Refactor TensorProductMatrixSymmetricSum

Merge pull request #14258 from peterrum/DataOutResample_multiple_components

DataOutResample for multiple components

Merge pull request #14243 from peterrum/fdm_constrained

TensorProductMatrixSymmetricSum for matrices with rows/columns filled with zero

TensorProductMatrixSymmetricSum for matrices with rows/columns filled with zero

Merge pull request #14269 from peterrum/ExcNeedsMPI_use

Merge pull request #14257 from kronbichler/cleanup_bicgstab

Clean up implementation in SolverBicgstab

Merge pull request #14256 from kronbichler/improve_idr

Revise vector operations in SolverIDR to improve performance

Merge pull request #14254 from kronbichler/vectorize_more

Vectorize more work in reductions of vector operations

DataOutResample for multiple components

Use ExcNeedsMPI

Make SolverBicgstab aware of VectorType::value_type

Clean up implementation in SolverBicgstab

Merge pull request #14268 from drwells/missing-headers

Ensure that every header which uses numeric_limits includes limits.

Merge pull request #14267 from peterrum/formating_footer

Fix formatting

Ensure that every header which uses numeric_limits includes limits.

Presently only BoundingBox didn't compile - I added the rest while I'm at it as
we go through more header refactoring.

Fix formating

Merge pull request #14265 from peterrum/sparse_matrix_tools_unused_warning

Fix unused warning

Switch number types in SolverIDR to VectorType::value_type

Add changelog

Revise vector operations in SolverIDR to improve performance

Merge pull request #14264 from kronbichler/avoid_warning

Avoid warning about function that might not be inlinable

Merge pull request #14262 from mschreter/fix_deprecated_warning

`invalid_fe_index`: fix deprecated warning

Fix unsed warning

Merge pull request #14259 from peterrum/rpe_project

GT::distributed_compute_point_locations(): project reference points onto cell

Avoid warning about function that might be inlinable

Merge pull request #14261 from mschreter/fix_linking_error

Linking error: make `dealii::internal::SolverGMRESImplementation::solve_triangular()` inline

use numbers::fe_index

Adjust test output due to roundoff: Disable output of residual

Vectorize more work in reductions of vector operations

GT::distributed_compute_point_locations(): project reference points onto cell

make function inline

Merge pull request #14253 from kronbichler/avoid_aliasing

Copy scalars in vector operations to make compiler optimize more

Add additional comments regarding aliasing

Merge pull request #14250 from drwells/include-utilities-cleanup

cleanup some more header inclusions.

Merge pull request #14251 from kronbichler/gmres_batched

SolverGMRES: Add 'batched' mode for reduced overhead at small sizes

Merge pull request #14252 from kronbichler/overhead_vector

Provide inlined fast code path for Vector::reinit(Vector&)

Copy scalars in vector operations to make compiler optimize more

Provide inlined fast code path for Vector::reinit(Vector&)

SolverGMRES: Add 'batched' mode for reduced overhead at small sizes

Clean up inclusions of map and set headers.

Cleanup mapping.h inclusions.

Forward declare ParameterHandler.

Clean up lac/ header inclusions.

Forward declare a usage of LA::d::V.

Clean up some grid/ inclusions.

Remove unnecessary inclusions of utilities.h.

Add some missing headers.

Merge pull request #14096 from peterrum/sparse_matrix_tools

Function to restrict matrices

Merge pull request #14249 from kronbichler/fix_warning2

Fix another warning about an unused variable

Merge pull request #14248 from kronbichler/address_warning

Fix warning regarding unused variables

Fix another warning about an unused variable

Fix warning regarding unused variables

Merge pull request #14245 from peterrum/relaxation_pre_post_a_p

PreconditionRelaxation: add specialization

Merge pull request #14244 from peterrum/diagonal_ladv

DiagonalMatrix: specialize for LA:d:V

Merge pull request #14237 from peterrum/even_odd_apply

Specialize EvaluatorTensorProduct<evaluate_evenodd> for non-templated execution

PreconditionRelaxation: add specialization

DiagonalMatrix: specialize for LA:d:V

Merge pull request #14242 from peterrum/cheby_w

PreconditionChebyshev: reduce number of writes by one

PreconditionChebyshev: reduce number of writes by one

Merge pull request #14241 from kronbichler/fix_warning

Fix a warning

Fix a warning

Merge pull request #14238 from peterrum/PreconditionRelaxation_precond_specialization

Add specializations of PreconditionRelaxation functions

Merge pull request #14240 from kronbichler/improve_jacobian

FEEvaluation: Create temporary copy of Jacobian matrix in submit_XXX

Merge pull request #14239 from kronbichler/fix_inaccurate_assertion

MatrixFree: Fix assertion in presence of FE_Nothing

FEEvaluation: Create temporary copy of Jacobian matrix in submit_gradient

MatrixFree: Fix assertion in presence of FE_Nothing

Merge pull request #14221 from kronbichler/simplify_loops

Fuse some loops in Triangulation::execute_coarsening

Merge pull request #14121 from peterrum/birth_and_death_mf

Add MatrixFreeTools::ElementBirthAndDeathMatrixFree

Merge pull request #14228 from peterrum/TensorProductMatrixSymmetricSum_precompile

Precompile TensorProductMatrixSymmetricSum kernels

Merge pull request #14232 from peterrum/idr_block_vectors

Enable SolverIDR for block vectors

Add specializations of PreconditionRelaxation functions

Add functions to restrict a matrix

Merge pull request #14226 from kronbichler/test_case

MatrixFree laplace operator: Restructure computation of diagonal

Precompile TensorProductMatrixSymmetricSum kernels

Specialize EvaluatorTensorProduct<evaluate_evenodd> for non-templated execution

Enable SolverIDR for block vectors

Add MatrixFreeTools::ElementActivationAndDeactivationMatrixFree

Merge pull request #14235 from tjhei/step-50-petsc-include

fix: step-50 PETSc

fix: step-50 PETSc

add a missing include

Merge pull request #12759 from Rombur/field_transfer_fe_nothing

Add FieldTransfer for the transfer of field with FE_Nothing

Merge pull request #14231 from bangerth/doc-1

Doc update in GridTools.

Doc update in GridTools.

Merge pull request #13820 from drwells/refactor-grid-fixup-functions

Merge pull request #14215 from drwells/fix-petsc-version-detection

Fix PETSc version detection.

Merge pull request #14229 from bangerth/doc-3

Clarify a comment for one of the particle generators.

Merge pull request #14230 from bangerth/doc-2

Remove an outdated comment. Link to step-19.

Merge pull request #14122 from peterrum/fe_face_eval_boundary

Add FEFaceEvaluation::at_boundary() and boundary_id()

Clarify a comment for one of the particle generators.

Remove an outdated comment. Link to step-19.

Merge pull request #14211 from drwells/update-ad-checks

Extend comment

Add test case

Restructure computation of diagonal

Merge pull request #14216 from peterrum/PreconditionChebyshev_precond_specialization

Add specializations of PreconditionChebyshev functions

Handle a test which fails under GCC 5.4

Update checks for AD-types.

At some point these stopped working and something like

#include <deal.II/lac/vector.h>
#include <deal.II/lac/vector.templates.h>

#include <adolc/adouble.h>

int
main()
{
  using namespace dealii;

  Vector<adouble> vec;
}

managed to compile (but compiling Vector<adouble>::l2_norm() fails).

In practice we don't support any type here which we cannot call std::abs() on,
so lets just switch to a simpler check for these types.

Clean up side effect

Fix PETSc version detection.

New versions of PETSc now define PETSC_VERSION_LT etc. in one line, so
our detection of PETSC_VERSION_MAJOR will now also pick up that
usage. Get around this by making the regex more correct.

Merge pull request #14167 from zjiaqi2018/normal_flux_constraints_on_level

Fuse some loops in Triangulation::execute_coarsening