Remove deprecated atomicAdd_wrapper

Merge pull request #14029 from drwells/gcc12-array-warning

Work around a GCC-12 warning about array accesses.

This only occurs at higher optimization levels with -Warray-bounds.

Merge pull request #14026 from kronbichler/fix_gather_warning

Fix warning of gcc-12 with gather_pd/ps instructions

Fix warning of gcc-12 with gather_pd/ps instructions

Merge pull request #14023 from kronbichler/remove_header

Merge pull request #14013 from peterrum/mf_categorize_ghost

MatrixFree: allow categorization of ghost cells

Merge pull request #14015 from peterrum/get_cell_range_category_max

Make get_cell_range_category() more consistent with get_cell_category()

Remove obsolete header file

Merge pull request #14018 from bangerth/full

Better describe what FullMatrix is and does.

Merge pull request #14019 from zjiaqi2018/clear-user-constraints

MGConstrainedDoFs::clear_user_constraints

MatrixFree: allow categorization of ghost cells

Make get_cell_range_category() more consistent with get_cell_category()

Better describe what FullMatrix is and does.

Merge pull request #14016 from peterrum/reference_hn_gc

Add reference to fast hanging-node algo and global coarsening

clear user constraints

Merge pull request #14017 from bangerth/23

Minor text improvements in a tutorial documentation.

Minor text improvements in a tutorial documentation.

Add reference to fast hanging-node algo and global coarsening

Merge pull request #14011 from bangerth/constexpr-2

Can't use ReferenceCells in switch-case.

Merge pull request #14010 from bangerth/constexpr

Can't use ReferenceCells in switch-case.

Merge pull request #14007 from peterrum/cell_vectorization_category_docu

Improve documentation of MF::AD::cell_vectorization_category

Can't use ReferenceCells in switch-case.

Can't use ReferenceCells in switch-case.

Merge pull request #14005 from peterrum/mf_ghost_categories

MatrixFree: improve assert

Merge pull request #14006 from drwells/fix-clang-13

Fix compilation with clang-13.

MatrixFree: improve assert

Fix compilation with clang-13.

Merge pull request #13987 from peterrum/mf_tight_hp

DoFInfo::compute_tight_partitioners for hp

Improve documentation of MF::AD::cell_vectorization_category

Merge pull request #14002 from tamiko/fix_symengine_tests

Fix failing symengine tests

Merge pull request #13923 from kronbichler/simplify_distr_tria

Avoid saving and setting refinement flags in distributed Tria

Merge pull request #13946 from kronbichler/simplify_access_function

Simplify access to number of raw objects

Merge pull request #13891 from bangerth/nedelec

Optimize computation of Nedelec shape functions.

Merge pull request #13873 from kronbichler/choose_better_data_structure

MatrixFree: Use faster data structure to detect parents of cells

Merge pull request #13989 from NiklasWik/hn_test

Tests for hanging nodes mf RaviartThomas

symengine/batch_optimizer_09_1: add test variant

symengine-0.9.0 actually produces some output for the scalar case where
the old test variant recorded an exception. As this is a strictly
improved behavior let's simply add a test variant.

symengine/sd_common_tests: update tests

Merge pull request #13995 from tamiko/update_deprecated_early

switch all DEAL_II_DEPRECATED_EARLY to DEAL_II_DEPRECATED

Merge pull request #13994 from tamiko/update_version

update VERSION

Merge pull request #13992 from tamiko/adjust_changes

Update changelog for release

Merge pull request #13993 from tamiko/adjust_tags

Update tag file references for release.

switch all DEAL_II_DEPRECATED_EARLY to DEAL_II_DEPRECATED

Update version number in examples and doc

fix whitespace

update VERSION.

Update tag file references for release.

add dummy files.

Remove now obsolete files.

Update the changelog file for the release.

Update copyright

Merge pull request #13988 from kronbichler/fix_petsc_complex_tests

Fix PETSc complex tests

Merge pull request #13986 from peterrum/mf_get_face_category

Fix MatrixFree::get_face_category()

Merge pull request #13982 from tamiko/update_documentation

doc: update supported version numbers

Merge pull request #13985 from tjhei/hdf5_add_test_outputs

add alternative test output for base/hdf5*

Tests for hanging nodes

Fix PETSc complex tests

DoFInfo::compute_tight_partitioners for hp

Fix MatrixFree::get_face_category()

add alternative test output for base/hdf5*

Merge pull request #13981 from kronbichler/fix_rtn_doc

doc: update mentioned compiler versions

doc: update supported version numbers

Merge pull request #13889 from bangerth/doc

Minor improvement to the documentation of FE_PolyTensor.

Merge pull request #13978 from kronbichler/relax_assert

Merge pull request #13979 from kronbichler/fix_test

Fix documentation of FE_RaviartThomas

Merge pull request #13980 from kronbichler/more_digits

Provide more digits to make test robust

Merge pull request #13976 from kronbichler/fix_rt_support_points

Fix generalized support points of FE_RaviartThomasNodal

Provide more digits to make test robust

Similar test with equality comparison

Make test more robust: Check tolerance rather than ==

Also allow FE_RaviartThomasNodal in other project function

Fix generalized support points of FE_RaviartThomasNodal

Merge pull request #13916 from peterrum/do_interpolate_boundary_values_wedge

VT::interpolate_boundary_values() for pyramids and wedges

Merge pull request #13158 from harmonj/FE_NEDELEC_EMBEDDING_DOFS

Add get_embedding_dofs() to FE_Nedelec (2-D)

Merge pull request #13975 from drwells/clang-aligned-vector-replicate-fix

Fix the MPI window functions with clang.

Merge pull request #13973 from tamiko/fix_trilinos_checks_02

CMake: Use deal.II's global index type in Tpetra compatibility test

Fix the MPI window functions with clang.

libc++ defines std::unique_ptr::reset() as

    _LIBCPP_INLINE_VISIBILITY
    void reset(nullptr_t = nullptr) _NOEXCEPT {
      pointer __tmp = __ptr_.first();
      __ptr_.first() = nullptr;
      if (__tmp)
        __ptr_.second()(__tmp);
    }

The result of this is that aligned_vector->elements.get() is nullptr at the
point at which we call the deleter - hence this deleter won't work correctly.

We can work around this by avoiding std::unique_ptr::get() and just using our
own member variables or ptr, which are guaranteed to be valid since they will
not be set to nullptr by std::unique_ptr::reset().

CMake: Use deal.II's global index type in Tpetra compatibility test

We use Tpetra templates with types::global_dof_index throughout our
codebase - so we should also check for compatibility with said index
type.

Alternatively, this information is also available in
TpetraCore_config.h:

  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_INT */
  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_LONG */
  #define HAVE_TPETRA_INST_INT_LONG_LONG
  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_UNSIGNED */
  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_UNSIGNED_LONG */

Merge pull request #13974 from tamiko/fix_trilinos_checks_03

CMake: Use default Kokkos' DefaultNodeType in Tpetra test

Merge pull request #13971 from peterrum/author

CMake: Use default Kokkos' DefaultNodeType in Tpetra test

Merge pull request #13969 from tamiko/fix_trilinos_checks

CMake: use full compiler/linker flags for trilinos sanity checks

Remove remaining @author

Merge pull request #13968 from drwells/codespell-9.4

Run codespell

CMake: use full compiler/linker flags for trilinos sanity checks

Run codespell

Merge pull request #13961 from kronbichler/fix_petsc_complex_tests_2

Fix more PETSc complex tests

Merge pull request #13967 from simonsticko/clang_pointwise_definiteness

Explicitly template function pointwise_definiteness(..)

Explicitly template function pointwise_definiteness(..)

Merge pull request #13960 from kronbichler/fix_petsc_complex_tests

Fix two tests with complex PETSc

Merge pull request #13964 from tamiko/fix_python_binding_tests

contrib/python_bindings: set PYTHON_EXECUTABLE

contrib/python_bindings: set PYTHON_EXECUTABLE

Merge pull request #13771 from luca-heltai/cgal-Surface_remeshing

CGAL: Add remesh_surface utility

Fix two tests with complex PETSc

Merge pull request #13906 from saitoasukakawaii/doc/fix_update_flags_h

Doc/fix update flags h

Merge pull request #13963 from tamiko/fix_vectorization_warning

CMake: Use -Wno-pass-failed for clang

CMake: Use -Wno-pass-failed for clang

Fix more PETSc complex tests