valid number could
be extracted.

Merge pull request #9 from bangerth/doc-fixes

Update documentation in include/deal.II/dofs/dof_tools.h

- Rename a documentation section to be more descriptive.
- Reshuffle some more functions and group them into appropriate categories. Not all functions are in categories yet, though, see http://www.dealii.org/developer/doxygen/deal.II/namespaceDoFTools.html

Merge pull request #10 from tjhei/p4est_update

[minor] compatibility fixes for p4est 1.0

Merge pull request #11 from tjhei/p4est_script

[minor] p4est-setup.sh can now also build from source directory

p4est-setup.sh can now also build from source directory

compatibility fixes for p4est 1.0

The deprecated type p4est_connect_type_t got removed in p4est >=1.0. Use
connect_type_t instead.

Update documentation of this file.

- Rename a documentation section to be more descriptive.
- Reshuffle some more functions and group them into appropriate categories. Not all functions are in categories yet, though, see http://www.dealii.org/developer/doxygen/deal.II/namespaceDoFTools.html

Merge pull request #8 from bangerth/add-patch-generators

Add GridTools::get_patch_around_cell().

Implement a function GridTools::get_patch_around_cell() extracts the
set of cells that surround a single cell. This is joint work with
Arezou Ghesmati.

Add some documentation.

Provide attribution.

Joint work with Arezou Ghesmati: Add GridTools::get_patch_around_cell().

Fix style issue.

Merge pull request #6 from bangerth/remove-multithread_info.h-includes

Remove #includes of multithread_info.h in files that don't need it.

Merge pull request #5 from bangerth/doc-fixes

Augment documentation.

The documentation of MultithreadInfo was unintelligible. It was also
incomplete in some places.

Remove #includes of multithread_info.h in files that don't need it.

Augment documentation.

The documentation of MultithreadInfo was unintelligible. It was also
incomplete in some places.

Merge pull request #4 from tamiko/fix_mesh_converter_tests

Testsuite: Fix path in mesh_converter tests

Merge pull request #3 from tamiko/fix_svn_keywords

Cleanup populated svn keywords

Testsuite: Fix path in mesh_converter tests

There was a forgotten path that still pointed to
./cmake/scripts/normalize.pl in the mesh_converter tests. Fix this.

Cleanup populated svn keywords

It seems that we had a lot of leftovers of accidentally populated $ID
svn keywords.

Merge pull request #2 from bangerth/replay-svn-revisions-33204-to-33205

Fix references to publications.html.

These revisions were apparently lost in the svn to git conversion because
the svn repo was still live when the conversion was already happening...

Replay svn revisions 33204 and 33205.

These revisions were apparently lost in the svn-to-git conversion.

Merge pull request #1 from bangerth/fix-publications.html-references

Fix references to publications.html.

References should now go to the entire window, not the 'body' frame.

Fix references to publications.html.

References should now go to the entire window, not the 'body' frame.

Merge branch 'port_to_new_layout'

Coming from SVN times with the ability to checkout only subdirectories we
had a split into to distinct subdirectories:

  deal.II/  -  containing sources
  tests/    -  with the testsuite

Given the fact that with git a checkout of a subdirectory is no longer
possible we decided to remove this split. Therefore, the contents of
deal.II/* is moved to the repository root:

  deal.II/*  ->  ./

Testsuite: Cleanup testsuite configure and driver

This commit removes the artificial split of testsuite scripts from the
actual testsuite (that was necessary to support minimalistic buildtests
without ./tests subdirectory).

Testsuite: Port to new repository layout

Update run_testsuite.cmake and all places in the build system to the new
file system layout. Remove TESTS_DIR and hardwire ${CMAKE_SOURCE_DIR}/tests

Rearrange repository layout

Coming from SVN times with the ability to checkout only subdirectories we
had a split into to distinct subdirectories:

  deal.II/  -  containing sources
  tests/    -  with the testsuite

Given the fact that with git a checkout of a subdirectory is no longer
possible we decided to remove this split. Therefore, the contents of
deal.II/* is moved to the repository root:

  deal.II/*  ->  ./

Merge branch 'port_testsuite_to_git'

Testsuite: Port to git

Update run_testsuite.cmake to commit git specific branch, commit, and
author information instead of svn branch and revision number.

Testsuite: Port to git

Update run_testsuite.cmake to commit git specific branch, commit, and
author information instead of svn branch and revision number.

Switch to git

... dedicated to the memory of CVS and SVN.

In string_to_int, strip spaces at the front and back as we used to do.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33203 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect errors in Utilities::string_to_int.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33202 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect errors in Utilities::string_to_int.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Do not export -Wl,--as-needed to the user config

This commit tries to address issue 235 by removing -Wl,--as-needed from
DEAL_II_LINKER_FLAGS prior to configuration of deal.II's project
config so that -Wl,--as-needed doesn't show up any more on user side.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33200 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove another unused function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33199 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove functions that are not needed (and didn't do anything on top of that).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33198 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added template to function, and made GridOut::write work also in codimension one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33197 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compute unit face support points of FE_TraceQ

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33194 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

some tests had rather large output. oops.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33192 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix last commit

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33191 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

testsuite: also log the two filenames in diff in one line for scripting reasons

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33190 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

adjust test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33189 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed another call to KSPSetOperators

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33188 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Generate options for test subprojects as a list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33187 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: The obligatory bugfix...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33186 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Port to version 3.0.0, part 3.

Quick fix for new lexer rules (tm)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33185 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Port to version 3.0.0, part 2.

This commit removes the testsuite subproject regeneration callback and
cleans up the relevant code

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33184 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a forgotten entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33182 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update it a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33181 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve documentation of step-52.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33180 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Address issue #228 (https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=228): Teach GridReordering::reorder_cells() to use the vertex numbering that we have used every since deal.II 5.2. Remove the code for this from grid_generator.cc and instead call reorder_cells() from there with the flag set.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33179 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Copy Luca's example from tests/manifold/manifold_06.cc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33178 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not write copies of the output to /tmp.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent files according to our usual style.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33176 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tests for the previous commit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33175 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also provide GridOut::write_vtu().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33174 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tests for the previous commit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33173 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a function GridOut::write_vtk().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33172 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify a piece of documentation that was pretty much unintelligible before.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33171 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The GridOut::Svg class does not implement functions to declare and parse parameters. Remove the declarations (currently commented out anyway) to avoid confusion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33170 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added set_manifold with two arguments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33168 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33166 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Start a new tutorial on geometry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33165 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move entry to the right place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33164 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed memory consumption test in realease mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33163 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33162 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Integrated branch manifold_id_intermediated into trunk.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33158 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merged from trunk.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33157 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed failing tests due to manifold id being an int.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed get_boundary/manifold_ids. Removed all references to get_boundary in tria.cc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33155 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merged from trunk.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33154 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some fallout from changing the size of manifold_id.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33153 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Arg...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33152 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33151 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More documentation updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33150 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enlarge manifold_id to unsigned int, as discussed on the mailing list.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33149 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33148 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor comment updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33147 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Indent something.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33146 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reshuffle items to have them sorted in alphabetical order.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33145 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update readme.html to refer to muparser

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33144 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add test for previous commit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33143 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a bug in PETSc whereby PETSc does not zero-initialize ghost elements of a vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33142 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide more links to video lectures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33141 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Annotate some of the programs with links to the video lectures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33140 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug when using 64bit indices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33137 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Go through the rest of the introduction, the results section and some of the program. Make minor adjustments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33135 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a file we have not needed for a long time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33134 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Group functions for more readable documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33133 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update documentation in a couple of places. Remove some code duplication.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33132 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent script files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33131 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33130 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

"geometrical" does not exist as a word :-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33129 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33128 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33127 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure to generate all necessary symbols

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33126 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33124 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add notes for MUMPS.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33123 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d